NEXUS
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[Matrix accession#: M1172]

BEGIN TAXA;
	TITLE M1172;
	DIMENSIONS  NTAX=73;
	TAXLABELS
		Ciona_sp	Brachiostoma_sp	Eptatretus_stouti	Eptatretus_burgeri	Lampetra_japonica	Petromyzon_marinus	Alopias_vulpinus	Squalus_acanthias	Raja_erinacea	Torpedo_marmorata	Anguilla_anguilla	Gadus_morhua	Astyanax_fasciatus	Brachydanio_rerio	Ictalurus_punctatus	Catostomus_commersoni	Cyprinus_carpio	Carassius_auratus	Oncorhynchus_masou	Oncorynchus_keta	Coregonus_autumnalis	Oncorhynchus_mykiss	Salmo_salar	Oryzias_latipes	Pomatoschistus_minutus	Gambusia_affinis	Poecilia_reticulata	Fundulus_heteroclitus	Pleuronectes_platessa	Takifugu_rubripes	Sphoeroides_nephelus	Oreochromis_mossambicensis	Dicentrarchus_labrax	Sparus_aurata	Dipnoi_sp	Plethodon_jordani	Pleurodeles_waltl	Ambystoma_tigrinum	Bufo_japonicus	Xenopus_laevis	Rana_catesbeiana	Rana_sp	Testudines_sp	Crocodylus_novaeguineae	Alligator_mississippiensis	Naja_naja	Gecko_gecko	Anolis_carolinensis	Scleropus_sp	Struthio_camelus	Columba_livia	Anser_sp	Anas_platyrhynchos	Meleagris_gallopavo	Coturnix_coturnix	Gallus_gallus	Mesocricetus_auratus	Rattus_norvegicus	Mus_musculus	Oryctolagus_cuniculus	Equus_caballus	Cavia_porcellus	Callithrix_jacchus	Macacca_mulatta	Homo_sapiens	Balaenoptera_sp	Bos_taurus	Capra_hircus	Ovis_aries	Sus_scrofa	Canis_familiaris	Felis_silvestris_catus	Vulpes_vulpes
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M1172;
	DIMENSIONS NCHAR=11181;
	FORMAT DATATYPE = PROTEIN SYMBOLS = " 1 2 3 4 " MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Ciona_sp                         ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MAS{LT}KGFDIMEKLIT{EH}{LV}A{KP}{DES}EP{AEKPRT}{DV}{IPV}PRNKVTVVGVGQVGMACAIS{IV}LLKDLADELALVDV{MV}EDKLKGEMMDLQHGSLFLKT{AHIP}KIVADKDYSVTANSRIVVVTAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFIIP{NQ}IVKYSPBCILLVVSNPVDILTYVAWKLSGLPKHRVIGSGTNLDSARFRYLM{AG}EKLG{ILV}H{PS}SSCHGWIIGEHGDSSVPVWSGVNVAGVSLQ{ST}LNPEIGTDGD{KS}ENWKEVHKQVVDSAYEVIKLKGYT{NS}WAIGLSVADLVE{ST}ILKNL{HRS}RVHPVSTMVKGMYGIKD{DE}VFLSLPCVL{GN}{CGNS}SG{LV}T{DS}{IV}{IV}NMTLKPEEEAQL{KQ}KSA{DE}TLWG{IV}QKELK{DFLW}LMAS{LT}KGFDIMEKLIT{EH}{LV}A{KP}{DES}EP{AEKPRT}{DV}{IPV}PRNKVTVVGVGQVGMACAIS{IV}LLKDLADELALVDV{MV}EDKLKGEMMDLQHGSLFLKT{AHIP}KIVADKDYSVTANSRIVVVTAGARQQEGESRLNLVQRNVNIFKFIIP{NQ}IVKYSPBCILLVVSNPVDILTYVAWKLSGLPKHRVIGSGTNLDSARFRYLM{AG}EKLG{ILV}H{PS}SSCHGWIIGEHGDSSVPVWSGVNVAGVSLQ{ST}LNPEIGTDGD{KS}ENWKEVHKQVVDSAYEVIKLKGYT{NS}WAIGLSVADLVE{ST}ILKNL{HRS}RVHPVSTMVKGMYGIKD{DE}VFLSLPCVL{GN}{CGNS}SG{LV}T{DS}{IV}{IV}NMTLKPEEEAQL{KQ}KSA{DE}TLWG{IV}QKELK{DFLW}L??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Brachiostoma_sp                  M{APST}HQ{FMY}P{AH}LT{AP}EQK{AK}EL{SV}{AD}{IT}A{NQ}{AR}IVAPGKGILAADESTGTMGKRL{AQS}NINVENTEENRR{ACFQV}YRELLFTS{DG}{ADEPQ}{SV}{IMV}S{KQ}{CY}I{GS}GVI{FL}FHETLYQK{ADST}SDG{KTV}PFVKI{IL}KD{KN}{GN}I{IV}{PV}GIKVDKGVVPL{AG}GTB{GIK}E{GT}TTQGLDGL{AS}ERCAQY{KY}KDG{AC}{DR}FAKWRCVLKIS{DEGKP}{ST}TPSALAI{AM}E{KN}A{NT}VLARYASICQ{HQ}NGLVPIVEPEILPDG{DE}HBL{EKQ}{RT}{CS}QYVTEKVL{AS}A{TV}YKAL{QS}DHH{IV}{FY}LEGTLLKPNM{CV}TPG{HQ}SC{PS}{IKT}{KR}YT{AP}EZ{IV}A{AM}ATVTAL{RS}RTVPAAVPGI{CTV}FLSGGQSEE{EN}ASINLNAINQ{CF}{PQ}{GL}{KP}KPWKLTFSYGR{AP}LQASALKAW{AG}GK{ADGKS}{DE}{NQ}{IKL}KA{AGT}Q{AE}AF{LM}{GK}RAK{AI}NG{EL}A{AT}{EKQ}{AG}KY{QV}{AP}{GS}{GT}S{GT}G{AP}{AV}SSESLFV{AK}{DNS}H{ASTV}YM{APST}HQ{FMY}P{AH}LT{AP}EQK{AK}EL{SV}{AD}{IT}A{NQ}{AR}IVAPGKGILAADESTGTMGKRL{AQS}NINVENTEENRR{ACFQV}YRELLFTS{DG}{ADEPQ}{SV}{IMV}S{KQ}{CY}I{GS}GVI{FL}FHETLYQK{ADST}SDG{KTV}PFVKI{IL}KD{KN}{GN}I{IV}{PV}GIKVDKGVVPL{AG}GTB{GIK}E{GT}TTQGLDGL{AS}ERCAQY{KY}KDG{AC}{DR}FAKWRCVLKIS{DEGKP}{ST}TPSALAI{AM}E{KN}A{NT}VLARYASICQ{HQ}NGLVPIVEPEILPDG{DE}HBL{EKQ}{RT}{CS}QYVTEKVL{AS}A{TV}YKAL{QS}DHH{IV}{FY}LEGTLLKPNM{CV}TPG{HQ}SC{PS}{IKT}{KR}YT{AP}EZ{IV}A{AM}ATVTAL{RS}RTVPAAVPGI{CTV}FLSGGQSEE{EN}ASINLNAINQ{CF}{PQ}{GL}{KP}KPWKLTFSYGR{AP}LQASALKAW{AG}GK{ADGKS}{DE}{NQ}{IKL}KA{AGT}Q{AE}AF{LM}{GK}RAK{AI}NG{EL}A{AT}{EKQ}{AG}KY{QV}{AP}{GS}{GT}S{GT}G{AP}{AV}SSESLFV{AK}{DNS}H{ASTV}Y??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Eptatretus_stouti                ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Eptatretus_burgeri               ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Lampetra_japonica                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		Petromyzon_marinus               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		Alopias_vulpinus                 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		Squalus_acanthias                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		Raja_erinacea                    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		Torpedo_marmorata                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		Anguilla_anguilla                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		Gadus_morhua                     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		Astyanax_fasciatus               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		Brachydanio_rerio                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		Ictalurus_punctatus              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SLLMAWSDPLALLSSE-ATSLPH-PERNSINSKTRELQDHTNSLGAGLERLGRKMGSSPESLSSLPFNSN---DLGQDNISRLVNFHFLLSCFRRDSHKIDSFLKVLRCRAAKMLPEMC--M{DS}NRGMA{QR}R{FS}QG{ST}{KS}L{FHLY}LAV{NSTV}{TV}LL{CLT}{CKL}{EKLPQ}{GPW}LC{AL}V{SV}SC{AHNPRSY}AIG{TV}NCHQ{IV}{PS}LSDL{FLM}ERASQRSDKLHSLSTSLT{KN}DLDSHFPPMGRV{ILM}MP{KL}{KQ}{IN}{FPS}RPSMCHTSSLQTP{EHIKNSTV}DKEQAL{KR}VSE{NS}EL{IL}SLARSLLLAWNDPLLLLSSE{FNV}APTLPHTP{AEQS}N{GN}{DT}ISSK{ITV}RELQD{HQY}{ST}KSLGDGLDILV{GHNQR}KMGPSSQ{ASY}ISS{IL}PF{KQY}GG{DLNPS}{KP}{AFMSY}DLG{NQ}DK{IT}SRLINFHFL{LM}SCFRRDSHKIDSFLKVLRCRA{AT}KMRPE{MT}CT{FIL}??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Catostomus_commersoni            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		Cyprinus_carpio                  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		Carassius_auratus                M{PT}HQYPALTPEQKKELSDIAQRIVAPGKGILAADESTGSMAKRLSQIGVENTEENRR{FLV}YRQLLFTAD{DEQ}R{IV}KKCIGGVI{FL}FHETLYQK{AT}DDGVPFVKLIKDKGIVVGIKVDKGVVPLAGTBGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKISETTPSALAI{AILM}ENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHVYLEGTLLKPNMVTPGHACP{IK}KYSPEE{IV}AMATVTALRRTVPPAVPG{IV}TFLSGGQSEEEASINLNAINQCPLPKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKEN{AEILT}KAAQEEFIKRA{EKL}ANGLAAQGKYVPSGDTGAAASESLFVANHAY????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????MTHQYPALTTEQKRELQDIAQRIVAPGKGILAADESTGSMAKRLNPIGVENTEENRRLYRQLLFTADERMDKCIGGVIFFHETLYQKADDGTPFAKMIKDRGIVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRSVLKISETSPSELAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAACYKALSDHHVYLEGTLLKPNMVTAGHSCPTKFSNQEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINNCPLTKPWALTFSYGRALQASALSAWRGVKENEKAATEEFLKRAEANGLAAQGKYVSSG-MDGSAGQSLYVANHAY????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Oncorhynchus_masou               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		Salmo_salar                      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		Pomatoschistus_minutus           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		Gambusia_affinis                 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		Poecilia_reticulata              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		Fundulus_heteroclitus            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		Pleuronectes_platessa            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		Takifugu_rubripes                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		Plethodon_jordani                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		Pleurodeles_waltl                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		Ambystoma_tigrinum               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		Bufo_japonicus                   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		Anolis_carolinensis              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		Scleropus_sp                     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		Struthio_camelus                 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		Columba_livia                    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		Anas_platyrhynchos               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		Rattus_norvegicus                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		Mus_musculus                     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		Oryctolagus_cuniculus            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		Equus_caballus                   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		Callithrix_jacchus               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		Canis_familiaris                 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--PELLQCLDAPILTQAQCEASYPGQITENMICAGFLEGGKDSCQGDSGGPVVCNGELQGIVSWGYGCAQKNKPGVYTKVCNFVDWIQSTIAANS------MLVAALRCLLWSFRTSTGHFPRACASSKSLMEKECCP---PWSGDGS-PCGQLSGRGACQDIVLSNAPFGPQFPFTGVDDRESWPSVFYNRTCQCFGNFMGFNCGNCKFGFWGQNCT-ERRLLVRKNIFDLSVPEKDKFLAYLTLAKHTTSPDYVIPTGTYGQMN--NGSTPMFNDINIYDLFVWMHYYVSRDTLLGGSEI-WKDIDFAHEAPGFLPWHTLFLLLWEQEIQKLTGDENFTIPYWDWRDAKS-CDICTDEYMGGRNPANPNLLSPASFFSSWQ-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????2?????
		Felis_silvestris_catus           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RVLRSWNDPLYHLVTE-VRGLHE--APDAILSRAIEIEEQNRRLLEGMEKIVHQVHPGVRENEVYSVWSGLPSLQMADEDSRLFAFYNLLHCLRRDSHKIDSYLKLLKCRIVYDS--NC--M{DS}NRGMA{QR}R{FS}QG{ST}{KS}L{FHLY}LAV{NSTV}{TV}LL{CLT}{CKL}{EKLPQ}{GPW}LC{AL}V{SV}SC{AHNPRSY}AIG{TV}NCHQ{IV}{PS}LSDL{FLM}ERASQRSDKLHSLSTSLT{KN}DLDSHFPPMGRV{ILM}MP{KL}{KQ}{IN}{FPS}RPSMCHTSSLQTP{EHIKNSTV}DKEQAL{KR}VSE{NS}EL{IL}SLARSLLLAWNDPLLLLSSE{FNV}APTLPHTP{AEQS}N{GN}{DT}ISSK{ITV}RELQD{HQY}{ST}KSLGDGLDILV{GHNQR}KMGPSSQ{ASY}ISS{IL}PF{KQY}GG{DLNPS}{KP}{AFMSY}DLG{NQ}DK{IT}SRLINFHFL{LM}SCFRRDSHKIDSFLKVLRCRA{AT}KMRPE{MT}CT{FIL}??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Vulpes_vulpes                    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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET adolase_dup_1_upper  = 1 - 364 ; 
 CHARSET adolase_dup_1_lower = 365 - 728 ; 
 CHARSET adolase_dup_3_upper = 729 - 1092 ; 
 CHARSET adolase_dup_3_lower = 1093 - 1456 ; 
 CHARSET alphafeto_dup_4_ances = 1457 - 2144 ; 
 CHARSET alphafeto_dup_4_lower = 2145 - 2832 ; 
 CHARSET alphafeto_dup_5_upper = 2833 - 3520 ; 
 CHARSET ldh_dup_2_upper = 3521 - 3860 ; 
 CHARSET ldh_dup_2_lower = 3861 - 4200 ; 
 CHARSET ldh_dup_3_upper = 4201 - 4540 ; 
 CHARSET ldh_dup_3_lower = 4541 - 4880 ; 
 CHARSET prolactin_dup_1_upper = 4881 - 5121 ; 
 CHARSET prolactin_dup_3_lower = 5122 - 5362 ; 
 CHARSET rhodopsin_dup_2_upper = 5363 - 5852 ; 
 CHARSET rhodopsin_dup_3_upper = 5853 - 6342 ; 
 CHARSET rhodopsin_dup_6_upper = 6343 - 6832 ; 
 CHARSET rhodopsin_dup_8_lower = 6833 - 7322 ; 
 CHARSET rhodopsin_dup_8_upper = 7323 - 7812 ; 
 CHARSET trypsinogen_dup_1_ances = 7813 - 8134 ; 
 CHARSET trypsinogen_dup_1_upper = 8135 - 8456 ; 
 CHARSET trypsinogen_dup_1_lower = 8457 - 8778 ; 
 CHARSET tyrosinase_dup_1_upper = 8779 - 9356 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_1_upper = 9357 - 9549 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_4_ances = 9550 - 9733 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_4_upper = 9734 - 9917 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_4_lower = 9918 - 10101 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_5_upper = 10102 - 10285 ; 
 CHARSET vassopressin_dup_5_lower = 10286 - 10469 ; 
 CHARSET wnt7_dup_2_upper = 10470 - 10822 ; 
 CHARSET wnt7_dup_2_lower = 11175 ; 
 CHARSET gene_duplication_characters = 11176 - 11181 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;