#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 18, 2025; 21:25 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Padial J., Grant T., & Frost D. 2014. Molecular systematics of terraranas (Anura: Brachycephaloidea) with an assessment of the effects of alignment and optimality criteria. Zootaxa, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15350] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=456; TAXLABELS Acris_crepitans Adelophryne_gutturosa Agalychnis_callidryas Barycholos_pulcher Barycholos_ternetzi Brachycephalus_alipioi Brachycephalus_brunneus Brachycephalus_didactylus Brachycephalus_ephippium Brachycephalus_ferruginus Brachycephalus_garbeanus Brachycephalus_hermogenesi Brachycephalus_izecksohni Brachycephalus_nodoterga Brachycephalus_pernix Brachycephalus_pitanga Brachycephalus_pombali Brachycephalus_toby Brachycephalus_vertebralis Bryophryne_cophites Calyptocephalella_gayi Ceuthomantis_smaragdinus Craugastor_aff_azueroensis Craugastor_alfredi Craugastor_andi Craugastor_angelicus Craugastor_augusti Craugastor_bocourti Craugastor_bransfordii Craugastor_cf_augusti Craugastor_cf_longirostris Craugastor_chac Craugastor_crassidigitus Craugastor_cuaquero Craugastor_daryi Craugastor_emcelae Craugastor_fitzingeri Craugastor_fleischmanni Craugastor_gollmeri 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Brachycephalus_toby 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Calyptocephalella_gayi 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Craugastor_angelicus 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Craugastor_augusti 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Craugastor_daryi 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Craugastor_podiciferus 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Craugastor_polyptychus 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Craugastor_punctariolus 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Craugastor_pygmaeus 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Craugastor_ranoides 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Craugastor_rhodopis 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Craugastor_rugulosus 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Craugastor_sandersoni 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Craugastor_sartori 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Craugastor_sp_EU186675 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Craugastor_sp_EU186697 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Craugastor_sp_MVUP1863 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Craugastor_stuarti 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Craugastor_tarahumaraensis 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Craugastor_uno 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Craugastor_xucanebi 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Cryptobatrachus_boulengeri 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Cryptobatrachus_fuhrmanni 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Diasporus_aff_diastema 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Eleutherodactyl_glanduliferoides 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Eleutherodactylus_armstrongi 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Eleutherodactylus_auriculatus 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Eleutherodactylus_brevirostris 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Eleutherodactylus_chlorophenax 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Eleutherodactylus_cooki 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Eleutherodactylus_cubanus 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Eleutherodactylus_emiliae 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Eleutherodactylus_guanahacabibe 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Eleutherodactylus_hedricki 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Eleutherodactylus_inoptatus 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Eleutherodactylus_jaumei 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Eleutherodactylus_johnstonei 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Eleutherodactylus_juanariveroi CTGA-CCTTAAAATCAACTACCACTTAACATATACATGCA---A--GTCTCCGCATCCCTGTGA-GAAAGCCCCCTAGACCCTTATGAGTTT-----------AGGGGTGC-AGGTATCAGG-----CTCACCTAG-CCCAAGACACCTAGC-T--T-TGCCACACCCA-CAAGGGTA-CTCAGCA-GTAATTAATATTGAAT--CAT--GAGCAT----CAGCTCGATTCAGT-CAAAGTAT---TTAGGGCCGGCAAA-TCTGGTGCCAGCAGCCGCGGCTAAACCAT--TGAGCCCAAGTTGATTTC--CATCGGCGTAAAGCGTGGTTAAAG-------TCA------CCCCTAAACTAGAGCTAAACAAAGATCT--TCACAGTC-----AA-ATATTTATCTT---TTAAGAAACCCA--TAAAACGAAAGTTGCTCT----ACCCATCTCTCTTGAACCCACGAAAGCTAG---GACATAAACTGGG-ATTTGATA-CCCCATT-ATACCTTGCCGTAAA-CTTTTAT---TTACACC-CTCCCCCA--TC-GCCAGGGAACTACGAGC-GAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTG-C-CCATA-TCCCACTAGAGGAGCCTGTCCT-T-AA-TCGATGATCCCCG-TTTAACCTCACCA-CTTCTAG----C--CCA-TCAGCCTGTATATTTCCGTCGTAAATTAACCACATGAGTGA-GA----CTTAGTTA-G--TGCAAAGACTTACAAAGAACCCCCC-----------C-------------------------------C--GTC----A----AC---ACGTCAGGTCAAAATGCAGCTAAT-GAAGTG-GGAA-AAGATTGGCTACACTTTTT-ATT-ATAAAAGA-AA-AC-G-AA-AG---ACAA-TAA--TGAAA-CT--TTGTCA--GAAG-GTGGATTTAGCAGTAAAAA-GAGTTCA-TTATA-CTCATTTGAA--T-CT-GGCAC-TGGAG-CGTGTACAAACC--GCCC--GTCA-CCCTCTTCGACAA---A-C--CCAT-ACTAGTAC-TTAACAAGCTA------TTTATTACCAG------------AGAAGAGG-TAAGTCGTAACATGGTAAG----------TATACCGGAAGGTGTACTTGG--AAAC---------------------------------------------------------AAACT-ATAGCTTAA---TTAAAGCATCTTGCTTACACCAA--GAAAA-TGTCTTCTAATCAGGACTATTTTGA-CTC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Eleutherodactylus_junori 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Eleutherodactylus_klinikowskii 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Eleutherodactylus_locustus 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Eleutherodactylus_montanus 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Eleutherodactylus_orcutti 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Eleutherodactylus_orientalis 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Eleutherodactylus_oxyrhyncus 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Eleutherodactylus_pantoni 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Eleutherodactylus_parabates 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Eleutherodactylus_principalis 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Eleutherodactylus_ricordii 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Eleutherodactylus_rogersi 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Eleutherodactylus_schmidti 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Eleutherodactylus_sisyphodemus 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Eleutherodactylus_tonyi 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Eleutherodactylus_varleyi 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Eleutherodactylus_ventrilineatus 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Eleutherodactylus_weinlandi 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Eleutherodactylus_wetmorei 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Eleutherodactylus_wightmanae 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Hemiphractus_proboscideus 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Hypodactylus_peraccai 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Ischnocnema_guentheri 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Leptodactylus_melanonotus 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Litoria_infrafrenata 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Phrynopus_auriculatus 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Phrynopus_horstpauli 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Phrynopus_juninensis 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Phrynopus_kauneorum 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Phrynopus_tribulosus 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Pristimantis_actites 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Pristimantis_appendiculatus 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Pristimantis_ardalonychus 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Pristimantis_bromeliaceus 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Pristimantis_caprifer 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Pristimantis_caryophyllaceus 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Pristimantis_citriogaster 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Pristimantis_colomai 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Pristimantis_condor 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Pristimantis_conspicillatus 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Pristimantis_crucifer 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Pristimantis_cruciocularis 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Pristimantis_cryophilius 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Pristimantis_eriphus 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Pristimantis_euphronides 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Pristimantis_fenestratus 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Pristimantis_galdi 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Pristimantis_imitatrix 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Pristimantis_inguinalis 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Pristimantis_inusitatus 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Pristimantis_koehleri 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Pristimantis_labiosus 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Pristimantis_lanthanites 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Pristimantis_latidiscus 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Pristimantis_leoni 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Pristimantis_lirellus CCAA-CCTTACAATCAATTTCTACTTAACTTACACATGCA---A--GTCTCCGCACACCC-GTG-AAAACGCC-CTT---CC-ACCCACTTAGGAA-T-AA--GGAGCTGA-TATCAGGCTC---TAAA----TAG-CCCAAAACATCTAGC-C--A-CGCCACACCCA-CAAGGGCC-TTCAGCA-GTGATTAACCTT-AAG--AATAAA-CGTC----AGTTTGACTTAGTTAAATGAA-A--ATAGAGCCGGCCAAT-CTG-GTGCCAGCCGCCGCGGTTACACCAC--GAGGCTCAAATTGA-TTCT-ATGCGGCGTAAAGCGTGATTAAAG-----------AG----AT-AGCTAC-TGGGGTCAAACTTAAAT--TAAATTGT---AACA-AGTCTATTCTT---AAGAAG--CCCT--GGCTCAAAAGACACCCCA---ATT--AACCAACTTGAACCCACGACAACTAG---AGTACAAACTGGG-ATTAGATA-CCCCACT-ATGCCTAGTCGTAAA-C-TTTAA---CTTACAC----CCTCT--ATCGCCTGGGAACTACGAGC-AAAGCTTAAAACCCAAAGGACTTGACGGTA-CCCCACA-TCCTTCTAGAGGAGCCTGTCCTAC-AA-CCGATACCCCCCG-TTTAACCTCACCA-CCCCTAG----C--CCA-TCAGCTTGTATACTTCCGTCGTCAGCTTACCGCATGAGCG--AA----TTAAGTAA-G--CCTAATGTCC--TA------------------------------------------------------C--ATC----A----AT---ACGTCAGGTCAAAGTGCAGCACAT-GGGGTG-GCA-AGAGATGGGCTACACTTTCT-ACC-TTAGAAGA--C-AC-G-AA-AA---ACT--ATG--TGAAA-CC-ATACCAA--GAAG-GCGGATTTAGCAGTAAGAG-GGGACCA-AAATG-CCCCTATTAA--C-CT-GGCAC-TGGGG-TGTGTACACACC--GCCC--GTCA-CCCTCTTCAACAA---A---TCA---ACTAGTTA-TTAACA-ATAA------A--CCCCACCAA-----------AGAAGAGG-TAAGTCGTAACATGGTAAG----------TATACCGGAAGGTGTGCTTGG--AA-A---------------------------------------------------------CAAAGTATAACTTAAA---TTAAGCACTTCGCTTACACCGA--ATTAA-TGTCTGTT----AACCCAA-AATAA-TCTTAGCCTTACC-------CCCCCCCCCCCCTTTTTTTTAA--CC---------CACATTAAAATATTTTCACAG--CCCAGTAAAGACGA-TTAAAAAACTTCTAA-GAGCTACAAACTTGTACC-GCAAGGGATAGATGAAAT--AACAATGAAAC-AA--CATTAAGCAC-TGAAAAGTAGAGACTTACTCTCGTACCTTTTGCATCATGGTTTAGCTAGTC-TAACTAGGCAAAAAG--AACTT-AAGTCTAA-CTTCCCGAAACTAAGTGAGCTATCTCAAGGCTGCTTACT-GAGCTAACCCGTCTATG-TTGCAAAATAGTGGGATGACCTTGAAATAG-AGGTGACAGACCTAAC-GAAATTAGTTATAGCTGGTTTTTTAGTCCAACCTAAAG-------CAAAC---A-C----AATTCA-CATTGA-CA-CCCC----------------CTTTAGAGCAATTCAAATGAGGTACAGCCCATTTGATACAGGATACAACCTTCACCAACGGGT-AACA-CTCA-------ATTTA-CACC-CG-A----AGTAGGCCCAAAAGCAGCCA-CCTTTCA--AAAAGCGTTAAAGCTTAA-------CCCATTTT-------AAAAAA----TTTAAAAACCCA--TATCGACCCCTT-TA-TT----TA-TATTG-AGAACTTCCAT-AA--CTCTATGGAACC-TTTT-AT-GCTAAAACTAGTAA-CAAGAGG--AAC-T-----CCCTCTCC-CC--AAT-GCAAGCCTATGCCAGCAA-GAACCC--ACCACTGGCA-ATTAA-------------CACATGAC-AGTA-GCAA------CTT---C-----CCCA---GAAAACC--CTACTT-----------------ACCCCCATGTCAAC---------CTGA--CACAAGAGCATTTCAA-G-AAGATTAAAAGAA-AAAGAAGGAACTCAGCAAA--C----A--C--TAGTCCCGCCTGTTTA-CCA-AAAACAT-CGCCTCTT----G----------CA-AC------CATAAGAGGTCCAGCCTGCCC-AGTGAT-T---TTAT-TTAACGG-CCGCGGTATTCTAACCGTGCAAAGGT-AGCGTAATCACTTG-TTTTC-------TAAA---TAAA-GACCAGTATGAAAGGCATCA-CGAAGACCTGACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAACCTAATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATCCCC-CTATAAGACGAGAAGACCCCGTGGAGCTTAAAACAC---------CAT-AA------CA---ACTGC--CCCTGCCTTAAAC----CA-------CCCTGGTA----CT-----TACCCA--A-----AC---GG--CA------CCCTG-A-TT--A-T-G-T-G-TTTTCGGTTGGGGTGACCGCGGAGAAAATCTCATCCTCCACGATG-A----AAGGGA----CTTACC-C--CCTAAACACCA---A-GTTACAACTTCATGTATCAAAA-AA--TTGAC-ATCCATT-GACCC-AAT-A-----AA-TTGATTAACGAACCAAGTTACCCCGGGGATAACA-GCACAATCCACTTCAAGAGCCCCTATCGACAAGTGGGCTTATGACCTCGATGTTGG-ATCGGGTTAT-CCCA-GTGGTGCAGC-CGCTA-AT-AAAGGTACGTGATCTGAGTTCAGA-CCGGAGTAATCCAGGTCAGTTTCTATCTAT-----AAAGAGCTAGTTTCAGTACGAAAGGACCAAATTAGCATGGTCTATGCCACC--GCAAACCACAGTTAA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Pristimantis_llojsintuta 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Pristimantis_luteolateralis 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Pristimantis_marmoratus 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Pristimantis_melanogaster 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Pristimantis_minutulus 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Pristimantis_ocreatus 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Pristimantis_ornatus 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Pristimantis_pycnodermis 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Pristimantis_reichlei 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Pristimantis_rhabdolaemus 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Pristimantis_rhodoplichus 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Pristimantis_ridens 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Pristimantis_rozei 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Pristimantis_simonsii 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Pristimantis_skydmainos 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Pristimantis_sp_KU202623 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Pristimantis_sp_ROM43978 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Pristimantis_stictogaster 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Pristimantis_surdus 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Pristimantis_terraebolivaris 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Pristimantis_unistrigatus 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Pristimantis_urichi 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Pristimantis_verecundus 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Pristimantis_versicolor 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Pristimantis_vertebralis 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Pristimantis_walkeri 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Pristimantis_wiensi 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Psychrophrynella_iatamasi 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Psychrophrynella_saltator 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Psychrophrynella_usurpator 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Stefania_schuberti 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Strabomantis_biporcatus 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Strabomantis_bufoniformis 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Strabomantis_necerus 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; END; BEGIN SETS; CHARSET 12S16S (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 1-3151; CHARSET CYTB (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 7322-8165; CHARSET RHO (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 15093-15408; CHARSET CXCR4 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 6637-7321; CHARSET RAG1 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 13149-15092; CHARSET CMYC_INT (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 4778-5515; CHARSET CMYC_EX3 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 4469-4777; CHARSET H3 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 8166-8493; CHARSET ND1 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 9714-11076; CHARSET COI (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 5516-6636; CHARSET SLC8A3 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 15750-16792; CHARSET POMC (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 12651-13148; CHARSET ND2 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 11077-12650; CHARSET NCX1 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 8494-9713; CHARSET CMYC_EX2 (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 4032-4468; CHARSET TYR (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 16793-17233; CHARSET SIA (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 15409-15749; CHARSET 28S (CHARACTERS = 'Brachycephaloidea Mafft-alignment') = 3152-4031; END;