#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 13, 2025; 20:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fehlberg S.D., & Fehlberg K.M. 2017. Spatial genetic structure in brittlebush (Encelia farinosa, Asteraceae) in the southwestern deserts of North America: a comparison of nuclear and chloroplast DNA sequences. Plant Systematics and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S21120] BEGIN TAXA; TITLE Encelia_farinosa_D22_haplotypes; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Encelia_farinosa_D22hap1 Encelia_farinosa_D22hap10 Encelia_farinosa_D22hap11 Encelia_farinosa_D22hap12 Encelia_farinosa_D22hap13 Encelia_farinosa_D22hap14 Encelia_farinosa_D22hap15 Encelia_farinosa_D22hap16 Encelia_farinosa_D22hap17 Encelia_farinosa_D22hap18 Encelia_farinosa_D22hap19 Encelia_farinosa_D22hap2 Encelia_farinosa_D22hap20 Encelia_farinosa_D22hap21 Encelia_farinosa_D22hap22 Encelia_farinosa_D22hap23 Encelia_farinosa_D22hap24 Encelia_farinosa_D22hap25 Encelia_farinosa_D22hap26 Encelia_farinosa_D22hap27 Encelia_farinosa_D22hap3 Encelia_farinosa_D22hap4 Encelia_farinosa_D22hap5 Encelia_farinosa_D22hap6 Encelia_farinosa_D22hap7 Encelia_farinosa_D22hap8 Encelia_farinosa_D22hap9 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M41473] TITLE Encelia_farinosa_D22_haplotype_alignment; LINK TAXA = Encelia_farinosa_D22_haplotypes; DIMENSIONS NCHAR=306; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Encelia_farinosa_D22hap1 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCACTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGTCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTATCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap10 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTACTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap11 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTACTCATGCTGCCGTATTGATTATTGGTAATGAACTT---AATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap12 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTGGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap13 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATATCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap14 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCCTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap15 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCTCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTCTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTGGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap16 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap17 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap18 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCTCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap19 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCGTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap2 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCACTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGTCATAATGATTATTGGTAATGAACTT---AATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTATCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap20 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCTCGTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap21 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCGCTAGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATCGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCTCGAAAGTTGTCTCCGTCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap22 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCTCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap23 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCCGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap24 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCCGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap25 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAGAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap26 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAGAAAAGAGAATCCCCTGCGCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCGTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTT---AATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap27 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGACAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATTCCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTCTTAATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap3 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTCTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap4 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTCTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTGGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap5 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap6 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTATCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap7 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCGTAATGATTATTGGTAATGAACTT---AATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap8 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGCCATAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA Encelia_farinosa_D22hap9 TTGATCTTTTGTGGTTGATCCTTGATAAAGCTGACATGGATAATGATCTTGAAATGGCTAGACATGTTGTGTATGTTCACCAAAAAAGAGAATCCCCTGCCCTTGGGTTTGCCCCTCTTGAAGCTTCTGTTCTTAGGTATTTTTCATTGTCCCTTTTTGTAAATATACCATGTAGTCATGCTGGCGTAATGATTATTGGTAATGAACTTCTTAATGTTTGTTGATAGGGCATACATCTCAGCTGCCCGAAAGTTGTCTCCATCTATTCCAAGAGAGCTGGAGGAGTATATAGCTACTGCATACTCA ; END;