#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 13:30 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Liede-schumann S., Khanum R., Mumtaz A.S., Gherghel I., & Pahlevani A. 2015. Going West - a subtropical lineage (Vincetoxicum, Apocynaceae: Asclepiadoideae) expanding into Europe. Molecular Phylogenetics and Evolution, 94: 436-446. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15858] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=140; TAXLABELS Asclepias_curassavica Biondia_henryi Biondia_insignis Blyttia_fruticulosum Calciphila_galgalensis Calciphila_gillettii Cynanchum_ellipticum Cynanchum_ovalifolium Diplostigma_canescens Gomphocarpus_fruticosus Goydera_somaliense Oxystelma_esculentum Pentatropis_bentii_10222 Pentatropis_bentii_8197 Pentatropis_capensis Pentatropis_madagascariensis Pentatropis_nivalis_949 Pentatropis_nivalis_sn Pentatropis_sp Pentatropis_spiralis Pergularia_daemia Pleurostelma_cernuum Rhyncharrhena_linearis_272 Rhyncharrhena_linearis_55 Schizostephanus_alatus Solenostemma_argel Tylophora_anomala_00_548 Tylophora_anomala_264 Tylophora_anomala_2887 Tylophora_anomala_916 Tylophora_apiculata_12_7008 Tylophora_apiculata_7016 Tylophora_apiculata_sn Tylophora_arachnoidea Tylophora_aristolochioides Tylophora_barbata Tylophora_biglandulosa_70 Tylophora_biglandulosa_7899 Tylophora_brownii Tylophora_caffra Tylophora_cameroonica Tylophora_cissoides Tylophora_conspicua Tylophora_coriacea Tylophora_dalzellii Tylophora_flanaganii Tylophora_fleckii Tylophora_flexuosa_95_84 Tylophora_flexuosa_96_40 Tylophora_floribunda Tylophora_gracillima Tylophora_grandiflora_PIF_25416 Tylophora_grandiflora_PIF_38622 Tylophora_heterophylla Tylophora_hirsuta Tylophora_indica Tylophora_japonica Tylophora_lugardae Tylophora_lycioides Tylophora_matsumurae Tylophora_mollissima Tylophora_oblonga Tylophora_ovata Tylophora_paniculata Tylophora_parviflora Tylophora_perrottetiana Tylophora_rotundifolia_aff Tylophora_sylvatica_D_06_0181 Tylophora_sylvatica_sn Tylophora_tanakae Tylophora_tenuipedunculata Tylophora_tenuis Tylophora_urceolata Tylophora_villosa_3338 Tylophora_villosa_JS95_39 Tylophora_yunnanensis Vincetoxicum_acuminatum_7469 Vincetoxicum_acuminatum_sn Vincetoxicum_ambiguum Vincetoxicum_amplexicaule Vincetoxicum_arnottianum Vincetoxicum_assadii Vincetoxicum_atratum_7453 Vincetoxicum_atratum_JS96_137 Vincetoxicum_austrokiusianum Vincetoxicum_brachystelmoides Vincetoxicum_calcareum Vincetoxicum_canescens Vincetoxicum_carnosum_JS95_97 Vincetoxicum_carnosum_PIF_7764 Vincetoxicum_chekiangense Vincetoxicum_creticum Vincetoxicum_forrestii Vincetoxicum_funebre_20 Vincetoxicum_funebre_21 Vincetoxicum_fuscatum Vincetoxicum_glaucescens Vincetoxicum_glaucum Vincetoxicum_hirundinaria Vincetoxicum_hoyoense Vincetoxicum_inamoenum_8227 Vincetoxicum_inamoenum_sn Vincetoxicum_intermedium Vincetoxicum_izuense Vincetoxicum_jailicola Vincetoxicum_japonicum Vincetoxicum_katoi Vincetoxicum_linifolium Vincetoxicum_macrophyllum_7216 Vincetoxicum_macrophyllum_7457 Vincetoxicum_maeoticum Vincetoxicum_magnificum Vincetoxicum_mongolicum Vincetoxicum_mozaffarianii Vincetoxicum_nigrum Vincetoxicum_nipponicum_7458 Vincetoxicum_nipponicum_7571 Vincetoxicum_ovatum Vincetoxicum_pumilum_56806 Vincetoxicum_pumilum_56807 Vincetoxicum_pycnostelma_3911 Vincetoxicum_pycnostelma_6089 Vincetoxicum_rehmannii_21_ Vincetoxicum_rehmannii_sn Vincetoxicum_rossicum Vincetoxicum_sakesarense Vincetoxicum_scandens_26 Vincetoxicum_scandens_27 Vincetoxicum_schmalhausenii Vincetoxicum_sp Vincetoxicum_sp_b Vincetoxicum_stauntonii Vincetoxicum_stocksii Vincetoxicum_sublanceolatum Vincetoxicum_tauricum Vincetoxicum_tmoleum Vincetoxicum_versicolor Vincetoxicum_volubile Vincetoxicum_yamanakae Vincetoxicum_yonakuniense ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M33182] TITLE Vincetoxicum_ETS; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=378; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Asclepias_curassavica ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Biondia_henryi 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------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Cynanchum_ellipticum ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Cynanchum_ovalifolium ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Diplostigma_canescens CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACAGGAAGGCA--TT-CGTTATTTTGTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--TCGAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGGGGCCAACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC-TCGGATACGGAAAGCCTTGAG-GG-CA-TTGA--CGTC--TC-GTCCTTGCCCGA-GCA-TGCA----TTATCCG-ATC-GG-AC--CCTAGCAAC---GGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CGG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Gomphocarpus_fruticosus ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Goydera_somaliense CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACAGGAAGGCA--TT-CGTTATT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--TCAAGACG-AAAGTTGC---GGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCTTCCGGCTG-TCGTGGCGAACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC-TCGGATACGGAAAGCCTTGAG-GG-CA-TTGA--CGTC--TC-GTCCTTGCCCGA-GCA-TGCA----TTATCCG-ATC-GG-AC--CCTAACAAC---GGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-GTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CGG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Oxystelma_esculentum 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CCGGTTTCTTGTGTTGCGTACCTGCCCGAAGGCA--TT-CGTT-TTC-GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--TAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--GCAAGACG-AAACTTGT---AGCTTGGCCCGATGCCCACGTCGCGTCCGGGCG-TCGTGGTGGACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATGCGGAAAGCGTTGAG-GG-CA-T----------------CCTTGCCCGA-GCA-TGCATC-TTTAGATGGATT-GG-AC--CCTAACAAC---GGCGCACGACTGTCGCTGCCGC-CTC-GG------------GG--CAG--GACGTCGCCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Pentatropis_sp CCGGTTTCTTGTGTTGCGTACCTGCCCGAAGGCA--TT-CGTT-TTC-GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--TAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--GCAAGACG-AAACTTGT---AGCTTGGCCCGATGCCCACGTCGCGTCCGGGCG-TCGTGGTGGACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATGCGGAAAGCGTTGAG-GG-CA-T----------------CCTTGCCCGA-GCA-TGCATC-TTTAGATGGATT-GG-AC--CCTAACAAC---GGCGCACGACTGTCGCTGCCGC-CTC-GG------------GG--CAG--GACGTCGCCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Pentatropis_spiralis CCGGTTTCTTGTGTTGCGTACCCGCCCGAAGGCA--TT-CGTT-TTC-GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--TAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--GCAAGACG-AAACTTGT---AGCTTGGCCCGATGCCCACGTCGCGTCCGGGCG-TCGTGGTGGACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATGCGGAAAGCGTTGAG-GG-CA-T----------------CCTTGCCCGA-GCA-TGCATC-TTTAGATGGATT-GG-AC--CCTAACAAC---GGCGCACGACTGTCGCTGCCGC-CTC-GG------------GG--CAG--GACGTCGCCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Pergularia_daemia ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Pleurostelma_cernuum {AC}CGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTAGACGAAGGCA--TT-CGTTATTC-GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--ACGAGGCG-AAAGTTGCAGCAGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGGGAACGGGGCACTGCT-T-GA---GCTCTCCCCGGATGCGGAAAGCCTTGAG-GG-CA-TTGA--CGTC--TC-ATCCTTGCCCGA-GCA-TGC----TTTATACG-ATC-GG-AC--CCTAACAAC---GGTGCACGAGTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Rhyncharrhena_linearis_272 CCGGTTTCCTGCGTTGCTTACCT{AG}CGCGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCACCGACCC-TCGTTCGTT--GAAAGCTCCCC--GTA---ATGGCGGGGG--C--ATAAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTTCGTTGCCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCGTTGAG-GG-CA-CTGA--CGTC--TC-GTCCTTGCCCGA-GCA-TGCA---TTTAG----ATC-GG-TC--CCTAACAAC---TGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GGCTTCGTCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Rhyncharrhena_linearis_55 CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACGCGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCATCGACCC-TCGTTTGTT--GAGGGCTCCCC--GTA---ATGGCGGGTG--C--CCAAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTGCCCACGTCGCTTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCGTTGAG-GG-CA-CTGG--CGTC--CC-GTCCTTGCCCGA-GCA-TGCA---TTTAG----ATC-GG-TC--CCTAACAAC---TGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCTGCCGTGCGGG--CAG--GGCGTCGTCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Schizostephanus_alatus ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Solenostemma_argel ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_anomala_00_548 CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACACGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCAGCGACCC-TCGTTCGTT--TAGAGCTCCCC--TCT---TTGGCGGGG---C--ACAAGGCG-AAAGTTGC---GGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCTTACTGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCTTTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCATTGAG-GG-CA-TTGA--CATG--TC-ATCCTTGCCCGA-GCA-TGCA----TTAG----ATC-GG-AC--CCTAGGAACAACGGTGCACGACTGTAGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAGT-CACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_anomala_264 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------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_biglandulosa_70 CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACGCGAAGGCA--TTACGTTGTT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTG--TAGAGCTCCCC--TTT---TTGGCGGGG---C--ACAAGACG-AAAGTTGC---TGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCCTTGCTCTTAA---GCTCTC---GGATACGGAAATCATTGAG-GGGCA-CGGG--CGGG--TC-GCCCTTGCCCGA-GCA-CGCA----TTAG----ATC-GG-AC--CCTAACGACGACGGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGTCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTCGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_biglandulosa_7899 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_brownii CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACACGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT--CTTGGCGGGG---C--AGAAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCTTTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCATTGAG-GG-CA-TCGA--CATC--TC-ATCCTTGCCCGACGCA-TGCA----TTAG----GTC-GG-AC--CCTAACAACAACGGCGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_caffra CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACACGAAGGCATATT-CGTTATT--GTCCCAACGGCCCCAGGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---C--AGAAGGCG-AAACTTGCAGCAGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGCTCGGCCG-TCGTGGTGAACGGGGCACTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAATGCACTGAG-GG-CA-TCGA--CATC--TC-ATCCTTGCCCGA-GCA-TGCATT-ATTAG----ATC-GG-AC--CCTAACAAC---GGTGCACGACTGTCGGTCCCGC-CTC-GGTTCGGCGGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_cameroonica CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACACGAAGGCA--TT-CGATGTT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGGGCTCCCC---AT---TTGGCGGGG---C--TCAAGACG-GAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGCCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCTTTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCATTGAG-GG-CA-GTGA--CA-CG-TC-ATCCTTGCCCGA-GCA-TGCA----TTAG----ATC-GG-AC--CCTAACGACAACGGCGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_cissoides ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_conspicua ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_coriacea 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CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACGCGAAGGCA--TT-CGTTATT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCCCCGTT---TTGGCGGGG---C--ACAAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCAGTGCT-T-AA---GGTCTC---GGATACGGAAAGCATTGAG-GG-CA-TTGA--CATG--TC-ATCCTTGCCGGA-GCA-CGCATT-ATTAG----ATC-GG-AC--CCTAACAAC---GGTGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_hirsuta CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACACGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCAACGACCC-TCGTTCGTT--GAGAGCTCCCC--GTT--CTTGGCGGGG---C--ACAAGACG-AAAGTTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTCCGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCTTTGCT-T-AA---GCTCTC---GGATACGGAAAGCATTGAG-GG-CA-TCGA--CATC--TC-ATCCTTGCCCGACGCA-TGCA-GCATTAG----GTC-GG-AC--CCTAACAACAACGGCGCACGACTGTCGCTCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGTGCGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_indica 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------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Tylophora_parviflora CCGGTTTCCTGCGTTGCGTACCTACGCGAAGGCA--TT-CGTTGTT--GTCCCAGCGGCCC-TGGTTCGTAAAGAGAGCTCCCC--GTT---TTGGCGGGG---T--ACCAGACG-AAAGCTGC---AGCTTGGTCCGTTACCCACGTCGCGTACGGCTG-TCGTGGTGAACGGGGCACTGCT-T-AA---GGTCTC---GGATACGGAAAGCGTTGAC-GG-CA-TTGG--CATA--TC-ATCCTTGCCCGA-GCA-TGCG----TTAG----ATC-GG-AC--CCTAACAAC---GGTGCGCGACTGTCGCCCCCGC-CTC-GGTTCGGCCGGGAGGG--CAG--GACGTCGTTGAGG--AATGCTACCTGGTTGA Tylophora_perrottetiana 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