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Pierella_lena_PM14_19 TAGCTTGGATTATTGTGTGGTTAAAATACCTAGATGGGACTTAGCGAAATTTAACCGAGTAAGTACAAAAATTGGAAGTTCGATGAAAAGTGTAGGTGARGTAATGGCTATTGGCAGAAATTTTGAAGAAGCCTTTCAAAAAGCTTTAAGGATGGTTGACGAAAACGTCAAYGGTTTTGACCCTTATTTAAAAAAAGTTAATGAAWCTGAAYTAAAAGAACCGACAGATAAGCGAATGTTTGTCTTAGCAGCTGCGCTTAAAAATGGTTATACTATCGAAAAACTATACGAAYTGACTAAAATTGATCGTTGGTTTCTTGAAAAACTTAAAAACATTACCAATTATTACAAAATACTTGAATCCATTAGTTCTGGCTCAATTTCATTTCATATCCTAAGAAGTGCAAAACAAATTGGRTTTTCGGATAAACAAATTGCTGCCGCAATTAAAAGTACTGAATTAGTCGTAAGAAAATTGCGAGAAGAATACAAAATAACTCCATTTGTGAAACAAATT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Pierella_chalybaea_PM14_20 TAGCTTGGATTATTGTGTGGTTAAAATACCGAGATGGGACTTAGCGAAATTTAACCGAGTAAGTACAAAAATTGGAAGTTCTATGAAAAGTGTAGGTGAAGTAATGGCTATTGGCAGAAATTTTGAAGAAGCCTTTCAAAAAGCTTTAAGGATGGTTGACGAAAACGTTAATGGTTTTGACCCGTATTTAAAAAAAGTTAATGAAACTGAACTAAAAGAACCAACAGATAAGCGAATGTTTGTCTTAGCAGCTGCGCTTAAAAATGGTTTTTCTATCGAAAAACTATACGAACTGACTAAAATTGATCGTTGGTTTCTTGAAAAACTTAAAAATATTACCGATTATTATAAAATACTTGAATCCATTAGTTCTGGCTTAATTTCATTTGATATCCTAAAAAGTGCAAAACAAATTGGATTTTCTGATAAACAAATCGCTGCCGCTATTAAAAGTACTGAATTaGTCGt?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Cithaerias_andromeda_PM14_21 TAGCTTAGATTATTGTGTTGTTAAAATGCCTAGATGGGACATGGCGAAATTTAACAGAGTTAGTACAAAAATTGGAAGTTCTATGAAAAGTGTGGGAGAAGTAATGGCTATTGGTCGAAATTTTGAAGAAGCATTTCAAAAAGCTTTAAGAATGGTTGACGAAAACGTCAATGGTTTTGATCCGTATTTAAAAAAGGTTAATGAAAACGATCTAAAAGAACCAACAGATAAGAGGATGTTTGTCTTGGCAGCGGCGCTTATAAATAATTATACTACCGAAAAACTATATGAATTGACTAAAATTGATCGTTGGTTTCTTGAAAAATTTAAAAACATTACTGATTATTATAAAATACTTGAATCAATTAGTTCTGGTTCCATTTCATTTCATATCCTGAAAAGCGCAAAACAAATTGGGTTCTCGGATAAACAAATTGCTGCTGCAATTAAAAGTACAGAGTTGGTCGTAAGAAAGTTGCGAGAAGAATACAACATTACTCCGTTTGTAAAACAAATCGATACTGTGGCGGCAGAATGGCCAGCATCTACAAACTATCTTTACCTTACTTATAATGGCAGTACACACGATATAGATTTTCCAGGTGAATTTGTTATGGTTCTGGGATCAGGTGTGTATCGAATTGGTAGTTCCGTAGAGTTCGATTGGTGTGCTGTTGGATGCCTTCGAGAATTGAAAAATCAAGGCAAAAAGACCATTATGGTTAATTACAACCCTGAAACAGTTAGTACAGATTACGATATGAGTAACAGACTGTACTTTGAGGAAATTTCTTTCGAAGTAGTTATGGATATTTACAAAATTGAACAACCCGATGGCGTGATATTATGT ; END; begin mrbayes; charset Subset1 = 1 -850 \ 3; charset Subset2 = 2 -850 \ 3 4258 -4873 \ 3 2327 -3565 \ 3 3567 -4256 \ 3; charset Subset3 = 2328 -3565 \ 3 853 -2325 \ 3 3 -850 \ 3 4259 -4873 \ 3 3568 -4256 \ 3; charset Subset4 = 851 -2325 \ 3; charset Subset5 = 852 -2325 \ 3; charset Subset6 = 2326 -3565 \ 3 4257 -4873 \ 3 3566 -4256 \ 3; charset Subset7 = 4874 -5285; taxset others = 1 -16; taxset ingroup = 17 -79; constraint backbone hard = others; partition PartitionFinder = 7 : Subset1 , Subset2 , Subset3 , Subset4 , Subset5 , Subset6 , Subset7; set partition = PartitionFinder; set autoclose = yes; prset applyto = ( all ) ratepr = variable brlensp = unconstrained : Exp ( 100.0 ) shapepr = exp ( 1.0 ) tratiopr = beta ( 2.0 , 1.0 ); prset topologypr = constraints ( backbone ); lset applyto = ( all ) nst = mixed rates = gamma; unlink statefreq = ( all ); unlink shape = ( all ) revmat = ( all ) tratio = ( all ); mcmc ngen = 10000000 printfreq = 1000 samplefreq = 1000 nchains = 4 nruns = 2 savebrlens = yes; sump relburnin = yes burninfrac = 0.25; sumt relburnin = yes burninfrac = 0.25 contype = halfcompat; END; BEGIN TREES; Title Haeterini_Consensus_MrBayes_CAD; LINK Taxa = Taxa2; TRANSLATE [0] 1 Morpho_helenor_NW66_5, [1] 2 Oressinoma_sorata_CP06_89, [2] 3 Bicyclus_anynana_EW10_5, [3] 4 Pararge_aegeria_EW1_1, [4] 5 Erebia_oeme_EW24_7, [5] 6 Taygetis_virgilia_NW108_3, [6] 7 Lethe_minerva_NW121_17, [7] 8 Elymnias_casiphone_NW121_20, [8] 9 Satyrus_actaea_NW162_21, [9] 10 Melanitis_leda_NW66_6, [10] 11 Calisto_smintheus_PM07_05, [11] 12 Cithaerias_aurora_CP01_52, [12] 13 Pierella_hortona_CP01_69, [13] 14 Haetera_piera_CP01_84, [14] 15 Pierella_hyceta_CP02_85, [15] 16 Pierella_hyceta_CP03_60, [16] 17 Pierella_hyceta_CP04_47, [17] 18 Pierella_hortona_CP05_34, [18] 19 Pierella_nereis_CP14_08, [19] 20 Haetera_piera_LEP_04409, [20] 21 Pierella_lucia_LEP_04613, [21] 22 Pierella_lena_LEP_08908, [22] 23 Pierella_lena_LEP_08911, [23] 24 Pierella_lena_LEP_08912, [24] 25 Haetera_piera_LEP_08916, [25] 26 Cithaerias_cliftoni_LEP_08919, [26] 27 Pseudohaetera_hypaesia_LEP_08924, [27] 28 Pierella_hyceta_LEP_08925, [28] 29 Pierella_hortona_LEP_08928, [29] 30 Pierella_chalybaea_LEP_08934, [30] 31 Pierella_lucia_LEP_08935, [31] 32 Pierella_luna_LEP_09797, [32] 33 Pierella_luna_LEP_09921, [33] 34 Cithaerias_pireta_LEP_09925, [34] 35 Cithaerias_pireta_LEP_09926, [35] 36 Cithaerias_cliftoni_LEP_10406, [36] 37 Pierella_chalybaea_PM14_11, [37] 38 Pierella_lena_PM14_19, [38] 39 Pierella_chalybaea_PM14_20, [39] 40 Cithaerias_andromeda_PM14_21; TREE con_50_majrule = (1:0.1106723,10:0.1085448,(2:0.09200781,((3:0.09886753,4:0.04460247):0.01047055,7:0.06884708):0.006958009,(5:0.05836062,((6:0.05908242,11:0.09704501):0.01389089,9:0.05800289):0.01551451):0.01189417):0.04255708,(8:0.1279486,(((((12:0.002921655,26:0.001226656,36:0.003200831):0.002890772,(34:0.001317633,35:0.001188228):0.002959021,40:0.002078971):0.01639118,(14:0.001468826,20:0.001418556,25:0.00254901):0.02904901):0.009195793,27:0.01887881):0.03959304,(((((13:0.003312351,29:0.003762937):0.002020111,18:0.01179233):0.008108428,(22:0.002729294,23:0.001695007,24:0.001038005,38:0.001056935):0.009659009):0.001499914,(((((15:0.0007117717,17:0.0007060919):0.001294937,30:0.003162079,37:0.005629423,39:0.002789689):0.001703543,16:0.003915089):0.001727288,(28:0.004010148,32:0.001262838,33:0.000753471):0.004030845):0.0133713,19:0.01014666):0.003167527):0.004483989,(21:0.001176702,31:0.003186581):0.01546425):0.03449425):0.01923826):0.02116871); END;