#NEXUS
[written Tue Apr 07 11:22:15 PDT 2015 by Mesquite  version 2.75 (build 566) at Hispaniola.local/172.19.55.154]

BEGIN TAXA;
	TITLE Strongylocentrotid_sea_urchins;
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	;

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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  MA_Concatenated_mtDNA_genes;
	DIMENSIONS  NCHAR=10656;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	'Strongylocentrotus_intermedius'             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	'Pseudocentrotus_depressus'                  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	'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940' 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	'Strongylocentrotus_droebachiensis'          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	'Mesocentrotus_franciscanus'                 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	'Strongylocentrotus_fragilis'                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	'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453'    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TCCTATCCATTCTATTATGCCTTGAGCTACTCCTTATTTCCTTGTTTATCGGAATTGCGATTTGAAAAAAAAAAACAGGGGTCCCTCAAAAAACAACATTCAACTTATTCGTTTTGACTCTAGTCGCTTGCGAAGCAAGCATAGGCCTCTCCCTAATGGTAGGGCTCTCCCGTACACACTCTTCACTTATAGTTATGCTTTTTGGAAGGACTTTAGTTTTTTATAGTCTCTCGCCATACTATTCAGCATTAGGGTTGGTAGTTTTTTCGGTTCCTGGGTCCTTCGTCTTATCTTTCTTAGGTAGGTCATTTGTACCCATTGTATTGTTCCTTGTTTACATCGGAGGAATGTTAGTCGTGTTTCCTTACTCTAGCGCTATATCGCCTGAGCGGTTTCCCTCAGTAAAAAATTTAGGGGAGGTTGTTGGGCTTGTCTTTCTTTTTTCTTCCTGGGTTTTTATGTCTTTTGATAATTTTCAAGACCTGAAGAATATTTTTCATTGTTTTGTTAGAGGCGAGAGACTAGTCGGAAGAAACTTTTACAACAGGGTCTTGGTCATCTTAGGTGTTTTTGTGTTGCTTGTAGCCTTAGTTGGAGCTTTGATAATTTCTCGAGGAATCGAAAGAACAATAATTCGTGCTATCTGGTTATGATAA

;



END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  M4_Concatenated_mtDNA_genes_4fold_degenerate_sites;
	DIMENSIONS  NCHAR=1075;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	'Strongylocentrotus_intermedius'             AATACACCCTATATACATTCTACTCCTAACCATCAATTATATCAAAACACTACACTCATTTCATGTCAATCTTTAATACAATCAACTAAATTAATATTAACATTGCCATTTGCTCAAACAATAACAGTAACTGTCTCTATAAAAAATCTCTCTTCTTTGCCTCTCTTAAGAAATTTTCCCTCGCCTTACAAAACCATATAAAGGATAGTTATATTTTGTAATCAATACCGAATAAATCCGTTAAATAACGTCAAGGAATTCCCTTTCAGTTAGCATTGTCCAGAACCTCACAGAAAATATTCAAACGTCCTGATACACCCTCCGCTCATATACCTTCAAATCCAATGTCTCTTAGAATATCTTCCTTCGGTAAATTCGTTCCGACCCATGCTAACTCCTAACAAACTCATCAGCATAATCGTAAAAATCTTCCTCCGAGTAAAACAGCAAAACCTCGGAGCTGATCGCCATCACTAAAGGCAGTAACCCCACATCTCAGCAGCTCTCGGAGCGTACCATAAGTAACTAATCTAGCAACATTCATTAGGACGTCAAGACATAATACAATGCCAAAAACTTGGGGACAGTTTCTATCTTGCTCCCTCTGTCCGGTTTCTATAAGCGACGATAAATCGTCTTAAAAAAAGTTGAGCGGATCAGGCCCCAATCCTATCAAGGGTCAGTGAGACATTATATTTCTCAATAACTCGTGTCTTAATTAACTCTTCACGCGCTTTTTACGAATATAACCTAAATTAGTTGAGTACTAACTCCCCCTTACATCCAGTAAACCCGTTTTCCAACCAAAGTCCAGTATTTCAGAACTTTCTAATTCCTTTTCTAAATTACCAAATCCCTCAGAAGGAAACTTATCACTCAAAATCTAATCATATAACAAAACTTTTACTTAACTTTGCGACATTAAAGCTCAAATTCCGAACAATAACTAAGTCACCCCTATCGTCCCGCATCCCAGATCAGCTCTTACGTAGAGTGCCTTCAGAATGTACCCTATACATATTAGTTTTAACGGCGTTATTGGATGTCTTATAGTCTTTTGAGTTGGTATTAAACT
	'Hemicentrotus_pulcherimus'                  AATACAGTCCGTATACATTCTAGTCCTAACCACTAGGAACGCTAAAACATGATACTCAGTTACTATTCACCTTTGAGATAATAAACTAAATTAATTCCCGCATTATAATTCACTCAAACAATATGAACAACCTCTTCTCCCAGAAGTATCTTTTCACCACCTCTCTCAAAAAGTTTCCTATCACTTCACAGAGTTTTATAAAATACAGTAACACTTTTTGACCAATACCTGATAAACTTATTAGATAACGTCAACAAACCTCCCTTCGACTAACAATGTCCTAAATCCTATAGTAGATATTCAAATTCCTTAGCACCATCTTCTCTAGTATACCTTTAAATCCGATACCTCCTAAAAATCCTTCATTTTAAAAACTCACTCCGATCCACTCTATCTTCCAACAAATTAGTTAGCATAATAATAAAAGTCTTACTCCTAACGAAATAATAAAGTTTCGAAACTTATCGCTCTCGCTAAAGACATCAGCCTCTTGTCTTAAGAACTCCCTGCATACAATATAGATAAGTAATTGAACACCATTCGTTAGAACACTAAAACAGGATACAATACTAAGAAATAAACTACAATCTCTGTTTCTTTCCCTTTGTTCAATTCTCACAGACGGCAGTAAATCATCTTGGTAGAAATTACATTATTCAACACTCAAATATATCAAGAACCAATAGACCAATACGTTCTGTTATAACCCATATCTTAATTAAGTACTCATGTATTTTCTACGGCTATAGACGACGATGATTTAATACTAACTAACCCTTACATTTAGAAAACACATTTCTCCGTTGCATTTCAATATTTTAGAACTTTCTACCTCTATCTACAAAATGTTAAATCCCCCAGGAAGCGACCTATCACTCTAGAGCTAATCATGAAAAAGAACTTCCACCAGACCCCATACAATTAAAACTCGTCCTCCAAACAGCGATCAGATCATCCCTATCATCCCACATCAATAGTCCGTTATTACATAGCGTACCTCTGTAATGTACCTTATATATATTAGCTTAGATGGTGTTCCTTGATGTATTATAATCTTTTTAATTGGTATTAGATT
	'Pseudocentrotus_depressus'                  AATACTCCTCATATAGAGTATACCTACAACCAATAAACACATTGAAATAAAACATCCACTTTACACCCATCTTTCAAACAACTAACAAAATTAATGCCCAAATTATCGCTTACTCAAGCGAAATCAATAATCTATTTTTCAAGAAATATTTTCTCATTATTTCTCCCAAGAAGTCTGTTTTTAATTCAATAATCCAGACAAAAAACAATAAAATTCAACAGTCAACTCCAGAAAAATCTACCAAGTAATGTCAAAAAATTTTACTCCAATTAACAGTCCAACAAATCCAACAAAAAATGCTCAAACTACCTAACACACACTTCCCTAATATACCTTTAAATCCGATTTCCTCTAAAAATCCTTCTTCCTACAAACACATCTCTATACACTCTACCTTTCAACAAACTAACAAACAACACAATAAAAATCTTCTCCATATTAATACAACGAAATTTAGACACTTAACTCTTAGACCTAACAAACTAACACCCCATCTCAATAACATACAGAATATTTCATAAAATAACCACCAGACAACACCCATCAAAGCACTAACACACGAGACAATGTCCAAACCCTAGATACAGTTTTTACCACCATCCCTCTATCCAATTCTAATACATACAAATAAATAATTTTAAAAAAAACCACAAAACTCAAAGACCCAATCTGTCAGGAACCGATGGGTAGATATATTTTCCAATAACTTCCACCTTAAATATGTATTCACACGCCTTCCACGAAACTAACCAACACTCCCTTAAATCCAAATCACCTCCACACTTCATAAACCCATCTCCCCTACCCACTACAAAACTTACGAATTTCCTACCCCCACTAGTAACGTACCAAACCCCCAAAAAAACACCTCATTAACTCAAACAAAATTATAAAAAGAAAACCCATCTCAATCTTATAAAACCGAAACATAAAGCTCAAATAATCAGCAATTGGTCACTATCATCCCGTACCGAAAAACAACTCCTACGTAGAACAACTTTCAAATACTCCATATACATATTGGTTTTATCGGTTTCTTTCGATGTGTTGGGATCTTTCTAAAGGGTATTGTATT
	'Paracentrotus_lividus_NC_001572'            TATCCAATTCACACTAGCCCACCTCTTGACCAATCTGGAAACTAACTACCCAATTTAGCCCTACCCTTTTATTCAAAACAGCTAATAAAATTAATTCACAATAAAACAAGTAATTAAAAAAAAATAAAAACCAACTTTCAAAAACGAACCTCCAAAAAAACTGTCTTCAAGGATAATTCTTAATTTAAAAAGTTAATAAAAAAAATCAACAAAACAGATAACCGACATTATAAAAGATCAAACAAAAATATTACCCATATAATTATATTCAATAATTGTAAATAGCACTGTTAGAAACCCGATAATTCTCTGGCACCGACACAATTCTTATGCCAAAACATCCAGAGCAATCTACTTCTTATCCATTTAAAACAATTCTCCAAAACTACTCAAAATTCCAACACATCCATAAATAATCCCTTAACAATCATCCTCCTAACAAAACAGAAGGAAACAGAAACAAGGCTTCAACGTCATGCTCGACAAAACCATGATAACACCACATCAAAAAAGTCTCCCACACAGCCAATAGATAAACAAGATAATCTGGAATAGTACAACCTTATATATCTATAATAAATACACACCAATCGAACTAAACGTAAACCTCAATACTGAGACACTCCCAAAGACAGCACAAATCCAAATAGATAAATGTTAGCTCAGCACTAGTCCAGTGAACACCAAATCTACTATCAAACCATCAATTACTCCACAAACTAAACAATAATAATGTCCAGAAGAATCTAAACCAATTAGAAAAATTAAGCTTTAAACTTATACTGGGTACCTTTAAAAATCAGATTATGGCTAAAAAACACGATTACACCTTTTTGACAACCAAGTATTGTAAACCATAAAAAAAGTTGCTATGATCTTACAAGAATGCAAGACTACTAATACTTGAAAGAAGCTATCAAAATTCAAAAACTCACTTAAAAACTCAACACCAGAGCACAGTCTATGACATAAAGAACATCGCTCGCACATAAAACAATAAGATTAAATACACCACCACTCTTGACAGTCTTGATTTTTCTCTAGTTTTAACAGGGCTATAGGCTATAATTTAATA
	'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940' AATACACCCCATATACATTCTACTCCTAACCATTAATTATGTTAGAACATAACGCTCATTTCATATTAATTTTTGAGACAATCAACTAAATTAATACTCACATTGTCATTTGCTCAGACAATAGCAGTAACCTCTTCTCTAAAAATTCTCTCTTCACTGCATCTCTTAAGAAATTTTCCCTCGGCTCACAAAATTATATAAGATATAACGATATTTTGTGATCAGTACCAAATAAATCCGTTAAATAACGTCATGAAATTTCCCTTCAGTTGGCGATATCCAGAGCCTTATGAAGAATATTCAAACCTCTTAGCACAACCTTCACTCGTATACCTTCAAATCCAATGCCTCTTAAAAGTTCTTTCTTCTATAGATTCGTCCTGACCCATGCTAGCTTCTAACAAACCGATCAACGTAATCATAAAAATCTTCCTCCTAATAAAACAGTAAAACCTCGGAACTTATCACCTTCACTGAAGACATCAACCCCTCATTTCAACAACTCCTGGCGCGTAACACAAACGAATAATACGACAACATCTATTAGAACACCAAGACAAAATATAGTGTCAAAAATCAAGGTGCAATCTCTACTTCGTCCCCTCTGTCCAGTTCTGATAAACGACAACAAATCATCTTAAAAAAAATTGCACGATTCAAGGCCCGATCCTATCAAGGGTCGATGGGACATTATGTTCCCCAATAATTTGTATCTTGATTAACCACTCATACGTTTTCTACAAATATGACCAACATTAGTTGAGTACTAACTCCCCCTCACAGCTAGTAAACCCATTTCTCCACCACATTCCGATATTCCAAAGCTTTCTATTTCCCTTTGTAAAATGTTAAATCCCTAAAAAAAGAGTTTATCACTCAAAATCTAATTATAAAACGAAACTCACGCTTAACTTTGTAACATTAAGACATAAACACCGAACGACAATTAGATCATCCTTACCATACCGCGTCACGAGTTAGCTCCTACGTAGGGTGCCTTCAGGATATACCCTATACATATTAGTTTGGACGGCGTGATTTGACTTCTTATAGTCTTTTCATCTGGTATTAAACT
	'Strongylocentrotus_droebachiensis'          AATACACCCCATATACATTCTACTCCTAACCATTAAGTATGTTAGGACATAACGCTCATTTCATGTTAATTTTTGAGACAAGCAACTAAATTAATACTCACATTGTCATTTGCTCATACAATAGCAATAACCTCTTCTCTAAAAAATCTCTCTTCACTGCCTCTCTTAAGAAATTTTCACTCTGCTCACAAAATTATATAAGATACAACGACATTTTGTGATCAGTACTAAATAAATCCTTTAAATAACATCGTAAAATTTCCCTTCAACTGGCAATATCCGGGGCCTTACGAAGAACATTCAAACCTCTTAGCACAACCTTCACTCGTATACCTTCACATCCAATACCTCTTAAAAATTCTTCCTTCTATAGATTCGTCCTGACCCATGCTAACTTCTAACAAATCGATTAACGCAATCATAAAAATCTTCCTCCTAACGAAACACTAAAACCTAGGAGCTTATCACCCTCACTAAAAACATCGACCCCTCACTTCAAGAACTCCTGGCGCGCAACACAAAAAAATAATACGACAACATCTATTAGAACACCAAGACAGAATATAGTATCAAAAATTTAAGTGCAATCTCTATTTCGTTCCCTCTGTCCAATTCTGATAAATGACGACAAATAATTTTAAAAAAAGTTGCGCGATTCAAGGCCCAATCCTATCAGGGGTTGGTAGGACATTACGTTCCCCAATAATTTGTATCTTGATTAACCACTCACACGTTTTCTACAAATGTGACCAACATTAGTTAAGTATTAACTCCCCCTCACATCTAATAAACCCATTTCTCCACCACATTCCGATATTTCAGAGCTTTCTATTTCCCTTTGTAAAATGCTAAATCCCTAAAAAAAGAACTTATCAATCAAGATCTAATTATGAAACAAAACTCACGCTTGACTTTGTAACATTAAGACATAAACACCGAACAACAATTAGATCATCCTTACCGTACCACGTCGCAAATTAGCTCCTACATAGGGTACCTTCAGTATGTACCCTATACATATTAGTCTGGACGGCGTCATTTGAATTCTTATAGTCTCTTCATCTGGTATTAAACT
	'Mesocentrotus_franciscanus'                 AATACCCTCCATATGGGGTCCACACTTAACTAATAGGTATATTAGGATACAATGTCCACTTTACATCCATTTTTCAAACAATTAACGAAATTAATACTCAGATTATCACTTACTCAAGCGAAGGCGATAATCTACTCTTTAAAGAATATCCCTTCACTGCTTCTCCTAAAAAGTTTCCTCTCAACTTAGTAACTGAAATAAAAAATAGTAATATTTGACAATCAATTCCAAACAAATCCATTAAGCAGCATCAAGAAAATTCTTTCCGATTAATAATCTAACAGGTCCAATGAAGAACACTCAAACTACCTAACACGTATTTTCCTAATATACCTTTAAATCCGATTTCCCTTAGAAATCCCTTTTCCTATAAATACATTTTCATACATTCTACCTTCCAACAGACTGACAGACAACACAATAAAAATCTTCCTCCTATTAATGCAGCAAAATATAAACACTAACCACTTAAACCAGACAAACCAATATCCCATTTCAATAACTTCAAGAGTATTACATAAAACAACCATCAATCAATACTCACTAAAACACTAACATAAAAGACAATGTCAAAAGCTGAACTACAGTCTTTACCACATTTCCTCTATCCAGTTTTAACACGTAAGAACAAATAATTCTAAAAAAAATCAGGAGACTCAAAGACCCAGTCTGACGAGAACCAGTAAACTAGTATGTTTTCCATTAACACCCATTTTAAATATGTGCTTACACACTTTCTACAAAAAAAGCTAATACTAGCTCAGATTTAAGTCACCCTCACACTTAGCAAACCCGCTTCCCCCACCTCCTTCAACATTTGGGAATTTTCTACCTCCATTAGTAAGAGACCGACTCCCTAAAAAAAAAACCTATCGACTTAAACACAATCATAAAAAAAAAACTCATCTTAACCCCATAAGACGAAAATACACAACCCAAACAGTTATCCACCAATCCTTACCATCCTACGTAAATAACTGGCTCTTACGTAACGCAGTTCTAGAACACTCCACATACATATTAGTTTTATTGGTCCTCCTTGATATGTTCGGATCTTCTCAGAGAGTATTAAATT
	'Strongylocentrotus_fragilis'                AATATAACCCATATGCATCCTACTGCTAACCATTAATTATGTTAAAACACAACGCTCATTTAGTGTCAATCTTTGAGACAATCAACTAAATTGATATTCACATTGTCATTTGCTCAAACAATAACAGTAACCTCTTCTCTAAAAAATCTCTCTTTACTGCCTCTCTTAAAAAATTTTCCCTCGGCTCACAGAATTGTATAGGACATAATAACATTTCATGATCAGTACCAAGTAAATCCGTTAAATAACATCGAGAAATTTCCCTTCAGTCGGCAATATCCAGAACCATACGGGAAATGTTCGAACCTCTTGACACACCCTTCACTCGTATACCTTCAAATCCAATATCTCTTAAAAACCCTTCCTTCTGTAAATTCGTACTGGCCCATGCTACCTTCTAACAAACCGATCAACGTAATCATAAAAATCTTGCCCCTCATAAAACAGCAAAACCTTAGAACTGATCACCCTCGCTAAAGGCATCAACCTCCCATTTTAACAACTCCCGGCGCACAACACAAACAAATAATCCGACAACATCCATTAAAACACCAAGACAGGATACAGTATCAAAAACTTAGGTGCAATCTCCATTCCGTTCCCTCTGTTTAGTTCTGACAAACGACGACAAATCATCTTAGAAAAAATTGCATGGTTCAAGAACCGATCCTATCAAAGGCCCAAAGGATATTATGTTTCGCAATAACTTGTATTTTTATTAACTACTCATACGCTTTCTACAAGTATGACCAACACTAATTGAGTACTAATTCGCCCTTACATCTAATAAACCCATTTCCCCACCACATTCCAATATTTCGGAGCTTTCCATCTCCCCTTGTAAAATGCCAAATCCCTCAAAAAACAACTGATCACTCAAGACTTAATCGTAAAACAAAACTCACACTTAACTTTATGACACTAAGTCATAGACGCCAAACAATAATTCAACCACCCCTACAATACCACGTCGCGAATTAACTCCTACGTATAGTGCCTTCGAAATGTACCCTATATATATTAGTTTGAACGGTGTTATTTGACTTTTTATAGTCTCTTTATCTGGTACTAAACT
	'Mesocentrotus_nudus'                        AATACCCCCCACATAGCATCTATTCCTACGCAACAGATAAACTAAGACCAAATATTCACTCCACATCCATTTTCCAAACAACTAACAAAATTAATGCTCAAACTATCACCTACTCAAGCAATAGTAAAAATCAACTCTTTCAAAAACATTTCTTCTCTACTTCTCTTAAGATATTTCCTATCACTTAAAAGACTGAAATAAGAAACAGTTATATTTGATATCCAATCCTGAATAAATCCACTAAGCAACACCACAAAACTTCCCTTCAATTAATAATCCAGCAGGTCTAATAAAAAATGCTCAATCTTCCCAACACCAACCTCCCTAATATACCTTTAAATCCAATCTCCCTTAGAACTCCCTCTCTCTATGGATACATTTCTATGCATTCCACTTTACAACAAATTGGTAAGCGACGTCATAAAAATTTCCCCCCTGCTAATAGGGTAGCATATAAGGACTTTCCGCCCAGACCAGACAAACTCCCACCCCGTCCTAGCAACTTAAAATGTACCACAAACATCAACTATCAGACGACATCCATCAAAAAGCCAACACACAAGACACTGTTCAAAGCTAACATAAAATCCTTACCGCATTCCCTCTACCCGGTTCTCACATACGGAAACAAATAATTTTAGAAGAAGCTACAAAGTTTAAGAGACCAGCCTGTCAAAAGCCGGTAGGCGAATATGTTTTTTAATCAACTTCATCTCGAGTAAGTACTCACACGCTCCCTATCAAGACATATAACATTACTTCAAAATTAAGTCACACTCCCACTCAATAGACCCAACTCCTCCACCTAATTTAACACATAAAAATTTCCTACCTCCATCAATAACATACTAAATCTCTAAAAGGCGACACTCTTAACTCAGGCGCAATAATACAAAGAAAACTTATCTCAATACCACGAGACAAAGTCCCAAAACTCAAACAGTTACCAAAAAACCCTCGCTTTCCTATATCAAGAATTCACTCTCACGTAACACAACCTCAGAGTGCTTCATATACATATTGGCTTTAATGGTGTGTCTTGATATGGTTGGGCCTTTTCGAAGAGTATTAAATT
	'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941'      AATACACCCCATATGCATTCAACTGCTAACCATTAATTATGTTAGAACACAATGCTCATTTCCTATCAATCTTTGAGACAATCAACTAAATTAATACTCATATTGTCATTTACCCAGAAAATAGCAGTAACCTCCTCTCTAAAAAGTCTCTCTTCACTGCCTCTCTTAAGAAATTTTCCCTCAACCCACTAAATTATATAAGATATAATGACACTTAGTGATCAGTACCAAATAAATCCGTTAAATAACATCAACAAATTCCCCTTCAATTGGCAATGTCCAGAGCCTTACGAGGAATATTCAAGCCTCTTGGCACACCATTCACTCGTATACCTTCAAATCCAATGCCTCTTAAAAATTCTTCCTTCTGTAAATTCGTTCTGACCCATGCTAACTATTGGCAAACCGATCAGTGTAATCATAAAAATCTTCCTCCTAATAAAACAGTGAGACCTTAAGACTTATCGCTCTCGCTAAAGGCATCAGCCCCTCATCTCAACAGCTCCCAGCATGCAACACAAACAAATAGTACGACAACATCCGTTAGAACACCAAGACAGGATACAGTATCAAAAAGTCAGGTGCAATCTCCATTTCATTCCCTCTGTCCAGTTCTGATAAGCGACGACAAATCATCTTAAAAAGCATTGCGTGATTCAAAGCCCCATCTTATCAAAGACCGATGAGACATTATGTTTCCCAATGATTTGTATCTTAATTAACTGCTCATATGTTTTCTACAAGTGTGACCAACACTAGTTGAGTACTAACCCACCCTTACACCTAGTAAACCCATTTCTACACCACATTTCGATATTTTAGAGCTTTCTATTTCCCTTTATAAAATGCCAACTCCCTAAGAAAACAGCTTATCACTCAAGATCTAATTATAGAACAAAACTCACGCTTAACTCTATAACATTAAAGCATAAACGCCGAACAATAACTAGATCATCCTTACCATACCGCGTCGCCGATTAGCTCTTACGTAGAGTGCCTTCAGAATACACCCTATACATATTAGTTTGGACGGCGTTATTTGACTTTTTACAGTCTTTTCATCTGGTATTAAATT
	'Strongylocentrotus_pallidus'                AATACACCCCATATGCATTCAACTGCTAACCATTAATTATGTTAGAACACAATGCTCATTTCCTATCAATCTTTGAGACAATCAACTAAATTAATACTCATATTGTCATTTACCCAGAAAATAGCAGTAACCTCCTCTCTAAAAAGTCTCTCTTCACTGCCTCTCTTAAGAAATTTTCCCTCGACCCACTAAATTATATAAGATATAATGACACTTAGTGATCAGTACCAAATAAATCCGTTAAATAACATCAACAAATTCCCCTTCAATTGGCAATGTCCAGAGCCTTACGAGGAATATTCAAACCTCTTGGCACACCATTCACTCGTATACCTTCAAATCCAATGCCTCTTAAAAATTCTTCCTTCTGTAAATTCGTTCCGACCCATGCTAACTATTGGCAAACCGATCAGTGTAATCATAAAAATCTTCCTCCTAATAAAACAGTGAGACCTTGAGACTTATCGCTCTCGCTAAAAGCATCAGCCCCTCATCTCAACAGCTCCCAGCATGCAACACAAACAAATAGTACGACAACATCCGTTAGAACACCAAGACAGGATACAGTATCAAAAAGTCAGGTGCAATCTCCATTTCATTCCCTCTGTCCAGTTCTGATAAGCGACGACAAATCATCTTAAAAAGCATTGCGTGATTCAAAGCCCCATCTTATCAAAGACCGATGGGACATTATGTTTCCCAATGATTTGTATCTTAATTAACTGCTCATATGTTTTCTACAAGTGTGACCAACACTAGTTGAGTACTAACCCACCCTTACACCTAGTAAACCCATTTCTCCACCACATTTCGATATTTTAGAGCTTTCTATTTCCCTTTATAAAATGCCAACTCCCTAAGAAAACAGCTTATCACTCAAGATCTAATTATAGAACAAAACTCACGCTTAACTCTATAAAATTAAAGCATAAACGCCGAACAATAACTAGATCATCCTTACCATACCGCGTCGCCGATTAGCTCTTACGTAAAGTGCCTTCAGAATACACCCTATACATATTAGTTTGGACGGCGTTATTTGACTTTTTACAGTCTTTTCATCTGGTATTAAATT
	'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453'    AATACACCCCATATGCATTCTACCCCTAACCATTAATTACACTAAAACACAATGCCCATTTCATCTAGATTTCTGAAACAATTAATTAAATTAATGCTCACATTGTCATTGGCTCAGACAATAGCAATGACCCTCTTTGCAAAAAATCTTTCTTCTCTACTGCTCTCAAGAGGTTTTCCCCTCCCTTAAAAAATCATATTAAGAAACGTGATATTTTATAGTCAATACCAAGTAAATCCATCAAATAACGTTGAAAAATTTCCCTTCGATTAGTAATTTCCTAAACCTTACAAAGAACATTCAAACCTCTTGACACAACCTTCACTCATATACCTTCAAATCCAATGTCTCTTAAAAGTTCTTCCTTCTGTAGTTTCACTCCGATCCATGCTAACTTCCAACAACCCAATCACCGTAATGATAAAAATCCTCCTCCTAGTAAAACAACAAAACCTCAGAGCTTATCACCCCCGCTCAAGACATTGACCCCTCATCACGACAACTCCTGCCGCACCTCATAAGCAACCGATCAGACAACGCCCGTTAGAATACCAAGACAAGCTACAGTATCAAAAGCATGAGTGCAAACTCTATTTCGCTCCCTCTGTTTATTTCTTATAAACGACGACAAACCATCTTAAAAAAAATTGCGTAACACAAGACCCGATCTTATCAAGAGCCAGTGGGACATTATGTTTCACAATAAGTTGTATCTTAATCAACTACTCATGCGCTTATTGCAGGTATAACCAACGTTAATTAAATACTAACTCACGCTTATATCAAGTGGACCCATTTCCCCGCCATAGTCCAATATTTCAAAACCTTCCATTTCCCTTTGTAAAATGCCAAATCCCGTAGGAGAAAGCTTATCAACCAAAATGTAATTATAAAGCGAAACTCCCACTTGACTCTATGATATCAAGACACAAGTTCCAAACAACAACTAAATCATCCCAATTATCCCCAACCACGAATCAGCTCTTACGTAAAATACCTTCAGAATATACCCCACCTATATTAGTTTGAAAGAGGTTAATTAACGTCTGGCAGTGTCTTCATCTTGTATTAAATT

;



END;

BEGIN TREES;
	Title MA_Most_likely_PhyML;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE '0+' = (3:0.08783472,7:0.05303444,(9:0.08202246,(4:0.81172126,(2:0.0854556,((8:0.02950482,((10:0.00191823,11:0.00155463)100:0.02185835,(5:0.01072567,6:0.01814266)100:0.01064693)100:0.00578875)100:0.01249282,(1:0.0571213,12:0.09921033)57:0.00164894)100:0.03493969)100:0.06560061)76:0.03242464)70:0.01300781);

END;


BEGIN TREES;
	Title MA_Most_parsimonious_PAUP;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE 'PAUP 1+' = ((((1:744.0,(((5:114.0,6:164.0):112.0,(10:19.0,11:17.0):178.0):113.0,8:214.0):317.0):406.0,12:992.0):421.0,2:852.0):113.0,(3:379.0,(7:445.0,9:612.0):249.0):440.0,4:1747.0);

END;


BEGIN TREES;
	Title MA_Consensus_50_majrule_MrBayes;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE 'con 50 majrule+' = (1:0.05893713543423205,12:0.1053637273020287,((2:0.0913047906392671,(((3:0.09472283379046181,7:0.05509061467569176):0.01514687012604957,9:0.08507753005369037):0.03539617826379904,4:0.9107760037388228):0.06917885674655451):0.03595645770119142,(((5:0.01066643628265619,6:0.01827494311354928):0.01074238203332929,(10:0.001930669740760256,11:0.001609138083724354):0.02204995292888325):0.005385386546569899,8:0.03006801373882328):0.01210343168040574):0.001800267552058304);

END;


BEGIN TREES;
	Title M4_Most_likely_PhyML;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE 0 = ((((((8:0.11470714,((11:0.00347357,12:0.00470427)100:0.07953301,(6:0.06645444,5:0.03415856)99:0.03887468)61:0.01288625)97:0.03063083,(1:0.18100293)67:0.0211742)86:0.11562154,2:0.36328897)82:0.22990076,4:5.07898795)40:0.20085495,9:0.37368803)31:0.03801185,7:0.17479652,3:0.30881335);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED  (CHARACTERS = MA_Concatenated_mtDNA_genes)  =  universal:  1 -  10656;
	CODESET * UNTITLED  (CHARACTERS = M4_Concatenated_mtDNA_genes_4fold_degenerate_sites)  =  universal:  1 -  1075;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = MA_Concatenated_mtDNA_genes)  =  'Jukes-Cantor':  1 -  10656;
ProbModelSet * UNTITLED  (CHARACTERS = M4_Concatenated_mtDNA_genes_4fold_degenerate_sites)  =  'Jukes-Cantor':  1 -  1075;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = MA_Concatenated_mtDNA_genes)  =  unord:  1 -  10656;
TYPESET * UNTITLED  (CHARACTERS = M4_Concatenated_mtDNA_genes_4fold_degenerate_sites)  =  unord:  1 -  1075;

END;

BEGIN TREES;
	Title M4_Most_parsimonious_PAUP;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE PAUP_1 = ((((1:241.0,(((5:35.0,6:61.0):41.0,(10:5.0,11:4.0):68.0):36.0,8:75.0):107.0):134.0,12:256.0):109.0,2:270.0):45.0,((3:171.0,7:136.0):82.0,9:140.0):149.0,4:453.0);

END;


BEGIN TREES;
	Title M4_Consensus_50_majrule_MrBayes;
	LINK Taxa = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	TRANSLATE
		1 'Strongylocentrotus_intermedius',
		2 'Hemicentrotus_pulcherimus',
		3 'Pseudocentrotus_depressus',
		4 'Paracentrotus_lividus_NC_001572',
		5 'Strongylocentrotus_droebachiensis_NC_009940',
		6 'Strongylocentrotus_droebachiensis',
		7 'Mesocentrotus_franciscanus',
		8 'Strongylocentrotus_fragilis',
		9 'Mesocentrotus_nudus',
		10 'Strongylocentrotus_pallidus_NC_009941',
		11 'Strongylocentrotus_pallidus',
		12 'Strongylocentrotus_purpuratus_NC_001453';
	TREE con_50_majrule = (1:0.1691020346684457,12:0.207565479103949,((2:0.3326875093398824,(((3:0.3039408460226741,7:0.160007628618548):0.04639051293614232,9:0.3333198163008007):0.1763278853986107,4:3.002760621467184):0.2467358422700371):0.1069762375322427,(((5:0.03269061686835414,6:0.0656642311157894):0.04055424222907148,(10:0.005064127507773687,11:0.004072878346608164):0.07657740273254648):0.01417297262704323,8:0.1116588742062008):0.03033864427913117):0.02287948642227826);

END;


BEGIN NOTES;

	CHARACTERS = MA_Concatenated_mtDNA_genes TAXA = Strongylocentrotid_sea_urchins;
	SU  C = 10656 N = selected B = TRUE;

	CHARACTERS = M4_Concatenated_mtDNA_genes_4fold_degenerate_sites TAXA = Strongylocentrotid_sea_urchins;

END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1428430935372;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
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		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 9097100651612875279;
			tell It;
				setSelected  10656;
				attachments ;
			endTell;
			mqVersion 275;
			checksumv 0 3 3227550393 null  getNumChars 10656 numChars 10656 getNumTaxa 12 numTaxa 12   short true   bits 15   states 15   sumSquaresStatesOnly 3068800.0 sumSquares 3068800.0 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 2;
			mqVersion;
			setID 1 6310402196919937045;
			mqVersion 275;
			checksumv 1 3 1835225224 null  getNumChars 1075 numChars 1075 getNumTaxa 12 numTaxa 12   short true   bits 15   states 15   sumSquaresStatesOnly 273183.0 sumSquares 273183.0 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 2;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 572;
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			getToolPalette;
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			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			showTaxa #4541714048778663235 #mesquite.lists.TaxonList.TaxonList;
			tell It;
				setTaxa #4541714048778663235;
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				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.DefaultTaxaOrder.DefaultTaxaOrder;
					newAssistant  #mesquite.lists.TaxonListCurrPartition.TaxonListCurrPartition;
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					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TaxonList.TaxonListWindow.ibeam;
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					setActive;
				endTell;
				showWindow;
				getEmployee #mesquite.lists.ColorTaxon.ColorTaxon;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.lists.TaxonListAnnotPanel.TaxonListAnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #9097100651612875279 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					getTable;
					tell It;
						rowNamesWidth 308;
					endTell;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 787 496;
					setLocation 178 187;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				hideWindow;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;