#NEXUS

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=34;
	TAXLABELS
		Chrysitrix_capensis_L. Cladium_mariscus_L._R._Br. Cyperus_rigidifolius_Steud. Hypolytrum_nemorum_Vahl._Spreng. Machaerina_sp. Mapania_cuspidata_Miq._Uitten. Mesomelaena_pseudostygia_Kuek._K._L._Wilson Rhynchospora_rugosa_subsp._brownii_Roem._&_Schult. Tetraria_compressa_Turill Tetraria_flexuosa_Thunb. Tetraria_involucrata_Rottb._C._B._Clarke Tetraria_microstachys_Vahl_Pfeiffer Tetraria_secans_C._B._Clarke Tetraria_thermalis_C._B._Clarke Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._7W5 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB3 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB9 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BS1 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ10 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ11 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ6 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._FM2 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._H6 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._H9 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._J5 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._J7 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KK5 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KM6 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KM7 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._PK1 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._S2 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._T1 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._VB9 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._W28 
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  'Tetraria triangularis: rbcL, rps16, trnLF, trnH-psbA, 3''trnV-ndhf, and nuclear ETS data';
	DIMENSIONS  NCHAR=7258;
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	MATRIX
	Chrysitrix_capensis_L.                              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	Cladium_mariscus_L._R._Br.                          AAGATTACAAACTTACTTATTATACTCCTGAGTACGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCGTTCCGAGTAACTCCTCAACCCGGAGTCCCCCCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCTGCCGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTTTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGACGATGCTACCATATCGAGCCTGTTGTTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCCTATGTAGCTTATCCTTTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGCTTGGAAGATTTGCGAATTCCCCCTGCTTATTCAAAAACTTTCCAAGGCCCACCTCATGGCATCCAATCTGAAAGAGATAAGTTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCCGCAAAGAACTACGGTAGAGCATGTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAAAACGTAAACTCACAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTCTGTGCCGAAGCAATTTATAAATCACAGGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGACACTACTTGAATGCTACTGCAGGCACATGTGAAGAAATGATCAAAAGAGCTGTATTTGCTAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACTGGGGGATTCACTGCAAATACTAGTTTGGCTTTTTATTGTCGTGATAATGGTCTACTTCTTCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAACCATGGTATGCATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACGCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGGGAACGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTATTACGTGATGATTATATTGAACAAGATCGTAGTCGCGGTATCTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCAGGTGTTATACCTGTGGCTTCAGGGGGTATTCATGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAAATCTTTGGAGATGATTCCGTACTCCAGTTTGGTGGAGGAACCTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGCGCAGTAGCTAACAGGGTGGCTTTAGAAGCGTGTGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATCTTGCTCGCGAAGGTAATGAGATTATTCGAGCAGCCGCTAAATGGAGTCCTGAACTAGCCGCTGCTTGTGAAGTATGGAAAGCAATCAAATTCGAATTTGAGCCGGTAGATAAACTAGATCACCATTTTCT------ATAGTAATGAAGATGCTCTTGGCTCGACATAGTTTGTTCTGCTCTGTGAAAAACCT----------------------------------------------------AATTTGTATTAGGTTGTCAGTAAACAGTACATGATGAAGCTCGAGAAAAAAAA--GGATTGATCCTTTTATCAA-----GCAAGGGAA----------GAATCTAGGGTTAGTGAAAATTAATATAATTAA----------GTTAGACCAACTTTGTAAGTATATTCTTAGCATCGAAATCAAAAAGTGAAAATCCAATT-----CGAACAA----GTT--AAAAAAAAA-AAAGAG--AAATT-CAAATTGTTGGAAACTGGT-----AAAACTA---------TTTTGATCATAAGGTGTAACGGGAATGAATCCTTCGTATTTT-----ATTTAT-----------------AAAGAAGGAAATAAAAAAAAAA--GGCATGTTGCTTTCCTTTTGAAAGGAATAAAGGTCCCCGGAGTTACGTATAAACCCAATGATTCTAAAAA-GAAAATATAAA-GGATTCCGGAACAAGAAAACACTATTTGTAATTGTCTCAACAA-------TGT----AATTGGATCATAATGACGAATAAAAA--TAGGTTAGAGATGAGACAAACAAAATAGTTTAGAGACAGCTCAAGAAATTAAT-------AAGGATTTTCCTTTGAACTTTGTAAAAATTA-------TTCAACTTGAGTCATGAGTA--------TGAAT----GATATTTTTTT-CTGTAAGGAAGAGAAAAAAGGACTCAATTCGAATTATAGTCT--------------GTCTAATTCATAATTTTATA----------AGTCCATTTTGCATTCTATACAGG---------------AATTTGAATCATTTTT-CTTGAGCCGTATGAGGGGAAAATCTCATATACGTTTCTGGGGGAAACTTGCTAAGTGTTAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGCAATCCTGAGCCAAATCTTTAGTTTGAGAAAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATATAAACTCGAATAAAAAAAGATAGGTGCAGAGACTCAACGGAAGCTATTCTAACGAATAGAGTTGATTACGTTGCATTAGT-AGGTGGAATTTCTCT-ATCGAA-----ATAAGAGAAAGGATGGCC-------CTATATA-----CCGAAGACATACGTATATATACTGATTAATCAAATGATT------AATCAT-AATCACGATCAAATT-----------------ATATTCTTCATGTTAATAAA--------------GAAATTGTGAATGATTATGAAATAGCAAATTCGGAAA-----TATTTCAGAATTCAAATAATTCTGAATTATTTATGGTGAATTGATTCGA--ATA-GAAGTTCAATGAGAAAAGAACTCAATATTTA------------GTAATCAAAT------------CATTCATTATAGAGTTTGCTAGA-----TCTTTTTAAAAAA---------TGATTAATCAAACGAGAATAAAGAGAGAGTCC-ATTCTACATGTCAATATCGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGATTTTTTAAATCA-TGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAT---------AAAAAGCCCATTTGACTTCC-------------------TAAGTATTTCTTCTTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATACATA-TAAGCAAGGAATCTCTATAATGAAATCATTACCAATCCATATCATTATCCTAACATTGACTATTCAATT-TTTTTGAATAAATTGTTATTTGAGTTCC----TTTAATTG--------------------------ACATAGATACAAGTATTCTACTCAGGTGATC-----GAAATGGCCGGGTTTTTGTTTTAATGTATATAAATTTGTAAAAAAAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------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	Cyperus_rigidifolius_Steud.                         AAGATTACAAACTTACTTATTATACTCCTGAGTACGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCGTTCCGAGTAACTCCTCAACCTGGAGTCCCTCCTGAAGAAGCAGGAGCTGCAGTAGCGGCGGAATCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTTTGGACTGATGGACTTACCAGTCTTGATCGTTACAAAGGGCGATGCTATCATATCGAACCTGTTGCTGGAGAAGAAAATCAATATATTGCCTATATAGCTTATCCTTTAGACCTTTTCGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCTATTGTAGGTAATGTATTTGGTTTCAAAGCCCTACGAGCTCTACGCTTGGAAGACTTACGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCCAAGGTCCACCTCACGGTATCCAAGCTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGTCGTCCTCTATTGGGATGTACTATTAAACCAAAATTGGGATTATCTGCTAAGAATTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGGTGGACTTGATTTTACCAAGGATGATGAAAACGTGAACTCATCAACCTTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTCTGTGCCGAAGCTATTTATAAAGCACAAGCCGAAACAGGTGAAATCAAAGGGCACTACTTGAATGCTACTGCAGGTACATCTGAAGAAATGATCAAAAGAGCAGTATTTGCTAGAGAATTAGGAGTTCCTATCATCATGCATGACTACATAACTGGGGGATTCACTGCAAATACTAGTTTGTCTTTTTATTGCCGTGATAATGGTCTACTTCTGCACATCCACCGCGCAATGCATGCAGTTATTGATAGACAGAAAAACCATGGTATTCATTTCCGTGTACTAGCTAAAGCATTACGTATGTCTGGTGGAGATCATATTCACTCTGGTACAGTAGTAGGTAAACTGGAAGGTGAGCGTGAGATGACTTTAGGTTTTGTTGATTTACTACGTGATGATTATATTGAAAAAGATCGTAGCCGTGGTATCTTTTTCACTCAAGATTGGGTCTCTATGCCTGGTGTTATACCTGTGGCTTCAGGGGGTATCCATGTTTGGCATATGCCTGCTTTGACCGAAATCTTTGGAGATGATTCTGTACTTCAATTTGGTGGCGGAACCTTAGGACACCCTTGGGGAAATGCACCTGGTGCAGTAGCTAACAGGGTGGCTTTAGAAGCGTGCGTACAAGCTCGTAATGAAGGACGTGATTTTGCTCGTGAAGGTAATGAAATTATTCGCGCAGCAGCTAAATGGAGTCCAGAATTAGCCGCTGCTTGTGAAGTATGGAAAGCAATCAAATTTGACTTCGATCCGGTAGATAAACTAGATCACCATTTTCT--TTCTATAGTAATGAAAATGCTCTTGGCTCGACATAATTTGTTCTGT----TCAAAAAGCC-----------------------AATTTCT----------------------AATTTCTATTAGGTTGTCCGTAAACAGTACATGATGGAGCTCGAA-----------GTTTGATTTTTTTATCAA-----ACAAGGGAAA---------GAATCTAGGGTTAGTGA----TAATTCAATTAATTCTAATTAATTTAGACCAATTTTGTAAGTATA-TCTTAGTATCAGAATCA--GAAAAAA-ATACAATT-----CGAACAA----G----AAAAAAA----AATATA--AAGT-GAAATTCTTGGAAACTGGT-----AAAACTA---------TTCTGATTTTAAGGTGGAACGGGAATGAATCCTTCGTATTT------ATTTTAT----------------AAAGAAGGAAAT--CAAAAA-GAAGGGGTGTTGCTTTCCCTTTGAAAGGAATAAAGGTCTTCAAAATAATTTCTAAACCTAAAGATTCCAAAAA-GAAAAAAGAAA-GGATTCCGGAACAAGAAAATACTTTTTTAAATTATCTCAACAG-------TGT----AATTCGATCAAATTGACAAATCTAAA--AAGGTTAGAGATAAAACAAACAAAAGAGTTTAGAGATAGCTCAAGAAATT---CTTTCATAAGGATTT----ATGAACTTTCTAAAAATT-TTTTA--TTTAACTTGAGTCATGAGTAAAAAAAATATTAT----GATATTTTTTT-ATATAACGAAAAGAAAAAAGGACTCTATTTGAATCATAGTAT------------------AATTCATGATTTTATG----------AGTCCATTTTGCATTCTATACAGA---------------AATTTGAATTATTTTT-CTTGAGCCGTATGAGATGAAAATTTCATATACGTTTCTAGGGGGATCTTGCTAAGTGTTAACTTCCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAAAGGGCAATCCTGAGCCAAATCTATATTTTGAAAAAA???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????----------------AAAAAGGATAGGTGCAGAGACTCGATGGAAGCTATTCTAACGAATAGAGTTTATTATGTTGCATTGCT-AGA----ATTTCTCT-CTCGAGACGAAATAAAAGAAAGGATAGCC-------GTCTATA-----CCAAAGACGTACGTATAT--ACTGATTAATCAAATGATT------AATCAT-AATAACAATCAAATA-----------------ATATT-TTCATGTGAATTAA--------------GAAATTGCTATTGATTATGGAATAGCAAATTCCTAAA-----TTTTGATGAATTCAAAAAATAATGAATCCTTTATGGTGAATTGATTCGA--ATATGAAGTTCAATGAAAAAAAAACTCAATTTTGA------------GTAATAAATTGAATATATTATTAATTATATATAGAGTTTTTTATT---------AT-GAAGAAAAAA--TGATGATAAATCCAAGAAGAATAAAGAGAGAGTCCCATTTCACATGTCAATATCGACAACAATGAAATTTATAGTAAGAGGAAAATCCGTCGATTTTTTAAATCAGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAT---------AAAAAGCCCATTTGATTTCC-------------------TAAATTTTTCTTCTTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTAAGCA-TAGGCAAAGAATCTCTATATTGAAATAATTACCAATT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AGCCCGGG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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	Hypolytrum_nemorum_Vahl._Spreng.                    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	Machaerina_sp.                                      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	Mapania_cuspidata_Miq._Uitten.                      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	Mesomelaena_pseudostygia_Kuek._K._L._Wilson         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	Rhynchospora_rugosa_subsp._brownii_Roem._&_Schult.  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	Tetraria_compressa_Turill                           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	Tetraria_microstachys_Vahl_Pfeiffer                 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	Tetraria_secans_C._B._Clarke                        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	Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._7W5            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	Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KM7            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;
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BEGIN TREES;
	Title Beast_dated_phylogeny_from_chloroplast_data;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Chrysitrix_capensis_L.,
		2 Cladium_mariscus_L._R._Br.,
		3 Cyperus_rigidifolius_Steud.,
		4 Hypolytrum_nemorum_Vahl._Spreng.,
		5 Machaerina_sp.,
		6 Mapania_cuspidata_Miq._Uitten.,
		7 Mesomelaena_pseudostygia_Kuek._K._L._Wilson,
		8 Rhynchospora_rugosa_subsp._brownii_Roem._&_Schult.,
		9 Tetraria_compressa_Turill,
		10 Tetraria_flexuosa_Thunb.,
		11 Tetraria_involucrata_Rottb._C._B._Clarke,
		12 Tetraria_microstachys_Vahl_Pfeiffer,
		13 Tetraria_secans_C._B._Clarke,
		14 Tetraria_thermalis_C._B._Clarke,
		15 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._7W5,
		16 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB3,
		17 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB9,
		18 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BS1,
		19 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ10,
		20 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ11,
		21 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BZ6,
		22 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._FM2,
		23 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._H6,
		24 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._H9,
		25 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._J5,
		26 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._J7,
		27 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KK5,
		28 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KM6,
		29 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._KM7,
		30 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._PK1,
		31 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._S2,
		32 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._T1,
		33 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._VB9,
		34 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._W28;
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		1 Chrysitrix_capensis_L.,
		2 Cladium_mariscus_L._R._Br.,
		3 Cyperus_rigidifolius_Steud.,
		4 Hypolytrum_nemorum_Vahl._Spreng.,
		5 Machaerina_sp.,
		6 Mapania_cuspidata_Miq._Uitten.,
		7 Mesomelaena_pseudostygia_Kuek._K._L._Wilson,
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		9 Tetraria_compressa_Turill,
		10 Tetraria_flexuosa_Thunb.,
		11 Tetraria_involucrata_Rottb._C._B._Clarke,
		12 Tetraria_microstachys_Vahl_Pfeiffer,
		13 Tetraria_secans_C._B._Clarke,
		14 Tetraria_thermalis_C._B._Clarke,
		15 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._7W5,
		16 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB3,
		17 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._AB9,
		18 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._BS1,
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		33 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._VB9,
		34 Tetraria_triangularis_Boeck._C.B.Cl._W28;
	TREE TREE1 = ((1:43.19942011530699,6:43.19942011530699):33.17702506188141,((2:33.59297203020499,8:33.592972030204976):15.656336463141997,((10:13.074723550716307,12:13.074723550716406):5.616221635410874,((14:8.059501037120597,(9:4.224930776067396,13:4.224930776067396):3.8345702610531163):2.8226502497321917,((34:5.105008024450306,(26:1.1048477177890845,(30:0.19952129702859622,32:0.19952129702859622):0.905326420760602):4.000160306661293):3.0511206206160963,((23:2.282502184574099,33:2.282502184574099):2.5038249330389775,((15:0.7171973218085768,16:0.7171973218085768):2.275710212650651,(20:1.0725940763119226,((18:0.17234170634607437,27:0.17234170634607437):0.3989776957636906,(22:0.16891341401436222,29:0.16891341401436222):0.40240598809540273):0.5012746742021577):1.920313458147362):1.7934195831538915):3.3698015274533972):2.726022641786301):7.808793899274178):30.558363307219125):27.1271366838414);
END;


BEGIN SETS;
	CHARSET dna   =   1 -  7258;
	CHARSET rbcl   =   1 -  1376;
	CHARSET rps16   =   1377 -  2379;
	CHARSET trnlf   =   2380 -  3644;
	CHARSET psba   =   3645 -  5277;
	CHARSET p1p2   =   5278 -  6625;
	CHARSET ets   =   6626 -  7258;
	CHARSET rps16junk   =   1450 -  1479 1834 -  1855 2102 -  2108 2140 -  2146;
	CHARSET trnlfjunk   =   2481 -  2546 2800 -  2813 3221 3280 3530 3575 -  3586;
	CHARSET psbajunk   =   3808 -  3851 3942 -  3981 4056 -  4403 4526 -  4617 4672 -  4693 4766 -  4931;
	CHARSET p1p2junk   =   5500 5609 -  5611 5648 5895 -  5913 6279 -  6303;

	TAXSET ingroup  =  9 15 -  34;

END;


begin paup;
excl all;
 incl rbcl;
 export file =   rbcl_nojunk.phy format =   phylip;
excl all;
 incl rps16;
 excl rps16junk;
 export file =   rps16_nojunk.phy format =   phylip;
excl all;
 incl trnlf;
 excl trnlfjunk;
 export file =   trnlf_nojunk.phy format =   phylip;
excl all;
 incl psba;
 excl psbajunk;
 export file =   psba_nojunk.phy format =   phylip;
excl all;
 incl p1p2;
 excl p1p2junk;
 export file =   p1p2_nojunk.phy format =   phylip;
excl all;
 incl ets;
 export file =   ets_nojunk.phy format =   phylip;
END;