#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 14:02 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wilson N., Rouse G., & Giribet G. 2010. Assessing the molluscan hypothesis Serialia (Monoplacophora + Polyplacophora) using novel molecular data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 54(1): 187-193. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S10233] BEGIN TAXA; TITLE M4943; DIMENSIONS NTAX=110; TAXLABELS Abra_nitida Acanthochitona_crinita Alcadia_dysonia Anodonta_sp Anomia_spp Antalis_entalis Antalis_pilsbryi Aperostoma_palmeri Arca_spp Architeuthis_dux Astarte_castanea Balcis_eburnea Bathymargarites_symplector Bathypolypus_arcticus Bolinus_brandaris Cadulus_subfusiformis Callistochiton_antiquus Callochiton_septemvalvis Cardita_calyculata Cellana_spp Chaetoderma_nitidulum Chaetopleura_apiculata Chamelea_striatula Chiton_olivaceus Chlamys_varia Cocculina_spp Corbicula_spp Cranchia_scabra Crepidula_fornicata Creseis_sp Cryptochiton_stelleri Cryptoplax_japonica Cyathermia_naticoides Dentalium_inaequicostatum Depressigyra_globulus Diodora_graeca Dreissena_polymorpha Entalina_tetragona Entemnotrochus_adansonianus Epimenia_cinerea Eulepetopsis_vitrea Fustiaria_rubescens Graneledone_spp Haliotis_spp Helicoradomenia_sp Heteroteuthis_hawaiiensis Histioteuthis_hoylei Idiosepius_pygmaeus Ischnochiton_comptus Laevipilina_antarctica Laevipilina_hyalina_Giribet Laevipilina_hyalina_Rouse Lepetodrilus_elevatus Lepidopleurus_cajetanus Lepidoteuthis_grimaldii Leptochiton_asellus Limaria_spp Lineus_bilineatus Littorina_littorea Loligo_pealei Lorica_volvox Loxosomella_murmanica Margaritifera_auricularia Mercenaria_mercenaria Micromelo_undatus Mopalia_muscosa Moroteuthis_knipovitchi Mya_arenaria Mytilus_galloprovincialis Nautilus_pompilius Nautilus_scrobiculatus Neotrigonia_margaritacea Nerita_funiculata Novocrania_anomala Nucula_sulcata Nuculana_minuta Ommastrephes_bartrami Onchidella_sp Ophicardelus_ornatus Ostrea_edulis Paranerilla_limicola Parvicardium_minimum Peltodoris_atromaculata Perotrochus_midas Phascolion_strombi Phaxas_pellucidus Philine_aperta Pomacea_bridgesi Pteria_spp Pulsellum_affine Raphitoma_linearis Rhabdus_rectius Rossia_palpebrosa Salinator_solida Scutopus_ventrolineatus Sepia_officinalis Sepiola_affinis Sinezona_confusa Siphonaria_pectinata Siphonodentalium_lobatum Solemya_velum Spirula_spirula Stauroteuthis_syrtensis Symbion_spp Theodoxus_fluviatilis Tonicella_lineata Truncatella_guerini Vampyroteuthis_infernalis Viviparus_georgianus Yoldia_limatula ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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. . . . . ] Abra_nitida TAACAAGG-ATTCCCCTAGT---AACGGCGAGTGAAGCGGGAA-GAGCCCAGCACCGAATCC-C------CCGGCT----CAAGGCCGGCGGGAAATGTGGTGTATAGGAAGCCGAT-TGGCACGG------------CGACGAG-CGTCC---AAGTCCTCCTGATCGTGGCCT--T---G--CCCAGAGAGGGTGTCAGGCCCGT-GAGGCGCGCC-AGTCGTCCGTGT----C-----TT-CG-AGCTT-CCTCGGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAGATGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTTG-CACGAGTCCGATAGCGG-ACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGGGAGAGTTCAACAGTACGTGAAACCGCATAGAGGTAAACGGGTGGACCCGC---AGCAGT--T-CG----GCCCGG-GGAATTCAGCC-CG--------------------------------GCGGCTACGGTACCGC----------------------------------GTTTGGCA---------------------------------------TTCAAGGGGATAC------------------------CTAG----TTACCCCGCCAGGCGTTGCG---------------TGCCGGTCGC-------------------------------------------T---GGGTGC-ACTTTCTC-CGG---GCGGAGAGCCACGACCGGCTCTCG--CGGC----GGTCAAAAGC--CCGGTG----GGAAGGTGACTCGAGCTCGGCTTGCCGTACCTCG--------------------------------------------------------------AGAG--------T-------------TACAGCCCACCGTGGTGG-----------------AC-------------------------ACGT-CG-CGGAGCCGA--------------GGA-------------------------------------------------------------------------TGCCGCAGCTTGTCT--TGGTCCCGG-------------------GCGCCCCTC-------------GTTCGT------T-CTACTTCCG-TTG---CCACTGCT-T----GCA------------GTGCGCG-GTAAC----------------------------C-----GCG-----------TGGC--------------GGGGGCGTTCGCTC-----------GGTCAACCAGGCAGGCGCAGGGTCGGTGGCGA-A-TCGGTCGGTGCTCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGA??????AGAAAGTCCACTGGTGGCAAGGCCCCAAGGAAGCAGCTGGCCACCAAGGCCGCTCG{CT}AAGAG{CT}GCACCGGCCACCGGAGGAGTTAAGAA{AG}CCTCACAGGTACAGGCCCGGTACCGTTGC{CT}CTGAGAGA{AG}ATC{AC}GGAGGTACCAGAAGAGCACCGAGCTCCTCATCAGGAAACTGCCATTCCAGCGTCTGGTCCGTGAAATCGCCCAGGA{CT}TTCAAGACCGACCTGCGATTCCAGAGCTCCGCCGTGATGGCTCTGCAGGAGGCTAGCGAGGCTTACTTGGTCGGACTCTTCGAGGACACCAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCGT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CCAAGGAGTCTAACATGTGCGCGAGTCACGGGG----------AC---TCTTAGAC----GAAACCC----AAGGGCGC-AACGAAAGTGAGG--------G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCC--TCCGG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCCGTCCCAG-GCAGGAT-------CCCGTCCGGCTCG-----------------------------------CCGGGCG------------------G--------------GCGCACTGCC----GGC--CCG--------------T-CTC-GAC-----GGCAT--TGTT--------------------------------CG-----------CGAGGCGGAG--------------CAAG---AGCGCACACGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCAGGACGAAGTCAGAGGAAACTCTGATGGAGGTCCGTAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACT----------CGGAGAGCAGTTTGATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGG--T-TTGAGTGACCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTCAGA-AGC-GCCGCT--CGCTCAAGTCGGCTCGCTCGCGGGTCTATTGGAGCGGCG-----------------------CATTGAA---TGC--------GAAGTGCCAAGT-GGGCCACTTTTG???GTAAGCAGAACT--GGCGCTGTGGGATGAACCAAACGTTCGGTTAAGGCGCCCGATGCT---GACGCTCATGAGATACCATAAAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCCTGGAAGTAGGTATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTGGAGCGTCGAGCCTATACCGAACCGTCG-CC----GC-AAT----------A----CGAGCC------CCC--------AG--GG-------------GATCCATGCGGC--------------------GACGAGTAGGAGGGTCGTCGCGGTGAGCTTGGA--AGCC-TGAGGC-----GCGAGCCTGGGTGGAGCCG-CCGCGAGTGCAGATCTT-GGTGGTAGTAGCAAATATTCAAACGAGAACTTTGAAGACTGAAGTGGAG-AAGGGTTCCATGTGAACAGCAGTTGAACATGGGTCAGTCGGCCCTAAGCGATAGGAGAACTCCGTTCTGAAAGTCGGGGGCG------------------------CAATTCACTAATCAGAG---------AAAGCACG------------------CCCCCACGCCT----------------------------------------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Acanthochitona_crinita 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Alcadia_dysonia 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Antalis_entalis 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Antalis_pilsbryi 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Bathymargarites_symplector 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Bolinus_brandaris 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Cadulus_subfusiformis 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Callistochiton_antiquus 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Callochiton_septemvalvis 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Cardita_calyculata 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Cellana_spp 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Chaetoderma_nitidulum 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Chaetopleura_apiculata 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Corbicula_spp 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Cryptoplax_japonica 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Cyathermia_naticoides 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Dentalium_inaequicostatum 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Entemnotrochus_adansonianus 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Epimenia_cinerea 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Eulepetopsis_vitrea 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Fustiaria_rubescens 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Idiosepius_pygmaeus 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Ischnochiton_comptus 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Laevipilina_hyalina_Giribet 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Laevipilina_hyalina_Rouse 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Lepidopleurus_cajetanus 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Littorina_littorea TAACAGG--ATTCCCTCAGT---AACGGCGAGTGAAGCGGGAT-CAGCCCAGCACCGAATCC-C------CCAGTC-TTTG--GCTTGGCGGGAACTGTGGTGTATGGGACGCCAACTTGTCGTCC------------GACCGGG-TGCCG---AAGTCCTCCTGATCGGGGCCT--C---T--CCCAGAGCGGGTGTCAGGCCTTT-ACTG-GTGCCTGGTCG--GTCGG----C-----TG-CG-AGCGT-CTCTCGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCTAAG-CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACTGG-CACGAGTCCGATAGCGG-ACAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGAACTTTGAAGAGAGAGTTCAACAGTACGTGAAACCGCCTAGAGGTAAACGGGTGGATCCGC---A--AAG--T-CG----GCCCGC-GGAATTCAGCTCGG--------------------------------ATGGCTG-------GC----------------------------------GCGTGCGC--------------------------------------CGGGCAAGAGATCT----------------------GAACGG----AC--TCTCCTGGTGAACGAC---GCT---------GGTCGGCCGT-------------------------------------------------GTGC-ACTTTCCG-CGG---GCAGAGCGCCACGACCGGTTCTCG---GGT----GGTCAGAAGGCGGC------GAGGAAGGT------AGGTGGGCGCTTCGGCGCCT---------------------------------------------------------------ACTG--------T-------------TATAGCCTCGCCTGA--------CCCG--------AC-------------------------CCACCTG--GGGACCGA--------------GGAGC-----------------------------------------------------------------------CGCCGT------------CGGTGTAG-------------------G----CCGC-CTCGCTTTCTTGGGATGT------T-CGACTGGCG-GAG-----ACTGG-------GCA---------ACCGTGTCTG-CCGAC----------------------------C-----GCTTCC---TGAGATGGA--------------CTGG-GGTGGGCCCGCC---------------------GGCACAGGGTCAGTGGCGA-A-TCGGTCGGCCCTCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGA??????CGTAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCTCGCAAACAGCTGGCAACCAAGGCCGCTCGCAAAAGCGCCCCTGCCACTGGAGGAGTCAAGAAACCTCACCGTTACAGGCCTGGAACTGTGGCTCTTCGTGAGATCCGTCGTTACCAGAAGAGCACCGAGCTCCTGATCCGCAAGCTGCCCTTCCAGCGTCTGGTGCGCGAAATCGCCCAGGACTTCAAGACAGACCTGCGCTTCCAGAGCTCTGCCGTCATGGCTCTGCAGGAGGCCAGCGAGGCTTACCTGGTCGGTCTCTTTGAGGACACCAACCTGTGCGCCATCCACGCCAAGCGT?????????????????????TTTGGTATATGATCTGGGCTTGTTGGTACTGCCTTAAGTCTACTTATTCGGGCTGAATTAGGTCAA---CCTGGCGC---TCTCCTGGGAGA------TGACCAGCTGTACAACGTTATCGTTACAGCCCACGCCTTTGTAATAATTTTCTTTCTTGTTATGCCTATAATAATTGGTGGGTTTGGAAATTGACTTGTCCCCTTAATATTAGGAGCACCCGATATAGCATTCCCTCGCTTAAATAACATAAGCTTTTGATTACTCCCCCCCGCCTTGTTGTTGTTAC---TATCTTCTGCTGCGGTAGAAAGTGGTGCAGGAACGGGTTGAACTGTATATCCTCCTTTATCCGGAAAT---TTAGCCCATGCCGGAGGCTCTGTGGACTTAGCCATTTTCTCTCTTCATTTGGCCGGTGTCTCATCTATTTTAGGGGCCGTAAATTTTATTACAACTATTATTAATATACGATGACGAGGGATGCAATTCGAGCGATTACCTCTTTTTGTTTGATCTGTAAAAATTACAGCCATTCTTTTACTTTTATCCCTTCCAGTTTTAGCAGGAGCCATTACAATATTGTTAACTGATCGAAATTTTAACACTGCCTTTTTCGATCCTGCTGGGGGTGGAGATCC????????????????????????????GGCTCTTT--G--------GAAAACTTACATA-AAGAGTCGGACCTGCCC-AGTG--------ATACATCTCGTATTCAACGGCCGCGGTAC-TCTGACCGTG------------CAAAGGTAGCATAATCATTTGCCCTATAATTGAGGGCT-AGTATGAAAGGTTTGACAAGGGC----AACCCTGTCTC--TGC--AGAAATCTCTG--GAATTTATTTTCTA-GGTGAAGAAACCTAGATAATATTAAAAGACAAGAAGACCCT---ATCGAGCT--------------TA----AAACTCATTTATGATATAAAGAAAGTGATATACACATTTCTTTTCATA----------------------------------------AAAAATTTTGGTTGGGG-CGA-------CTAAGGAACA-------ACTAA-----------------AGCTT---CTT--------------------------------------------TTATTTATAAAAATA------------TCTAAAT------CTAGATCCGTAC----------------TAGT----TAC---GATTAAAAGAATTAGTTACCGTAGGGATAACAGCATAATCT-TTTTTGAGAGTTCTCAT-CGAAAAAAAGGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGA---ATATCCTGACAGGT-GCAGAAGCCTTC-GAGGGTTGGTCTGCTCTACCATTAA-AATTCTACACCAAGGAGTCTAACATGCGCGCGAGTCGTTGGG----------TA--GT-----AC----GAAACCC----GAAGGCGA-AGTGAAAGCGAGG--------G------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCGTC--TCTGA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGAGCTCAG-GTGGGAT-------CCCTCTCTTCC-------------------------------------GGGAGGG------------------G--------------GCGCACCACC----GGC--CCG--------------T-CTC-GTC-----CGCGT--TGTC--------------------------------GG-----------TGAGGCGGAG--------------CATG---AGCGCGCACGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGTAGGACGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGTCCGCAGCGATTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTT-CCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCACT----------CAGAACGCAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGG--A-CGAAACGACCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGA-AGT-CCGACT--CGCTCGA---------------------TTGGAGCCGGGC----------------------CTTCGAA---TGC--------G-AGTGCCCAGT-GGGCCATTTTTG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Mercenaria_mercenaria 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Micromelo_undatus 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Mopalia_muscosa 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Moroteuthis_knipovitchi 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Mya_arenaria 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Mytilus_galloprovincialis 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Nerita_funiculata 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Ophicardelus_ornatus 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Perotrochus_midas 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Phascolion_strombi 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Phaxas_pellucidus 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Salinator_solida 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Scutopus_ventrolineatus 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Sepia_officinalis 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Sepiola_affinis 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Siphonodentalium_lobatum 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Stauroteuthis_syrtensis 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Symbion_spp 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Tonicella_lineata 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Truncatella_guerini 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Yoldia_limatula 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