NEXUS
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[Matrix accession#: M2403]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2403;
	DIMENSIONS  NTAX=49;
	TAXLABELS
		Lepuropetalon_spathulatum	Lepidobotrys_staudtii	Hua_gabonii	Empleuridium_juniperinum	Dicarpellum_pancheri	Canotia_holacantha	Brexia_madagascariensis	Bhesa_robusta	Bhesa_paniculata	Afrostyrax_lepidophyllus	Afrostyrax_kamerunensis	Zizizphus_glabrata	Sloanea_australis	Rinorea_sp	Prunus_persica	Oxalis_stricta	Lagenaria_breviflora	Lacistema_aggregatum	Juglans_nigra	Humiria_balsamifera	Glycine_max	Fagus_grandifolia	Elaeocarpus_reticulatus	Davidsonia_pruriens	Crinodendron_patagua	Connarus_championii	Casearia_javitensis	Brunellia_sp	Bauera_rubioides	Averrhoa_carambola	Anisophyllea_fallax	Zinowiewia_concinna	Tripterococcus_brunonis	Stackhousia_monogyna	Siphonodon_celastrineus	Ruptiliocarpon_caracolito	Quetzalia_occidentalis	Pottingeria_acuminata	Perrotetetia_ovata	Perrotetetia_longistylis	Peripterygia_marginata	Parnassia_trinervis	Parnassia_tenella	Parnassia_palustris	Parnassia_palustris_A	Parnassia_laxmanii	Parnassia_glauca	Parnassia_faberi	Mortonia_greggii
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2403;
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	MATRIX
		Lepuropetalon_spathulatum       ------------------------------------------GCCTCCGATTGCCTG------------------ATTAT-TG-TATTGTTCCGACTCTCTCTTTTCGTT-----AATGTTTCAAAATGAGTTTTCTTTG-----TCATAC--CTTCTAC?------------CTTTTCTTTCACAAACGGAGCTGAACAAAGTGTTTT-----------TTTTTATCACATTTTTAAAACTTAAAACATTAAAACATATAGTATCTTATGATACACGGACAAATGAACATCTTTGAGATTTGAG--------AATATAATACCCTT?-T??????----------------------ATAAAAAATCCGTA---CTATTA-CTC-----GTAC------CTAAACCTTTTTTTATAAAGTC----CTAAAGTCAAAGTCTTGGTTGT-----GAAG-ATTCACAAACTCAAA----????-AAGGTA--------GAGCCGTAATAAAACTTT-GTAATC---------ATTTTATTAGTCTTTTAAATT----GACATAGACCGAAGTC-----------------TTCGAGTAAAA--???------------------GTATAA-TGCGATGAAAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA15000000005??14T0
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		Bhesa_robusta                   --------------------------------------------????????????-------CCTCG?GCTTTA??????????????????????????CTTTTTGTT-----AACGGATACAAATTCCTTATCC-----------------------?????????????????????????----------GGATTGAA???????????????????CTTTTCACAAGTATAGA????????????????????????????TAC-ATACACATAGAAATATGCATCCT-------TGAGTAAAA---CAAGGAATCCCTAT?-CGAA?????????????????????????-----------GTC?????????????????????????????--------????????????????????????????????????????????-AAA-ATGCT---------????????????????????????---TTTT-CGTCTTTT???????????????????????????????????AATC----AACATAGACCCAAGTC-----------------ATTTAGTAAAA---TGA--------------GGAAGACGA-C?CGCCGGAAATGGTCGGGATAGCTCAG-TTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCAGGTTCAAATA?-?100?100T?????1
		Bhesa_paniculata                --------------------------------------------????????????-----TTTCCGACGCTTTA??????????????????????????CTTTTTGTT-----AACGGGTACAAATTCCTTATCC-----------------------?????????????????????????----------GGATTGAA???????????????????CTTTTCACAAGTATGGA????????????????????????????TAC-ATACACATAGAAATATGCATCCT-------TGAGTAAAA---CAAGGAATCCCTAT?-CGAA?????????????????????????-----------GTC?????????????????????????????--------????????????????????????????????????????????-AAA-ATGCT----------???????????????????????---TTTT-CGTCTTTT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATTTAGTAAAA---TGA--------------GGACGACGA-CCCGCCGGAAATGGTCGGGATAGCTCAG-TTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACC{AC}-GTTCAAATA?-?100?100T?????1
		Afrostyrax_lepidophyllus        ----------------------------------------------CCTAATCTTTTCTCCT-------------??????????????????????????ATTTTCGTT-----AACGGTTCAAAATTCCTTATCTTTC-----TCATTC--ATTCTAC?????????????????????????AAATGTATCTGAGCGGAA???????????????????---ATCACAAAACCTGT????????????????????????????TATGATACACATACG--------TCCT-------TGAA--------CAAGGAATTCTAATT-TTAA?????????????????????????ATTAACAATACATA?????????????????????????????GAAACTTA????????????????????????????????????????????GAAG-ATCCAAAAAATTCC????????????????????????AGACGTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATCTAATAAAA---TG-----------------AGGATGA-TTCGTCGGGAAAGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-??00?0102?????1
		Afrostyrax_kamerunensis         TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAAGG----CCCGTTTGACTCCCTAATCTTTTCTCCT-------------??????????????????????????ATTTTCGTT-----AACGGTTCAAAATTCCTTATCTTTC-----TCATTC--ATTCTAC?????????????????????????AAATGTATCTGAGCGGAA???????????????????---ATCACAAAACCTGT????????????????????????????TATGATACACATACG--------TCCT-------TGAA--------CAAGGAATTCTAATT-TTAA?????????????????????????ATTAACAATACATA?????????????????????????????GAAACTTA????????????????????????????????????????????GAAG-ATCCAAAAAATTCC????????????????????????AGACGTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATCTAATAAAA---TG-----------------AGGATGA-TTCGTCGGGAAAGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-??00?0102?????1
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		Sloanea_australis               --------------------------------------------????????????-------------TCCCTA??????????????????????????CTGTTCGTT-----AACGATTCAAAATTCGTTATCTTTC-----TCATTT--ATTTTAC?????????????????????????AAATGGATTCGGGCGGAA???????????????????CTTACTACAAGTCTTGT????????????????????????????TATGATACACGTACGAATGAACATCTT-------TGAG--------CACGGAATCCCCATT-TGAA?????????????????????????ATTAACAATCCATA?????????????????????????????AAAGTTTT????????????????????????????????????????????GAAG-ATCCAAAAAATTGC????????????????????????AGACTTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACTCAAGTC-----------------ATCTAGTAAAA--------------------TAAGGATGA-TACGTCGGGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAA--?CTCGTGTCACCA-GTTCA----?-?100?0002?????1
		Rinorea_sp                      TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAA-----GGCC-------????????????------------------A??????????????????????????CTTTTCGTT-----AACGGTTCAAAATTCGTTATCTTTC-----TCATTC--ATTC---?????????????????????????AAAC---------CTGAA???????????????????CTTTTCCCAAGTCTTGT????????????????????????????TATGATACACATGCAAATGAGCATCTT-------TGAGTAAAA----AAGGAATCCCCATT-AGAA?????????????????????????ATTAACAATCCAAA?????????????????????????????--------????????????????????????????????????????????--GG-ACTGAAAC------????????????????????????GTACTTT-AACGTACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGCC-----------------ATTTAGTAAAA---TGA--------------GAAAGACGA-CGCATCGGAAATGGTCGGGATAG-----------------------------------------------------?-?100?000T?????1
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		Lagenaria_breviflora            -----------------------AAAAA-----GGCCCG-TTGG????????????-------------------??????????????????????????CCTTTCATT-----AGCAATTCA-----CATTATGTTTC-----TCATTC--ATTCGAC?????????????????????????AAGCGTATTTGAGTGGAA???????????????????CTTATCACAAGGCTTGT????????????????????????????TATGATACACGTACAAACGAACATCCT-------TGCG--------CAAGTAATCCCCCTTGTGAA?????????????????????????ATTAACAATAC---?????????????????????????????GAAACTTC????????????????????????????????????????????-AAG---CCCTGAAATTTC????????????????????????AGACTTT-GGAATACC???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCAAAGTC-----------------ATCTATTAAAA--------TA------------AGGATAA-TGTGTCGGAAATGGCCGGGATAGCTCAG-TTGGTAGAGCA------------------------------------?-?100?0002?????1
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		Humiria_balsamifera             -------------------------------------------A????????????G------------------??????????????????????????CTTTTCGTT-----AACGG{AT}TCAAAATTCGTTATCTTTA-----TCATTC--ATTCGAT?????????????????????????AAACGTATCCGAGTTGAA???????????????????CTTTTCACAAGTCTTGT????????????????????????????TATGATACACATATAAATGAGCATCCT-------TGAGCAAAA---CAAGCCGTTGGAAAT-TGGA?????????????????????????ATTAACAGTCCAAA?????????????????????????????GAAGTCGT????????????????????????????????????????????AGAG-ATACAAAACATTCC????????????????????????AGACTTT-AGAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGGCCCAAGTC-----------------ATTTAGTAAAA---TGA--------------GGAAGACGG-CGCGTCAGAAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-?100?000T?????1
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		Elaeocarpus_reticulatus         --------------------------------------------????????????-------------------??????????????????????????-----------------------------------------------------------?????????????????????????------------------???????????????????-----------------????????????????????????????----------------------------------TCC?--------?AATTA?TTATTCTT-TCTA?????????????????????????ATTCAAAATTCGTT?????????????????????????????---?CTTT????????????????????????????????????????????GAAG-ATCAAAAAAATTTC????????????????????????AGACTTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTCATCTAATAAAATAAGTCATCTAATAAAA---TTAGTAAGT{CG}ATCTAA--TAAAATTAGGATGTTGGGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAA-------------------------?-??????????????1
		Davidsonia_pruriens             --------------------------------------------????????????-------------------??????????????????????????-----------------------------------------------------------?????????????????????????------------------???????????????????CTGTTCGTTAACGATTC????????????????????????????TATGATACACGTACAAATGAACGTTTT-------TGAG--------CAAGGAATCCCCATT-TGAA?????????????????????????ATTAACAATCCATA?????????????????????????????GAAACTTA????????????????????????????????????????????GAAG-ATCCAAAAAATTTA????????????????????????ATACTTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------AGCTAGTAAAA---TGA-----------------GGATGA-TACGTCGGGAATGGTCGGGATAGCTCAGGCTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTG----------------?-?100?0002?????1
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		Averrhoa_carambola              --------------------------------------------????????????-------------------??????????????????????????CTTTTCGTT-----AACGATTCAAAATTCCTTATCTTTC-----TCATTC--ATTTTAC?????????????????????????AAATGGATCCAAGTGGAA???????????????????CTTACCACAAGCTTTGT????????????????????????????TATGATACACGTACAAATGAATATCTT-------TGAG--------CAAGGAATCCCCGTT-TGAA?????????????????????????ATTTACAATCCATA?????????????????????????????GAAACTTA????????????????????????????????????????????GAAG-ATCCAAAAAATT--????????????????????????AAACTTT-GTAATACT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATCTAATAAAA---TGA-----------------GGATGA-TAGGTCGGGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGAGTCACCA-GTTCAAATA?-?100?0002?????1
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		Tripterococcus_brunonis         --------------------------------CAGCCTCTTTGGCTCCGATTATCT-----------------AACTTAT-TGTTTCTA----------??CTTTTTGTT-----AACTTTTTAAAAGTCGTTA??-----------ATTC--ATTCTAC-----------------TCTTT----------------------------------------CACAA-ACAACATATCTA------------------ATAGA----TATGATATACGTATAAACGAACCTCCT-------TGAT--------AAAAGAATCCTCATT-TCTT--------------------GACTCATTAACAATCCAGA---CTCTGC-TTT-----GTAC------CGAAACTTAG------------------------AAATCCTTCGTTGT-----GAAG-ATTCACAAAAGTTTA----GGGTCTGGATA--------AAAGGTT-GTAATCGCTGTTTTGT-------------CTTTTTCATTTTTTAATT----GACATAGACCAAATTC-----------------GTTTAGGAAAA---TAAAA----------------GATGA-TGTGTTGAGACTGGTCGGGATAGCTCAG-TTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCATATA71111020002011111
		Stackhousia_monogyna            TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAA-----CAAAGTCTCTTTGGCTCCGATTATCTT----------------AAATTAT-TGTTTCTAGTCTCCCTTTTCTTTTTTGTT-----AACTTTTTAAAAGTCGTTA??-----------ATTC--ATTCTAC-----------------TCTTT----------------------------------------CACAA-ATAACTCTTCTA-------------------------------ATATTCGTATAAACGAACATCCT-------TGAG--------AAAAGAATCCTTATT-TGGT--------------------GACTCATTAACAATTCATA---CTCGGC-CTT-----GTAC------CGAAACTAAG------------------------AAAGCCTTCATTGT-----GAAG-ATTCACAAACGTTTA----GGGTCTGGATA--------AAAGGTT-GTAATCCTTGGTTTGTT----TTTTTTTGTTTTTTTATTTTGTAATT----GACATAGACCCAATTC-----------------GTTTAGGAAAA---TAAAAAAAAACAAAAAATAAAGATGA-TGTAGTGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCATATA0111104?002011111
		Siphonodon_celastrineus         TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAAGAAAAAGTCTCTTTGGCCCCGATTCCCTACCCGATTCCC------TAATTAT-TGTTTCTATTCTCTCTTTTCCTTTTTGTT-----AACGTTTCAAAAGTCGTTATCTGTC-----TCAGTC--AGTCTAC--------------------------TGAGCATCTGAGCAAAATTTTTT-------------CTTATCACAAATCTTCTA------------------ATAGA----TACGATACACGTAGAAATGAACATCCT-------TGAG--------AAAGGAATCCCCATT-TGAT--------------------GAATCATTAACAATCCAGA---CTCTTC-CTC-----GTAC------CGAAACTTAG------------------------AAAGTCTTTGTTGT-----GAAG-ATCCACAAAAGTTTA----GGGCCTGGATA--------AAACTTT-GTAATCCTTTTTTCGT-------------CTTTTTTATTTT-TAATT----GACATAGACCGAATTC-----------------GTTTAGTAAAA---TAAAAAAA------------GGATGA-TGTGTTGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCCTGTCACCA-GTTCATATA0T210020002011111
		Ruptiliocarpon_caracolito       TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAAGGGCTCTTTCTTTGACCCCCGACTCCTTTATTA--------TTTTAA??????????????????????????CTTTTCGTT-----AACGGTTCAAAATTCGTTATCTTTC-----TCGTTC--ATTCTAC?????????????????????????AAATGAATCTGAGCAAAT???????????????????CTTATTACAAGTCTTAT????????????????????????????TATGATACACGTACAAATGAACATCTT-------TGAG--------AAAAGAATCCC--??-TGAA?????????????????????????ATTAACAATCCATA?????????????????????????????AAAACTTA????????????????????????????????????????????GAAG-ATCAAAAAAATTCC???????????????????????????TTGTAATACTTTA???????????????????????????????????AATT----GACAAAGACCTAAGTC-----------------GTCTATTAAAA---TAAAAAAAAAAAA------AAAATAA-TGCGTCGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-?100?0002?????0
		Quetzalia_occidentalis          ----TCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAC-AAAAAGAGGGT--CCCTTTGACCCCGAT------------TTCCTAATTAT-TGTTCCTG??????------CTTTTCGTT-----AACGTTTTGAAATTCGTTATCTGTC-----TCATTC--ATTCGAC-----------------TCTTTCACAAAC---------CAAAAATTTTTTCTT-------TTCTTATCACATATCTTATG------------------ATAGA----TAGGATGTACGTACAAACGAACATCCT-------TGAG--------AAAAGAATTCCCATT-TGAA??------------------GAATTATTAACAATCCATA---CGAATA-CTC-----GTAC------CGAAACTTAT------------------------AAAGTATTCGTTGT-----GAAG-ATCCACAAAATTGCA----GGACCTAGATA--------AAGCTTT-GTAATCCTTTTTTTTT----------------TTCGTCTTTTTAATT----GACATAGACCGAAGTC-----------------GTCTAGTAAAA---TAAAAAG----------AAAGGATGA-TGCATTGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATC----------------------61T100200020?1111
		Pottingeria_acuminata           TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAAGGCA-----TCTTTGACTCCGATTCTCT------------------AATTAT-TGTTCTTG??????------CTTTTCGTT-----ACCGTTTCCAAATTCGTTATCTTTC-----TCATTC--ATTCTAC-----------------TCTTTCACAAACGGATCTGAGCAAAAATTTGT-----------TTCTTATCATATATCTTATG------------------ATACA----TATGATACACGTACAAATGAACATCTT-------TGAG--------AAAGGAATCCCCATT-T???-----------------------TCATTAACAATCCATA---CTCTTA-TTC-----GTACTCGTGCCGAAACT???------------------------AAAGTCTTCGTTGT-----GAAG-ATCCACAAAATTTCA----AGGCCTGGATA--------AAACTTT-GTAATTCTTTTTTTTTT--------TACCCAATCCGTTTTTTTAATT----GACATAGACCAAAGTC-----------------GTCTAGTAAAA---TAAAAAAAA------------GATAG-TGCGTTGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA61010020002?-1111
		Perrotetetia_ovata              --------------------------------------------????????????-------------TCCCTA??????????????????????????CTT{GT}{GT}TGTT-----AGTGGTTTAAAAT{AT}GGTTATGTTTC-----TCATTC--ATCCTAC?????????????????????????AAGCGTATCCC{AC}GCAGAA???????????????????CTTCTCACAAGTCTTGT????????????????????????????TATGATACACGTACAAAGGAACATCTT-------TGAA--------CAAGGAATACCCATT-TGAA?????????????????????????ATTCACAATCCGTA?????????????????????????????GAAACTTC????????????????????????????????????????????CAAG-ATCAAAGAAATTCC????????????????????????AGACTTT--TAATCCT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATCTAGTAAAA---TGA-----------------GGATGA-TGCATCGGTAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-?100?0002?????2
		Perrotetetia_longistylis        --------------------------------------------????????????-------------TCCCTA??????????????????????????CTTTTTGTT-----AGTGGTTTAAAATTGGTTATGTTTC-----TCATTC--ATCCTAC?????????????????????????AAGCGTATCCCAGCAGAA???????????????????CTTCTCACAAGTCTTGT????????????????????????????TATGATACACGTACAAAGGAACATCTT-------TGAA--------CAAGGAATACCCATT-TGAA?????????????????????????ATTCACAATCCGTA?????????????????????????????GAAACTTC????????????????????????????????????????????CAAG-ATCAAAGAAATTCC????????????????????????AGACTTT--TAATCCT???????????????????????????????????AATT----GACATAGACCCAAGTC-----------------ATCTAGTAAAA---TGA-----------------GGATGA-TGCATCGGTAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA?-?100?0002?????2
		Peripterygia_marginata          --------------------CCCAAAAAGACAAGGCCTCTTTGGCTCCGATTCCCT------------------AATTAT-TGTTTCTATTCTCTCTTTTCCTTTGTGTT-----AACGTTTCAAAAGTCGTTATCTGTC-----TCATTC--ATTCTAC-----------------TCTTTAGC---------TGAGCAAAAATTTTT-------------CTTATCACAAATCTTCTA------------------CTAGA----TACGATACACGTAGAAATAAACATCCT-------TGAG--------AAAGGAATCTCCATT-TGAT--------------------GAATCATTAACAATCCAGA---CTCTTC-CTC-----GTAC------CGAAACTTAG------------------------AAAGTCTTCGTTGT-----GAAG-ATCCACAAAGGTTTA----GGGCCTGGATA--------AAACTTT-GTAATCCTTTTTTTTTT---TTGTTTTCGTCTTTTTCATTTTTAATT----GACATAGACCGAATTC-----------------CTTTAGTAAAA---TAAACAAAAAAAA-------GGATGA-TGTGTTGAGAATGGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA01210020002011111
		Parnassia_trinervis             ---------------------------------------------TCCGATTCCCTT------------------ATTAT-T---ATTCTTCTGATTCTCTCTTTTCGTT-----AACGTTTCAAAATTTGTTTTCTTTC-----TCATAC--CTTCTAC-----------------TCTTTCACAAATGGATCTGAACAAAATGCTTT-----------TTTT-ATCA???--------------------------ATAGTATCTTATGATACACGTACAAATTAACATCTT-------TGAG--------AACAGAATACCTTTT-T??????----------------------ATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTCT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAT-CTTCACAAACACAAA----?-----AGGCA--------GAGCCGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGAAGTA-----------------TTCGAGTAAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA910101?0002??0220
		Parnassia_tenella               TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAA-----AGCCTCTTTGACTCCGATTCCCTTA---------------TTATTAT-TCTTCTGA??????------CTTTTCGTT-----AACGTTTCAAAATTGGTTTTCTTTC-----TCATAC--CTTCTAC-----------------TCTTTCACAAATGGATCTGAACAAAATGCCTT-----------TTTT-ATCA???--------------------------ATAGTATCTTATGATACACGTACAAATTAACATCTT-------TGAG--------AACAGAATACCTTTT-TTTAATCTTTTAATC----?TTGTTAATCATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTCT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAT-CTTCACAAACACAAA----?-----AGGCA--------GAGCCGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACACAGACCGAAGTA-----------------TTCGAGTAAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA610101?00020T0220
		Parnassia_palustris             TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAA-----A?CCTCTTTGACCCCGATTCCCTT------------------ATTAT---------------------ATATATTCT-----TATTTTTCCGATTCTCTCTTTTCTC-----TC------------------------------TCTTT----------------------------------------TC-ATTA--------------------------------------------------ACTCATTAACGT-TT---------------------CAAAATTTGTTTT-CTT--TCTT--------AAAAAGTGAATTATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTCT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAG-ATTCACAAACACAAA----?-----AGGCA--------GAGCCGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGAAGTC-----------------TTCGAGTCAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA541102??011140220
		Parnassia_palustris_A           --------------------------AA-----AGCCTCTTTGACCCCGATTCCCTT------------------ATTAT---------------------ATATATTCT-----TATTTTTCCGATTCTCTCTTTTCTC-----TC------------------------------TCTTT----------------------------------------TC-ATTA--------------------------------------------------ACTCATTAACGT-TT---------------------CAAAATTTGTTTT-CTT--TCTT--------AAAAAGTGAATTATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTCT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAG-ATTCACAAACACAAA----?-----AGGCA--------GAGCCGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGAAGTC-----------------TTCGAGTCAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA541102??011140220
		Parnassia_laxmanii              ---------------------------------------TTTGACTCCGATTCCCTT------------------ATTAT----TATTCTTCCGATTCTCTCTTTTCGTT-----AACGTTTAAAAATTTGTTTTCTTTC-----TCATAC--CTTCTAC-----------------TCTTTCACAAACGGATCTGAACAAAATGTTTT-----------TTTT-ATCA????????---------------------ATAGTATCTTATGATACACGTACAAATTAACATCTT-------TGAG--------AACAGAATACCCTTT-TTTAATCTTTTAATC----?TTGTTAATCATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTAT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAG-ATTCACAAACACAAA----?-----AGGTA--------GAGCCGGAATAAAACTTTAGTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGAAGTC-----------------TTCGAGTAAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGCCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA41010T?00020T0220
		Parnassia_glauca                TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAA-----AGCCTCTTTTACTCCGATTCCCTT------------------ATTAT--------ATTATTTTATTTATTATATTAT-----TATTTTTCCGATTCTCTCTTTTCAT-----TAACGT--TTCAAAATTTGTTTTATTTCTTATACCTTCTACTCCGGATCTGAACAAAATGTTTT-----------TTTT-ATCA???--------------------------AGAGTATCTTATGATACACGTACAAATTAACATCTT-------TGAG--------AACAGAATACCCTTT-TTTAATCTTTTAATCAAAAAAAGTTAATCATTAAAAATCCATA---CTATTTACTC-----GTAT------CGAAACTTATTTCT--------------------AAAGTCTTGGTTGT-----GAAG-ATTCACAAACACAAA----?-----AGACA--------GAGCCGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGAAGTC-----------------TTCGAGTAAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGCGGTGAGAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATAT00101?0002000220
		Parnassia_faberi                TGGTTCAAGTCCC-TCTATCCCCAAAAA-----AGCCTCTTTGACTCCGATTCCCTT------------------ATTAT-T------ATTCCGATTCTCTCTTTTCGTT-----AACGTTTCAAAATTTGTTTTCTTTC-----TCATAC--CTTCTAC-----------------TCTTTCACAAACGGATCTGAACAAAATGTTTT-----------TTTT-ATCA???--------------------------ATAGTATCTTATGATACACGTACAAATTAACATCTT-------TGAG--------AACAGAATACCCTTT-TTTAATCAT------------TGTTAACCATTAAAAATCCATA---CTATTTACTTTACTAGTAC------CGAAACTTATTTCT-----------------------------GTTGT-----GAAG-ATTCACAAACACAAA----?-----AGGCA--------GAGCTGGAATAAAACTTT-GTAATC---------TTTTTGTTAGTCTTTTTAATT----AACATAGACCGA------------------------GAGTGAAA--ATAA-----------------GGATGA-TGGGGTGAAAAGGGTCGGGATAGCTCAG-ATGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA210101?0002050T20
		Mortonia_greggii                ----------------------------------------TTGAATCGGATTCCCTA------------------GTTAT-TGTTCCCG??????------CTTTTCGTT-----AACGTTTCAAAATTCGTTATCTTTC-----TCACTC--ATTCTAC?------------CTTTTCTTTCACAAACGGATCTGAGCAAACCTTTTT-----------TTCTTATCACATTTTTTATG------------------ATCGA----TCTGATAAACGTACAAATGAGCATCTT-------TGAG--------AAGGGAATCCCCATT-T???-----------------------TCATTAACAACCCATA---CCCCTT-TTC-----GTAC------CGAAACTTTG------------------------AAAGTCTTTGTTGT-----GAAG-ATCAACAAAATTTCA----AGGCCTGGATA--------AACCCTT-GTAATC-----------------------------ATTTTTTTTATA----GACATAGACCGAAGTC-----------------GTCTAGTAAAA---AAAAA---------------ATATGA-TGCATTGAGAATAGTCGGGATAGCTCAG-CTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATCCTCGTGTCACCA-GTTCAAATA62010020002??1111
	;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET 'trnLF gap 81-101' = 706 ; 
 CHARSET 'gap 148-177' = 707 ; 
 CHARSET 'gap 183-222' = 708 ; 
 CHARSET gap_225 = 709 ; 
 CHARSET gap_228 = 710 ; 
 CHARSET 'gap 230-279' = 711 ; 
 CHARSET 'gap 241-271' = 712 ; 
 CHARSET gap_271 = 713 ; 
 CHARSET 'gap 283-290' = 714 ; 
 CHARSET gap_292 = 715 ; 
 CHARSET 'gap 295-315' = 716 ; 
 CHARSET 'gap 333-334' = 717 ; 
 CHARSET 'gap 334-356' = 718 ; 
 CHARSET gap_382 = 719 ; 
 CHARSET 'gap 411-443' = 720 ; 
 CHARSET 'gap 474-483' = 721 ; 
 CHARSET 'gap 504-505' = 722 ; 
 USERTYPE 'trnLF gap 81-101' STEPMATRIX = 26 
 A C G T 4 5 6 7 8 9 B D E F H J K L M N P Q R 0 1 2 
 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 . 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 . 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 . 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 . 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 2 2 2 2 1 . 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 2 2 2 2 1 1 . 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 2 2 2 2 1 1 1 . 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 2 2 2 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 
 ; 
 
 USERTYPE 'trnLF gap 295-315' STEPMATRIX = 26 
 A C G T 4 5 6 7 8 9 B D E F H J K L M N P Q R 0 1 2 
 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 . 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 . 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 2 2 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 
 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 
 ; 
 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 705 707 - 715 717 - 722 , 'trnLF gap 81-101': 706 , 'trnLF gap 295-315': 716 ; 
 EXSET * eliminate = 29 - 44 57 - 75 141 - 145 329 - 330 513 - 547 600 - 624 629 - 630 ; 
 END;