#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 09, 2025; 20:12 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kretzer A., & Bruns T. 1999. Use of atp6 in fungal phylogenetics: an example from the Boletales. Molecular Phylogenetics and Evolution, 13: 483-492. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S613] BEGIN TAXA; TITLE pairwise_sequence_comparison; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Agaricus_bitorquis Allomyces_arbusculus Allomyces_macrogynus Aspergillus_nidulans Boletinellus_merulioides Boletus_edulis Boletus_pallidus Brauniellula_albidipes Candida_parapsilosis Chamonixia_caespitosa Chasciporus_piperatoides Coniophora_arida Gomphus_floccosus Gyrodon_lividus Gyroporus_cyanescens Hygrophoropsis_aurantiaca Neurospora_crassa Paxillus_atrotomentosus Paxillus_filamentosus Paxillus_involutus Phaeogyroporus_portentosus Phylloporus_rhodoxanthus Pisolithus_arrhizus Podospora_anserina Rhizopogon_olivaceotinctus Russula_rosacea Saccharomyces_cerevisiae Sarcodon_imbricatum Schizosaccharomyces_pombe Scleroderma_hypogaeum Scleroderma_laeve Serpula_himantoides Suillus_granulatus Suillus_lakei Suillus_luteus Suillus_variegatus Tapinella_panuoides Truncocolumella_citrina Xerocomus_chrysenteron Yarrowia_lipolytica ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2681] TITLE atp6_all_fungi; LINK TAXA = pairwise_sequence_comparison; DIMENSIONS NCHAR=606; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Agaricus_bitorquis ACTTTAACAAATTTAGGATTATATTCTTTATTAGTATTATTTGTAGTATTA---GGTTTCCATTACTGGGGAAATAAATTAATACCTAGTAAATGGTCAATTTCTTTAGAATCATCTTATGCTAGTTTAAGTTCTATGGTTAGAGAACAAATAATTTATTTACCATTTGTATATTCATTATTCTTCTTCATATTAATTGGTAACTTAATATCTAATGTACCATATTCATTTGCTGTAACAGCTAGTGGAGTAGTTTCATTGGGATTATCTTTCACAATTTTTTGTGCAATTGCAACAATTATAGGACTGTATACACACAAACTTCATTTCTTTTCTTTGTTTGTTCCAGCAGGATGTCCTCTAGCTTTAGTTCCTTTACTTGTTTTAATTGAAACTGTATCTTATTTAGCTAGAGCTGTTTCTTTAGGAGTTCGATTATTTGCTAATATCGTAAGTGGACACACTCTATTGAAAATCATATCTACTTACTTATACAAATTATTCACAGGTAATTTAATTGTAGCTGTAATTGCTTTA---------ATTCCTTTCATAATATTTGTAGCCTTAATTGGTTTAGAGTTAGCGGTATCAATTATTCAA Allomyces_arbusculus TCACTCACAAATATTGCTATTTTATTCATAATTGGTTTATTAGTTTTAACA---ATCTTCCAAATATCAGCTTCATTAATTAAACCAACAAGATGGAATATAGTTTTAGAAACATGGGTAGCATCAATTTTAGGTATCGTTAAAGATCAAATAATTTATTTCCCATTAATATTCACATTCTTTAGCTTTGTGTTTATTTCTAATATTTTAGGTATGATTCCTTATAGTTTTACACCAACAAGTCATATTAGTGTAACATTAGGCTTAAGTATTGCTATTATGATCGGA---GTTACTCTTATAGGTTTTTCTAAGCATCAACTTGATTTCTTCAGTCTTTTCGTGCCTAAAGGGACTCCATTAGCCTTAGTGCCATTATTAGTGCTCATTGAATTTATCTCTTACTCAGCTAGAGCATTCTCATTAGCTCTTCGGTTAACTGCTAACGTATCGGCTGGTCATTGCCTCTTTGGCGTAATTAGCATGCTTAGCGTGTCTGCATGTATGGCAGTATCAAGTATCTTGTTAAAAGGTATAACTATCGGATTACCATTAGCCGTATTAGTGGTACTTTACGGTTTAGAGTTATTAGTTGCGTTATTACAA Allomyces_macrogynus TCACTCACAAATATTGCTATTTTATTCATAATTGGTTTATTAGTTTTAACA---ATCTTCCAAATATCAGCTTCATTAATTAAACCAACAAGATGGAATATAGTTTTAGAAACATGGGTAGCATCAATTTTAGGTATCGTTAAAGATCAAATAATTTATTTCCCATTAATATTCACATTCTTTAGCTTTGTGTTTATTTCTAATATTTTAGGTATGATTCCTTATAGTTTTACACCAACAAGTCATATTAGTGTAACATTAGGCTTAAGTATTGCTATTATGATCGGA---GTTACTCTTATAGGTTTTTCTAAGCATCAACTTGATTTCTTCAGTCTTTTCGTGCCTAAAGGGACTCCATTAGCCTTAGTGCCATTATTAGTGCTCATTGAATTTATCTCTTACTCAGCTAGAGCATTCTCATTAGCTCTTCGATTAACTGCTAACGTATCGGCAGGTCATTGCCTTTTTGGCGTAATTAGCGCCCTCTCTGTATCAGCATGTATAGCAGTATCAAGCTTATTACTTAAAGGTATAACTATTACTTTACCCCTTGCAGTATTAGTTGTATTATATGGTTTAGAGTTATTAGTTGCATTATTACAA Aspergillus_nidulans TCAATAACAAATATTGGTTTATATTTATCAATAGGTTTATTATTAACATTA---GGTTATCACTTATTAGCAGCAAAAATAATACCTAACAATTGATCAATAAGCCAAGAAGCTATATATGCAACAGTACATAGTATTGTAATAAATCAATTATTATATTTCCCTTTTATATATGCATTATTTATATTTATTTTAGTAAATAATTTAATAGGAATGGTTCCATATAGTTTTGCATCAACATCTCATTTTATTTTAACATTCTCAATGAGTTTCACTATAGTATTAGGA---GCAACATTTTTAGGATTACAAAGACATGGATTAAAATTCTTTTCATTATTTGTACCTTCAGGTTGTCCTTTAGGATTATTACCTTTATTAGTTTTAATCGAATTTATTTCTTATTTATCTAGAAATGTATCTTTAGGATTAAGACTAGCAGCAAATATATTATCAGGTCACATGCTTTTATCTATTTTAAGTGGATTTACATATAATATAATGACTAGTGGAATATTATTCTTCTTTTTAGGTTTA---------ATACCTTTAGCATTTATTATAGCTTTCTCAGGATTAGAGTTAGCTATCGCATTTATTCAA Boletinellus_merulioides ACTATAACTAATTTAGCTTTATATTCAAGTATAATTTTATCTTTAATTGTA---GGATTACATATTTTTGGAAATAAATTATTACCTTCTAAATGGTCTATCTTATTAGAAAGTTTCTTTGCAAGTATTAATACTATGGTAAGAGATCAAATAATTTATTTACCATTTATTTATTCTTTATTCTTCTTTATTTTAGTAGCTAATTTAGTAGGTAATATACCTTATTCATTTACTATTACAACATCTGTAATTGTATCTATTGGATTATCTTTTACTATTTTAATTGGT---GTAACTATCCTTGGATTATCTATCCATAAAATACATTTCTTTTCATTCTTTATTCCTTCTGGTACACCTTTAGCATTAGTACCTCTATTAGTTTTAATTGAATTAATTAGTTACTTAGCTAGAGCTTTCTCATTAGGTATAAGATTATTTGCTAATGTAGTAGCTGGTCATACTTTATTAAAAATTTTATCTACTTTCTTATTTAAAATGTTCTCTGGTGGTTTAATTATATTTATATTAACTTTA---------TTACCTTTTGCATTATTCTTAGCTATTACAGGTTTAGAATTAGCTGTATCCTTTATACAA Boletus_edulis ACTATTACAAATTCAGCTTTATTTACAGTATTAGTATTATCTCTAATTTTA---TTTATACATCAAAATAGTGGTAAATTAATACCAAATAAAGAAAGTATCTTATTAGAAAGTTTATTTGCAAGTATTAATACTATAGTAAGAGATCAAATAGTGTATTTACCTTTTATCTATTCTTTATTCTTATTTATATTATGTTCTAATTTAGTTGGTAATATCCCTTATACATTTACTATAACAACATCAATAATAGTATCAATAGGATTATCATTTACTATATTAATAGGT---GTAACTATTTTAGGTTTATCTATTCACAAAATTCACTTTTTCTCATTCTTTATTCCTTCTGGTACACCTTTAGCTTTAGTTCCTTTATTAGTTTTAATTGAATTAATTAGTTATTTAGCTAGAGCTTTCTCATTAGGTATAAGATTATTTGCTAATATGGTAGCTGGGCATACATTATTAAAAATCTTATCTACATTCTTATTCAAAATGTTCTCAGGTGGATTAATAATATTTGTATTAACTTTA---------TTACCATTTGCTTTATTCTTAGCTATTACAGGATTAGAATTAGC???????????????? Boletus_pallidus ACTATTACAAATTCAGCTTTATTTACAGTATTAGTATTATCTTTAATTTTA---TTTATACACCAAAACAGTGGAAAATTAATACCAAATAAAGAAAGTATCTTATTAGAAAGTTTATTTGCAAGTATTAATACTATAGTAAGAGATCAAATAGTGTATTTACCATTTATCTATTCTTTATTCTTATTTATTTTATGTTCTAATTTAGTTGGTAATATCCCTTATACATTCACTATAACAACCTCAATAATAATATCAATAGGTTTATCATTTACTATATTAATAGGT---GTAACTATATTAGGATTATCTATTCATAAAATACACTTTTTCTCATTCTTTATCCCTTCAGGTACACCTTTAGCTTTAGTTCCTCTATTAGTTTTAATTGAATTAATTAGTTATTTAGCTAGAGCTTTCTCATTAGGTATAAGATTATTTGCTAATATGGTAGCTGGTCATACATTATTAAAAATCTTATCTACATTCTTATTTAAAATGTTCTCAGGTGGATTAATAATATTTGTATTAACTTTA---------TTACCATTTGCTTTATTCTTAGCTATTACAGGATTAGAATTAGCTGTATCATTTATCCAA Brauniellula_albidipes ACTTTAACTAATTTAGCTTTATACTCATTATTAATTTTTATTTTAATTGTA---GGATTACATTATATGGGGAATAAATTATTACCTTCTAAGTGGTCTATACTATTAGAAAGTTTATTTGCAAGTATTAATTCAATGGTTAGAGAACAAATAATTTATTTACCTTTTATTTATTCTTTATTCTTTTTCATTTTAATAGCTAATTTATTAGGTAACATCCCATACTCATATACAATTACTACTTCAGTTATTGTATCTATTGGATTGTCATTTACTATATTAATTGGT---GTAACAATACTTGGATTATCTATTCATAAAATTCATTTCTTCTCATTCTTTATACCTTCCGGTACTCCTTTAGCTTTAGTTCCTTTATTAGTTTTAATTGAATTAATTAGTTATTTAGCTAGAGCTTTCTCTTTAGGTATCAGATTATTTGCTAATGTAGTAGCTGGTCACACACTATTAAAAATCTTATCTACATTCTTATATCAAATGTTCTCAGGTGGATTAATTATATTTATTGTAACTTTA---------GTACCTTTTGCTTTATTCTTAGCTATTACTGGTTTAGAATTAGCTGTATCATTTATACAA Candida_parapsilosis AGTATAACAAATTATACATTATATTTAATAATTGTTTCATTAATTATTATA---TTTTATAGTAGTATTATACGTTATTTAGGTTCATCACGTTGAGGTGTATCTGTTATAGCTATTTATGATACTATTCTTAATTTAGTTAATGGACCAATATATTATTTTCCTTTAATATTTACTATATTTAATTTTATATTAATAGCTAATTTAATTTCTATGATTCCTTATTCATTTGCTATTTCTGCTCAATTAGTTGCTGTTGTTTCTTTCTCATTAACTCTTTGAATAGGT---AATGTTGTTTTAGGTTTATATTTACATGGTTGAGGTTTCTTTGCTTTATTTGTTCCTAGTGGTACTCCTTTAGCTTTAGTTCCTGTTTTAGTTTTAATCGAAGCCTTATCTTATGCTTCTCGTGCTATTTCTCTTGGTCTTCGTCTTGGTGCTAATATTCTTTCTGGTCACTTACTTATGTTAATTCTTGGTTCTTTAATTATTAGCTTAATGTCTTCTTCTTTCTTAGGTTTTGTTAGTGGTATT---------ATCCCTATCTTAGCTGTTGTTGCTATTACTATTCTTGAATTTGGTATTGCTATTATTCAA Chamonixia_caespitosa TCTCTTACAAATTCAGCTTTATTTACAGTTTTAGTATTAACTTTAATTTTA---TTTATACATAAAAATATTGGGAAATTAATACCAAATAAAGAAAGTATCTTATTAGAAAGTTTCTTTGCTAGTATAAATACTATAGTAAGAGATCAAATTGCTTATTTACCTTTTATCTATTCTTTATTCTTATTTATTTTATGTTCTAATTTAGTTGGTAATATACCTTATACATTTACTATTACAACCTCAATAATAATTTCAATAGGATTATCATTTACTATATTAATAGGT---GTAACTATTTTAGGTTTATCTATCCATAAAATTCACTTCTTCTCATTCTTTATTCCTTCTGGTACTCCTTTAGCTTTAGTTCCTTTATTAGTTTTAATTGAATTAATTAGTTATTTAGCAAGAGCTTTCTCATTAGGAATAAGATTATTTGCTAATATGGTAGCTGGTCATACATTATTAAAAATCTTATCAACATTCTTATTTAAAATGTTCTCAAGTGGATTAATAATATTTGTATTAACTTTA---------ATACCATTTGCTTTATTCTTAGCTATTACAGTATTAGAATTAGCTGTGTCATTTATCCAA Chasciporus_piperatoides AATATAACAAATTCAGCTATATATACATATATAGTTGTTCAAATAATTTTACTTTTTATATATAATTATGCTGGAAAATTAATACCTAATAAAAAATATATTTTATTAGAAAGTTTATTTGCAAGTATAAATACTATGGTAAGAGATCAAATAATCTATTTACCTTTTATATATTGTTTATTTGTATTTATTTTATTTGCTAATTTAGTAGGAAATATACCATATACATTTACAATAACAACCTCAGTAATAATCTCTATAGGATTATCATTTACTATTTTAATAGGT---GTAACTATTTTAGGATTATCAATCCATAAAATTCACTTTTTCTCATTCTTTATTCCTTCTGGAACACCTTTAGCATTAGTTCCTTTATTAGTTTTAATTGAATTAATAAGTTATTTAGCTAGAGCTTTCTCATTAGGTATAAGATTATTTGCTAATATGGTAGCTGGTCATACATTATTAAAAATCTTATCAACATTTTTATTTAAAATGTTCTCTGGTGGATTAATTATCTTTGTATTAACTTTA---------TTACCATTTGCTTTATTCTTAGCTATTACTGGATTAGAATTAGCAGTATCATTTATCCAA Coniophora_arida ACATTAACTAACTTAGCTCTATACTCAGGTTTAATCTTCTCTTTAATTGTA---GGATTACATTACATGGGAAATAAATTATTACCATCAAGATGGTCAATTGTTTTAGAAAGTCTATTTGCTTCAATTAATTCAATGGTTAGAGACCAAATTATTTATTTACCTTTCATCTACGGATTATTCTTCTTCATCTTAATTGCAAATTTAGTAGGTAATGTGCCGTACTCATTTACTATAACTACTTCTGTTATTGTTTCTATCGGTTTATCATTCACTATTTTAATTGGT---GTAACTATCTTAGGATTAAGTATCCACAAAGTACACTTCTTCTCATTCTTCATTCCTTCAGGTACTCCTTTAGCCTTAGTTCCTTTATTAGTTTTAATTGAATTAATCAGTTACTTAGCTAGAGCTTTCTCATTAGGTATCCGATTATTTGCTAATGTAGTTGCTGGGCACACATTATTAAAAATCTTATCTACTTTCTTATTCAAAATGTTCTCTGGTGGAATAATTATCTTTATCTTAACATTA---------GTTCCATTCTCATTATTCTTAGCTATTACAGGATTAGAATTAGCAGTTTCA????????? Gomphus_floccosus AGCCTAACAAATTTAGCTCTTTACTCTTTGATCGTTTTCATTTTAGTCCTT---GGTTTACACTTAGCTTTTAAAAAATTAATTCCTTCAACCTGGTCTATCGCTTTAGAAAGTTCATTTGCAAGCATCAATGCTATCGTGCGAGAACAAATAATCTATTTACCTTTTATTTACTCATTGTTCTTTTTTATAATTATTGCTAATTTAATTGGAAACACTCCTTATTCTTTTACAATAACAACTTCTATAGTATTATCTGTAGGATTAAGCTTTACTATTTTTATTGGA---GTGACTTTAATAGGACTCGCTAAACATGGTTTACACTTTTTTTCATTCTTTATCCCTTCTGGTACACCTTTAGCATTAGTACCGTTACTTGTTTTAATTGAAGTGACTTCTTATTTAGCTAGAGCCCTTTCTTTAGGGGTTCGTTTATTTGCGAATGTGACGGCAGGGCATACTTTATTAAAAATACTTTCCACTTTCTTGTACCAATTGTTTAGTAGTAGTATTGTTGTGGCATTATTAACTTTA---------GTACCTTACTCTATATTTATAGCATTAATTGGACTAGAAATAGCGGTATCTATAATACAA Gyrodon_lividus 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TCTATCACTAATATAGGGTTTTATTTAACAATGGGGGCTTTTTTTTTATTA---ATTATAAATCTATTAAGTACAAAATTAATTGGTAATAGCTGATCCATAAGTCAAGAATCTTTATATGCAACTCTTCATAGTATCGTAGTAAATCAAATAATATATTTTCCTTTTATTTATGCTTTATTTATATTTATTTTAATAAATAATTTAATTGGGATGGTACCATATAGCTTTGCTTCTACAAGCCATTTTGTTTTAACATTTGCTCTTAGTTTTACTATAGTTTTAGGT---GCAACTATTTTAGGGTTCCAAAAACATGGATTAGAATTTTTTTCTTTATTAGTACCAGCTGGTTGTCCTCTAGGATTACTACCTTTATTAGTATTAATAGAGTTTATCTCGTACCTTGCGAGAAATATATCTTTAGGTCTTAGATTAGCTGCAAACATACTTTCAGGTCATATGCTGTTACATATTTTAGCAGGTTTTACTTATAATATAATGACATCGGGTATTATATTCTTTTTCCTAGGTTTA---------ATTCCTTTAGCCTTCATTATTGCTTTTTCTGGATTAGAGTTAGGTATTGCCTTTATACAG Rhizopogon_olivaceotinctus 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ACTTTAAGTAATTTAGGTTTATATTCTATATTAATCTTATTAATAATATTA---AGTTTACATATAATAAGTAATAAAATTTTACCTTCAAAATGAAGTATAGCAATAGAAAGTATATTTACAACAATTAATACAATGGTAAGAGAACAATTAATTTATTTACCTTTTATTTATTCATTATTTTTCTTTATATTAATAAGTAATTTAATAGGTAATATACCTTATTCATACACAATTACAACTTCTGTAATAGTAACTATTGGATTATCATTTACTATATTAACAGGT---GTAACTATATTAGGATTATATATTCATAAATTACATTTTTTCTCATATTTTGTTCCATCTGGAACTCCTTTAGCTTTAGTTCCATTATTAGTTTTAATTGAAACTGTATCTTATTTAGCTAGAGCTTTATCATTAGGTATAAGATTATTTGCAAATATGGTAGCTGGTCATTCTTTATTAAAAATATTATCTACTTTCTTATATCAAATGTTTAATAGTAGTTTTATTATAGCTATTTTCACTTTA---------ATTCCTTTTGCATTCTTTTTAGCATTATGTGGATTAGAAGTTGCTGTTTCTATTATTCAA Saccharomyces_cerevisiae 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