#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Gunduz I., Jaarola M., Tez C., Yeniyurt C., Polly P., & Searle J. 2007. Multigenic
and morphometric differentiation of ground squirrels (Spermophilus, Scuiridae,
Rodentia) in Turkey, with a description of a new species. Molecular Phylogenetics
and Evolution, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1800]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Y_Chromosome_DNA_MP;
        DIMENSIONS NTAX=5;
        TAXLABELS
            Spermophilus_citellus_1
            Spermophilus_citellus_2
            Spermophilus_taurensis
            Spermophilus_xanthoprymnus_1
            Spermophilus_xanthoprymnus_2
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M1885]

	TITLE Spermophilus_Y_Chromosome_DNA;
	LINK TAXA = Y_Chromosome_DNA_MP;
	DIMENSIONS NCHAR=989;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980         ]
[                                         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         ]
Spermophilus_citellus_1          GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
Spermophilus_citellus_2          GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTAT-----TTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
Spermophilus_taurensis           GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCGCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAACTTTTTTTTAACCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGAGGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGATTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAATGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTTTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
Spermophilus_xanthoprymnus_1     GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGATGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
Spermophilus_xanthoprymnus_2     GCTAACACCAAGGAAATTGGGTATTGTTTGCGACGCCCATATCTTCCGTTTTCCTAAGACAGTAGTATAGTTTTCAACTTTAAGTCCCCAAACTTTAGCTTTACTTCATTAGAGTAAAATTCCCTGTAATTTTAATGACACCTAAAAACAGTTTTTGTTTAGAGAGTTCCACAACTATTTACAAAAC-TTTTTTTAAGCATAAATTGTTATTTTATAGAAAAGACTACCTTCACAGCCAATCTACTGTTGTAAGAAAAAAATAACATGTGGTGGCCTATGACGACGAAATTCAGTTAAAATACCAACTCCTGTTTTCAATTTGTTTTTTAAAATTAAGCCCTACTATGTGTGATGATTATTCTTTGATGGGTATTTCCAAAAGCCTAAGCACTGAAGAGCTGACACTTTGCGTCATATTAACTTTTATAACTGTCCAAAATATTCTGGTTGTTGAATTATTTATTTAAGTTTTAAGGCTAACATCTTAACGCATTATGTCCCATAGCCTTATAACTAAAACAGAAAGGATCAATTAACTCAATCCTTTGGCCTTCAAACAAGGAATAAAGATCCCAAATAATGTGTACCTCTTTGAGCGTCCACGACTGCTACCTTTGTAATGGTGTTCATAAGCCATATTCTCGGCTGTGCACAAGGAGATGTTCATTATGGTTCAGGAGGAGCGACGTCTACGAAAGGCCTTGTTAGAGAAGGTGGGTGGTGAAGACCAGGGCTTCAGAATTCAGTGGATATCCTATTGTAGAGAGACACAGACCTGCATTGTGTAAGCACTCTATGCCATATCTTTAAATCATGCATTTTGAAATGAAAGGGCAGACTGTATGTGTTCATATTTTCTTCTTCCAATTTCTCTACAGCTATCCTTACAAGGTTGAGCCCACAACAGGGGCTCAGTGTTGGCTGAGGTGGGTTGTTCACAACCCTGCTCCTAGTCTTTACAGTATATATGGGTTGAACACCCCCAGGG
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Spermophilus_Y_Chromosome_DNA) = 
		N: 1-989;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Spermophilus_Y_Chromosome_DNA) = 
		N: 1-989;
END;