#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 0:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Roos C., Zinner D., Kubatko L., Schwarz C., Yang M., Meyer D., Nash S., Xing J., Batzer M., Brameier M., Leendertz F., Ziegler T., Perwitasari-farajallah D., Nadler T., Walter L., & Osterholz M. 2011. Nuclear versus Mitochondrial DNA: Evidence for Hybridization in Colobine Monkeys. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S11297] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=17; TAXLABELS Chlorocebus_aethiops Colobus_guereza Homo_sapiens Macaca_sylvanus Nasalis_larvatus Pan_troglodytes Papio_hamadryas Piliocolobus_badius Pongo_abelii Presbytis_melalophos Procolobus_verus Pygathrix_nemaeus Rhinopithecus_avunculus Semnopithecus_entellus Simias_concolor Theropithecus_gelada Trachypithecus_obscurus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M8083] TITLE SMCY7; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=463; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Chlorocebus_aethiops CTGTCT--ATCACCGATGATTCATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGCAGTGTAACTTTCTGGATCTTAGGGAGGTAGTTTCTACCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATGATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAACATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAA----CCTATTGGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACTTTAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTCCTATTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTCTTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Colobus_guereza CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTTTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATATTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACGTGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAACTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Homo_sapiens CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTT---GGTGATTTTCTGTAATCTCCCCTTCTGGGTTTTGGGAAGGTAGTTTCTGCCCTTTTATAAGTTAATATTTGTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATACAAGAACGATTGAACACACTAACTCTAGAATGATAGAG--ACTTGACTGAACCAGAGGCAAGGGACTATAATTCAAATGGCATGAAGCATGTAAGGAAAGATTATAAAATAATGTTTAATACCTACTGAA-GAAACAAACCTACCTGGAAACATATGAAAATGCAGAATTATTGCATGAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTATCTCCCCTTAGCTCTCCTGTTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGTCTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Macaca_sylvanus CTGTCT--GTCACTGATGATTCATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGCAGTGTAACCTTCTGGATCTTAGGGAGGTAGTTTCTACCCTTTTAGAAGTTAATACATTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC-----------TATGCAAGAATGATTGGACAGACTAACTGTAGAATGATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATTTGGAAATA--GGAAAATGAAGAATTATCACTTGAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTCCTATTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTCGGATTTGA Nasalis_larvatus CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTGTCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAACGTTTAATACCTACTGAT-GAAA-AAACCTATCTGGAAAGA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATATCTCTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Pan_troglodytes CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTT---GGTGATTTTCTGTAATCTCCCCTTCTGGGTTTTGGGAAGGTAGTTTCTGCCCTTTTATAAGTTAATATTTGTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATACAAGAACGATTGGACACACTAACTCTAGAATGATAGAGTTAGTTGACTGAACCAGAGGCAAGGGACTATAATTCAAATGGCATGAAGCATGTTAGGAAAGATTATAAAATAATGTTTAATACCTACTGAAAGAAACAAACCTACCTGGAAACATATGAAAATGCAGAATTATTGCATGAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTATCTCCCCTTAGCTCTCCTGTTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGTCTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Papio_hamadryas CTGTCT--GTCACTGATGATTCATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGCAGTGTAACCTTCTGGATCTTAGGGAGGTAGTTTCTACCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATGATATAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATTTGGAAATA--GGAAAATGAGGAATTATCACTTGAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTC-TGTTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTCGGATTTGA Piliocolobus_badius CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGAGACATAATCCAAATGGCATGAAATGTATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAAGA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Pongo_abelii CTGTCTTAACCACGGATGCTTTATTTTT-GGTT---GGTGATTTTCTGTAATCTACCCTTCTGGATTTTGGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTATAAGTTAATATTTGTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGACTGGACACACTAACTCTAGAATGATGGAG----ATGAGTGAACCAGAGGCAAGGGACTGTAATTCAGGTGGCATAAAGTATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAA-GAAACAAACCTACCTGGAATCATATGAAAATGCAGAATTATCACATGAGATATTGAATGTAACATGAAAACTTGATCTCCCCTTAGCTCTCCTGTTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTCTCTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Presbytis_melalophos CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATAC-TTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACAGTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGACGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATTTATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Procolobus_verus CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGAGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAAGA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCCTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Pygathrix_nemaeus CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTTTGGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGCTAGTGAGCTACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAAGGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Rhinopithecus_avunculus CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGACAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCGCGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTGTTTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATGTATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Semnopithecus_entellus CTGCCT--ATCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Simias_concolor CTGTCT--GTCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTGTCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAACGTTTAATACCTACTGAT-GAAA-AAACCTATCTGGAAAGA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATATCTCTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTTGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA Theropithecus_gelada CTGTCT--GTCACTGATGATTCATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGCAGTGTAACCTTCTGGATCTTAGGGAGGTAGTTTCTACCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATGATATAG--ACTTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATTTGGAAATA--GGAAAATGAGGAATTATCACTTGAGATATTGAATGTAACATGAAAAATTTGTCTCTCCTTAGCTTTC-TGTTTTTTTGGATCTTTATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTCGGATTTGA Trachypithecus_obscurus CTGTCT--ATCACAGATGCTTTATTTTT-GGTTCTTGGTGATTTTCTGTAATCTAACCTTCTGGATTTTAGGGAGGTAGTTTCTGCCCTTTTAGAAGTTAATACTTTTGTTAGGTTTTGATTAAGCTATCAGTGAGC--------TACTATGCAAGAATGATTGGACACACTAACTGTAGAATAATAGAG--ACCTGAGTGAACCAGAGGCAAGGGGACATAATCCAAATGGCATGAAATATATTAGGAAAGATTAGGAAATAATGTTTAATACCTACTGAT-GAAACAAACCTATCTGGAAACA--GGAAAATGAAGAATTATCACGCGAGATACTGAATATAACATGAAAAATTTATCTCTCTTTAGCTTTCCTGTTTTTTTGGATCTTCATTCCCTTTGACTTGCTGAAATATATTTTATTTCAGGAGTGTAAACAGCCTCCTGAAGCTTTTGGATTTGA ; END;