#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Light J., & Reed D. 2008. Multigene analysis of phylogenetic relationships and divergence
times of primate sucking lice (Phthiraptera: Anoplura). Molecular Phylogenetics
and Evolution, null.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S2199]

BEGIN TAXA;
        TITLE  RPII;
        DIMENSIONS NTAX=12;
        TAXLABELS
            Fahrenholzia_pinnata
            Fahrenholzia_reducta
            Pedicinus_badii
            Pediculus_humanus_capitis_20
            Pediculus_humanus_capitis_23
            Pediculus_humanus_capitis_25
            Pediculus_humanus_capitis_3
            Pediculus_humanus_humanus_1
            Pediculus_humanus_humanus_3
            Pediculus_schaeffi
            Pthirus_gorillae
            Pthirus_pubis
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M3373]

	TITLE RPII;
	LINK TAXA = RPII;
	DIMENSIONS NCHAR=393;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400  ]
[                                         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .  ]
Fahrenholzia_pinnata             CAGAACGTCGAAGGCAAAAGAATCCCATTTGGTTTCCGCAAAAGAACTCTTCCGCACTTCATCAAGGACGATTACGGCCCAGAGTCCAGAGGTTTCGT{AC}GAAAATTCCTACCTGGCCGGTTTGACTCCTTCGGAATTCTTTTTCCACGCAATGGGGGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACCGCCGTCAAGACCGCCGAAACCGGCTACATTCAACGACGACTGATCAAAGCCATGGAGTCCGTCATGGTGCATTATGACGGCACCGTTCGTAATTCAGTGGGGCAGCTGATCCAGCTGCGGTACGGGGAGGACGGACTGTGCGGGGAAACCGTAGAATTTCAGACATTGCCTACCATTAAGTTGTCGAACAAAGCGTTTGAGAAACGTTTCCGG
Fahrenholzia_reducta             CAGAACGTGGAAGGAAAGAGAATTCCTTTTGGCTTCCGCAAAAGGACTCTTCCGCACTTCATAAAAGATGATTACGGTCCAGAGTCTAGAGGTTTTGTCGAAAATTCGTACCTCGCCGGGTTGACCCCGTCCGAATTCTTCTTCCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGGCTGATCGATACCGCTGTGAAAACCGCTGAAACCGGGTACATCCAACGACGGTTGATCAAAGCTATGGAGTCCGTTATGGTGCACTACGACGGGACCGTTCGTAATTCAGTGGGGCAGTTAATTCAGCTGCGGTACGGGGAGGACGGTCTGTGCGGGGAAACCGTCGAATTTCAAACATTGCCCACCATTAAGTTGTCAAATAAGGCGTTTGAAAAACGTTTCCGA
Pedicinus_badii                  CAAAACGTTGAAGGAAAGCGAATTCCTTTTGGATTTAGAAAAAGAACATTACCACATTTCATTAAGGATGATTATGGTCCCGAATCGAGGGGTTTTGTTGAAAATTCTTACTTGGCAGGATTGACTCCTTCTGAATTTTTCTTTCACGCTATGGGTGGGCGTGAAGGTTTAATTGATACCGCTGTGAAAACGGCCGAAACTGGATATATTCAACGTAGGCTAATCAAAGCCATGGAATCTGTTATGGTTCACTATGATGGAACTGTGCGAAATTCCGTGGGCCAGTTAATTCAGTTGCGCTACGGTGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAAACACTTCCAACTATTAAGCTGTCTAATAAAGCTTTTGAAAAACGTTTCCGG
Pediculus_humanus_capitis_20     CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTCGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_humanus_capitis_23     CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_humanus_capitis_25     CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_humanus_capitis_3      CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_humanus_humanus_1      CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAGCGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTCGGTCAGCTGATTCAGTTACGATATGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACTATTAAATTGTCTAATAAAGCGTTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_humanus_humanus_3      CAAAACGTAGAAGGGAAACGAATACCGTTCGGTTTCAGGAAGAGAACTCTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCCGAATCTAGAGGTTTTGTAGAAAATTCGTATTTGGCTGGATTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCCATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCA{AG}CGTAGGTTAATAAAAGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTTGGTCAGCTGATTCAGTTACGATA{CT}GGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAGACATTACCTACAATTAAATTGTCTAATAAAGC{AG}TTTGAAAAACGTTTCCGC
Pediculus_schaeffi               CAAAATGTAGAAGGAAAACGAATACCGTTTGGTTTTAGAAAAAGAACTTTACCACATTTTATAAAAGATGATTATGGTCCAGAATCTAGAGGTTTTGTGGAAAATTCGTATTTGGCTGGGTTGACTCCTTCAGAGTTTTTTTTTCACGCAATGGGAGGTCGTGAAGGTTTAATCGATACAGCTGTAAAAACTGCTGAAACTGGATATATTCAACGAAGGTTAATAAAGGCTATGGAATCTGTTATGGTTCATTATGATGGAACTGTTCGTAATTCTGTTGGTCAGCTGATTCAGTTACGATACGGAGAAGACGGTTTATGTGGTGAAACTGTAGAATTTCAAACATTACCTACAATTAAATTGTCTAATAAAGCATTTGAGAAACGTTTCCGC
Pthirus_gorillae                 CAGAATGTTGAAGGAAAGCGAATTCCTTTTGGTTTTAGAAAAAGAACCTTACCACATTTTATAAAAGACGATTATGGTCCAGAATCTAGAGGCTTTGTTGAAAATTCATATTTGGCTGGATTAACACCTTCAGAATTTTTTTTCCACGCCATGGGTGGTCGTGAAGGTTTAATTGATACAGCTGTAAAAACTGCGGAAACCGGTTATATCCAACGTAGATTAATTAAAGCTATGGAGTCCGTCATGGTTCATTATGACGGAACTGTGCGTAATTCTGTAGGTCAGCTCATTCAATTGCGTTACGGAGAAGATGGTTTATGTGGAGAAACTGTCGAATTTCAAACGTTGCCCACTATTAAATTATCTAATAAATCTTTTGAAAAGCGTTTCCGC
Pthirus_pubis                    CAGAATGTTGAAGGAAAGCGAATTCCCTTTGGTTTTAGAAAAAGAACCTTACCACATTTTATAAAAGACGATTACGGTCCAGAATCTAGAGGCTTTGTTGAAAATTCATATTTGGCTGGATTAACACCTTCAGAATTTTTTTTCCACGCCATGGGTGGTCGTGAAGGTTTAATTGATACAGCTGTAAAAACTGCGGAAACCGGTTATATCCAACGTAGATTAATTAAAGCTATGGAGTCCGTCATGGTTCATTATGACGGAACTGTGCGTAATTCTGTAGGTCAGCTCATTCAATTGCGTTACGGAGAAGATGGTTTATGTGGAGAAACTGTCGAATTTCAAACGTTGCCCACTATTAAATTATCTAATAAATCTTTTGAAAAGCGTTTCCGC
;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = RPII) = 
		N: 1-393;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = RPII) = 
		N: 1-393;
END;