#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Tsutsumi C., Yatabe Y., Hirayama Y., Chiou W., & Kato M. 2021. Molecular analyses
of the disjunctly distributed Osmunda regalis and O. japonica (Osmundaceae), with
particular reference to introgression and hybridization. Plant Systematics and
Evolution, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S26988]

BEGIN TAXA;
        TITLE  Taxa;
        DIMENSIONS NTAX=16;
        TAXLABELS
            Claytosmunda_claytoniana_CL1
            Claytosmunda_claytoniana_CL2
            Osmunda_japonica_J1aJ2J3J4J5J6J7J8
            Osmunda_japonica_J1b
            Osmunda_lancea_L1aL2L3
            Osmunda_lancea_L1b
            Osmunda_regalis_R10
            Osmunda_regalis_R11R12
            Osmunda_regalis_R13a
            Osmunda_regalis_R13b
            Osmunda_regalis_R14R17R18
            Osmunda_regalis_R15
            Osmunda_regalis_R1aR2R3R4
            Osmunda_regalis_R1b
            Osmunda_regalis_R5R6R7R8R9
            Plenasium_banksiifolium
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M56343]

	TITLE Osmundaceae_L525;
	LINK TAXA = Taxa;
	DIMENSIONS NCHAR=606;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                              10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600      ]
[                                               .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Claytosmunda_claytoniana_CL1           ------------------AATCT-----TGTGATACTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCAACTACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGATTAGGTTGACAATGAGTTGCATAGTAGGTCTGCTCTTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAACCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTA---------------------TTTGTGAAGTCTCATTGCTGTTTTTCTTTACATGCTTCAGAAACTTGCGGCAGCAGTCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAATTATTGGAATCACATCTGTTACGA-------CCTCTCTATGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACATATTGACTTCGTGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTAC
Claytosmunda_claytoniana_CL2           ATTCAATTTGCAATGTTTAATCTAATCTTGTGATACTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCAACTACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGATTAGGTTGACAATGAGTTGCATAGTAGGTCTGCTCTTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAACCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTA---------------------TTTGTGAAGTCTCATTGCTGTTTTTCTTTACATGCTTCAGAAACTTGCGGCAGCAGTCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAATTATTGGAATCACATCTGTTACGA-------CCTCTCTATGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACATATTGACTTCGTGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTAC
Osmunda_japonica_J1aJ2J3J4J5J6J7J8     ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCTGATCGAAACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATCGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACGA-------CCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
Osmunda_japonica_J1b                   ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGTTTTGATAGCTGATCGAAACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATCGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACGA-------CCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
Osmunda_lancea_L1aL2L3                 ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGTTTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCTGATGGAAACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATCGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACAT-TATTACGA-------CCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGAATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
Osmunda_lancea_L1b                     ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGTTTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCTGATCGAAACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACAT-TATTACGA-------CCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGAATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
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Osmunda_regalis_R11R12                 ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCAGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACGAGTCACAACCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATCGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
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Osmunda_regalis_R13b                   ATTCA-TTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATTTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTACTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG?CAGCTGACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCCGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGCCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACAAGTCACGACCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
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Osmunda_regalis_R15                    ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATTTGACCATTAAAGACCCTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTACTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTGTCAGCTGACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCCGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGCCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACAAGTCACGACCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGGTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
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Osmunda_regalis_R1b                    ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACACTAGCTGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACGAGTCACAACCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
Osmunda_regalis_R5R6R7R8R9             ATTCAATTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATGCTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACCACATGTGACCATTAAAGACCCTAGCCGCAGTTTACCACTTATGCTTAGGTTGACAATGAGGTGCATAGTAGGTCTGCTATTCATGCAACAAGACTGCTTTGATAGCCGATCGACACCCTGCTAAAATTCTAAGTAAGGGGCTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCTGTTTTTCTTTACGTGTTTCAGAAACTTGCGGCAGCAATCCACTACATTACTAT--CATGGACTAGTCTCTAGTTACTGGAATCACATCTATTACGAGTCACAACCTCTCTGTGGTGACCTGCTTTTAAGGAAAATAAACAGCAGGGGCTTTTAAATAATGATTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACATATTGACTTCATGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGTCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTGC
Plenasium_banksiifolium                ATTCAGTTTACAATGTTTAATCT-----TGTGATACTGATTTCTAATATGAAAAAGTCCCGACTACATGTGACCATTTAAGATCCTAGCTGCAGTTTACCAGTTATGTTGAGGCTGACAATGAGGATCATAGTAGT-----TTATCATGCAACAGCACTGCTTTGATAACCGATCGACACCCTGCTAAATTTCTAAGTAAAGGGTTG-------ACATGATTTGTGAAGTGTCATTGCTGTTTTTCTTTACGCATTTCAGAAACTTGTGGCAGAAATCCAGTACATTACTATATCATGGACTAGTCTCTCGTTACTGGAATCACATCTGTTACCA-------CCTCTCTATGGTGACCTGCTTTTAGGGAAAATAAACAGCGGGAGCTTTTAAATA----TTTTAACTTTGAAATTGTGTTTGCACTACGTATTGACTTGGTGAATTTTGCAGTGCAAAGTGTGTATGCAGACATTCATGTGTACCACAAGTGAAGTAAAGTGTCGGGAACATGCAGAGGCAAAGCACCCCAAAAATGATGTCAGCCAATGTTTTCCTCATATTCAGAAGTAGCATCAACAGTTATGTACTCTCCTGACTCTCTAC
;
END;