NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  21:15:07]
[Matrix accession#: M2936]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2936;
	DIMENSIONS  NTAX=36;
	TAXLABELS
		Acorus_calamus	Adiantum_capillus_veneris	Amborella_trichopoda	Anthoceros_formosae	Arabidopsis_thaliana	Atropa_belladonna	Calycanthus_floridus	Chaetosphaeridium_globosum	Chara_vulgaris	Cucumis_sativus	Eucalyptus_globulus	Gossypium_hirsutum	Helianthus_annuus	Huperzia_lucidula	Lactuca_sativa	Lotus_japonicus	Marchantia_polymorpha	Mesostigma_viride	Nephroselmis_olivacea	Nicotiana_tabacum	Nymphaea_alba	Oenothera_elata	Oryza_sativa_japonica	Panax_ginseng	Phalaenopsis_aphrodite	Physcomitrella_patens	Pinus_koraiensis	Pinus_thunbergii	Psilotum_nudum	Selaginella_uncinata	Spinacia_oleracea	Staurastrum_punctulatum	Triticum_aestivum	Vitis_vinifera	Zea_mays	Zygnema_circumcarinatum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2936;
	DIMENSIONS NCHAR=10000;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Acorus_calamus                   AGGTAGTGACTAATTTCCAGGAGCGAGGGGCGATGGAATACACTATTGTGGTAGCCGAAACGGCGGATTCCCCCGCTACATTACAATACCTGGCTCCTTATACAGGAGCGGCTTTGGCTGAATATTTTATGTACCGTGAACGACATACTTCAATAATTTATGATGATCTCTCCAAACAAGCGCAAGCTTATCGCCAAATGTCTCTTCTATTAAGAAGACCGCCCGGACGTGAAGCTTACCCAGGAGATGTTTTTTATTTGCATTCCCGCCTTTTGGAAAGAGCCGCTAAATCAAGTTCTCGTTTAGGTGAAGGAAGTATGACTGCTTTACCAATAGTTGAAACTCAATCTGGGGATGTTTCGGCTTATATTCCTACTAATGTAATTTCCATTACAGATGGGCAAATATTCTTATCCGCCGATTTATTCAATGCCGGAATACGACCTGCTATTAATGTGGGTATTTCTGTCTCCAGAGTAGGATCCGCAGCTCAAATTAAAGCCATGAAACAAGTAGCTGGCAAATCAAAATTGGAACTAGCTCAATTCGCGGAGTTAGAAGCTTTTGCACAATTCGCTTCTGATCTCGATAAAGCTACTCAGAATCAATTGGCAAGAGGTAAACGATTGCGCGAGTTACTTAAACAATCCCAATCAGAACCTCTCGCGGTGGACGAACAAGTGGTTACTATTTATACCGGAACGAATGGATATCTTGATACGTTAGAAATTGGGCAGGTAAAGGAATTTCTCGTTAAGTTACGTACCTACTTAAAAAAGAATAAACCTCAGTTTCAAGAAATCATATCTTCTACCAAGACCTTTACCGAGGAAGCAGAAGCTCTTTTGAAGGAAGCTATGTCACATTCAGTAAAGATTTATGATACATGTATAGGGTGTACTCAATGTGTACGAGCCTGTCCTACAGATGTATTGGAAATGATACCCTGGGACGGATGTAAAGCTAAGCAAATTGCTTCTGCGCCAAGAACAGAGGACTGTGTAGGTTGTAAGAGATGCGAATCCGCCTGTCCAACAGACTTCTTGAGTGTCCGGGTTTATTTAGGGAATGAGACAACTCGCAGCATGGGTCTACCTTATTGAAAATATGCAGTATTTACCGAAAAAAGTATTCGGTTATTGGGGAACAATCAATATACTTCTAATGTCGAATCAGGATCAACTAGGACAGAAATAAAGCATTGGGTCGAACTCTTCTTTGGCGTCAAGGTAATAGCTATGAATAGTCATCGACGTATGATCATTACGCTTCAACCGGGTTATTCTATTCCAATGGGACAAAAAATAAATCCACTTGGTTTCAGACTTGGTGCAACCCATCTTTCCCTTTGGTTCTATTCTATGGGTTTACAGGAAGATGAAAAAATACGGGAGTGTATCAAGAATTATATTAAAAAAAGAATCGATCTGATCCAGGTCATAATCTATCCTTATGGGCAACCCAATATTCTTGCTGAATATATAGCTTTACAACTAAAAAATAGAGTTTCGTTTCGAAAAGCAATGAAAAAAGCTATTGAATTGAAAGGA---ATTCAAATTCAAATCGCAGGACGTATCGATGGAAAAGAAATTGCACGTGTCGAATGGATAAGAGAAGGTAGGGTTCCCCTACAAACCATTCGAGCTAAAATTGATCATTGTTTCCATAAAGTTCAAACTATCTATGGGGTATTAGGCATAAAAATTTGGATACTTAGTCCCAAAAGAACCAGATTCCGTAAACAACATAGAGGAAGAATGAAGGGAATGTCTTATCGAGGCAGTCATATTTGTTTCGGAAGATACGCTCTTCAGGCACTTGAACCATCTTGGATCACATCTAGACAAATAGAAGCGGGGCGAAGGGCAATGACACGATATGCACGTCGTGGTGGAAAAATCTGGGTACGTATATTTCCGGACAAACCCGTTACAATAAGACCCGCGGAAACACGTATGGGTTCGGGGAAGGGATCCCCCGAATACTGGGTATCCGTTGTTAAACCGGGTCGAATACTTTATGAGATGGGTGGAGTATCAGAAACTGTAGCCAGAGCCGCTATTGAAATAGCCGCGTCCAAAATGCCTATGATTCAACCTCAGACCCTTTTAAATGTAGCGGATAACAGCGGGGCTCGAGAATTGATGTGTATTCGAATCATAGGATATGCTCATATTGGTGACGTTATTGTTGCTGTAATCAAAGAAGCAGTACCCAATATGTCTCTAGAAAGATCAGAAGTGGTCAGAGCTGTAATTGTACGTACATGTAAAGAACTCAAACGTGACAACGGTATGATAATACGATATGATGACAATGCAGCAGTTGTCATTGATCAAGAAGGGAATCCAAAAGGAACTCGAGTTTTTGGTGCGATCGCTCGGGAATTGAGACATTTGAATTTCACTAAAATAGTTTCCCTAGCTCCTGAGGTATTATAAATGGGTAAGGACACTATTGCCGATATAATAACTTCTATAAGAAATGCTCAAATGGCTAAAAAAGGGACAGTTCGAATAGCATCTACGAATCTTACCGAAAACGTTGTTAAAATACTTCTGCGAGAAGGTTTTATTGAAAACGTTAGAAAACATCGGGAACGTATCAGCCGACCTGGTTTACGAATCTATTCCAACTATCAAGGAATTCCCAAGATTTTAGGCGGAATAGGAATTGTAATTGTTTCTACTTCTAGAGGTATAATGACAGATCGGGAGGCTCGACTACAGGGAATTGGAGGAGAAATGTTATGTTATATATGTTGAGGAATTATTCATGTTCAGGCAAGTTTCAACAATACCATTGTGACTGTTACAGATGTTCGGGGTCGAGTAGTTTCTTGGTCCTCCGCCGGTACTTGTGGATTCAAAGGCACAAGAAGAGGGACGCCGTTTGCGGCTCAAACCGCAGCGGGAAATGCTATTCGTGGTATGCAACGAGCAGAAGTCATGATAAAAGGTCCTGGGCTCGGAAGAGACGCAGCATTACGAGCCATTCGTAGAAGCGGCATATTATTAAATTTCGTACGTGACGTGACCCCTATGCCACATAATGGATGTAGACCTCCTAAAAAAAGACGTGTGTAGCCTGACTTGAATGATCCTGTATTAAGAGCTAAGTTGGCTAAAGGGATGGGACATAATTATTATGGAGAACCCGCGTGGCCCAACGACCTTTTATATATCTTTCCAGTAGTAATTTTAGGTACTATTGCGTGTAATGTGGGCCTGGCGATTCTAGAACCATCAATGATTGGTGAACCCGCGGATCCATTTGCAACTCCTTTGGAAATATTACCCGAATGGTACTTTTTTCCCGTATTTCAAATACTCCGTACAGTTCCC------------------------AATAAGTTACTGGGTGTTCTTTTAATGGCTTCAGTACCGCTGGGATTATTTACAGTACCCTTTTTGGAGAATGTTAATAAATTCCAAAATCCCTTTCGTCGTCCAGTAGCTACAACAGTCTTTTTGATCGGTACTGCAGTAGCCCTTTGGTTAGGTATTGGAGCCACATTACCTATTGATAAATCCCTAACTTTAGGTCTTGGGGATTTATTGAAACCATTGAATTCAGAATATGGTAAAGTAGCCCCGGGATGGGGAACTACTCCTTTTATGGGAGTCGCAATGGCCCTATTTGCGATATTCCTATGTATTATTTTGGAGATTTATAATTCTTCCGTTTTACTGGATGGAGAAACAGCAACCTTAGTCATATCTGGTTTACTTGTAAGCTTTACTGGGTATGCCTTATATACCGCTTTTGGGCAACCC---TCTCAACAACTAAGAGATCCATTCGAGGAACACGGAGACTAGATGGGTTTGCCTTGGTATCGTGTTCATACCGTCGTATTGAATGATCCCGGTCGGTTGCTTTCTGTCCACATAATGCATACAGCTCTAGTTGCTGGTTGGGCCGGGTCAATGGCTCTATACGAATTAGCGGTTTTTGATCCCTCTGACCCCGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCCTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCGTGGGGTGGTTGGAGTATCACAGGAGGAACTATAACGAATCCGGGTATTTGGAGTTACGAAGGTGTGGCAGGGGCACATATTGTGTTTTCTGGCTTGTGCTTTTTAGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGACTTAGAAATATTCTGTGATGAACGTACGGGAAAACCCTCTTTGGATTTGCCCAAGATCTTTGGAATTCATTTATTTCTCTCAGGAGTGGCTTGCTTTGGCTTTGGCGCATTTCATGTAACAGGCTTGTATGGTCCTGGAATATGGGTGTCTGATCCTTATGGACTAACCGGAAAAGTACAACCCGTAAATCCAGCTTGGGGCGCGGAAGGTTTTGATCCTTTTGTTCCGGGCGGAATAGCCTCTCATCATATTGCAGCGGGGACTTTGGGCATACTGGCAGGCCTATTCCACCTTAGTGTCCGTCCACCCCAGCGTCTATACAAAGGATTACGTATGGGCAATATTGAAACTGTACTTTCGAGTAGTATCGCTGCTGTGTTTTTTGCAGCTTTCGTAGTTGCGGGAACTATGTGGTATGGTTCAGCAACTACCCCCATCGAATTATTTGGTCCGACGCGTTACCAGTGGGATCAAGGATACTTCCAGCAAGAAATATATCGAAGAGTTGGTGCTGGACTAGCCGAAAATCTGAGTTTATCGGAAGCTTGGTCTAAAATTCCTGAAAAATTAGCTTTTTATGATTACATCGGTAATAATCCGGCAAAAGGTGGATTATTTAGAGCAGGCTCAATGGACAACGGAGATGGAATAGCCGTTGGATGGTTAGGACACCCCGTCTTTCGAGATAAGGAAGGGCGTGAACTTTTTGTACGCCGTATGCCTACTTTTTTTGAAACATTTCCGGTAGTTTTGGTAGATGGAGACGGAATTGTGCGAGCCGATGTTCCTTTTCGAAGG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		Adiantum_capillus_veneris        AAGTAGTTGACACCTTTCGGGAACGTGGCGCCCTGGAATACACCATCGTAGTCTCGGAAACTGCAAACTCTCCAGCCACTTTGCAATACCTCGCGCCTTACACAGGGGCAGCTCTAGCCGAATACTTCATGTATCGCAAACAGCATACTTTGATTATCTACGACGATCTCTCTAAACAAGCTCAAGCTTATCGACAGATGTCTTTATTATTGAAACGCCCGCCCGGGCGAGAAGCGTATCCGGGAGATGTTTTTCACTTACATTCCCGCCTCTTGGAGAGGGCCGCTAAATTGAGTACCCAATTAGGGGAGGGCAGTATGACAGCTTTACCCATCGTTGAGACACAGGCAGGAGATGTCTCGGCTTACATTCCTACCAATGTTATTTCTATTACCGATGGATAAACATTTCTATCAGCAGATTTATTTAACGCCGGGATTCGACCGGCAATTAATGTGGGTATCTCTGTATCTAGGGTAGGCTCTGCAGCTCAAATTAAAGCAATGAAACAAGTAGCCGGTAAATTGAAATTGGAATTGGCACAATCTGCAGAATTGGAGGCTTTCGCGCAATTTGCTTCCGATCTCGATAAAACTACTCAAAATCAATTAGCTAGAGGACAACGCTTGCGCGAGCTTCTCAAACAATCTCAGTCAGCCCCATTAGCGGTGGAAGAACAAGTAGCTACCATTTACACCGGAGTTAACGGATATTTAGATGTTTTAGATGTTGAACAAGTAAAACGGTTCCTGGTTCAGCTACGGGAATATGTAGCAACGAGTAAACCTAGTTTTGGGGAAATTATTCGTTCTACAAAGGTGTTTACGGAACAAGCGGAAGCCCTTTTGAAAGAAGCAATGGCACATTCAGTGAAAATCTATGATACATGTATTGGTTGTACCCAGTGTGTAAGAGCATGCCCTACAGATGTGCTAGAAATGATACCGTGGGATGGATGCAAGGCAAATCAAATAGCTTCTGCTCCCAGAACAGAAGATTGTGTGGGATGTAAGAGATGTGAATCTGCCTGTCCAACAGATTTTCTGAGTGTACGTGTCTACTTGGGGGCTGAAACTACCCGTAGTATGGGTCTAGCTTATTAAAAAAATCAAGTAATTACTGGAAAGTCTATTCGTTTATTGCAACAGAATCAATATACTTTCCAAGTGGATTTGAAACTAACTAAAACTGGAATGAAAGATTGGATCGAACGATTTTTTGACGTCAAGGTGGAAGGTACAAATAGTAGTCGAAAGATGATTGTAAGACTAAAAAAGAATTATTTCATTCCAATGGGACGAAAGATTCATCCACTTGGTTTTCGACTCGGTGTAAGTCATTATTCTTATCGGTTCTATCCAAAGTTTCTTGAAGAGGATAGAAAGATACGCAATCTCGTCGAAAAATATATCCAGCGAAAAACAGATCTTATTCAAATTAATATATATCCCTATGGAGAACCGAAGATTTTGGCAGAACATGTTGCCTCACAACTAAAAAATAGAGTACCTTTCCGACGAACTATGAAAAAAACCATTGAAATGGGGGGC---ATCAAGATACAAATAGCCGGACGTTTGAATGGTAGTGAAATGGCTCGCGTAGAATGGGCTAGAGAAGGTAGAGTTCCCCTACAAACGGTTGAAGCCAACATAAGTTACTGCTATCACCCGGCTCAGACAATTTATGGAGTTTTGGGTATAAAGACCTGGGTACAGAACCCCAGACGAACTAAATACCGTAAGCAACATAGGGGAAGATTGAGGGGAATATCCAGTCGCGGCAACGTAGTTTCATTTGGAAAATATGCTCTTCAAGCCCTTGAACCTGCTTGGATTACGGCTAGACAGATAGAAGCTGGTAGAAGGGCAATAACCCGCCATGCCCGTCGGGGTGGGAAACTTTGGATACGTATCTTTCCGGACAAACCGATCACTATGAGACCGGCCGAAACGCGTATGGGGTCAGGTAAAGGATCTCCAGAATATTGGGTATCCGTAATCAAACCCGGTCGAATAATTTATGAATTAGGTGGGGTGTCAAAAGAAGTAGCTGAGGCTGCTATGTTGATAGCCGCGCACAAGATGCCTATGATTCAAATTCAAAGTTATTTAGATGTAGCAGATAATAGCGGAGCTCGCAAGTTGATGTGTATTCGGGTACTAGGATACGCAGATATAGGTGATATTATTATCGCCGTAGTCAAGGAAGCCGTACCCAACATGTTTTTGAAAAGATCGGAAGTGGTTAGGGCAGTGGTAGTATGCACTCGTAGGGGGTTGAAGCGACGCAATGGAATGGTCCTTGAGTTCGACGACAACGCAGCCGTCATTATCAACCAGGAAGGAAATCCTAGAGGAACTAGGATTTTTGGTCCAGTAGCAAGGGAATTGAGGGAATGTAATTTTGCCAGAGTAGTCTCGTTAGCTCCCGAAGTGTTGTGAACGAATAATGATGCCATCTCTACCACAGTTACTTCAATCAGAAATGCGAATACGAAAAGAAAAGCTATGACTAGGATACCAGTTACTAAAATGACTAGAGGTATCGTGCAAATCTTACTGGAAGAAGGTTTTTTAAAAAGCGTCACGGAACACACAGAGTACATTAGCAAACCCGGTCTCAGAATCTATTGCGATCATATAAGAATCCCTAAGATCTTAGGGGGCATGGGAATTGCAATTTTATCAACGTCTTATGGACTCATTACAGATCGGGAAGCTAGGCGAAGAAAAACTGGGGGGGAAATTCTACGCCATATTTGGTAAGGAGTCATTCATATACAGGCGAGTTTCAATAACACTATCATTACCGTCACAGACGTCCGGGGACAGGTAATTATTTGGTCTTCCGCCGGTGCCTGTGGATTTAAGGGAACACGCAAAAGCACGCCATTTGCTGCGCAAGCTGCGGCTGAGAATGCAATTAAAGGTATGAAACAAGCAGAAGTTATGATGAGCGGGCCCGGACCGGGGAGAGATACCGCTTTGCGAGCTATTCGCAGAAGCGGCATAATCCTCAGTTTCATACGTGACGTGACTCCTATGCCGTATAATGGTTGTAGACCCCCCAGAAAGAGACGCGTCTAACCTGACTTGAACGATCCTGTTTTGCGGGCAAAATTAGCTAAAGGCATGGGACATAATTACTATGGAGAACCTGCTTGGCCAAATGATCTTTCATATATATTTCCTGTAGTAATCTTAGGGACTGTTGCGTGTACTGTGGGGCTGGCTGTTTTGGAACCATCAATGGTTGGTGAACCGGCAAATCCATTTGCAACTCCTTTGGAAATATTACCTGAGTGGTATTTTTTTCCCGTATTTCAAATACTTCGTACCGTACCA------------------------AATAAATTACTAGGTGTTCTCCCGATGGCGTCGGTGCCTGCAGGTTTATTGACCGTTCCTTTTCTTGAAAATGTTAATAAATTCCAAAATCCGTTTCGACGCCCAGTAGCCACAACAGTCTTTGCAATTGGCACCGTGGCCGCCATCTGGTCAGGCATCGGAGCAACTTTACCCATAGAGGGATCTCTAACTTTGGGTCTAGGGATGGTTTTGAAACCGCTCAATTCGGAATATGGGAAAGTTGCTCCTGGTTGGGGAACTACTCCCTTGATGGGATTTTTCATGGCTCTATTCGCCATATTTCTAGTTACTATTTTGGAAATTTATAACTCCTCCGTCTTGTTGGACGGTGAAACCGCAACTTTGGTCTTATCCCGTTCACTTGTTAGCTTTACCGGTTACGCCTTATATACCGCTTTTGGTAAACCG---TCCAAAGAACTAAGAGATCCTTTCGAAGAACATGAAGATTAAACGGGTTTGCCTTGGTATCGCGTTCACACCGTCGTATTAAACGACCCCGGTCGTCTAATTTCCGTACATCTGATGCATACAGCTTTGGTCTCCGGCTGGGCGGGCTCGATGGCTTCATATGAATTAGCGGTTTTTGATCCATCTGACCCCGTTCTCGATCCAATGTGGAGGCAGGGTATGTTTGTCATTCCCTTTATGACTCGCATTGGGGTATCAAAATCTTGGGGGGGTTGGATTATCACAGGAGATACCTCAACAGACGCGGGTATCTGGAGTTACGAAGGCGTAGCCGCAGCTCATATCATACTATCTGGCTTGCTGTTTCTAGCTGCTATATGGCACTGGGTATATTGGGACCTGGATCTATTTCGTGACGATCGTACGGGAAAACCATCCCTGGATTTACCTAAGATATTTGGAATTCACCTATTTCTTTCAGGAGTACTTTGTTTTTCATTTGGGGCGTTTCACGTAACTGGTTTATTTGGTCCCGGCATTTGGATCTCAGATCCATACGGATTAACTGGAAAAGTGGAACCCGTAGACCCGGCTTGGGGGGCTGAGGGCTTCGATCCATTCATTCCAGGCGGAATAGCGTCGCATCATATAGCAGCAGGAGTGTTAGGTATACTCGCCGGATTGTTCCATCTAAGTGTCCGCCCTCCCCAGAGGTTGTACAAAGCTTTACGCATGGGAAACGTTGAAACCGTATTATCTAGCAGTATTGCCGCCGTCTTTTTTGCCGCCTTCGTAGTTTCTGGAACCATGTGGTACGGATCCGCCGCCACTCCGATTGAATTGTTTGGCCCTACCCGCTACCAATGGGATCAAGGATATTTTCAACAAGAGATAGAAAGACGAATACGATTAGGCGAAGCTGAAAATCTCAGCTTATCCCAAGTTTGGTCAAAGATTCCGGAAAAATTGGCTTTTTATGATTACATTGGCAACAATCCTGCGAAGGGTGGATTGTTTAGGGCGGGTGCAATGGACAACGGAGATGGCATAGCTGTCGGTTGGTTAGGTCATGCCCTTTTCAAGGATAGGGAAGGACGTGAGCTGTTTGTACGCCGTATGCCAACCTTCTTTGAAACATTTCCGGTCGTCTTGGTAGATGGAGAAGGTGTCGTAAGAGCTGATGTACCATTCAGACGA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		Amborella_trichopoda             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		Anthoceros_formosae              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		Arabidopsis_thaliana             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		Atropa_belladonna                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		Calycanthus_floridus             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		Chaetosphaeridium_globosum       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		Cucumis_sativus                  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		Eucalyptus_globulus              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		Gossypium_hirsutum               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		Helianthus_annuus                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		Huperzia_lucidula                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		Lactuca_sativa                   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		Lotus_japonicus                  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		Marchantia_polymorpha            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		Nephroselmis_olivacea            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		Nicotiana_tabacum                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		Oryza_sativa_japonica            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		Panax_ginseng                    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		Phalaenopsis_aphrodite           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		Physcomitrella_patens            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		Pinus_koraiensis                 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
		Pinus_thunbergii                 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		Psilotum_nudum                   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
		Selaginella_uncinata             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		Staurastrum_punctulatum          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		Triticum_aestivum                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		Vitis_vinifera                   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		Zygnema_circumcarinatum          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
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 10000 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;