#NEXUS BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=191; TAXLABELS Allenopithecus_nigroviridis_ANI_1 Alouatta_belzebul_ABE_1 Alouatta_caraya_ACA_3 Alouatta_palliata_APL_1 Alouatta_sara_ASA_1 Aotus_azarae_AZA_1 Aotus_azarae_boliviensis_AZB_1 Aotus_azarae_infulatus_AZI_1 Aotus_lemurinus_griseimembra_ALM_1 Aotus_nancymaae_ANA_1 Aotus_trivirgatus_ATR_1 Arctocebus_calabarensis_ACL_1 Ateles_belzebuth_ABZ_1 Ateles_chamek_ACM_1 Ateles_fusciceps_AFC_7 Ateles_geoffroyi_AGO_2 Ateles_hybridus_AHY_1 Ateles_paniscus_APC_1 Avahi_laniger_ALN_1 Brachyteles_arachnoides_BAR_1 Brachyteles_hypoxanthus_BHY_1 Cacajao_calvus_CCL_1 Cacajao_melanocephalus_CAM_1 Callicebus_brunneus_CBS_1 Callicebus_caligatus_CCG_1 Callicebus_coimbrai_CCO_1 Callicebus_cupreus_CCU_2 Callicebus_donacophilus_CDO_1 Callicebus_moloch_CMH_1 Callicebus_nigrifrons_CNI_1 Callicebus_personatus_CLP_1 Callimico_goeldii_CGO_1 Callithrix_aurita_CAI_1 Callithrix_geoffroyi_CGE_4 Callithrix_jacchus_CJA_1 Callithrix_kuhlii_CKU_1 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Cercopithecus_albogularis_kolbi_CAB_1 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Chlorocebus_aethiops_CAE_8 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Chlorocebus_cynosuros_CAE_4 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Daubentonia_madagascariensis_DMD_5 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Mandrillus_leucophaeus_MLE_2 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Microcebus_murinus_subspecies1_CMI_3 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Alouatta_caraya_ACA_3, 4 Alouatta_palliata_APL_1, 5 Alouatta_sara_ASA_1, 6 Aotus_azarae_AZA_1, 7 Aotus_azarae_boliviensis_AZB_1, 8 Aotus_azarae_infulatus_AZI_1, 9 Aotus_lemurinus_griseimembra_ALM_1, 10 Aotus_nancymaae_ANA_1, 11 Aotus_trivirgatus_ATR_1, 12 Arctocebus_calabarensis_ACL_1, 13 Ateles_belzebuth_ABZ_1, 14 Ateles_chamek_ACM_1, 15 Ateles_fusciceps_AFC_7, 16 Ateles_geoffroyi_AGO_2, 17 Ateles_hybridus_AHY_1, 18 Ateles_paniscus_APC_1, 19 Avahi_laniger_ALN_1, 20 Brachyteles_arachnoides_BAR_1, 21 Brachyteles_hypoxanthus_BHY_1, 22 Cacajao_calvus_CCL_1, 23 Cacajao_melanocephalus_CAM_1, 24 Callicebus_brunneus_CBS_1, 25 Callicebus_caligatus_CCG_1, 26 Callicebus_coimbrai_CCO_1, 27 Callicebus_cupreus_CCU_2, 28 Callicebus_donacophilus_CDO_1, 29 Callicebus_moloch_CMH_1, 30 Callicebus_nigrifrons_CNI_1, 31 Callicebus_personatus_CLP_1, 32 Callimico_goeldii_CGO_1, 33 Callithrix_aurita_CAI_1, 34 Callithrix_geoffroyi_CGE_4, 35 Callithrix_jacchus_CJA_1, 36 Callithrix_kuhlii_CKU_1, 37 Callithrix_penicillata_CPE_10, 38 Cebuella_pygmaea_CPY_5, 39 Cebus_albifrons_CEA_1, 40 Cebus_apella_CAP_13, 41 Cebus_capucinus_CCP_3, 42 Cebus_olivaceus_COV_1, 43 Cebus_robustus_CRO_1, 44 Cebus_xanthosternos_CXA_1, 45 Cercocebus_agilis_CAC_1, 46 Cercocebus_chrysogaster_CCY_1, 47 Cercocebus_torquatus_CTR_1, 48 Cercopithecus_albogularis_kolbi_CAB_1, 49 Cercopithecus_ascanius_schmidti_CAS_1, 50 Cercopithecus_cephus_CCE_1, 51 Cercopithecus_diana_CDA_3, 52 Cercopithecus_hamlyni_hamlyni_CHH_1, 53 Cercopithecus_lhoesti_CIH_1, 54 Cercopithecus_mitis_CMT_1, 55 Cercopithecus_mona_CMO_2, 56 Cercopithecus_neglectus_CNE_1, 57 Cercopithecus_petaurista_petaurista_CPP_1, 58 Cercopithecus_wolfi_wolfi_CWW_1, 59 Cheirogaleus_medius_CMD_1, 60 Chiropotes_israelita_CIS_1, 61 Chiropotes_satanas_chiropotes_CSA_2, 62 Chlorocebus_aethiops_CAE_8, 63 Chlorocebus_cynosuros_CAE_4, 64 Chlorocebus_sabaeus_CSB_1, 65 Colobus_angolensis_palliatus_CAN_1, 66 Colobus_guereza_CGU_7, 67 Colobus_polykomos_CPO_2, 68 Cynocephalus_volans_CVO_1, 69 Daubentonia_madagascariensis_DMD_5, 70 Erythrocebus_patas_EPA_9, 71 Eulemur_albifrons_EFL_7, 72 Eulemur_collaris_EFL_15, 73 Eulemur_coronatus_ECR_2, 74 Eulemur_fulvus_EFL_4, 75 Eulemur_macaco_EMC_1, 76 Eulemur_macaco_flavifrons_EMC_5, 77 Eulemur_mongoz_EMO_1, 78 Eulemur_rubriventer_ERB_4, 79 Eulemur_rufus_ERF_1, 80 Eulemur_sanfordi_EFL_16, 81 Galago_moholi_GMO_4, 82 Galago_senegalensis_GSE_1, 83 Galago_thomasi_GTH_1, 84 Galeopterus_variegatus_CVA_5, 85 Gorilla_gorilla_GGO_9, 86 Hapalemur_griseus_HGR_1, 87 Hapalemur_occidentalis_HOC_1, 88 Homo_sapiens_HSA_34, 89 Hylobates_agilis_HAG_6, 90 Hylobates_lar_HLA_1, 91 Hylobates_muelleri_HMU_6, 92 Lagothrix_cana_LAC_2, 93 Lagothrix_lagotricha_LLG_1, 94 Lemur_catta_LCT_10, 95 Leontopithecus_chrysomelas_LCH_1, 96 Leontopithecus_rosalia_LRO_244, 97 Lepilemur_ankaranensis_LAN_1, 98 Lepilemur_dorsalis_LDO_1, 99 Lepilemur_jamesi_LJA_1, 100 Lepilemur_ruficaudatus_LER_1, 101 Lepilemur_septentrionalis_LSP_1, 102 Lophocebus_albigena_LAA_1, 103 Lophocebus_aterrimus_LAT_2, 104 Loris_tardigradus_LTA_2, 105 Macaca_arctoides_MAC_1, 106 Macaca_cyclopis_MCY_3, 107 Macaca_fascicularis_MFA_18, 108 Macaca_fuscata_MFS_2, 109 Macaca_maura_MCA_1, 110 Macaca_mulatta_MMA_14, 111 Macaca_nemestrina_MNE_5, 112 Macaca_nigra_MNG_3, 113 Macaca_orchreata_Moc_1, 114 Macaca_siberu_MSE_1, 115 Macaca_silenus_MSI_7, 116 Macaca_sylvanus_MSY_3, 117 Macaca_thibetana_MTH_3, 118 Macaca_tonkeana_MTO_6, 119 Mandrillus_leucophaeus_MLE_2, 120 Mandrillus_sphinx_MSP_12, 121 Mico_argentata_CAR_1, 122 Mico_humeralifer_MHU_1, 123 Microcebus_murinus_subspecies1_CMI_3, 124 Microcebus_murinus_subspecies2_MMR_2, 125 Miopithecus_ogouensis_MOG_1, 126 Mirza_zaza_MCE_1, 127 Nasalis_larvatus_NLA_2, 128 Nomascus_concolor_NCN_2, 129 Nomascus_gabriellae_NGA_2, 130 Nomascus_leucogenys_HCO_3, 131 Nomascus_siki_NSI_1, 132 Nycticebus_bengalensis_NBE_1, 133 Nycticebus_coucang_NCO_2, 134 Nycticebus_pygmaeus_NPY_1, 135 Oryctolagus_cuniculus, 136 Otolemur_crassicaudatus_OCR_1, 137 Otolemur_garnetti_GGR_2, 138 Pan_paniscus_PPN_8, 139 Pan_troglodytes_troglodytes_PTR_60, 140 Pan_troglodytes_verus_PTR_104, 141 Papio_anubis_PAN_10, 142 Papio_hamadryas_PHM_1, 143 Papio_papio_PPP_2, 144 Perodicticus_potto_PEP_2, 145 Piliocolobus_badius_PBD_1, 146 Pithecia_irrorata_PIR_1, 147 Pithecia_pithecia_PPT_1, 148 Pongo_abelii_PPY_155, 149 Pongo_pygmaeus_PPY_157, 150 Presbytis_comata_PCM_1, 151 Presbytis_melalophos_PME_2, 152 Propithecus_diadema_PDI_2, 153 Propithecus_edwardsi_PED_1, 154 Propithecus_tattersalli_PTA_1, 155 Propithecus_verreauxi_coquereli_PVC_2, 156 Propithecus_verreauxi_PVE_1, 157 Pygathrix_cinerea_PCN_2, 158 Pygathrix_nemaeus_PNE_2, 159 Pygathrix_nigripes_PNI_1, 160 Rhinopithecus_brelichi_RBR_1, 161 Saguinus_bicolor_SBI_1, 162 Saguinus_fuscicollis_SFU_6, 163 Saguinus_geoffroyi_SGE_3, 164 Saguinus_imperator_SIM_2, 165 Saguinus_labiatus_SLA_1, 166 Saguinus_martinsi_SSI_1, 167 Saguinus_midas_SMD_1, 168 Saguinus_mystax_SMY_3, 169 Saguinus_oedipus_SOE_3, 170 Saimiri_boliviensis_boliviensis_SBO_3, 171 Saimiri_oerstedii_oerstedii_SOO_1, 172 Saimiri_sciureus_SSC_7, 173 Saimiri_ustus_SAU_1, 174 Semnopithecus_entellus_entellus_SEE_1, 175 Semnopithecus_entellus_SEF_2, 176 Semnopithecus_hector_SHE_1, 177 Symphalangus_syndactylus_SSY_2, 178 Tarsius_bancanus_TBA_1, 179 Tarsius_syrichta_TSY_1, 180 Theropithecus_gelada_TGE_2, 181 Trachypithecus_auratus_TAU_1, 182 Trachypithecus_delacouri_TDE_1, 183 Trachypithecus_francoisi_TFR_1, 184 Trachypithecus_hatinhensis_THA_1, 185 Trachypithecus_obscurus_TOB_4, 186 Trachypithecus_phayrei_TPH_1, 187 Trachypithecus_vetulus_monticola_TVV_2, 188 Tupaia_glis_TGL_4, 189 Tupaia_minor_TMI_1, 190 Varecia_variegata_rubra_VVA_7, 191 Varecia_variegata_variegata_VVA_2; TREE Fig._2 = (((((((((((((((113:5.3E-4,112:0.001042):9.805E-5,(118:7.04E-4,109:3.3E-4):1.51E-4):6.92E-4,((115:8.05E-4,111:7.81E-4):6.16E-4,114:0.001079):2.96E-4):5.53E-4,((((108:8.02E-4,106:8.55E-4):3.981E-5,110:6.34E-4):3.73E-4,107:0.001104):2.49E-4,(117:7.25E-4,105:0.001083):3.73E-4):9.791E-5):3.3E-4,116:0.00224):0.001602,(((((142:4.87E-4,141:1.69E-4):1.89E-4,143:5.81E-4):0.001067,(103:1.22E-4,102:1.08E-4):0.001709):3.69E-4,180:0.001151):9.36E-4,(((46:7.343E-5,45:9.46E-4):0.001137,47:0.002282):8.31E-4,(120:3.93E-4,119:7.81E-4):0.001514):9.47E-4):6.27E-4):0.001815,(((((((((50:7.43E-4,49:0.001566):2.91E-4,(54:2.43E-4,48:5.3E-4):9.92E-4):2.43E-4,57:0.001331):6.26E-4,51:0.00216):2.14E-4,(58:6.38E-4,55:0.004754):0.001148):7.92E-5,56:0.002926):0.0,52:0.003308):4.39E-4,125:0.0034):3.41E-4,((((64:7.2E-4,62:6.87E-4):1.33E-4,63:3.35E-4):0.001601,(70:0.002481,53:0.00212):1.59E-4):0.001119,1:0.005393):2.08E-4):0.001237):0.002694,(((((((183:4.57E-4,182:2.23E-4):7.609E-5,184:2.82E-4):7.2E-4,((186:8.49E-4,185:5.01E-4):3.2E-4,181:8.01E-4):1.34E-4):7.22E-4,(((176:6.35E-4,175:1.92E-4):3.86E-4,174:4.45E-4):5.23E-4,187:0.001044):7.54E-4):0.002503,((((158:4.38E-4,157:6.04E-4):4.56E-4,159:9.72E-4):0.002296,127:0.003332):1.69E-4,160:0.003495):6.04E-4):1.81E-4,(151:6.3E-4,150:1.91E-4):0.003402):0.001437,(((67:0.001388,66:0.00151):3.87E-4,65:0.00139):0.003236,145:0.005032):0.001532):0.002841):0.010639,((((131:2.39E-4,130:2.57E-4):3.5E-4,(129:3.15E-4,128:4.9E-4):1.34E-4):0.002367,(((91:7.62E-4,89:0.00111):6.35E-4,90:0.001866):0.00439,177:0.002863):2.78E-4):0.007741,(((((140:0.001061,138:0.001337):3.441E-5,139:2.36E-4):0.002979,88:0.004048):7.55E-4,85:0.004016):0.00531,(149:4.51E-4,148:7.06E-4):0.007381):0.001397):0.005415):0.010952,((((((((((((37:3.97E-4,35:4.31E-4):2.8E-4,34:4.97E-4):0.0,36:0.001616):0.001149,33:0.003481):0.001288,((122:0.002415,121:9.89E-4):0.00213,38:0.00328):6.46E-4):0.00623,32:0.008666):0.002011,(96:2.83E-4,95:2.38E-4):0.011662):7.43E-4,(((((167:0.001796,161:0.001248):0.0,166:0.001959):0.002651,(169:4.3E-4,163:3.94E-4):0.001997):0.001019,((168:7.56E-4,165:0.001445):9.76E-4,164:0.002736):0.001963):7.31E-4,162:0.005216):0.005784):0.005787,((((8:0.001441,7:4.03E-4):0.001412,6:4.85E-4):0.002132,10:8.4E-4):0.001006,(11:0.001622,9:0.001323):0.001085):0.009489):3.34E-4,((((44:2.99E-4,43:0.001868):1.34E-4,40:0.00153):0.002392,((41:8.08E-4,39:0.002384):1.54E-4,42:7.09E-4):0.002808):0.0080,(((172:2.72E-4,171:6.13E-4):1.82E-4,173:9.92E-4):5.33E-4,170:9.6E-4):0.01286):0.002189):0.002325,((((((16:0.002297,13:0.001293):6.65E-4,15:9.13E-4):2.41E-4,17:0.002613):0.001251,(18:6.17E-4,14:7.64E-4):0.001204):0.005234,((93:5.43E-4,92:1.64E-4):0.005457,(21:0.002583,20:0.001282):0.004967):7.2E-4):0.002654,(((5:0.00198,3:0.002702):2.18E-4,2:0.00841):5.02E-4,4:0.003155):0.009513):0.004222):0.00115,(((((29:0.002157,24:0.005086):3.51E-4,27:8.83E-4):9.37E-4,(28:3.81E-4,25:0.001793):0.002205):0.003191,((31:0.001812,26:0.001617):0.001143,30:0.002583):0.002715):0.009706,(((61:7.18E-4,60:0.001637):0.004162,(23:0.002931,22:0.001652):0.002577):0.004456,(147:0.00269,146:0.002459):0.007213):0.004811):0.002682):0.019324):0.035029,(179:0.0077,178:0.005968):0.072073):0.004337,(((((((((((79:7.99E-4,72:0.001061):5.77E-4,74:8.69E-4):3.41E-4,(80:0.001021,71:4.92E-4):6.07E-4):9.62E-4,77:0.002848):3.03E-4,((76:3.84E-4,75:0.00119):0.002481,73:0.003134):3.26E-4):0.001308,78:0.004707):0.007318,((87:0.007077,86:3.95E-4):0.00478,94:0.004877):0.008493):0.002466,(191:7.88E-4,190:8.2E-4):0.01433):0.00717,((((((101:0.001124,97:9.14E-4):4.35E-4,98:0.002189):0.002928,100:0.003974):0.002034,99:0.007229):0.017441,(((124:7.31E-4,123:0.001707):0.008703,126:0.015247):0.010574,59:0.01318):0.004951):0.002656,((((156:0.002039,155:0.001055):3.56E-4,154:0.001881):0.002512,(153:0.001398,152:0.001376):0.002871):0.004912,19:0.012975):0.011285):6.32E-4):0.013094,69:0.025751):0.005051,(((((133:4.91E-4,132:7.02E-4):0.003685,134:0.012203):0.0082,104:0.014986):0.012805,(144:0.013195,12:0.018108):0.01035):0.001799,(((137:0.00828,136:0.004259):0.003829,(82:4.14E-4,81:4.3E-4):0.010819):0.002558,83:0.012207):0.014659):0.049454):0.018837):0.005721,(84:0.009108,68:0.008723):0.055247):0.005318,(189:0.009935,188:0.009331):0.083663):0.0665355,135:0.0665355)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END; BEGIN PAUP; set criterion = likelihood; Lset Base = ( 0.2901 0.2101 0.2137 ) Nst = 6 Rmat = ( 1.0492 3.9254 0.6220 1.2887 3.9254 ) Rates = gamma Shape = 0.8892 Pinvar = 0.2359; END;