NEXUS
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[Matrix accession#: M4056]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4056;
	DIMENSIONS  NTAX=434;
	TAXLABELS
		Hyphozyma_lignicola	Pyxidiophora_sp	Pyxidiophora_avernensis	Apiognomonia_errabunda	Apiospora_montagnei	Anthostomella_torosa	Xylaria_acuta	Xylaria_hypoxylon	Seynesia_erumpens	Graphostroma_platystoma	Amphisphaeria_umbrina	Bombardia_bombarda	Coniochaeta_ostreum	Sordaria_fimicola	Lasiosphaeria_ovina	Gelasinospora_tetrasperma	Podospora_anserina	Neurospora_crassa	Ophiostoma_piliferum	Ophiostoma_stenoceras_2	Phomatospora_bellaminuta	Graphium_penicillioides	Ophiostoma_stenoceras_1	Gondwanamyces_capensis	Ceratocystis_fimbriata	Graphium_sp	Doratomyces_stemonitis	Ambrosiella_xylebori	Petriella_setifera	Microascus_trigonosporus_var_trigonosporus	Microascus_longirostris	Lulworthia_grandispora	Lindra_thalassiae	Papulosa_amerospora	Phialophora_verrucosa	Thyridium_vestitum	Lambertella_subrenispora	Phacidium_lacerum	Leotia_lubrica	Rocellographa_cretacea	Cladonia_caroliniana	Lasallia_pustulata	Teloschistes_exilis	Letrouitia_domingensis	Pertusaria_hemisphaerica	Pertusaria_dactylina	Lobariella_pallida	Peltigera_degenii	Pseudocyphellaria_anomala	Lobaria_scrobiculata	Diploschistes_ocellatus	Acarosporina_microspora	Diploschistes_cinereocaesius	Physcia_aipolia	Ramalina_complanata	Buellia_frigida	Usnea_sphacelata	Usnea_antarctica	Hypocenomyce_scalaris	Pyxine_subcinerea	Anaptychia_palmulata	Bacidia_schweinitzii	Lecanora_hybocarpa	Canoparmelia_caroliniana	Coccocarpia_erythroxyli	Heterodermia_vulgaris	Flavoparmelia_caperata	Crocynia_pyxinoides	Megalospora_tuberculosa	Acremonium_alternatum	Acremonium_breve	Acremonium_atrogriseum	Acremonium_murorum	Acremonium_strictum	Acremonium_persicinum	Glomerella_cingulata	Stachybotrys_subsimplex	Stachybotrys_chartarum	Peethambara_spirostriata	Hypocrea_americana	Cordyceps_ophioglossoides	Pleopsidium_chlorophanum	Pleopsidium_gobiense	Icmadophila_ericetorum	Lasallia_papulosa	Umbilicaria_mammulata	Dibaeis_baeomyces	Trapelia_glebosa	Dermatocarpon_miniatum	Staurothele_frustulenta	Agonimia_sp	Endocarpon_pallidulum	Pyrenula_aspistea	Granulopyrenis_seawardii	Pleosporalean_sp	Pyrenula_pseudobufonia	Pyrgillus_javanicus	Spiromastix_warcupii	Chrysosporium_georgiae	Cordyceps_capitata	Eutypa_lata	Diatrype_disciformis	Amphilogia_gyrosa	Cryptodiaporthe_aesculi	Endothia_gyrosa	Magnaporthe_grisea	Torpedospora_radiata	Etheirophora_unijubata	Camarops_ustulinoides	Camarops_microspora	Verticillium_dahliae	Zygoascus_steatolyticus	Metschnikowia_bicuspidata	Lipomyces_oligophaga	Clavispora_lusitaniae	Candida_guilliermondii	Candida_tropicalis	Candida_lusitaniae	Debaryomyces_hansenii	Yarrowia_lipolytica	Kluyveromyces_lactis	Candida_albicans	Coccidioides_immitis	Ajellomyces_capsulatum	Sphinctrina_turbinata	Emericellopsis_maritima	Aspergillus_protuberus	Eupenicillium_limosum	Eupenicillium_javanicum	Monascus_purpureus	Penicillium_freii	Hamigera_avellanea	Emericella_nidulans	Aspergillus_fumigatus	Caliciopsis_orientalis	Caliciopsis_pinea	Exophiala_salmonis	Exophiala_pisciphila	Exophiala_dermatitidis	Ramichloridium_anceps	Capronia_pilosella	Capronia_munkii	Flavocetraria_nivalis	Glyphium_elatum	Ceramothyrium_carniolicum	Cyphellophora_laciniata	Helicomyces_roseus	Phaeosphaeria_nodorum	Dendryphiella_arenaria	Pleospora_herbarum_var_herbarum_2	Annulusmagnus_triseptatus	Stictis_urceolatum	Loxospora_cismonica	Loxospora_ochrophaea	Phlyctis_argena	Candelariella_terrigena	Boreoplaca_ultrafrigida	Rhizocarpon_oederi	Phyllobaeis_erythrella	Phyllobaeis_imbricata	Calosphaeria_pulchella	Bimuria_novae_zelandiae	Kirschsteiniothelia_aethiops_1	Columnosphaeria_fagi_1	Cochliobolus_heterostrophus	Alternaria_alternata	Phaeodothis_winteri	Pleospora_herbarum_var_herbarum_1	Pyrenophora_phaeocomes	Preussia_terricola	Phaeosphaeria_avenaria	Leptosphaeria_maculans	Kirschsteiniothelia_aethiops_2	Cochliobolus_sativus	Allewia_eureka	Pyrenochaeta_nobilis	Byssothecium_circinans	Montagnula_opulenta	Pyrenophora_tritici_repentis	Lophium_mytilinum	Herpotrichia_juniperi	Lophiostoma_arundinis	Verruculina_enalia	Pleomassaria_siparia	Delitschia_winteri	Ulospora_bilgramii	Wettsteinina_lacustris	Trematosphaeria_pertusa	Herpotrichia_diffusa	Ascochyta_pisi_var_pisi	Lophiostoma_crenatum	Lepidosphaeria_nicotiae	Phoma_herbarum	Massaria_platani	Phaeosphaeria_eustoma	Ophiosphaerella_herpotricha	Cucurbitaria_elongata	Coniothyrium_palmarum	Tubeufia_cerea	Sporormiella_minima	Coniothyrium_obiones	Tyrannosorus_pinicola	Phaeotrichum_benjaminii	Westerdykella_cylindrica	Trematosphaeria_heterospora	Pyronema_domesticum	Elsinoe_phaseoli	Elsinoe_centrolobi	Elsinoe_veneta	Myriangium_duriaei	Tubeufia_paludosa	Hysteropatella_elliptica_cf	Hysteropatella_clavispora_cf	Hysterium_pulicare_cf	Mycosphaerella_punctiformis	Capnodium_coffeae	Dothidea_insculpta	Dothidea_hippophaes	Stylodothis_puccinioides	Dothidea_sambuci	Davidiella_tassiana	Columnosphaeria_fagi_2	Dothiora_cannabinae	Sydowia_polyspora	Delphinella_strobiligena	Mycosphaerella_fijiensis	Capnodium_salicinum	Trimmatostroma_abietis	Cercospora_beticola	Mycosphaerella_graminicola	Scorias_spongiosa	Cladosporium_cladosporioides	Botryosphaeria_dothidea	Guignardia_gaultheriae	Macrophomina_phaseolina	Botryosphaeria_viticola	Guignardia_bidwellii	Botryosphaeria_tsugae	Botryosphaeria_stevensii	Botryosphaeria_ribis	Opegrapha_dolomitica	Opegrapha_varia	Simonyella_variegata	Arthonia_caesia	Schismatomma_decolorans	Pseudonectria_rousseliana	Ophionectria_trichospora	Claviceps_purpurea	Balansia_henningsiana	Bionectria_aureofulva_cf	Hydropisphaera_erubescens	Epichloe_typhina	Cordyceps_cardinalis	Nectria_haematococca	Nectria_cinnabarina	Sphaerostilbella_berkeleyana	Hypocrea_lutea	Roumegueriella_rufula	Bionectria_ochroleuca	Pleurostoma_ootheca	Lindra_obtusa	Lulworthia_lignoarenaria	Lulworthia_uniseptata	Dark_septate_endophyte	Chaetosphaerella_phaeostroma	Bertia_moriformis	Gaeumannomyces_medullaris	Glomerobolus_gelineus	Sigmoidea_marina	Corollospora_maritima	Corollospora_angusta	Nephroma_parile	Chaetosphaeria_ovoidea	Khuskia_oryzae	Stigmatomyces_protrudens	Venturia_inaequalis	Aliquandostipite_khaoyaiensis	Arthopyrenia_salicis	Trypethelium_eluteriae	Trypethelium_sp	Sarcoleotia_globosa	Erysiphe_glycines	Blumeria_graminis	Stictis_radiata	Cyttaria_darwinii	Mycocalicium_polyporaeum	Hesperomyces_virescens	Hymenelia_lacustris	Gyalecta_jenensis	Lecidea_fuscoatra	Rhizocarpon_superficiale	Candelariella_reflexa	Collema_cristatum	Acarospora_laqueata	Acarospora_schleicheri	Mycoblastus_sanguinarius	Hypogymnia_physodes	Lopezaria_versicolor	Dactylospora_mangrovei	Rhytidhysteron_rufulum	Dactylospora_imperfecta	Dactylospora_lobariella	Sarcinomyces_petricola	Dactylospora_haliotrepha_2	Mycosphaerella_pneumatophorae	Dactylospora_haliotrepha_1	Roccella_fuciformis	Protomyces_inouyei	Taphrina_wiesneri	Saitoella_complicata	Neolecta_irregularis	Neolecta_vitellina	Taphrina_deformans	Schizosaccharomyces_pombe	Pneumocystis_carinii	Phanerochaete_chrysosporium	Fomitopsis_pinicola	Hygrocybe_conica	Strobilomyces_floccopus	Grifola_frondosa	Cotylidia_sp	Agaricostilbum_hyphaenes	Ustilago_maydis	Armillaria_mellea	Coltricia_perennis	Calostoma_cinnabarinum	Calocera_cornea	Cryptococcus_neoformans	Rhizopus_oryzae	Candida_glabrata	Eremothecium_gossypii	Lachancea_waltti	Saccharomyces_castellii	Saccharomyces_cerevisiae	Sarcosoma_latahense	Eleutherascus_lectardii	Sarcoscypha_coccinea_2	Togninia_minima	Ascodesmis_sphaerospora	Rhizina_undulata	Verpa_conica	Anthracobia_macrocystis	Ascobolus_carbonarius	Pseudopithyella_minuscula	Helvella_compressa_cf	Aleuria_aurantia	Gibberella_zeae	Varicosporina_ramulosa	Nimbospora_effusa	Lignincola_laevis	Lanspora_coronata	Aniptodera_chesapeakensis	Halosphaeria_appendiculata	Valsella_salicis	Valsa_ambiens	Plagiostoma_euphorbiae	Niesslia_exilis	Myrothecium_roridum	Melanospora_zamiae	Melanospora_tiffanyae	Melanconis_marginalis	Mazzantia_napelli	Leucostoma_niveum	Diaporthe_phaseolorum	Cryptosporella_hypodermia	Cryphonectria_parasitica	Chrysoporthe_cubensis	Cryphonectria_nitschkei	Gnomonia_gnomon	Melanconis_stilbostoma	Diaporthe_eres	Scutellinia_scutellata	Barssia_oregonensis	Morchella_esculenta_cf	Verpa_bohemica	Pachyella_babingtonii	Peziza_vesiculosa	Sarcoscypha_coccinea_1	Ascobolus_crenulatus	Morchella_elata_cf	Disciotis_venosa	Gyromitra_californica	Marcelleina_persoonii	Gyromitra_esculenta	Sarcosphaera_crassa	Caloscypha_fulgens	Cheilymenia_stercorea	Plicaria_leiocarpa	Tuber_gibbosum	Lasiobolidium_spirale	Saccobolus_dilutellus	Galiella_rufa	Orbilia_auricolor	Orbilia_vinosa	Arthrobotrys_elegans	Lichinella_iodopulchra	Peltula_auriculata	Peltula_umbilicata	Trichoglossum_hirsutum	Geoglossum_nigritum	Thelebolus_microsporus	Thelebolus_caninus	Meria_laricis	Potebniamyces_pyri	Tryblidiopsis_pinastri	Coccomyces_strobi	Leotiomycetous_sp	Neobulgaria_pura	Chaetosphaeria_tortuosa	Pseudeurotium_zonatum	Symbiotaphrina_kochii	Symbiotaphrina_buchneri	Leuconeurospora_pulcherrima	Cyclaneusma_minus	Naemacyclus_fimbriatus	Connersia_rilstonii	Dermea_acerina	Pezicula_carpinea	Sclerotinia_sclerotiorum	Rutstroemia_firma	Bulgaria_inquinans	Loramyces_macrosporus	Mollisia_cinerea	Chloroscypha_enterochroma	Botryotinia_fuckeliana	Lachnum_virgineum	Ascocoryne_sarcoides	Monilinia_laxa	Cudoniella_clavus_cf	Chlorociboria_aeruginosa	Neofabreae_malicorticis	Vibrissea_truncorum	Bisporella_citrina	Microglossum_rufum
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4056;
	DIMENSIONS NCHAR=9563;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Hyphozyma_lignicola                              ?ATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTCTAAGTATAAGCAAT-CTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACC-TTAC-TACATGG-ATAACCG-TGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC--TAAAAA-CCTCGACTTC---GGAAG-GGGTGTATTTATTAGATAAAAAA-CCAAT-GCCCTTC--GGGGCTCC---TTGGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTT---CTGCCCTATCA-ACTTTCGATGGTAGGATAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTACCATGGTTTTAACGGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGGGGAA-TT---------------------------------------------------------------------AG---------------------------------------------------------------------GGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----------------------------------------------GCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGC-GCGCAAATTAC-CC-AATCCCGACACGGGGAG-------------------------------------------------------G---------------------------------------------------TA---------------------------------------------------------------------------GTGACAATAAATA-CTGATACAG-GGCTCTTTT-GGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAGCAGCC-GCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGT-TGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT-TGAACCTTGGGCCTG-GCTGGCCGGTCCGCCTAACCGCGTG---TA--CTG-GT--CC-GGCCGGG--CCTTTCCT-TCTGGGGAGCCG---CATGCCCTTCACTGGGTGTGT--CGGGG-AACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT---GCT-CGA-ATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-G-CGGTTCTA-TTTT-GTTGGTTTCT-A-GGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAG--------------------------------------------------------T----------------------------------------------------ATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCG-AAAGCA-TTTG-CCAAGGATGTTTTCATTAATCAGT-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAG-ATACCGTCGTAGTCTTAA-CCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATG-TTATTATTTT--GACTCGCTCGGCACCTT-ACGAGAAATCA-AA-GT-CTTTGGGTTCTG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGGGAGTATGGT-CGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTG-ACGGAAGGGCACCACCA-GGAGTG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACC-AGGTTAACCATCGTCTGGGCCTGGAAAATCTAAGGTCCGTTTGGATCTTGATGAGTGCTGCATGTTTTCATGCGGTGCGACACATACTGGTACAGGGAACGCCTTCCGGGGCCGATCCTGTGGTGAGCTGCAGTCAGTTGACAGCAGCCATCGCAAAGCGCGCCAAGTAGTGGGCTGCTGGTTCTACCAGCGGTTTGATGTACGTGCTAA-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCCATGTGTAAACATGAGGTGGCTTCATTAGGGGTTTCTGAAAGCCCCGCTGGAGCCGTAATGCCAGACACATTAAGGATTGACAG-ATTGAGAGCTC-TTTCTTGATTATGTGGGTGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTGCAT-GGCCG-----------------------------------------------TTC-TTAGTTGGTG-------------------------------------------------------------------------------GAG-----------------------TGATT----------------------------------------------------------------------------------------------------------TGTCTGCTTAAT------------------------------------------------------------------------------------------------------TGCGATAAC-GAACGAGACCTT-AACCTGCTAAATAGCCCGGTCCGCTTT-GGCGGGCCGCT-------------------GGCTTCTTAGAGGG-ACTATCGG---CT-CAAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAG----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTGTGATGCCCTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGATGTTCTGG------------------------------------------------------------------------GCCGCACG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGCGCTACACTGACAGA-GCCAACGAGTAA-------------------ATCACCTTGG-CCGGAAGGTCT----GGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTG-CTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAG-CGCAAGTCATCA-GCTTG-CGCTGATTA-CGTCCC-T-GC-CCTT-T?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Pyxidiophora_sp                                  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		Pyxidiophora_avernensis                          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		Apiognomonia_errabunda                           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		Apiospora_montagnei                              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		Anthostomella_torosa                             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		Xylaria_acuta                                    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		Xylaria_hypoxylon                                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		Seynesia_erumpens                                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		Graphostroma_platystoma                          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		Bombardia_bombarda                               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		Sordaria_fimicola                                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		Graphium_penicillioides                          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		Ophiostoma_stenoceras_1                          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		Gondwanamyces_capensis                           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		Doratomyces_stemonitis                           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		Ambrosiella_xylebori                             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		Petriella_setifera                               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		Microascus_trigonosporus_var_trigonosporus       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		Microascus_longirostris                          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		Lulworthia_grandispora                           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		Lindra_thalassiae                                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		Papulosa_amerospora                              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		Phialophora_verrucosa                            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		Thyridium_vestitum                               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		Lambertella_subrenispora                         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		Phacidium_lacerum                                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		Leotia_lubrica                                   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		Rocellographa_cretacea                           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		Cladonia_caroliniana                             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		Lasallia_pustulata                               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		Teloschistes_exilis                              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		Letrouitia_domingensis                           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		Lobariella_pallida                               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		Peltigera_degenii                                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		Pseudocyphellaria_anomala                        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		Diploschistes_ocellatus                          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		Acarosporina_microspora                          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		Diploschistes_cinereocaesius                     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		Physcia_aipolia                                  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		Ramalina_complanata                              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		Hypocenomyce_scalaris                            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		Pyxine_subcinerea                                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		Anaptychia_palmulata                             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		Bacidia_schweinitzii                             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		Lecanora_hybocarpa                               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		Canoparmelia_caroliniana                         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		Megalospora_tuberculosa                          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		Acremonium_alternatum                            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		Stachybotrys_subsimplex                          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		Stachybotrys_chartarum                           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		Peethambara_spirostriata                         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		Cordyceps_ophioglossoides                        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		Icmadophila_ericetorum                           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		Lasallia_papulosa                                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		Umbilicaria_mammulata                            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		Dibaeis_baeomyces                                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		Trapelia_glebosa                                 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		Staurothele_frustulenta                          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		Agonimia_sp                                      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		Endocarpon_pallidulum                            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		Pyrenula_aspistea                                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		Pleosporalean_sp                                 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		Pyrenula_pseudobufonia                           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		Pyrgillus_javanicus                              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		Spiromastix_warcupii                             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		Chrysosporium_georgiae                           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		Cordyceps_capitata                               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		Eutypa_lata                                      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		Diatrype_disciformis                             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		Amphilogia_gyrosa                                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		Torpedospora_radiata                             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		Etheirophora_unijubata                           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		Camarops_microspora                              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		Verticillium_dahliae                             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		Zygoascus_steatolyticus                          ??????????????????????TTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TCTATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAATCC-ATTAC-TACTTGG-ATAACCG-TGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC--TAAAAA-TCCCTTCTTAT---GTTG-GGATGTATTTATTAGATAAAAAA-CCAAT--GTCTTC---GGACTCT---TTGGTGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTT-GCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTT---CTGCCCTATCA-ACTTTCGATGGTAGGATAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTACCATGGTATCAACGGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGGGGAA-TA---------------------------------------------------------------------AG---------------------------------------------------------------------GGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----------------------------------------------GCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGC-GCGCAAATTAC-CC-AATCCTAATTCAGGGAG-------------------------------------------------------G---------------------------------------------------TA---------------------------------------------------------------------------GTGACAATAAATA-ACGATACAG-GGCCCATT--GGGTCTTGTAATTGGAATGAGAACAATTTAAATACCTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AT-CGAGGAACAATTAGAGGGCAAGTCTGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAGCAGCC-GCGGTAATTCCAGCTCTAATAGCGTATATTAAAGTTGT-TGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT-TGAACTTCGGGCCTG-ATTTGCTGGTCCGCCGCAAGGCGTG---TA--CTG-GTT-TCGAATCGGG--CCTTTCCT-CCTGACTACCCAT--GATGTCCTTAACCGGATGTCT--TGGCG-GCTCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT---GCT-CGA-ATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-A-TGGTTCTA-TTTT-GTTGGTTTCT-A-GGACCGTCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAG--------------------------------------------------------T----------------------------------------------------ATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCG-AAAGCA-TTTG-CCAAGGATGTTTTCATTAATCAA--GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAAACGAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAG-ATACCGTTGTAGTCTTAA-CCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATG-TTCATTTTA---GACTCGCTCGGCACCTT-ACGAGAAATCA-AA-GT-TTTTGGGTTCTG--------------------------------------------------------G-------------------------------------------------------GGGGAGTATGGT-CGCAAGTCTGAAACTTAAAGGAATTG-ACGGAAGGGCACCACCA-GGAGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------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		Metschnikowia_bicuspidata                        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		Lipomyces_oligophaga                             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		Clavispora_lusitaniae                            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		Yarrowia_lipolytica                              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		Kluyveromyces_lactis                             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		Candida_albicans                                 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		Coccidioides_immitis                             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		Ajellomyces_capsulatum                           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		Emericellopsis_maritima                          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		Aspergillus_protuberus                           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		Eupenicillium_limosum                            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		Eupenicillium_javanicum                          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		Monascus_purpureus                               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		Penicillium_freii                                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		Hamigera_avellanea                               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		Emericella_nidulans                              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		Aspergillus_fumigatus                            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		Caliciopsis_orientalis                           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		Caliciopsis_pinea                                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		Exophiala_salmonis                               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		Exophiala_pisciphila                             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		Capronia_pilosella                               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		Flavocetraria_nivalis                            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		Glyphium_elatum                                  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		Ceramothyrium_carniolicum                        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		Cyphellophora_laciniata                          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		Helicomyces_roseus                               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		Dendryphiella_arenaria                           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		Pleospora_herbarum_var_herbarum_2                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		Annulusmagnus_triseptatus                        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		Stictis_urceolatum                               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		Loxospora_cismonica                              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		Loxospora_ochrophaea                             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		Phlyctis_argena                                  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		Candelariella_terrigena                          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		Boreoplaca_ultrafrigida                          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		Rhizocarpon_oederi                               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		Phyllobaeis_imbricata                            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		Kirschsteiniothelia_aethiops_1                   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		Cochliobolus_heterostrophus                      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		Alternaria_alternata                             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		Leptosphaeria_maculans                           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		Kirschsteiniothelia_aethiops_2                   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		Cochliobolus_sativus                             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		Allewia_eureka                                   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		Pyrenochaeta_nobilis                             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		Byssothecium_circinans                           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		Montagnula_opulenta                              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		Pyrenophora_tritici_repentis                     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		Lophium_mytilinum                                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		Herpotrichia_juniperi                            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		Lophiostoma_arundinis                            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		Verruculina_enalia                               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		Pleomassaria_siparia                             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		Herpotrichia_diffusa                             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		Lophiostoma_crenatum                             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		Lepidosphaeria_nicotiae                          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		Phoma_herbarum                                   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		Massaria_platani                                 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		Coniothyrium_obiones                             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		Tyrannosorus_pinicola                            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		Phaeotrichum_benjaminii                          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		Westerdykella_cylindrica                         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		Trematosphaeria_heterospora                      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		Pyronema_domesticum                              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		Elsinoe_phaseoli                                 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		Elsinoe_centrolobi                               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		Elsinoe_veneta                                   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		Myriangium_duriaei                               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		Tubeufia_paludosa                                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		Mycosphaerella_punctiformis                      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		Dothidea_hippophaes                              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		Stylodothis_puccinioides                         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		Dothidea_sambuci                                 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		Davidiella_tassiana                              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		Sydowia_polyspora                                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		Delphinella_strobiligena                         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		Mycosphaerella_fijiensis                         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		Trimmatostroma_abietis                           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		Cercospora_beticola                              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		Scorias_spongiosa                                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		Cladosporium_cladosporioides                     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		Botryosphaeria_dothidea                          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		Guignardia_gaultheriae                           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		Macrophomina_phaseolina                          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		Opegrapha_dolomitica                             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		Opegrapha_varia                                  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		Simonyella_variegata                             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		Arthonia_caesia                                  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		Schismatomma_decolorans                          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		Pseudonectria_rousseliana                        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		Ophionectria_trichospora                         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		Claviceps_purpurea                               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		Balansia_henningsiana                            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		Bionectria_aureofulva_cf                         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		Hydropisphaera_erubescens                        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		Epichloe_typhina                                 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		Cordyceps_cardinalis                             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		Nectria_haematococca                             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		Roumegueriella_rufula                            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		Bionectria_ochroleuca                            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		Pleurostoma_ootheca                              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		Lulworthia_lignoarenaria                         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		Lulworthia_uniseptata                            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		Dark_septate_endophyte                           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		Glomerobolus_gelineus                            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		Sigmoidea_marina                                 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		Corollospora_maritima                            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		Corollospora_angusta                             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		Trypethelium_eluteriae                           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		Trypethelium_sp                                  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		Blumeria_graminis                                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		Stictis_radiata                                  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		Mycocalicium_polyporaeum                         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		Hymenelia_lacustris                              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		Lecidea_fuscoatra                                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		Rhizocarpon_superficiale                         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		Acarospora_laqueata                              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		Acarospora_schleicheri                           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		Mycoblastus_sanguinarius                         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		Hypogymnia_physodes                              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		Lopezaria_versicolor                             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		Dactylospora_haliotrepha_1                       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		Roccella_fuciformis                              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		Protomyces_inouyei                               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		Taphrina_wiesneri                                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		Saitoella_complicata                             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		Neolecta_irregularis                             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		Schizosaccharomyces_pombe                        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		Pneumocystis_carinii                             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		Phanerochaete_chrysosporium                      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		Fomitopsis_pinicola                              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		Hygrocybe_conica                                 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		Strobilomyces_floccopus                          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		Grifola_frondosa                                 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		Cotylidia_sp                                     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		Agaricostilbum_hyphaenes                         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		Armillaria_mellea                                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		Coltricia_perennis                               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		Calostoma_cinnabarinum                           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		Calocera_cornea                                  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		Cryptococcus_neoformans                          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		Rhizopus_oryzae                                  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		Lachancea_waltti                                 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		Saccharomyces_castellii                          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		Saccharomyces_cerevisiae                         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		Sarcosoma_latahense                              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		Eleutherascus_lectardii                          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		Sarcoscypha_coccinea_2                           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		Togninia_minima                                  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		Rhizina_undulata                                 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		Verpa_conica                                     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		Anthracobia_macrocystis                          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		Ascobolus_carbonarius                            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		Varicosporina_ramulosa                           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		Lignincola_laevis                                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		Lanspora_coronata                                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		Aniptodera_chesapeakensis                        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		Halosphaeria_appendiculata                       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		Valsella_salicis                                 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		Valsa_ambiens                                    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		Plagiostoma_euphorbiae                           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		Mazzantia_napelli                                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		Leucostoma_niveum                                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		Diaporthe_phaseolorum                            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		Cryptosporella_hypodermia                        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		Cryphonectria_parasitica                         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		Chrysoporthe_cubensis                            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		Gnomonia_gnomon                                  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		Diaporthe_eres                                   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		Scutellinia_scutellata                           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		Barssia_oregonensis                              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		Morchella_esculenta_cf                           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		Verpa_bohemica                                   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		Pachyella_babingtonii                            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		Peziza_vesiculosa                                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		Gyromitra_esculenta                              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		Sarcosphaera_crassa                              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		Caloscypha_fulgens                               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		Cheilymenia_stercorea                            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		Plicaria_leiocarpa                               AACAAGGTTTGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TATATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATGATACC-TTAC-TACTTGG-ATAACCG-TGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCA-TAAAAG-TCCCGACCTCT--GGAAG-GGATGTATTTATTAGATAAAAAA-CCAAT-GCC-TTC--GGG-CTCT---TTGG?GATTCATAGTAACTTAACGAATCGCATAGCCTT-GTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTT---CTGCCCTATCA-ACTTTCGATGGTAGGATATAG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTACCATGGTTTCAACGGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGGGGAA-TT---------------------------------------------------------------------AG---------------------------------------------------------------------GGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----------------------------------------------GCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGC-GCGCAAATTAC-CC-AATCCCGACACGGGGAG-------------------------------------------------------G---------------------------------------------------TA---------------------------------------------------------------------------GTGACAATAAATA-CTGATACAG-GTGGTTTTATGCCTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAGCAGCC-GCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGT-TGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT-TGAACCTTGGACCTG-GCCGACCGGTCTGCCTCACCGCATG---CA--CTG-GT--TT-GGCCGGG--TCTTTCCT-TCTGGCAAGCCG---CATGCCCTTCACTGGGTGTGT--TGGGG-AACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATTTA--GCT-CGA-ATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-G-TGGTTCTA-TTTT-GTTGGTTTCT-A-GGACCACCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAG--------------------------------------------------------T----------------------------------------------------ATTCAATCGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATCGATTGAAGACTAACTACTGCG-AAAG??-TTTG-CCAAGGATGTTTTCATTAATCAGG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAG-ATACCGTCGTAGTCTTAA-CCATAAACTATGCCGACTAGGGATTGGGTGATG-TTCTTTTT-T--GACTCGCTCAGCACCTT-ACGAGAAATCA-AA-GT-CTTTGGGTTCTG--------------------------------------------------------G-------------------------------------------------------GGGGAGTATGGT-CGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTG-ACGGAAGGGCACCACCA-GGAGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------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		Tuber_gibbosum                                   ???????????????????????????TCAAAGATTAA?CCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TCTATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTTGC-TACTTGG-ATAACCG-TGGTAATTCTAGAGCTAATACATGC--TAAAAA-TCCCAACCCCT--GGAAG-GGATGTATTTATTAGATAAAAAA-CCAAT-GG-CTTC---GGCCTCC---CTGGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTT-GCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTT---CTGCCCTATCA-ACTTTCGATGGTAGGATAGTG-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GCCTACCATGGTTTCAACGGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CGGGGAA-TT---------------------------------------------------------------------AG---------------------------------------------------------------------GGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------G-----------------------------------------------GCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGC-GCGCAAATTAC-CC-AATCCCGACACGGGGAG-------------------------------------------------------G---------------------------------------------------TA---------------------------------------------------------------------------GTGACAATAAATA-CTGATACAG-GGCTCTTTT-GGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGT----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAGCAGCC-GCGGTAATTCCAGCTCCAACAGCGTATATTAAAGTTGT-TGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT-TGAACCTCGGGTCTG-GCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTG---CA--CTG-GT--CC-GGCCGGA--TCTTTCCT-TCTGGCTAGCCG---CATGCCCTTCACTGGGTGTGT--CGGGG-AACCAGGAC-TTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATAT---GCT-CGA-ATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-G-CGGTTCTA-TTTT-GTTGGTTTCT-A-GGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAG--------------------------------------------------------T----------------------------------------------------ATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCG-AAAGCA-TTTG-CCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-TGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CAG-ATACCGTCGTAGTCTTAA-CCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATG-TTCTTTTTCT--GACTCGCTCGGC?CCTT-AC?AGAAATCA-AA-GT-CTTTGGGTTCTG--------------------------------------------------------G-------------------------------------------------------GGGGAGTATGGT-CGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTG-ACGGAAGGGCACCACCA-GGAGT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------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		Lasiobolidium_spirale                            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		Saccobolus_dilutellus                            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		Galiella_rufa                                    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		Orbilia_auricolor                                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		Orbilia_vinosa                                   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		Arthrobotrys_elegans                             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		Lichinella_iodopulchra                           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		Peltula_auriculata                               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		Peltula_umbilicata                               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		Trichoglossum_hirsutum                           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		Geoglossum_nigritum                              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		Coccomyces_strobi                                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		Leotiomycetous_sp                                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		Neobulgaria_pura                                 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		Chaetosphaeria_tortuosa                          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		Pseudeurotium_zonatum                            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		Symbiotaphrina_kochii                            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		Symbiotaphrina_buchneri                          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		Leuconeurospora_pulcherrima                      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		Cyclaneusma_minus                                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		Naemacyclus_fimbriatus                           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		Connersia_rilstonii                              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		Dermea_acerina                                   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		Pezicula_carpinea                                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		Sclerotinia_sclerotiorum                         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		Rutstroemia_firma                                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		Bulgaria_inquinans                               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		Loramyces_macrosporus                            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		Mollisia_cinerea                                 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		Vibrissea_truncorum                              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		Bisporella_citrina                               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		Microglossum_rufum                               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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 9563 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET SSU = 1 - 9563 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET EXCLUDE = 1 - 140 145 171 172 179 198 222 228 232 236 237 247 248 287 314 - 316 328 350 - 588 611 - 1081 1089 1092 1093 - 1231 1263 - 1416 1445 1457 1460 1478 - 1661 1675 1685 1695 1734 - 1964 1993 - 2935 2945 2984 3006 3022 3049 3053 3054 3058 3061 3062 3094 3120 3121 3127 3137 3184 3188 3221 3223 3232 3237 3248 3250 3292 - 3400 3453 3460 3465 3489 3490 3519 - 4286 4290 4309 4343 4355 4373 4385 - 4391 \ 3 4404 - 4515 4528 4555 4579 - 6108 6151 6156 - 6631 6652 6664 6686 - 6965 6973 6979 - 7025 7029 7040 - 7118 7122 - 7144 7150 - 7255 7268 - 7369 7379 7392 7420 7432 - 7450 7465 7474 - 7476 7510 - 8192 8206 - 8438 8450 - 8521 8530 - 8692 8710 8723 - 8745 8752 8753 8765 - 8767 8794 8847 8866 8876 8883 8885 8888 8893 8896 8897 - 9563 ; 
 END;