#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Weimin Y., Giblin-davis R., Braasch H., Morris K., & Thomas W. 2004. Phylogenetic
relationships among Bursaphelenchus species (Nematoda: Parasitaphelenchidae) inferred
from nuclear ribosomal and mitochondrial DNA sequence. Molecular Phylogenetics
and Evolution, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1109]

BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxonLabelSet11412;
        DIMENSIONS NTAX=5;
        TAXLABELS
            Bursaphelenchus_poligraphi
            Bursaphelenchus_sexdentati_177_GR
            Bursaphelenchus_sexdentati_178_DE
            Bursaphelenchus_sexdentati_179_GR
            Bursaphelenchus_sexdentati_180_IT
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M782]

	TITLE Sexdentati_COI;
	LINK TAXA = TaxonLabelSet11412;
	DIMENSIONS NCHAR=627;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                             10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       ]
[                                              .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .       ]
Bursaphelenchus_poligraphi            GGTGGTTTTGGTAATTGGTTATTACCTTTAATATTAGGTTCACCAGATATAAGATTTCCACGTCTAAATAATTTAAGATTCTGATTATTACCTACTTCAATGATTTTATTAATTGATGCTTGTTTTGTTGATATAGGAAGTGGTACAAGATGAACTATTTATCCTCCTTTAAGAACTTTAGGTCATCCTGGGAGAAGGGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTGCATTGTGCTGGGGTAAGTTTTATTTTAGGGGGTATTAATTTTATATGTACTACAAAAAATTTACGTAGAAGTTCTATTTCTTTAGAGCATATAAGTTTATTTGTATGAACAATTTTTGTTACAGTATTTTTGCTAGTATTATCTTTACCTGTTTTAGCTGGGGCTATTACTATATTATTGACAGATCGTAATATTAATACATCTTTTTTTGATCCTAGAATAGGTGGGAATCCTTTAATTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTGTCAGGCAAAGAACTTTATTTTTAACCGGGAAAAAAGAGGTATTTGGGACTTTGGGGATGGTGTACGCAATTTTAAGTATTGGTTTAATTGGTTGT
Bursaphelenchus_sexdentati_177_GR     GGTGGTTTTGGTAATTGATTATTACCATTGATATTAGGTTCACCAGATATAAGTTTTCCACGTTTAAATAATTTAAGATTTTGACTTTTACCAACTTCTTTATTTTTACTTATTGATGCGTGTTTTGTTGATATAGGGGCTGGTACAAGATGAACAGTTTATCCTCCATTAAGTACTTTGGGGCACCCAGGGAGTAGAGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTGTGCTGGTGTAAGTTCAATTTTAGGTGGTATTAATTTTATATGTACTACAAAAAATTTACGTAGGAGTTCTATTTCTTTAGAACACATAAGTTTATTTGTATGAACAATTTTTGTTACTGTTTTTCTTTTAGTTTTATCATTACCAGTTTTAGCCGGAGCTATTACTATACTTTTAACAGATCGTAATATTAATACTTCTTTTTTTGATCCTAGAATAGGGGGTAACCCTTTAATTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTATACATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTGTAAGTCAAAGTACTTTATATTTAACTGGTAAAAAAGAAGTTTTTGGAACTTTAGGTATGGTGTACGCAATTTTAAGTATTGGTTTAATTGGTTGT
Bursaphelenchus_sexdentati_178_DE     GGTGGTTTTGGTAATTGATTATTACCATTGATATTAGGTTCACCAGATATAAGTTTTCCACGTTTAAATAATTTAAGATTTTGACTTTTACCAACTTCTTTATTTTTACTTATTGATGCATGTTTTGTTGATATAGGGGCTGGTACAAGATGAACAGTTTATCCTCCATTAAGAACTTTGGGGCACCCAGGGAGTAGAGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTGTGCTGGTGTAAGTTCAATTTTAGGTGGTATTAATTTTATATGTACTACAAAAAATTTACGTAGGAGTTCTATTTCTTTAGAACACATAAGTTTATTTGTATGAACAATTTTTGTTACTGTTTTTCTTTTAGTTTTATCATTACCAGTTTTAGCCGGGGCTATTACTATACTTTTAACAGATCGTAATATTAATACTTCTTTTTTTGATCCTAGAATAGGGGGTAATCCTTTAATTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTATATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTGTAAGTCAAAGTACTTTATATTTAACTGGTAAAAAAGAAGTTTTTGGTACTTTAGGTATGGTATATGCAATTTTAAGTATTGGTTTAATTGGTTGT
Bursaphelenchus_sexdentati_179_GR     GGTGGTTTTGGTAATTGACTTTTACCTTTAATACTTGGATCTCCTGATATAAGATTTCCACGATTAAATAATTTAAGATTTTGATTACTTCCAACTTCTTTAATATTATTGATTGATGCATGTTTTGTTGATATAGGTAGGGGTACAAGATGAACAGTTTATCCTCCTTTAAGGACTTTAGGTCATCCTGGAAGAAGAGTTGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTGTGCTGGGGTTAGTTCTATTCTAGGAGGTATTAATTTTATATGTACTACAAAAAATTTACGTAGAAGTTCTATTTCTTTAGAACATATAAGTTTATTTGTTTGAACTATTTTTGTTACTGTTTTTCTTTTAGTTTTGTCATTGCCGGTATTAGCAGGAGCTATTACTATGTTGTTAACTGATCGTAATATTAATACTTCTTTTTTTGACCCTAGAATAGGAGGGAACCCATTAATTTATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCTGAGGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTGTAAGGCAAAGTACTTTATATTTAACTGGTAAAAAAGAAGTTTTTGGTACATTAGGTATAGTATATGCAATTTTAAGAATTGGTTTAATTGGTTGT
Bursaphelenchus_sexdentati_180_IT     GGTGGTTTTGGTAATTGACTATTACCTTTAATACTTGGTTCTCCTGATATAAGGTTTCCACGTTTAAATAATTTAAGTTTTTGACTTTTACCAACTTCTTTAATATTATTTATTGATGCATGTTTTGTTGATATAGGAAGAGGTACTAGGTGAACAGTTTATCCTCCTTTAAGAACTTTAGGTCATCCTGGTAGGAGTGTTGATCTAGCAATTTTTAGTTTGCATTGTGCAGGAGTAAGTTCTATTTTAGGAGGAATTAATTTTATGTGTACTACAAAAAATTTACGTAGAAGTTCAATTTCTTTAGAACATATAAGTTTATTTGTTTGAACTATTTTTGTTACTGTTTTTCTTTTGGTTTTGTCATTACCAGTATTAGCTGGGGCTATTACTATATTATTAACTGATCGTAATATTAATACTTCTTTTTTTGATCCTAGAATAGGAGGTAATCCTTTAATTTATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCATCCCGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTGTAAGGCAAAGAACTTTGTATTTAACTGGAAAAAAAGAAGTTTTTGGTACTTTGGGTATGGTATATGCAATTTTGAGAATTGGTTTAATTGGTTGT
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Sexdentati_COI) = 
		N: 1-627;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Sexdentati_COI) = 
		N: 1-627;
END;