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Aesculus_wilsonii_2 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Billia_hippocastanum_3 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Billia_hippocastanum_4 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Handeliodendron_bodineri_1 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Sapindus_sp 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Ungnadia_speciosa ?????????????????????????????????????????????????????GACAGAAAT-------AAACAAAACAATCATGAAATGAAAATTAGAGATTAGAGTATTTACGTGTTTGTCAGGAGTCTTAATGAAATTAGGAAAGGAGGACTTATTTCATTT-----T----TTGAAACGAAATTTAATAACTAAAAAAAAAAAAACTAAAAGAAAATGAAATAAAATAAAAAA----TTCGGTTCTTGAA------GGAATTTTGACAAATATGGCTCGACAAAACAATT----------TAAGCCATATCG?AAAAKGCATTGRGC----AAAAATCC?TCGTTCC-TTTTTCCCTTTTTTCC?GTAYCCMGTAAAAGTAAATTAAATAAATCAAAAA----------------------------------AARAAAAAACGAAARAATAATAAATAAWAARAAATGRC?CTTTGATTYT?TYTAAATC----AWTTTTYTATGATTTGGCGGTWTTGTTTATTGGAACAAAAAAAAAGGCCCGGCTGGGTATTGACCMGGCCCGGCCGKGGAAAW---AAAAAAAA---CTT-----------TTG-AACGCAATTAAAGAGATATTTCTTTTTTTTTTATTTATTTTTTTTTTCGATTTTGTTTTGATTCGAGATATCTCTTTGGAGG----CTATTCTTTA-------TTT--------TTATTTT-ATATAAATTATTATAGAAAT----TAAAATAAAAATTAAAAAATGAAAAATAGAATTGCTGA----------------------TAAAGGTTGTATCTATCGGTATA-ATACAATAC-CAAAATACAATA-----------------------AAAAAATATATAATCTATATAAGCTATA--------------TAATAAAGTAAT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; Begin MrBayes; Lset nst = 2 rates = invgamma Ngammacat = 10; prset statefreqpr = dirichlet ( 1 , 1 , 1 , 1 ) tratiopr=beta(1,1); mcmc stoprule = no ngen = 15000000 nruns = 2 printfreq = 500 samplefreq = 5000 diagnfreq = 5000 nchains = 12 savebrlens = yes; ; End;