#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 14:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Belinky F., Szitenberg A., Goldfarb I., Feldstein T., Wörheide G., Ilan M., & Huchon D. 2012. ALG11 - A new variable DNA marker for sponge phylogeny: Comparison of phylogenetic performances with the 18S rDNA and the COI gene. Molecular Phylogenetics and Evolution, 63(3): 702-713. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S12822] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Amphimedon Aphrocallistes Apis Aplysia Biemna Branchiostoma Capitella Caulophacus Chondrilla Chondrosia Cinachyrella Clathrina Craniella Crassostrea Cryptococcus Desmapsamma Ectyoplasia Grantessa Heterochone Homo Hydra Hydractinia Ircinia Ixodes Leucetta Leuconia Monosiga_brevicollis Monosiga_ovata Negombata Nematostella Neurospora Oscarella Pelagia Plakinastrella Rhopilema Saccoglossus Sarcotragus Schizosaccharomyces Strongylocentrotus Stylophora Tribolium Trichoplax Ustilago Walteria ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M13320] TITLE COI_DNA_Alignment; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=1218; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Aphrocallistes 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Apis 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Aplysia 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Biemna 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Branchiostoma 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Capitella 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Caulophacus 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Chondrilla CTTTATTTAGTTTTTGGTGCTTTTGCAGGAATGATCGGTACTGCGCTTAGTATGTTAATTAGATTAGAATTATCTGCACCTGGTTCT------ATGTTAGGGGATGATCATCTGTATAATGTAATAGTGACAGCACATGCATTTGTTATGATATTTTTTTTAGTTATGCCCGTGATGATCGGGGGGTTTGGTAATTGATTAGTTCCATTATATATTGGGGCGCCCGATATGGCTTTCCCTCGATTAAATAATATAAGTTTTTGGTTGTTACCTCCTGCTTTAACTTTATTATTAGGATCTGCGTTTGTAGAACAAGGGGCCGGAACCGGTTGAACGGTGTATCCGCCATTGGCAGGGATACAGACACATTCGGGGGGATCTGTCGATATGGCAATATTTAGCTTACACTTGGCCGGAATTTCTTCAATTTTAAGTTCTATGAATTTCATAACTACTATTATAAATATGAGAGCCCCAGGTATGACGATGGATCGGCTTCCATTATTTGTATGGTCAATTTTAATTACAACAATATTATTATTATTATCTTTACCAGTTTTAGCTGGTGCGATAACCATGCTTTTAACGGATCGTAATTTCAATACAACTTTTTTTGATCCAGCTGGTGGTGGTGATCCAATTTTATATCAACATCTTTTTTGGTTTTTTGGACATCCAGAAGTTTATGTTTTAATTTTACCTGGGTTTGGAATGATTTCACAAATTGTACCGACATTTGCAGCTAAAAAACAAATTTTTGGTTATTTGGGGATGGTTTATGCTATGTTGTCTATTGGATTTTTAGGTTTTATTGTTTGAGCTCATCACATGTTTACAGTTGGTATGGATGTTGATACACGGGCATATTTTACTGCAGCAACAATGATTATTGCAGTTCCTACTGGTATAAAAATATTTAGTTGAATTGCTACAATATTTGGGGGC------TCAATCCGGTTAGAT---ACGCCTATGCTTTGAGCTATCGGATTTATATTTTTATTTACTGTTGGGGGATTAACGGGAATTGTATTAGCTAATAGTTCTTTAGATATTGTTTTACATGATACATATTATGTTGTTGCACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGAGCAATATTTGCAATATTTGGAGGGTTTTATTATTGATTTGGTAAAATAACTGGATATTGTTATAATGAAGTATATGGACGAATACATTTTTGATTAATGTTT Chondrosia 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Cinachyrella 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Clathrina ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Craniella TTATACTTATTATTTGGTGTTTTTTCGGGTATGATAGGAACTGGATTTAGTTTGCTTATTAGATTAGAACTATCTGCCCCCGGATTA------ATGTTGGGTGACGACCATTTATACAATGTTATGGTCACGGCCCACGGCCTTATAATGGTCTTTTTCTTAGTTATGCCGGTTATGATAGGCGGGTTCGGTAATTGAATGGTTCCCCTTTACATCGGGGCACCGGATATGGCTTTTCCAAGATTAAACAATATTAGTTTTTGAGTTTTACCCCCCTCATTAATATTACTATTAGGTTCTGCTTTTGTTGAACAAGGGGTCGGGACAGGATGGACCCTTTATCCACCGTTATCAAGTATACAGGCTCATTCTGGGGGCTCAGTCGATGCGGCAATTTTTAGTCTTCATTTGGCCGGGATCTCTTCAATTTTAGGGGCAATGAATTTTATAACTACTATCTTTAATATGCGGGCACCTGGGATTACCATGGATAGATTGCCTCTATTTGTTTGATCTATTTTAATAACAACTTATTTGTTATTATTAGCTTTGCCAGTATTGGCTGGTGCCATAACTATGCTTTTAACAGATAGAAATTTCAATACAACGTTCTTCGATCCCGCTGGTGGTGGGGATCCAATATTATTTCAACATTTATTTTGGTTCTTTGGGCATCCGGAAGTTTATGTACTAGTTCTACCCGGGTTTGGAATTGTTTCTCAGATTATTCCGACATTCGCGGCTAAAAAACAAATATTTGGCTATCTAGGGATGGTCTATGCTATGGTTTCTATAGGAATTTTAGGTTTTATAGTTTGAGCTCATCACATGTTTACAGTTGGAATGGATGCCGACTCTAGGGCATACTTTAGCGCTGCAACGATGATAATTGCCGTACCAACCGGAATAAAAATCTTTAGTTGGATCGCCACCGTAGTAGGGGGC------TCATTGAGAATAGAT---ACTCCTATGTTATGGGCTATGGGATTTGTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Crassostrea 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Cryptococcus 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Desmapsamma 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Ectyoplasia 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Heterochone 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Hydractinia 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Ircinia 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Leuconia 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Monosiga_brevicollis 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Oscarella 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Sarcotragus 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Schizosaccharomyces 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Stylophora 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Tribolium 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Trichoplax 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