NEXUS
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[Matrix accession#: M2033]

BEGIN TAXA;
	TITLE M2033;
	DIMENSIONS  NTAX=40;
	TAXLABELS
		Hypnum_sp._1ena	Hypnum_sp._33m	Isothecium_alopecuroides	Isothecium_myosuroides_10ena	Isothecium_myosuroides_27m	Isothecium_myosuroides_28m	Isothecium_myosuroides_29m	Isothecium_myosuroides_2ena	Isothecium_myosuroides_3ena	Isothecium_myosuroides_5ena	Isothecium_myosuroides_6ena	Isothecium_myosuroides_7ena	Isothecium_myosuroides_8ena	Isothecium_myosuroides_9ena	Isothecium_stoloniferum_11j	Isothecium_stoloniferum_12j	Isothecium_stoloniferum_13j	Isothecium_stoloniferum_14o	Isothecium_stoloniferum_15o	Isothecium_stoloniferum_16o	Isothecium_stoloniferum_17o	Isothecium_stoloniferum_18o	Isothecium_stoloniferum_19o	Isothecium_stoloniferum_20j	Isothecium_stoloniferum_21c	Isothecium_stoloniferum_23c	Isothecium_stoloniferum_24p	Isothecium_stoloniferum_36p	Isothecium_stoloniferum_37p	Isothecium_stoloniferum_38p	Isothecium_stoloniferum_39p	Isothecium_stoloniferum_A2	Isothecium_stoloniferum_C2	Isothecium_stoloniferum_C3	Isothecium_stoloniferum_C4	Isothecium_stoloniferum_J2	Isothecium_stoloniferum_ordpg	Isothecium_stoloniferum_P2	Isothecium_stoloniferum_pinrf	Isothecium_stoloniferum_SS7
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M2033;
	DIMENSIONS NCHAR=957;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Hypnum_sp._1ena                     CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTCGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAGTTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGCTAGGATAAGCCAATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAAATTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATATCATCTATGTTAGTTTTTTCATCATTTCCATCAGATAACTTTATAGATGATCCTTTTACAAATTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATTAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAACTGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTTTATTTTTGTCATTTTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAGGACCCCTTAACTATGTCTAAATTAATTAAAACC
		Hypnum_sp._33m                      CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATRAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTSGTGTGAAAATAMMATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTWACGAATMATATTTTAAAAGTTATTTAAAATTYATTTTTTAGAKATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCWATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGYTGGCTTTATTGACCGMGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTATAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGYTAGGATAAGCCAATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTTGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAAATTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATATCATCTATGTTAGTTTTTTCATCATTTCCATCAGATAACTTTATAGATGATCCTTTTACAAATTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATTAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAACTGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTTTATTTTTGTCATTTTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAGGACCCCTTAACTATGTCTAAATTAATTAAAACC
		Isothecium_alopecuroides            CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGMAAATAMMATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTWACGAATMATATTTTAAARATTATTTAAAATTYATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCWATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGYTGGCTTTATTGACCGMGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCAATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAATGCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTTATAATTTTCATCAGATAACTTTATAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTKGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAAATTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACCAA
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		Isothecium_myosuroides_27m          CGTTAGTAGAAAAATTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATRAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAMMATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATMATATTTTTAARATTATTTAAAATTMATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCWATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGYTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAACATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGATTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA
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		Isothecium_stoloniferum_C4          CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA
		Isothecium_stoloniferum_J2          CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAAGTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACCAA
		Isothecium_stoloniferum_ordpg       CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGAATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACCAA
		Isothecium_stoloniferum_P2          CGTTAGTAGAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA
		Isothecium_stoloniferum_pinrf       CAATACACNAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTNAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTTTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGGATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATCATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATAGCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTTTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGMTTTTCTATTCTTGYCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTAAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTAACAAA
		Isothecium_stoloniferum_SS7         CGTTAGTANAAAAACTTACTAAATGCTAGCTTTCAGATTCAGGGAAACTTAGGTTGATAAAAATATAAGCAATCCTGAGCCAAATCTTATTTGGTGTGAAAATAAAATAGGTGCAGAGACTCAATGGAAGCTATCCTAACGAATAATATTTTAAAAATTATTTAAAATTTATTTTTTAGATATTAAGCGAGGATAAAGATAGAGTCCAATTTTACATGTTAATCTTAGCAACAATTTAAATTGTAGTAGAAAGAAAATCCGTTGGCTTTATTGACCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTACCCCCAAAACTCTAATTTTTTATTGACATAAACTTCCAGTTTATGTTAGAATAAGCCGATAAAAAAGCCGGAATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGAGGACTGAAAAATTATTGCCTCTATTTCAAAACCGAACATGAAATTTTAATATCATACGGCTCCTTTATGAATTAGAAAAATTTTCTTCTATTATATTTTGTATTCGAATAGATCCATACCATCTATGTTAGTTTTTTCATAATTGTCATCAGATAACTTTGTAGATGATCCTTTTACAAACTTTTAATAAAAAAATTTATAATTACTTCGTTCTTTATTTCTATTAAAATAAATCATTAGGAAAATATTTTTTACCGAGCTTCAATGAAAAATTTAATAAATTTAGTAAACTAAATTTATTTTCTTAGAGCTAAATTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTAAAGATTCAGTTACGAAAAAAAATATTTTGGATTTCTATCCATAGATTTTCAGCCGAAAAAATTATAATTTCAAAAAAATTCCGTTTTGCTTTTCTATTCTTGTCATTGTAGGAATTTTGCTTTTCTATTTTAGGAAAGATCTTAAATCTTTTTAGAAATAAAGTTATTGGTCAAAAATTTGAAATAATTTTAAAGACCCCTTAACTATGTTTAAATTAATTACCCAA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 957 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;