#NEXUS
[!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file.


Generated on July 12, 2025; 0:41 GMT

TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Tsutsumi C., Yatabe Y., Hirayama Y., Chiou W., & Kato M. 2021. Molecular analyses
of the disjunctly distributed Osmunda regalis and O. japonica (Osmundaceae), with
particular reference to introgression and hybridization. Plant Systematics and
Evolution, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S26988]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa;
        DIMENSIONS NTAX=14;
        TAXLABELS
            Claytosmunda_claytoniana_CL96
            Claytosmunda_claytoniana_CL99
            Osmunda_japonica_J1
            Osmunda_japonica_J2J4
            Osmunda_japonica_J3J5J6J7J8
            Osmunda_lancea_L1L3
            Osmunda_lancea_L2
            Osmunda_regalis_R10
            Osmunda_regalis_R11R12
            Osmunda_regalis_R13R14
            Osmunda_regalis_R15R16R17R18
            Osmunda_regalis_R1R2R3R4
            Osmunda_regalis_R5R6R7R8R9
            Plenasium_banksiifolium
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M56333]

	TITLE Osmundaceae_L110;
	LINK TAXA = Taxa;
	DIMENSIONS NCHAR=553;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550   ]
[                                          .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .   ]
Claytosmunda_claytoniana_CL96     AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCTCTTCTGGCCGATACGTATGTTACTTTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCACAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTTAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTGCATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACATAACAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACTTGATTAAGAGGAAAAGCAGAATACTATCTTACCATAGAGGGTAAAAATGAGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCCTAAAGGGACTGTAGCCAATTTCTTAGCCAAGTTG-AATGCTGCAGTTTGATTAGTAGGATTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGTTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Claytosmunda_claytoniana_CL99     AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCTCTTCTGGCCGATACGTATGTTACTTTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCACAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTGCATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACATAACAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACTTGATTAAGAGGAAAAGCAGAATACTATCTTACCATAGAGGGTAAAAATGAGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCCTAAAGGGACTGTAGCCAATTTCTTAGCCAAGTTG-AATGCTGCAGTTTGATTAGTAGGATTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGTTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_japonica_J1               AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTAC----------GTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_japonica_J2J4             AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACATTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_japonica_J3J5J6J7J8       AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATATGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCACATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_lancea_L1L3               AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATATGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCAAATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGAGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_lancea_L2                 AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CCGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATATGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTCGCAAGGATCATCTGGGTTGCAAATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGAGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R10               AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTAAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACAGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCCGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R11R12            AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTAAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAGTGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACCGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATATGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R13R14            AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGATTGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R15R16R17R18      AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCATTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R1R2R3R4          AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAAAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCAATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGAAA
Osmunda_regalis_R5R6R7R8R9        AGAGCCAGAGAAGCTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACATATGTTACTCTGCTGAAGGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCGCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGTATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCAGTGGATTTGGTTTTCTGGAATGTTTTAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTACTTGCCTCCATTCCCTTT--CTGACACAGCAGACCACAACAAGATCGATCATGCATACATGATAAAGAGGGAAAGCAGAATACTACCTTATCATAGAGGGTAAAAATGTGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCCCTGAACGGGACTGTAACCTATTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTGCAGTTTGATTAGT-GGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTC--TCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGTTAAGGTGTACATTTGTATGTGTGTGTCTCATGCTGTTTTAGTGCTGTATCTAAGTAA
Plenasium_banksiifolium           AGAGCCAGAGAAGTTGGCTGGTCCACTTCTGGCTGATACGTATGTTACTCTGCTGAAAGGAAGGAATGCATGGTATGGCCAGAAGCTTGCTCAAGGGGAGCTTAGACCAGATATGGGAGATAGCATTCAAGGAAAAGGAATGATTCAGGTTGGTACTCACTGGATTTGGTTTTCTGGATTGTTTCAAGTGTCATTACATGATTCAGTAAAGTGGGTTCTTGCCTCCATTGCCTTTCTCTGACACATCAGACCACAACAAGATCGATCACGCAT---------AGAGGAAAAGCAGAATACTACCTTATCACAGATGGTAAAAATATGAGACATAGGGACAAGATCACATGTTGCAGTGTATCTGCTAAAGGGACTGTAACCAGTTTCTTAGCCAAGTTGAAATGCTTCAGTTTGATTGGTAGGACTGGCTGAAGTTTGCAAGGATCATCTGGGTTGCATATTCTCTCTGCATTTGAATTTGAATGAGGGTATACGCTAAGGTGTACTACTGTA----TGTGTCTCATGTTGTTTTAGTGTAGTATCTAAGAAA
;
END;