#NEXUS [written Tue Oct 12 15:34:14 EDT 2010 by Mesquite version 2.73 (build 544) at dhcp128036177140.central.yale.edu/128.36.177.140] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=51; TAXLABELS Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292107 Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292091 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292121 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292124 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240590 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240588 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292118 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292114 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_campestre_AY927054 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_virginicum_AY927057 Albugo_candida_s.l._ex._Descurainia_sophia_AY927051 Albugo_laibachii_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468371 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945759 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945758 Albugo_candida_s.l._ex._Diptychocarpus_strictus_AY927052 Albugo_sp._ex._Alyssum_caliacrae_CA68 'Albugo koreana ex. 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Capsella bursa-pastoris DQ643944' GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCACGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACGATTTTTGTATGTTGGATTTTATTACGAATTATTTTAATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCAGTTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCATTGATTTTATTGATTATTGCAATACCTTCGTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTTTTCTTTTGAAAATGAAAATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGACGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCGATGTTTATAAA 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris AY927049' GCAACTCCTGTTATGGAAGGTATTATAAATTTTCATCACGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACGATTTTTGTATGTTGGATTTTATTACGAATTATTTTAATGTTTAGTGAAAATAAAAATCCAGTTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATACCTGCATTGATTTTATTGATTATTGCAATACCTTCGTTTGCATTATTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGTAGTCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCTGATTTTTTTTCTTTTGAAAATGAAAATATAGATGAAAGTTTAATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGATTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTATTAGAAGTAGATAATAGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTGTTTTAATAACAGCTTCTGACGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAATTAGATGCATGTCCTGGAAGATTAAATCAAACTTCGATGTTTATAAA Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Albugo_candida_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468361 ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Albugo_candida_ex._Berteroa_incana_DQ418508 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCCCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTTTTCATTTGAAAATGAAGATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAA Albugo_candida_ex._Heliophila_meyeri_DQ418515 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?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Albugo_candida_ex._Eruca_sativa_DQ418514 GCTACTCCTGTTATGGAAGGTATTATTAATTTTCATCATGATTTAATGTATTTTTTAATTATTATTACAATTTTTGTATGCTGGATTTTATTTCGAATTATTTTTATGTTTAGTGAAAATAAAAACCCTATTGCTGAAACTTTTGTACATGGATCTACTATTGAAATTATTTGGACTAGTATTCCAGCATTAATTTTATTAATTATTGCAATACCTTCATTTGCATTATTGTATTCGATGGATGAAATTATTTATCCTCTTATTACTATAAAAGTAATAGGAAGTCAATGGTACTGGACCTATGAATATTCAGACTGTTTTTCATTTGAAAATGAAGATATTAATGAAAGTTTGATTTTTGATAGTTATATGTTACAAGAAGATGACTTAAAATTAGGTCAATTTAGATTGTTAGAAGTAGATAATCGAGTTATTGTACCTACATATACACATATACGTATTTTAATAACAGCTTCAGATGTTTTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGTATAAAGTTAGATGCATGTCCGGGAAGATTAAACCAAACTTCAATGTTTATAAA Albugo_candida_ex._Sisymbrium_luteum_AY913808 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GCTACACCAGTTATGGAAGGAATTATTACTTTTCATAATGATTTAATGTATTTTTTAATAATAATTGTTATTTTTGTTGTTTGGATTTTATTTAGAATAATTTTTTTGTTTGATGAAAAAAAAAATCCAATTCCTGAAACTTTTGTACATGGATCAACAATAGAAATTATATGGACAACAATTCCTGCATTATTATTATTAATAATAGCTATCCCTTCATTTGCTCTTTTATATTCTATGGATGAAATTATTTATCCAGTTATGACAATAAAAGTAATAGGTAACCAATGGTATTGGACTTATGAATATTCAGAC-ATTTTAAATT-----ATTTAGATTCAGATGAAAGTTTAATTTTTGAAAGTTATATGATTCAAGAATCAGATTTAGATATAGGTCAATTTAGATTACTAGAAGTAGATAATCGTGTAATAGTACCAACATTAACTCATATAAGAGTTTTAATAACTGCATCGGATGTATTACATTCTTGGGCTATTCCTTCATTAGGAATAAAATTAGATGCTTGTCCTGGAAGATTAAATCAAACATCAATGTTTATAAA ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 566; END; BEGIN TREES; Title COX2_mtDNA_TB; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292107, 2 Albugo_hesleri_ex._Cardamine_diphylla_GU292091, 3 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292121, 4 Albugo_leimonios_ex._Cardamine_pratensis_GU292124, 5 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240590, 6 Albugo_voglmayrii_ex._Draba_nemorosa_EU240588, 7 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292118, 8 Albugo_hohenheimia_ex._Cardamine_hirsuta_GU292114, 9 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_campestre_AY927054, 10 Albugo_lepidii_ex._Lepidium_virginicum_AY927057, 11 Albugo_candida_s.l._ex._Descurainia_sophia_AY927051, 12 Albugo_laibachii_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468371, 13 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945759, 14 Albugo_resedae_ex._ResedaAlba_GU945758, 15 Albugo_candida_s.l._ex._Diptychocarpus_strictus_AY927052, 16 Albugo_sp._ex._Alyssum_caliacrae_CA68, 17 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris DQ643944', 18 'Albugo koreana ex. Capsella bursa-pastoris AY927049', 19 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513, 20 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468361, 21 Albugo_candida_ex._Draba_verna_EU340140, 22 Albugo_candida_ex._Cleome_anomala_AY913799, 23 Albugo_candida_ex._Lunaria_sp._AY913797, 24 Albugo_candida_ex._Aubrietia_deltoidea_DQ418500, 25 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_halleri_DQ418513a, 26 Albugo_candida_ex._Berteroa_incana_DQ418508, 27 Albugo_candida_ex._Heliophila_meyeri_DQ418515, 28 Albugo_candida_ex._Biscutella_laevigata_DQ418506, 29 Albugo_candida_ex._Thlaspi_arvense_AY913809, 30 Albugo_candida_ex._Iberis_amara_DQ418522, 31 Albugo_candida_ex._Erysimum_cuspidatum_DQ418519, 32 Albugo_candida_ex._Arabis_turrita_AY913803, 33 Albugo_candida_ex._Capparis_spinosa_EF655654, 34 Albugo_candida_ex._Diplotaxis_erucoides_DQ418517, 35 Albugo_candida_ex._Raphanus_sativus_AY927059, 36 Albugo_candida_ex._Arabidopsis_thaliana_FJ468361b, 37 Albugo_candida_ex._Eruca_sativa_DQ418514, 38 Albugo_candida_ex._Sisymbrium_luteum_AY913808, 39 Albugo_candida_s.l._ex._Rapistrum_rugosum_GU292101, 40 Albugo_candida_s.l._ex._Armoracia_rusticana_GU292084, 41 Albugo_candida_s.l._ex._Armoracia_rusticana_GU292087, 42 Albugo_sp._ex._Rorippa_silvestris_CA276, 43 Albugo_sp._ex._Rorippa_amphibia_BP75207, 44 Albugo_sp._ex._Rorippa_palustris_CA297, 45 Albugo_sp._ex._Rorippa_sp._CA380, 46 Albugo_sp._ex._Rorippa_palustris_DAR72185, 47 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA75, 48 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA78, 49 Albugo_sp._ex._Barbarea_vulgaris_CA79, 50 Albugo_sp._ex._Alyssum_montanum_CA295, 51 'Albugo ipomoeae-panduratae AY913804'; TREE COX2 = (51:0.0,(((19:0.0,20:0.0):0.0,(25:0.0,36:0.0):0.0):0.0,(((17:0.0,18:0.0):12.0,((16:9.0,((11:5.0,12:8.0):2.0,(15:5.0,(13:2.0,14:0.0):5.0):6.0):3.0):6.0,(((7:0.0,8:0.0):14.0,(9:0.0,10:0.0):13.0):4.0,((5:0.0,6:0.0):14.0,((1:0.0,2:0.0):10.0,(3:0.0,4:0.0):9.0):5.0):5.0):1.0):9.0):10.0,(50:6.0,((49:0.0,(47:0.0,48:0.0):0.0):3.0,(((40:0.0,41:0.0):1.0,(46:0.0,(45:0.0,(44:0.0,(42:0.0,43:0.0):0.0):0.0):0.0):1.0):3.0,(39:6.0,(38:0.0,(37:1.0,((34:0.0,35:0.0):1.0,(33:1.0,(32:1.0,(21:0.0,(22:0.0,(23:0.0,(24:0.0,(26:0.0,(27:0.0,(28:0.0,(29:0.0,(30:0.0,31:0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):0.0):1.0):4.0):2.0):2.0):13.0):8.0):70.0):0.0)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 566; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 566; END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1286912054870; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 6215345748875271235; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 1671412978024620627; mqVersion 273; checksumv 0 2 1407706014 null getNumChars 566 numChars 566 getNumTaxa 51 numTaxa 51 short true bits 15 states 15 sumSquaresStatesOnly 781020.0 sumSquares 781020.0 NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState true false 288; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 972 577; setLocation 8 22; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; desuppress; endTell; endTell; end;