#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 20:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Daly M., Chaudhuri A., Gusmao L., & Rodriguez E. 2007. Phylogenetic relationships among sea anemones (Cnidaria: Anthozoa: Actiniaria). Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1961] BEGIN TAXA; TITLE TaxonLabelSet13432; DIMENSIONS NTAX=49; TAXLABELS Actinauge_richardi Actinia_fragacea Actinoscyphia_plebia Actinostephanus Actinostola_crassicornis Aiptasia_pulchella Andvakia_boninensis Anemonia_viridis Anthopleura_elegantissima Anthopleura_krebsi Anthopleura_kurogane Anthosactis_pearseae Antipatharia Bartholomea_annulata Boloceroides_mcmurrichi Bunodactis_verrucosa Bunodosoma_grandis Calliactis_parasitica Cereus_pedunculatus Dactylanthus_antarcticus Diadumene_cincta Edwardsia_elegans Edwardsianthus_gilbertensis Epiactis_lisbethae Halcampa_duodecimcirrata Halcampoides_purpurea Haliplanella_lineata Haloclava_producta Heteractis_aurora Heteractis_magnifica Hormathia_armata Hormosoma_scotti Isosicyonis_striata Kadosactis_antarctica Liponema_brevicornis Macrodactyla_doreenensis Metridium_senile Nemanthus_nitidus Nematostella_vectensis Paraiptasia_sp. Peachia_cylindrica Phellia_gausapata Phymanthus_loligo Sagartia_troglodytes Sagartiogeton_laceratus Stichodactyla_gigantea Stomphia_diademon Triactis_producta Urticina_coriacea ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2986] TITLE Sea_anemone_combined; LINK TAXA = TaxonLabelSet13432; DIMENSIONS NCHAR=8281; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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GCC?AGTAGTCATA?TGCTTGTC?TCAAAGATTAAG?CCATG?CATGTCTAAGTATAAGCA?C????TTGTACTGTGAA??ACTGCGAATGGC?????????????TCATTAAATCAGTTATCGTTTA?????TTTGATTGTACC??TTTTACT??????ACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCGAAAAGTC????????CCGACT????TC???T?????????????????GGAAGGGATGTATTTATTAGATTCAAA?A?CCAATGCGGG??TT?????C????TG?CCCGG?TTCTTTGGTGATTCATAATAACT?TTTCGAATCGCA??CGGCCTT??GCGCTGGC?GATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTGTCG?????ATGGTAAGGTATTGGCTTACCATGGTTACAACGGGTGACGGAG????AATTAGGGTTCGA???TTCCGGAGAGGGAGCCTGAGA????AACGGCTACCA?????CATCCAAGGA??AGGCAGCAGG????CGCGCAAATT?????????????????ACCCAATCCT???GACTCAGGGA?????GGTAGTGACA?AGAAATAA?CAATACAGGG?CTT??TTC??TAAGTC?TTGTAATTGGAATG?AGTACAACTTAAATCCTTTA?ACGAGGATCCAT????????????????????????????????????TGGA?GGGC?AAGTCT?GGTGCCA?GCA???G?CCGC?GGTAATT?CCAGCT?CCAAT?AG?CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTT??????????????????????????????????????????AAAAAGCTC?GT?AG?TTGGATT?????????????????TCGGGATGG?CGC?GGCCGGT???????????????????CCG?CCGCAAGGC???????????????????????????????????????GTG??T?TAC?TGACC?????GAGCTGTTC?TTCT?TC???????????????????GCAAAGA?CTA????CATGTGC???????????TCTTAACTGA?GTGTGTG??TAGG?ACTT?????GTGACGTTTACTTTGA???????????AAAAATTAGAGTGTTCAAAG????????CAGGC????CA??????GCGC???CTGA????????????????????????????????????????ATA?CATAAGCATGGAA????????????????????TAATGGAAT??AGGACTTT??????GGTTC?TATTTTGTTGGTTTC?TGGAACCG?AAGTAATGA???????TTAAAAGGGACAGTTGGG????GGCATTCGTATTTCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTG??GATTTACGAA???????AGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGAGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATCAGAGAGTGTT??ATT???????GGAT??GACCTC???TTTGGCACCTT?ATGGGAAAC???????CAAAGTTTTTGGGTTCCGG???GGGAAGTATGGTTGCAAATCTGAAACTTAAAGGA?TTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAAC?ACGGGGAAAC?TCACCAGGTCCAGA???????????CATAGGAAGGATT??GACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTAT?GGGT?GGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAAT?????????????TCCG???TTAACGAA??CGAGACCTTAACCTGCTAAATAGTCACGCGAA????TC???????????ACGAT?TC??GCGGCTG?ACTTCTTAGAGGGACTGTTGGTGTT?CAACCAAAGTCAGGAAGGCAATAACAGG???????TCTGTGATGCC???CTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCT????ACACTGACGATGTCAACGAGT?????CT??CTCCTTCGCCGATAGGCGTGGGTAATCTT?GTGAAACATCGTCGTGC?TGGGGATAGATCATTGCAATTCTTGATCTTGAACGAGGAATTCC?TAGTAAGCGCGAGTC?ATCAGCTCGCG?TTGATTACGTCCC??TGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGACTCCTGATTGGC??GCCGCC??GCCCCG?????GC?AACGGAGCAGCGGT?CTGCCGAAAAG?TTGTTCAAACTTGATCAT???TTAGAGGAAGTAAAAGTCGT?AACAAGG?TTTCCGTATGTGAACCTGCG????????????????????????????????????????????????GGATTCCCCTAGTAATGGCGAATGAAGCGGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGCG??TCGCCTG???CGACGCCG?AATTGTAGTTTCGAGAAGC??ATTTTCT?CGGCGGG?TCC???????GGGGC?CGTCCAAGTTGCTTGGAACAGCACGTCATAG?AGGGTGACAACCCCG?TCTGTGGCGGAA?CC?GGCCGCT?CACGA?TGTGCTTTCGACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAAAT?GGGTGGTAAACTCCATCTAAAGCTAAATAC??????????TGGCACGAGACCG?????ATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGCACTTTGAAAAGAG????????AGTTAAACAGTACGTGAAACCGTTAAAAGGGAAACGGATGGGGTCAGCAATGCG??CTCCGC?GAGATT????CAGCCGGG?CGGCGCGTCGGGCG??GGCGG??TTT??GCGGATC????????????????????????????????TGA??????ATGGACCGCGGCCGTTCG?GT?TCGGCG???CCTCGACC??GT????????????????????CGCACTTCTTGCGAGCGCGCG?CCA????????GCGTCGGTTGG??????AACTGGGTTTC???AAAGGCA??CGG?GCAAGGTAGGC??CGTCTCCT???????????????????T??CGGGAG????GTGGCTG?TTATAGGCCCGCG?TCG??CATGGC??CCGGAGCCGACCGAGGTG?T??????CGCGGCATG?TGC???CT???????CCCTTCGG????????????????GGCTGGCTGGGGTCCCG?TCTCGC?CGGTCGGTAG????T?CGAATGCGGTGG?AC??T?GCGTGC???????????????????AGTGCGCCGCGACCGCTGC?????CGGTCG?CTGGGG?CGGTGACCT??CGCAC?T???????ACGTGCCAA???????????????GGACGCTGGCGGTCAAAT?GGCCT????????????CATTCGACCCGTC?TTGAAA?????????????????????????CACGGACCAAGGAGTC????????TAACATG????TGCGCGAGTCTTCGAGTG?AATGAAGCTCGCCGGCGCAATGAAAGTGAAGGCGA???CCTCGTG??????TCGCCGAGGCGAGAGCCTGCCCCTC?????????GGGG?????TGGGTGCA?TCGTCG?ACCGACCT?ATT??CCGCTCTCGGGAAGGTTTGAGTGGGAGCGCAC?CTGTTGGGACCCGAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Actinia_fragacea 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Anemonia_viridis 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Anthopleura_kurogane 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Bunodactis_verrucosa 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Cereus_pedunculatus 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Haloclava_producta 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Hormathia_armata 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Kadosactis_antarctica 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Macrodactyla_doreenensis 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Metridium_senile 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Urticina_coriacea 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Sea_anemone_combined) = N: 1-8281; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = Sea_anemone_combined) = N: 1-8281; END;