NEXUS
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[Matrix accession#: M4058]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4058;
	DIMENSIONS  NTAX=434;
	TAXLABELS
		Annulusmagnus_triseptatus	Stictis_urceolatum	Loxospora_cismonica	Loxospora_ochrophaea	Phlyctis_argena	Candelariella_terrigena	Boreoplaca_ultrafrigida	Rhizocarpon_oederi	Phyllobaeis_erythrella	Phyllobaeis_imbricata	Calosphaeria_pulchella	Pleurostoma_ootheca	Lindra_obtusa	Lulworthia_lignoarenaria	Lulworthia_uniseptata	Dark_septate_endophyte	Chaetosphaerella_phaeostroma	Bertia_moriformis	Gaeumannomyces_medullaris	Glomerobolus_gelineus	Sigmoidea_marina	Corollospora_maritima	Corollospora_angusta	Nephroma_parile	Chaetosphaeria_ovoidea	Khuskia_oryzae	Stigmatomyces_protrudens	Venturia_inaequalis	Aliquandostipite_khaoyaiensis	Arthopyrenia_salicis	Trypethelium_eluteriae	Trypethelium_sp	Sarcoleotia_globosa	Erysiphe_glycines	Blumeria_graminis	Stictis_radiata	Cyttaria_darwinii	Mycocalicium_polyporaeum	Hesperomyces_virescens	Hymenelia_lacustris	Gyalecta_jenensis	Lecidea_fuscoatra	Rhizocarpon_superficiale	Candelariella_reflexa	Collema_cristatum	Acarospora_laqueata	Acarospora_schleicheri	Mycoblastus_sanguinarius	Hypogymnia_physodes	Lopezaria_versicolor	Dactylospora_mangrovei	Rhytidhysteron_rufulum	Dactylospora_imperfecta	Dactylospora_lobariella	Sarcinomyces_petricola	Dactylospora_haliotrepha_2	Mycosphaerella_pneumatophorae	Dactylospora_haliotrepha_1	Hyphozyma_lignicola	Pyxidiophora_sp	Pyxidiophora_avernensis	Apiognomonia_errabunda	Apiospora_montagnei	Anthostomella_torosa	Xylaria_acuta	Xylaria_hypoxylon	Seynesia_erumpens	Graphostroma_platystoma	Amphisphaeria_umbrina	Bombardia_bombarda	Coniochaeta_ostreum	Sordaria_fimicola	Lasiosphaeria_ovina	Gelasinospora_tetrasperma	Podospora_anserina	Neurospora_crassa	Ophiostoma_piliferum	Ophiostoma_stenoceras_2	Phomatospora_bellaminuta	Graphium_penicillioides	Ophiostoma_stenoceras_1	Gondwanamyces_capensis	Ceratocystis_fimbriata	Graphium_sp	Doratomyces_stemonitis	Ambrosiella_xylebori	Petriella_setifera	Microascus_trigonosporus_var_trigonosporus	Microascus_longirostris	Lulworthia_grandispora	Lindra_thalassiae	Papulosa_amerospora	Phialophora_verrucosa	Thyridium_vestitum	Acremonium_alternatum	Acremonium_breve	Acremonium_atrogriseum	Acremonium_murorum	Acremonium_strictum	Acremonium_persicinum	Glomerella_cingulata	Stachybotrys_subsimplex	Stachybotrys_chartarum	Peethambara_spirostriata	Hypocrea_americana	Cordyceps_ophioglossoides	Cordyceps_capitata	Pseudonectria_rousseliana	Ophionectria_trichospora	Claviceps_purpurea	Balansia_henningsiana	Bionectria_aureofulva_cf	Hydropisphaera_erubescens	Epichloe_typhina	Cordyceps_cardinalis	Nectria_haematococca	Nectria_cinnabarina	Sphaerostilbella_berkeleyana	Hypocrea_lutea	Roumegueriella_rufula	Bionectria_ochroleuca	Gibberella_zeae	Varicosporina_ramulosa	Nimbospora_effusa	Lignincola_laevis	Lanspora_coronata	Aniptodera_chesapeakensis	Halosphaeria_appendiculata	Valsella_salicis	Valsa_ambiens	Plagiostoma_euphorbiae	Niesslia_exilis	Myrothecium_roridum	Melanospora_zamiae	Melanospora_tiffanyae	Melanconis_marginalis	Mazzantia_napelli	Leucostoma_niveum	Diaporthe_phaseolorum	Cryptosporella_hypodermia	Cryphonectria_parasitica	Chrysoporthe_cubensis	Cryphonectria_nitschkei	Gnomonia_gnomon	Melanconis_stilbostoma	Diaporthe_eres	Eutypa_lata	Diatrype_disciformis	Amphilogia_gyrosa	Cryptodiaporthe_aesculi	Endothia_gyrosa	Magnaporthe_grisea	Torpedospora_radiata	Etheirophora_unijubata	Camarops_ustulinoides	Camarops_microspora	Verticillium_dahliae	Zygoascus_steatolyticus	Metschnikowia_bicuspidata	Lipomyces_oligophaga	Clavispora_lusitaniae	Candida_guilliermondii	Candida_tropicalis	Candida_lusitaniae	Debaryomyces_hansenii	Yarrowia_lipolytica	Kluyveromyces_lactis	Candida_albicans	Candida_glabrata	Eremothecium_gossypii	Lachancea_waltti	Saccharomyces_castellii	Saccharomyces_cerevisiae	Sarcosoma_latahense	Eleutherascus_lectardii	Sarcoscypha_coccinea_2	Togninia_minima	Ascodesmis_sphaerospora	Rhizina_undulata	Verpa_conica	Anthracobia_macrocystis	Ascobolus_carbonarius	Pseudopithyella_minuscula	Helvella_compressa_cf	Aleuria_aurantia	Scutellinia_scutellata	Barssia_oregonensis	Morchella_esculenta_cf	Verpa_bohemica	Pachyella_babingtonii	Peziza_vesiculosa	Sarcoscypha_coccinea_1	Ascobolus_crenulatus	Morchella_elata_cf	Disciotis_venosa	Gyromitra_californica	Marcelleina_persoonii	Gyromitra_esculenta	Sarcosphaera_crassa	Caloscypha_fulgens	Cheilymenia_stercorea	Plicaria_leiocarpa	Tuber_gibbosum	Lasiobolidium_spirale	Saccobolus_dilutellus	Galiella_rufa	Orbilia_auricolor	Orbilia_vinosa	Arthrobotrys_elegans	Lichinella_iodopulchra	Peltula_auriculata	Peltula_umbilicata	Trichoglossum_hirsutum	Geoglossum_nigritum	Thelebolus_microsporus	Thelebolus_caninus	Meria_laricis	Potebniamyces_pyri	Tryblidiopsis_pinastri	Coccomyces_strobi	Leotiomycetous_sp	Neobulgaria_pura	Chaetosphaeria_tortuosa	Pseudeurotium_zonatum	Symbiotaphrina_kochii	Symbiotaphrina_buchneri	Leuconeurospora_pulcherrima	Cyclaneusma_minus	Naemacyclus_fimbriatus	Connersia_rilstonii	Dermea_acerina	Pezicula_carpinea	Sclerotinia_sclerotiorum	Rutstroemia_firma	Bulgaria_inquinans	Loramyces_macrosporus	Mollisia_cinerea	Chloroscypha_enterochroma	Botryotinia_fuckeliana	Lachnum_virgineum	Ascocoryne_sarcoides	Monilinia_laxa	Cudoniella_clavus_cf	Chlorociboria_aeruginosa	Neofabreae_malicorticis	Vibrissea_truncorum	Bisporella_citrina	Microglossum_rufum	Lambertella_subrenispora	Phacidium_lacerum	Leotia_lubrica	Rocellographa_cretacea	Cladonia_caroliniana	Lasallia_pustulata	Teloschistes_exilis	Letrouitia_domingensis	Pertusaria_hemisphaerica	Pertusaria_dactylina	Lobariella_pallida	Peltigera_degenii	Pseudocyphellaria_anomala	Lobaria_scrobiculata	Diploschistes_ocellatus	Acarosporina_microspora	Diploschistes_cinereocaesius	Physcia_aipolia	Ramalina_complanata	Buellia_frigida	Usnea_sphacelata	Usnea_antarctica	Hypocenomyce_scalaris	Pyxine_subcinerea	Anaptychia_palmulata	Bacidia_schweinitzii	Lecanora_hybocarpa	Canoparmelia_caroliniana	Coccocarpia_erythroxyli	Heterodermia_vulgaris	Flavoparmelia_caperata	Crocynia_pyxinoides	Megalospora_tuberculosa	Pleopsidium_chlorophanum	Pleopsidium_gobiense	Icmadophila_ericetorum	Lasallia_papulosa	Umbilicaria_mammulata	Dibaeis_baeomyces	Trapelia_glebosa	Dermatocarpon_miniatum	Staurothele_frustulenta	Agonimia_sp	Endocarpon_pallidulum	Pyrenula_aspistea	Granulopyrenis_seawardii	Pleosporalean_sp	Pyrenula_pseudobufonia	Pyrgillus_javanicus	Spiromastix_warcupii	Chrysosporium_georgiae	Coccidioides_immitis	Ajellomyces_capsulatum	Sphinctrina_turbinata	Emericellopsis_maritima	Aspergillus_protuberus	Eupenicillium_limosum	Eupenicillium_javanicum	Monascus_purpureus	Penicillium_freii	Hamigera_avellanea	Emericella_nidulans	Aspergillus_fumigatus	Caliciopsis_orientalis	Caliciopsis_pinea	Exophiala_salmonis	Exophiala_pisciphila	Exophiala_dermatitidis	Ramichloridium_anceps	Capronia_pilosella	Capronia_munkii	Flavocetraria_nivalis	Glyphium_elatum	Ceramothyrium_carniolicum	Cyphellophora_laciniata	Helicomyces_roseus	Phaeosphaeria_nodorum	Dendryphiella_arenaria	Pleospora_herbarum_var_herbarum_2	Bimuria_novae_zelandiae	Kirschsteiniothelia_aethiops_1	Columnosphaeria_fagi_1	Cochliobolus_heterostrophus	Alternaria_alternata	Phaeodothis_winteri	Pleospora_herbarum_var_herbarum_1	Pyrenophora_phaeocomes	Preussia_terricola	Phaeosphaeria_avenaria	Leptosphaeria_maculans	Kirschsteiniothelia_aethiops_2	Cochliobolus_sativus	Allewia_eureka	Pyrenochaeta_nobilis	Byssothecium_circinans	Montagnula_opulenta	Pyrenophora_tritici_repentis	Lophium_mytilinum	Herpotrichia_juniperi	Lophiostoma_arundinis	Verruculina_enalia	Pleomassaria_siparia	Delitschia_winteri	Ulospora_bilgramii	Wettsteinina_lacustris	Trematosphaeria_pertusa	Herpotrichia_diffusa	Ascochyta_pisi_var_pisi	Lophiostoma_crenatum	Lepidosphaeria_nicotiae	Phoma_herbarum	Massaria_platani	Phaeosphaeria_eustoma	Ophiosphaerella_herpotricha	Cucurbitaria_elongata	Coniothyrium_palmarum	Tubeufia_cerea	Sporormiella_minima	Coniothyrium_obiones	Tyrannosorus_pinicola	Phaeotrichum_benjaminii	Westerdykella_cylindrica	Trematosphaeria_heterospora	Pyronema_domesticum	Elsinoe_phaseoli	Elsinoe_centrolobi	Elsinoe_veneta	Myriangium_duriaei	Tubeufia_paludosa	Hysteropatella_elliptica_cf	Hysteropatella_clavispora_cf	Hysterium_pulicare_cf	Mycosphaerella_punctiformis	Capnodium_coffeae	Dothidea_insculpta	Dothidea_hippophaes	Stylodothis_puccinioides	Dothidea_sambuci	Davidiella_tassiana	Columnosphaeria_fagi_2	Dothiora_cannabinae	Sydowia_polyspora	Delphinella_strobiligena	Mycosphaerella_fijiensis	Capnodium_salicinum	Trimmatostroma_abietis	Cercospora_beticola	Mycosphaerella_graminicola	Scorias_spongiosa	Cladosporium_cladosporioides	Botryosphaeria_dothidea	Guignardia_gaultheriae	Macrophomina_phaseolina	Botryosphaeria_viticola	Guignardia_bidwellii	Botryosphaeria_tsugae	Botryosphaeria_stevensii	Botryosphaeria_ribis	Opegrapha_dolomitica	Opegrapha_varia	Simonyella_variegata	Arthonia_caesia	Schismatomma_decolorans	Roccella_fuciformis	Protomyces_inouyei	Taphrina_wiesneri	Saitoella_complicata	Neolecta_irregularis	Neolecta_vitellina	Taphrina_deformans	Schizosaccharomyces_pombe	Pneumocystis_carinii	Phanerochaete_chrysosporium	Fomitopsis_pinicola	Hygrocybe_conica	Strobilomyces_floccopus	Grifola_frondosa	Cotylidia_sp	Agaricostilbum_hyphaenes	Ustilago_maydis	Armillaria_mellea	Coltricia_perennis	Calostoma_cinnabarinum	Calocera_cornea	Cryptococcus_neoformans	Rhizopus_oryzae
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4058;
	DIMENSIONS NCHAR=6016;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Annulusmagnus_triseptatus                        ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTAAAAAGCGCCTTGACCTTGCCGGACCGTTGTTGGCGAAGCTTTTCCGTGGCATCATCAGAAAGATCACCAGTGAGATGATGAACTATCTCAAGCGCTGTGTTGAACAGAGCCGGCAGTTCGACTTGCGTGTTGCCATCAGGCACCAGACCTTGACGAACGGCCTGAAGTACTCCCTTGCCACAGGAAACTGGGGCGACCAAAAGAAGGCGATGAGCTCGACGGCCGGAGTCTCGCAGGTCTTGAACCGATACACATTCGCATCCACCTTATCGCATCTGAGGCGGACAAACACTCCCATCGGCCGAGACGGCAAGCTCGCAAAGCCGCGGCAGTTGCACAACACCCATTGGGGACTGGTTTGCCCGGCAGAGACTCCCGAAGGCCAGGCTTGCGGGCTCGTCAAGAACCTATCTCTCATGTGCTACGTCAGTGTGGGGACGCCCGCTGAGCCGATTATTGAGTTC---------------------------------ATGATTGCTCGAAATATGGAAGTCCTCGAGGAGTACGAGCCACTGCGATATCCCAACGCTACCAAAGTCTTTGTGAATGGTACTTGGGTTGGCGTT---CATCAAGATCCGCAGCACTTAGTGAGCTTGGTCCAGGGGCTCCGACGG---ACG---GGC---TACATCCAGCATGAGGTGTCTCTCGTTCGCGATATTCGAGATCGAGAGTTCAAGATTTTCTCTGATGCTGGACGAGTCATGCGACCTCTCTACGCCGTAGAACGAGAGGAC---------AATTCAGACTCGGGGGTC---------------------------------------------------------------------------------------------------CCGAAAGGATCGCTGCTCCTGACGAAG---GAACATGTCAAGATCTTGGAAGACGAGCACGAATCCCGC---------------------------AAA------------CCACAGTCCGAG---------------------------------------------------------------------------------------CGCTGGGGCTGGGATGGTCTGGTTAGAGCTGGAGTCATCGAATACCTGGATGCCGAAGAAGAGGAAACGTCTATGATTTGCATGACTCCCGAGGATCTCGACAATTACCGGCTTCAA---AAA---GCT---------------GGTTACGAA---ATC---CCT---------GAAGAC------------------------------------------------------AACGGTGACGAAGACCTGAACAAGCGACTGAAAACCAAGATGAATCCG---ACT---ACT---CACATGTACACCCATTGCGAGATCCACCCCAGCATGTTGCTGGGAATTTGTGCCAGCATCATCCCCTTCCCTGACCACAATCAGGTAAGTCGTGCCAAAACCCCCCCGGAAGAGAGCTGGAGGCTAACTAGCGCAAC----------------------AGTCCCCGGGTAACACTTACCAATCTGCCATGGGCAAACAAGCCATGGGCTTCTTCCTTACCAACTACTCCCGCC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Stictis_urceolatum                               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		Loxospora_cismonica                              ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TATGGCCGGGCTTTTTAGAATGCTATTCAAGCAGCTAACAGGAGATGTTTATAAGTACCTGCAAAGGTGTGTCGAAGGCAACCGCGAGTTCAATCTTACCCTTGGAGTCAAGTCCACTACGCTTACGAATGGGCTCAAATACTCCTTGGCTACTGGCAATTGGGGCTCTCAGAAGAAAGCCATGTCAGCCAAAGCGGGTGTCTCACAAGTGCTGAATCGTTATGCATTTGCCTCAACGTTATCCCATCTACGACGTACAAATACTCCAATCGGCCGTGACGGCAAGATAGCTAAGCCACGTCAACTTCATAATACGCACTGGGGTCTCGTTTGCCCAGCCGAGACACCCGAAGGGCAGGCATGTGGGCTAGTCAAGAACTTGGCGCTCATGTGCTACATTACTGTGGGAACCCCTAGCGAGCCCATTATCGACTTC---------------------------------ATGATACAGAGAAACATGGAGGTGCTAGAAGAGTATGAGCCACAGCGGTCCCCCAATGCCACAAAAGTATTTGTCAACGGTGTATGGGTAGGAGTC---CACAGGGATGCCTCCCATCTCGTTAGCACGGTTCAATCTCTACGGCGG---CGC---CAT---CTCATTTCACACGAAGTCAGTCTAGTTCGAGACATTCGAGATCGAGAATTCAAGATTTTCACGGATGCGGGGAGAGTCTGCCGTCCTCTTTTCGTCATTGAAAATGACCCT---------AAA------------AGC------CCG------------------------------------------------------------------------------------------AACAATGGTAGTCTCGTACTGACCAAA---GAACATATCGCTAAACTTGAAGACGATAGAGAGGCAGGG---------GCT---------------GAT------------ATGGATCCGGAA------GAA---AAG------------------------------------------------------------AGAGCTAAA---TTCATGGGTTGGGAAGGTTTGGTAAATCAAGGAGTTGTCGAGTACCTTGATGCGGAAGAAGAAGAGACGGTTATGATAGTAATGACGCCGGAAGATCTCGAGATTTCTAAACAGATT---CAG---GCC---------------GGTTATACT---TTG---CCT---------GAA------------------------------------------------------------ACCACTGATGATCCGAACAGGCGTGTAAAGGCTCCCTTGAATCCT---ACA---GCG---CATACTTGGACGCACTGCGAAATTCACCCAAGCATGATCTTGGGAATTTGCGCAAGTATAATTCCCTTC?CAGATCACAATCAGT--------------------------------------------------------------------------???????????????????????????---------------------------------------------------????????????????????CGTTTACTTGACCAACTACGAGGAACGCATGGACACTATGGCCAACATTCTCTACTACCCTCAGAAACCTCTTGCGACTACAAGATCGATGGAATTCCTGA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		Loxospora_ochrophaea                             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		Phlyctis_argena                                  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		Candelariella_terrigena                          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		Boreoplaca_ultrafrigida                          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		Rhizocarpon_oederi                               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		Phyllobaeis_erythrella                           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		Phyllobaeis_imbricata                            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		Pleurostoma_ootheca                              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		Lindra_obtusa                                    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		Lulworthia_lignoarenaria                         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		Lulworthia_uniseptata                            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		Chaetosphaerella_phaeostroma                     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		Bertia_moriformis                                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		Gaeumannomyces_medullaris                        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		Glomerobolus_gelineus                            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		Sigmoidea_marina                                 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		Corollospora_maritima                            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		Corollospora_angusta                             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		Nephroma_parile                                  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		Chaetosphaeria_ovoidea                           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		Khuskia_oryzae                                   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		Stigmatomyces_protrudens                         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		Venturia_inaequalis                              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		Aliquandostipite_khaoyaiensis                    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		Arthopyrenia_salicis                             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		Trypethelium_eluteriae                           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		Trypethelium_sp                                  TTGGTTGGGAGGGGCACTGCCTCATGGTGGGGTGGCCGCTTTCAGTATAGCGCGGGACAAAATTCTGCTGCGTCATCAGCTCCACCCTGCTGCACTGGCCAACAACACCTTATCGCCTTATCATGCCCATCTCATTTTTCCACTGTCTCTCCATGTCTTTTTTTGAGTACGGATGCTAAAAATATGTCCAGGAAGCTGCCGAGTTGGGCAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCTGGGTGCTCGACAAGCTAAAGGCCGAGCGTGAACGAGGTATCACCATCGATATTGCCCTCTGGAAATTCGAGACTCCCAAGTACTATGTCACCGTCATTGGTATGTTCAATCGCCCCTCTGTTTTCAGGTACTTCATCCTAACGTGATGTAGACGCCCCCGGTCACCGTGATTTCATCAAGAACATGATTACTGGTACCTCCCAGGCGGATTGTGCTATTCTCATCATCGCTGCTGGT------------------------------------------------------------ACTGGTGAATTTGAAGCTGGTATCTCCAAGGACGGCCAGACCCGTGAGCACGCCCTCCTC---GCATACACCCTTGGTGTCCGGCAACTCATTGTTGCCATCAACAAGATGGACACCACC------AAGTGGTCTGAGGATCGTTACAATGAAATCATCAAAGAAACGTCC------------------------------------------------------AACTTCATCAAGAAGGTC---------------------------------------------------------------------GGTTACAACCCCAAGACCGTACCATTCGTCCCCATCTCA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGTTTCAACGGT------------------------------------------------------------GACAACATGATTGAC---------GCCTCCACC------------------AACTGCCCATGGTACAAG---------------------------------------------------------------------------------------GGTTGG---------------------------------------------------------------------------------------GAGAAG---------------------------------------------------------------GAGACC---AAG---------------------------------------------------------------------GCC---------AAGGCCACC---------GGCAAGACTCTTCTTGAAGCCATCGACGCCATC------------------------------------------------------GACCCTCCCAGCCGTCCCTCTGACAAGCCTCTCCGTCTTCCTCTTCAGGATGTCTACAAGATTGGTGGTATCGGAACG---------------------------------------------------GTTCCTGTCGGCCGTGTCGAGACTGGTACTATCAAGGCTGGTATGGTC---------------------------------------------------------GTCACCTTCGCTCCTGCTGGTGTTACCACT---------------------------------------------------------GAGGTCAAG------------------------------------------------TCGGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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		Sarcoleotia_globosa                              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		Erysiphe_glycines                                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		Blumeria_graminis                                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		Stictis_radiata                                  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		Cyttaria_darwinii                                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		Mycocalicium_polyporaeum                         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		Hesperomyces_virescens                           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		Hymenelia_lacustris                              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		Gyalecta_jenensis                                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		Lecidea_fuscoatra                                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		Rhizocarpon_superficiale                         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		Candelariella_reflexa                            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		Collema_cristatum                                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		Acarospora_laqueata                              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		Acarospora_schleicheri                           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		Mycoblastus_sanguinarius                         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		Hypogymnia_physodes                              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		Lopezaria_versicolor                             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		Dactylospora_mangrovei                           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		Rhytidhysteron_rufulum                           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		Dactylospora_imperfecta                          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		Dactylospora_lobariella                          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		Sarcinomyces_petricola                           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		Dactylospora_haliotrepha_2                       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		Pyxidiophora_avernensis                          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		Apiospora_montagnei                              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		Anthostomella_torosa                             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		Xylaria_acuta                                    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		Graphostroma_platystoma                          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		Coniochaeta_ostreum                              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		Sordaria_fimicola                                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		Lasiosphaeria_ovina                              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		Gelasinospora_tetrasperma                        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		Podospora_anserina                               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		Neurospora_crassa                                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		Ophiostoma_stenoceras_2                          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		Phomatospora_bellaminuta                         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		Graphium_penicillioides                          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		Ophiostoma_stenoceras_1                          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		Gondwanamyces_capensis                           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		Ceratocystis_fimbriata                           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		Graphium_sp                                      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		Doratomyces_stemonitis                           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		Ambrosiella_xylebori                             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		Petriella_setifera                               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		Microascus_trigonosporus_var_trigonosporus       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		Microascus_longirostris                          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		Lulworthia_grandispora                           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		Lindra_thalassiae                                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		Papulosa_amerospora                              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		Phialophora_verrucosa                            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		Thyridium_vestitum                               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		Acremonium_breve                                 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		Acremonium_strictum                              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		Glomerella_cingulata                             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		Stachybotrys_subsimplex                          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		Stachybotrys_chartarum                           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		Peethambara_spirostriata                         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		Hypocrea_americana                               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		Cordyceps_ophioglossoides                        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		Cordyceps_capitata                               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		Pseudonectria_rousseliana                        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		Ophionectria_trichospora                         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		Claviceps_purpurea                               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		Balansia_henningsiana                            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		Bionectria_aureofulva_cf                         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		Hydropisphaera_erubescens                        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		Epichloe_typhina                                 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		Cordyceps_cardinalis                             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		Nectria_haematococca                             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		Nectria_cinnabarina                              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		Hypocrea_lutea                                   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		Roumegueriella_rufula                            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		Bionectria_ochroleuca                            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		Gibberella_zeae                                  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		Varicosporina_ramulosa                           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		Nimbospora_effusa                                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		Lignincola_laevis                                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		Lanspora_coronata                                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		Aniptodera_chesapeakensis                        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		Halosphaeria_appendiculata                       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		Valsella_salicis                                 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		Valsa_ambiens                                    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		Niesslia_exilis                                  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		Myrothecium_roridum                              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		Melanospora_zamiae                               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		Melanospora_tiffanyae                            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		Melanconis_marginalis                            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		Diaporthe_phaseolorum                            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		Cryptosporella_hypodermia                        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		Cryphonectria_parasitica                         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		Chrysoporthe_cubensis                            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		Cryphonectria_nitschkei                          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		Gnomonia_gnomon                                  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		Melanconis_stilbostoma                           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		Diaporthe_eres                                   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		Eutypa_lata                                      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		Diatrype_disciformis                             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		Amphilogia_gyrosa                                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		Cryptodiaporthe_aesculi                          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		Endothia_gyrosa                                  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		Magnaporthe_grisea                               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		Torpedospora_radiata                             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		Etheirophora_unijubata                           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		Camarops_ustulinoides                            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		Camarops_microspora                              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		Verticillium_dahliae                             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		Zygoascus_steatolyticus                          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		Metschnikowia_bicuspidata                        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		Lipomyces_oligophaga                             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		Clavispora_lusitaniae                            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		Candida_guilliermondii                           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		Candida_tropicalis                               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		Yarrowia_lipolytica                              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		Kluyveromyces_lactis                             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		Candida_albicans                                 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		Candida_glabrata                                 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		Eremothecium_gossypii                            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		Lachancea_waltti                                 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		Saccharomyces_castellii                          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		Saccharomyces_cerevisiae                         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		Eleutherascus_lectardii                          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		Sarcoscypha_coccinea_2                           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		Ascodesmis_sphaerospora                          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		Verpa_conica                                     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		Ascobolus_carbonarius                            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		Pseudopithyella_minuscula                        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		Helvella_compressa_cf                            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		Scutellinia_scutellata                           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		Barssia_oregonensis                              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		Morchella_esculenta_cf                           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		Verpa_bohemica                                   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		Pachyella_babingtonii                            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		Peziza_vesiculosa                                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		Sarcoscypha_coccinea_1                           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		Morchella_elata_cf                               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		Disciotis_venosa                                 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		Gyromitra_californica                            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		Marcelleina_persoonii                            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		Gyromitra_esculenta                              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		Sarcosphaera_crassa                              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		Caloscypha_fulgens                               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		Cheilymenia_stercorea                            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		Plicaria_leiocarpa                               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		Tuber_gibbosum                                   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		Lasiobolidium_spirale                            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		Saccobolus_dilutellus                            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		Galiella_rufa                                    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		Orbilia_auricolor                                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		Orbilia_vinosa                                   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		Arthrobotrys_elegans                             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		Lichinella_iodopulchra                           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		Peltula_auriculata                               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		Peltula_umbilicata                               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		Trichoglossum_hirsutum                           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		Geoglossum_nigritum                              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		Symbiotaphrina_buchneri                          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		Leuconeurospora_pulcherrima                      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		Cyclaneusma_minus                                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		Naemacyclus_fimbriatus                           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		Connersia_rilstonii                              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		Dermea_acerina                                   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		Pezicula_carpinea                                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		Sclerotinia_sclerotiorum                         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		Rutstroemia_firma                                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		Bulgaria_inquinans                               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		Loramyces_macrosporus                            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		Mollisia_cinerea                                 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		Chloroscypha_enterochroma                        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		Botryotinia_fuckeliana                           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		Lachnum_virgineum                                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		Ascocoryne_sarcoides                             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		Monilinia_laxa                                   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		Cudoniella_clavus_cf                             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		Chlorociboria_aeruginosa                         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		Neofabreae_malicorticis                          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		Vibrissea_truncorum                              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		Bisporella_citrina                               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		Microglossum_rufum                               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		Lambertella_subrenispora                         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		Phacidium_lacerum                                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		Leotia_lubrica                                   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		Rocellographa_cretacea                           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		Cladonia_caroliniana                             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		Lasallia_pustulata                               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		Teloschistes_exilis                              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		Letrouitia_domingensis                           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		Pertusaria_hemisphaerica                         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		Pertusaria_dactylina                             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		Lobariella_pallida                               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		Peltigera_degenii                                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		Pseudocyphellaria_anomala                        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		Lobaria_scrobiculata                             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		Diploschistes_ocellatus                          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		Acarosporina_microspora                          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		Diploschistes_cinereocaesius                     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		Physcia_aipolia                                  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		Ramalina_complanata                              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		Buellia_frigida                                  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		Usnea_sphacelata                                 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		Usnea_antarctica                                 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		Lecanora_hybocarpa                               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		Canoparmelia_caroliniana                         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		Coccocarpia_erythroxyli                          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		Heterodermia_vulgaris                            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		Flavoparmelia_caperata                           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		Crocynia_pyxinoides                              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		Megalospora_tuberculosa                          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		Pleopsidium_chlorophanum                         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		Pleopsidium_gobiense                             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		Icmadophila_ericetorum                           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		Lasallia_papulosa                                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		Umbilicaria_mammulata                            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		Dibaeis_baeomyces                                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		Trapelia_glebosa                                 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		Dermatocarpon_miniatum                           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		Staurothele_frustulenta                          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		Agonimia_sp                                      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		Endocarpon_pallidulum                            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		Pyrenula_aspistea                                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		Granulopyrenis_seawardii                         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		Pleosporalean_sp                                 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		Pyrenula_pseudobufonia                           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		Pyrgillus_javanicus                              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		Spiromastix_warcupii                             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		Chrysosporium_georgiae                           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		Coccidioides_immitis                             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		Ajellomyces_capsulatum                           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		Sphinctrina_turbinata                            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		Emericellopsis_maritima                          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		Aspergillus_protuberus                           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		Eupenicillium_limosum                            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		Eupenicillium_javanicum                          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		Monascus_purpureus                               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		Penicillium_freii                                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		Hamigera_avellanea                               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		Emericella_nidulans                              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		Aspergillus_fumigatus                            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		Caliciopsis_orientalis                           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		Caliciopsis_pinea                                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		Exophiala_salmonis                               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		Exophiala_pisciphila                             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		Exophiala_dermatitidis                           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		Ramichloridium_anceps                            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		Capronia_pilosella                               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		Capronia_munkii                                  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		Flavocetraria_nivalis                            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		Glyphium_elatum                                  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		Ceramothyrium_carniolicum                        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		Cyphellophora_laciniata                          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		Helicomyces_roseus                               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		Phaeosphaeria_nodorum                            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		Dendryphiella_arenaria                           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		Pleospora_herbarum_var_herbarum_2                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		Bimuria_novae_zelandiae                          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		Kirschsteiniothelia_aethiops_1                   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		Columnosphaeria_fagi_1                           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		Cochliobolus_heterostrophus                      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		Alternaria_alternata                             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		Phaeodothis_winteri                              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		Pyrenophora_phaeocomes                           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		Preussia_terricola                               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		Phaeosphaeria_avenaria                           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		Leptosphaeria_maculans                           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		Kirschsteiniothelia_aethiops_2                   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		Cochliobolus_sativus                             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		Allewia_eureka                                   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		Pyrenochaeta_nobilis                             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		Byssothecium_circinans                           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		Montagnula_opulenta                              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		Pyrenophora_tritici_repentis                     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		Lophium_mytilinum                                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		Herpotrichia_juniperi                            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		Lophiostoma_arundinis                            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		Verruculina_enalia                               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		Pleomassaria_siparia                             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		Delitschia_winteri                               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		Ulospora_bilgramii                               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		Wettsteinina_lacustris                           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		Herpotrichia_diffusa                             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		Ascochyta_pisi_var_pisi                          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		Lophiostoma_crenatum                             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		Phoma_herbarum                                   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		Massaria_platani                                 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		Ophiosphaerella_herpotricha                      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		Columnosphaeria_fagi_2                           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		Dothiora_cannabinae                              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		Sydowia_polyspora                                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		Delphinella_strobiligena                         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		Mycosphaerella_fijiensis                         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		Capnodium_salicinum                              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		Trimmatostroma_abietis                           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		Cercospora_beticola                              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		Mycosphaerella_graminicola                       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		Scorias_spongiosa                                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		Cladosporium_cladosporioides                     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		Botryosphaeria_dothidea                          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		Guignardia_gaultheriae                           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		Macrophomina_phaseolina                          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		Botryosphaeria_viticola                          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		Guignardia_bidwellii                             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		Botryosphaeria_tsugae                            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		Botryosphaeria_stevensii                         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		Botryosphaeria_ribis                             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		Opegrapha_dolomitica                             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		Opegrapha_varia                                  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		Simonyella_variegata                             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		Arthonia_caesia                                  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		Schismatomma_decolorans                          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		Roccella_fuciformis                              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		Protomyces_inouyei                               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		Taphrina_wiesneri                                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		Saitoella_complicata                             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		Neolecta_irregularis                             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		Neolecta_vitellina                               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		Taphrina_deformans                               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		Schizosaccharomyces_pombe                        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		Pneumocystis_carinii                             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		Phanerochaete_chrysosporium                      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		Fomitopsis_pinicola                              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		Hygrocybe_conica                                 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		Strobilomyces_floccopus                          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		Grifola_frondosa                                 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		Cotylidia_sp                                     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		Agaricostilbum_hyphaenes                         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		Calostoma_cinnabarinum                           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		Calocera_cornea                                  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		Cryptococcus_neoformans                          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		Rhizopus_oryzae                                  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	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 6016 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET EFC1 = 1 - 3217 \ 3 ; 
 CHARSET EFC2 = 2 - 3215 \ 3 ; 
 CHARSET EFC3 = 3 - 3216 \ 3 ; 
 CHARSET RPB2C1 = 3218 - 6014 \ 3 ; 
 CHARSET RPB2C2 = 3219 - 6015 \ 3 ; 
 CHARSET RPB2C3 = 3220 - 6016 \ 3 6016 ; 
 CHARSET EF = 1 - 3217 ; 
 CHARSET RPB2 = 3218 - 6016 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 EXSET EXCLUDE = 1 - 408 469 - 528 589 - 591 649 - 654 700 - 753 772 - 840 880 - 1218 1231 - 1290 1306 - 1314 1324 - 1341 1360 - 1446 1453 - 1539 1546 - 1608 1615 - 1617 1621 - 1719 1753 - 1806 1885 - 1935 1984 - 2040 2071 - 2127 2137 - 2184 2197 - 2247 2308 - 2385 2413 - 2463 2620 - 2670 2719 - 2775 2788 - 2856 2881 - 2970 2980 - 3033 3067 - 3120 3124 - 3223 3704 - 3736 3813 - 3815 3833 - 3835 3884 - 3886 3890 - 3892 3896 - 3898 4007 - 4345 4463 - 4642 4727 - 4801 4829 - 4879 5093 - 5098 5246 - 5254 5345 - 5374 5570 - 5626 5972 - 6016 ; 
 END;