#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 2:14 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Steppan S., Adkins R., & Anderson J. 2004. Phylogeny and divergence-date estimates of rapid radiations in muroid rodents based on multiple nuclear genes. Systematic Biology, 53(4): 533-553. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1137] BEGIN TAXA; TITLE combined; DIMENSIONS NTAX=64; TAXLABELS Acomys_ignitus Aethomys_namaquensis Akodon_boliviensis Allactaga_sibirica Andinomys_edax Aplodontia_rufa Apomys_hylocoetes Arvicanthis_somalicus Auliscomys_sublimis Batomys_granti Beamys_hindei Brachytarsomys_albicauda Calomys_lepidus Calomyscus Chrotomys_gonzalesi Clethrionomys_gapperi Cricetomys_gambianus Cricetulus_migratorius Dendromus_mesomelas Deomys_ferrugineus Dryomys Eliurus_minor Gerbillurus_vallianus Glaucomys_volans Graphiurus_murinus Gymnuromys_major Hypogeomys_antimena Irenomys_tarsalis Jaculus_jaculus Lophuromys_flavopuntatus Malacothrix_typica Marmota_monax Mastomys Meriones Mesocricetus_auratus Microtus_irene Microtus_pennsylvanicus Mus_musculus Neotoma_floridana Nesomys_audiberti Ondatra_zibethicus Oryzomys_couesi Ototylomys_phyllotis Parotomys Pedetes_capensis Peromyscus_leucopus Petromyscus_monticularus Phodopus_sungorus Phyllotis_xanthopygus Praomys_taitae Rattus_norvegicus Reithrodon_auritus Reithrodontomys_fulvescens Rhabdomys_pumilio Rhipidomys_masticalis Rhizomys_pruinosus Rhynchomys_isarogensis Sciurus Sigmodon_hispidus Spalax_ehrenbergi Tachyoryctes_splendens Tatera_robusta Tylomys_nudicaudus Zapus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M154] TITLE 'GHR BRCA1 RAG1 c-myc nuDNA'; LINK TAXA = combined; DIMENSIONS NCHAR=6399; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aethomys_namaquensis 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Akodon_boliviensis 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Apomys_hylocoetes 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Auliscomys_sublimis 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Batomys_granti 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Calomyscus 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Chrotomys_gonzalesi 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Dendromus_mesomelas 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Dryomys 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Eliurus_minor 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Gerbillurus_vallianus 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Glaucomys_volans 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Graphiurus_murinus 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Gymnuromys_major AGGCATTCATGATAGCTACAAATCTGACTTCTACAATGACGACTCCTGGGTTGAGTTCATTGAGCTAGATATTGATGAC------GCAGATGAAAAGGCGGAAGGATCAGACACAGACCGACTTCTAAGCAACGACCATATTGAGAAATCACTTGGCATCCTTGGAGCAAAGGATGATGATTCTGGACGTACCAGCTGTTATGACCCTGAC---CTTCTGGACACTGATTTCCACACCAGTGACACGTGTGACGGTACCTCAGAGTTTGCCCAGCCACAGAAAGTAAAAGCAGAAGCCGATCTCTTGTGCCTTGATCAGAAGAATCCACCGAACTCGCCTTAT---CATGCTTCCCTTGGCTCTCTGCACCCGTGC---GTTACCCTGACAGTG---GAAGACAAG---CCACAGCCGCTTCTGAGCAGTGAAACTGAGTCAAACCACCAACTCGCCTCTACACAGATGGGCAACCCCGCTTCACTGGCAAACATCGACTTTTATGCCCAAGTAAGCGACATTACACCAGCAGGCAGTGTAGTCCTTTCTCCAGGCCTAAAGATTAAGGCAGGGATA---GCTCAGTGCAGC------CCAAAGCTGGATGTAGCCGCGCCCTGCCAAGAAAATTACGACGTGAACAGTGCCTATTTCTGTGAGTCAGATGCCAAAAAGTGCATCGCTGTGACCCGACACGTGGAGGCCACATCATGTGTAAAACCAAGCTTTAACCAGGAGGACGTTTACATCACCACAGAAAGCCTTCCCACCACTGCCCGGATGTCCCAGGCAGCAGAGCTGGCTCCAGATGCTGAGATGCCTGTCCCAGACTACACTGCAGTTCACACCGTGCAGTCTCCACGGGGCCTTATACTCAACGCGACTGCTTTGCCTTTGCCT------AACACGAAGAAGTTCCTTTCCTCGTGTGGCTAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Hypogeomys_antimena 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Irenomys_tarsalis 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Jaculus_jaculus 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Lophuromys_flavopuntatus 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Malacothrix_typica 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Marmota_monax 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Mastomys 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Microtus_pennsylvanicus 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Mus_musculus 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Nesomys_audiberti 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Ondatra_zibethicus 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Oryzomys_couesi 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Parotomys 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Pedetes_capensis AGCCATTCATGATAACTCTAAACCTGAATTCTACAATGATGACTCTTGGGTTGAATTTATTGAACTAGATATCGATGAC------TCTGATGAAAAGACTGAAGGATCAGACACAGACAGACTTCTAAGCAAAGACCAT---CAGAAATCACTAAATATCCTTGGGGCAAAGGATGATGACTCTGGACGTACCAGCTGTTATGAGCCTGAC---ATTCTGGAGATTGACTGTAATGCCAGTGACATGTGTGTTGGTACCTCAGAGGTTGCTCAGCCACAAACCTTAAAGGGGAAGGCTAATCTCTTGTGCCTTGACCAGAAGAATCAACATAACTCACCTTATCATGATGCTTCCCCTGCCACTAAGCAGCCCAGC---AGTACCCTAGCAGAG---GAAGACAAA---CCAAAGCCACTTCTTCTTGATGAAACTGAGGCAACTCACCAACTTGTCCCCAGTCAGATAAGTAATCCTAATTCACTGGCAAACATTGACTTTTATGCCCAGGTAAGCGACATTACTCCAGGAGGGAGTGTGGTCCTTTCACCCAGCCAAAAAAATAAGGCAGGCATG---GCCCCACGTGAC------ACACACTCAGAAGTGGTCTCACTCTGCCAAGCAAAATTCATCATGGACAATGCCTATTTCTGCGAGGCAGATGCCAAAAAGTGCATCACTGTGGGTCCTCCCATCAACATCAAATCACATGTAGAGCCAAGCTTTAACCAGGAGGAGATTTATATCACCACAGAAAGCCTTACCACTACTGCCGGGAGGCCTGAGACAGCAGAACAGACTCCAGGTTCTGAAATGCCTGTCCCAGATTATACCTCCATTCACATAGTGCAGTCTCCGCAGGGCCTCGTGCTCAACGCGACCGCCTTGCCCTTGCCT------GACAAAGAG---TTCCTCTCACCTTGTGGTTATCATGGGAGCAGCAATTTATTAGTCACTAAAGACAGAATGAATGTAGAAAAGGCTGATTTTTGTAATAAAAGCAAACAGCCTGGCTTAGCAAGGAGCCAACATAACAGATGGGCTGAAAGTAAGGAAACATGTAATGATAGGCAGACTCCCAGCACAAAGAAAAAGCTAGATCTGAATGCTGATCCCTTCTATGGGAGAAAAGAACGGAATAAGCAGAAACCTCCATGCTCTGAGAATCCTAGAGAT---ACCCAAGATGTTTCTTGGGTGACACTAAATAGCAGCATTCAAAAAGTTAATGAGTGGTTTTCCAGAAGGGATGAAATGTTAACTTCTGATGACTTACACGACGGAGTGTCTGAATCAAATGCTGAAGTACTTGGTGCATTAGAAGTTCCAGATGAAATAAAA---GGACATTCTGGTTCTTCAGAGAAAATAGACTTACTAGCCAGTGATCCTCATAATGCTTTAACATGTAAAAGTGAAAGAGTCTGCGCTAAGCCAGTGGAGAGTAATATTGAAGATAAAGTATTTGGGAAGACCTATCGGAGGAAGATAAGCCTCCCTAATTTGAGCCCCATAACTGAAAATCTAATTGTAGGAGCATTTGCCACAAAACCACAGATAAGACAA------------------------------------------------------------GAACATCCCCTCACAAACAAATTAAAACGTAAAAGGAAAGCTACATCATTCCTTCGTCCTGAGGATTTTATCAAGAAAGTAGATTTGACAGTTATTCAAAAGACTCCTGAAAAGATAAATCAGGGAACTGCCCAAATGGGGCAGAATGGTCAAGTGATAAATAATACCAATAATGAT------------CTTGAAAATGAAACAAAAAATGATTATGTTCTGAAAGAGAAAAATGCTAACCCAATAGAATCATTGGAAAAAGAGTCTACTCACAGAACTAAAGCTGAACCTATAAGCATCAGTATAAGCAACATGGAACTAGAATTAAATACCCACAATTCAAAAGCACCAAAGAAAAATAGGCTGAGGAGGAAGTCCTCTACCAGGCATATTCATGCACTTGAACTAGTAGTCAATAAAAATCCAAGCCCACCTAATCAAACTGAACTACAAATTGATAGTTGTAGTAGTAGCAATGAAATAAAGAAAAAATGTTCTGACCAAATGTCAGTCAGGCAGAGCAGAAAGCTTCAACTCATGGAAGATGCAGAACCTGCAATGGGAGCAAAGAAGAATAACACGCCAGTTGAGAAAATAAGTGAGAAACATGCCACGGATGCTTTCCCAGAAGTGAAGGTAACAAACATACCTGGATTTTTAAATAACTGTTCAAATTCTAATAAACCAGAAGAATTTGTCAGTCCTGGCTTTCAGAGAGAAGAAATAGAAGAGAACCTAGAA---ACAATTCAAGTGTCTAATAGTACCAAAGACCCCAAAAATCTAGTGTTAAGTGCAGAAAAGGGT---TTGCCACCTGAA---------AGATCTACAGAGAGTACTAGTGTTTCATTGGTACCTGATACTGACTATGACACTCAGGACAGTATCTCATTACTGGAAACTAACACCCTCAGGAAGGCAAAAACAATGTCAAATCAGTGTATGACTCAGTATGTAGCA---ATTGAACACCCCAAGGAACTTAGCCATAGTTGTTCTAAAGATACTAGAAATGACACGAAGGGCTTTAAGGATGCACTGCGACGTGAAGTTAACCATATTCAGGAGACAAACACAGAAATGGAAGAGAGTGAACTTGATACTCA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Peromyscus_leucopus 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Petromyscus_monticularus 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Sigmodon_hispidus 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Tylomys_nudicaudus 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Zapus 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