#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 22:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Osborn K., & Rouse G. 2008. Multiple origins of pelagicism within Flabelligeridae (Annelida). Molecular Phylogenetics and Evolution, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2095] BEGIN TAXA; TITLE TaxonLabelSet13763; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS Brada_villosa_California Brada_villosa_Sweden Diplocirrus_glaucus_Sweden Flabelliderma_ockeri Flabelligena_sp. Flabelligera_affinis_California Flabelligera_affinis_Iceland Flabelligera_affinis_Sweden Flabelligera_infundibularis Flota_sp._specimen_1 Flota_sp._specimen_2 Ilyphagus_octobranchus Macrochaeta_clavicornis Macrochaeta_sp. Pherusa_plumosa_California Pherusa_plumosa_Massachusetts Poeobius_meseres Therochaeta_collarifera ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3283] TITLE 16S_Flotidae; LINK TAXA = TaxonLabelSet13763; DIMENSIONS NCHAR=568; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Brada_villosa_California ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Brada_villosa_Sweden ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Diplocirrus_glaucus_Sweden ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelliderma_ockeri ----------------------------------------------------------------TGCGGTATCCTGACCGTGC{AT}AAGGTAGCATAATAATTTGCCTCTTAATTAGAGGCTAGAATGAATGGACAAACGAAAGTATTACTGTTTCTTATAAAT-AAATAA--AAATTTATGTTTAGGTGAAAAAGCCTA-AATTCTATTAAAAGACAAAAAGACCCTGCAGAGCTTAAT----ATAA--ATTT-T-CCC---TTT---TC-GAATTAAAA--T--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAAGATAATTTAAAGCATCTT--TAACATAAAAGGGTTACATCCCTATT-AATAGATCC---AAATA---TGAT---------CAAAGAT-T--AA-----AGCTACCTCAGGGATAACAGGCTTAT-CTTTCTCAAGAGTTCAAATCAACAGAAAGTTTTGGCACCTCGATGTTG------------------------------------------------------------------------------- Flabelligena_sp. 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Flabelligera_affinis_Iceland ------------------------------------------------------------------------------------------GCATAATAATTTGCCTTTTAATTAGAGGCTAGAATGAATGGACAAACGAAGATATTACTGTTTCTTATAAAT-AACTAA--AAATTTATATTTAGGTGAAAAAGCCTA-AATTCAATTAAAAGACAAAAAGACCCTGCAGAGCTTGAT----ATTT--ATTT-T-CTT---TTT---CA-GAAATAAAAA-T--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGGATAAATTAAATCATCCT--TAAAATATACGGGTTACTTCCCTAAT-AATAGATCC--T-AATA---TGAT---------CAAAGAC-T--AA-----AGCTACCTCAGGGATAACAGGCTTAT-CTTTCTCAAGAGTTCATATCAACAGAAAGTC------------------------------------------------------------------------------------------------ Flabelligera_affinis_Sweden ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Flabelligera_infundibularis ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAATGGACAAACGTAAATATAACTGTTTCTTATAAAT-AAATAA--AAATTTATCTTTA{AG}GTGAAAAAGCCTA-AATTTTATTAAAAGACAAAAAGACCCTGCAGAGCTTAAT----------ATTTCCCTTT---TACAATTA-AAAATAAAA--T--------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGGATAATATAAATCATCCT--TAATAAATAAGGAACCCTATCCTCTT-AAAAGATCC-----TTAT-TTGAT---------CAAAGAC-T--AA-----AGCTACCTCAGGGATAACAGGCTTAT-CTTTCTCAAGAGTTCATATCTACAGAAAGTTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGGAA---------------------------------------------------------------------- Flota_sp._specimen_1 AAACATTGTCTCTTGCAATATAAATAATAAGAGATACATCCTGCCCAGTGAA-ATTTCAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCTAAGGTAGCAAAATAAATTGCCTTCTAATTGATGGCGAGAATGAATGGACACACGAAAACTAAACTGTTTCTTAAAAAT-ATCTAA--AATTTTATTTTTAGGTGAAAAAGCCTA-AATAAAACTAAAAGACAAAAAGACCCTATAGAGCTTCAT---AATT--AACTT---ATT---TATACACC-TATAAATTAC-TT-------------ATTTTGTTGGGGCGACAAAGGATTATATAAAACATCCTA-TACCTTATAAGAAAAATTATTCAAAT-CAATGACAC--TCTAAG---ATAT---------TAAAGGTAT--AA------GCTACCTTAGGGATAACAGGCTTAT-TTTTCTTGAGAGCCCATATCGACAGAAAAGTTTGGCACCTCGATGTTGGCTTAGAATTACCTAATAAAGCAAAAATTATATAC-----GGTAGGTTTGTTCAACCTTTAAAATTCTACGTGATCTGA Flota_sp._specimen_2 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Ilyphagus_octobranchus ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Macrochaeta_clavicornis ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Macrochaeta_sp. ------------------------------------------------------------------------------------AAGGTAGCATAATCATTTGCCTTTTAATTGAAGGCTTGTATGAATGGTAAAACGAATATATAACTGTCTCCTTAAAAT-ATATAA--AAATTATCCCTTTAGTAAAAAGACTAA-AATTCAAATAAAAGACAAAAAGACCCTGTAGAACTTGATTTAAATTTAAATACCATATTAA-CCTTTATT-TATAAAAGACAATTATCTAAATTCTAATTTGGTTGGGGCGACTTAGGAATATATAAAACTTCCT--AAAAATAAAAGATTTAATAATCTATC-AAATGACCC----ATCATTTTGTT---------CATATAAAA---A------GTTACCTCAGGGATAACAGACTTAT-TTTCCTTAA{GT}A{AG}ATCATATTGACAGGAAAGTTTGGCACCTCG------------------------------------------------------------------------------------- Pherusa_plumosa_California ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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