NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:33:40]
[Matrix accession#: M3719]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3719;
	DIMENSIONS  NTAX=28;
	TAXLABELS
		Thomomys_townsendii_relictus	Thomomys_umbrinus_chihuahuae	Thomomys_umbrinus_atroavarius	Geomys_breviceps	Orthogeomys_heterodus	Thomomys_bottae_awahnee_a	Thomomys_bottae_awahnee_b	Thomomys_bottae_xerophilus	Thomomys_bottae_cactophilus	Thomomys_bottae_albatus	Thomomys_bottae_ruidosae	Thomomys_bottae_bottae	Thomomys_bottae_alpinus	Thomomys_bottae_riparius	Thomomys_bottae_mewa	Thomomys_bottae_saxatilis	Thomomys_bottae_laticeps	Thomomys_bulbivorus	Thomomys_talpoides_ocius	Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a	Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b	Thomomys_mazama_mazama	Thomomys_mazama_nasicus	Thomomys_monticola_a	Thomomys_monticola_b	Thomomys_talpoides_yakimensis	Thomomys_talpoides_bridgeri	Thomomys_townsendii_townsendii
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3719;
	DIMENSIONS NCHAR=471;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Thomomys_townsendii_relictus         CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTRTGATCCYC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGMAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTTATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CY-TTG-AACTCAGGGYC-TAGMCTCTGGCATTT
		Thomomys_umbrinus_chihuahuae         CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGMCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--YTTTGTTTTGTTTTGCCCYTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATYTGAA-GTTTATCTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACYTGCAACATAWGTC-AAGTTTGR-CTTTGGTTTTGKTTTG-C-TTTYC-TGGGCTGGTCC-TACT-CY-TTG-AACTCAGGGYC-TAGYCTCTGGCTTTT
		Thomomys_umbrinus_atroavarius        CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGMCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCYC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCYTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCARGGCCTAGTATACTCTCCCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTAAGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTYTY--AAGTYTMCTGGGTGSTATTMCYTSCMACMTATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGMCTCTGGCTTTT
		Geomys_breviceps                     ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Orthogeomys_heterodus                ???????????????????????????C-TCATAGGACTTATCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGTTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCC-TTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Thomomys_bottae_awahnee_a            ??GGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTT--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATYTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA
		Thomomys_bottae_awahnee_b            CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTTGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATTTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGYC-TAGCCTCTGGCTTT?
		Thomomys_bottae_xerophilus           ???GACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTT-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACKGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWARATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTSTTTATTTTCTT--AAGTCTACTRGKTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_bottae_cactophilus          CAGGACTGGCATACAATGCACAGAAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTGGGGGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACGGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTSTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTT?
		Thomomys_bottae_albatus              CAGGACTGGCATACAATGCACA-AGGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTG-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCTT-GGTGATTTCCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWARATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTSTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCWGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGYC-TAGCCTCTGGCTTTA
		Thomomys_bottae_ruidosae             CAGGACTGGCATACAATGCAGA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTW-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTWCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWARATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTAGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCWGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA
		Thomomys_bottae_bottae               CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTY-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTY--TGTTTTGTTTTGCCCTTGGGGGATTTWCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTWGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWARATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTWAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTRTTTATTTTCTT--AAGTCTACTRGKTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGC????
		Thomomys_bottae_alpinus              CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTT-AGATTTCAGYGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTY--TGTTTTGTTTTGCCC-TTGGTGATTTACCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTWGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAGATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTAGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_bottae_riparius             CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTATGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAAGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGAAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTTATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTCCTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTC-TGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGACTCTGGCTTTT
		Thomomys_bottae_mewa                 ???????GGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTA
		Thomomys_bottae_saxatilis            CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTA-AGATTTCAGTGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTT--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTACCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCAYTGAAAGTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTAAGATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTTTCTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGTTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGTC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_bottae_laticeps             CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCTC-AGATTTCAGYGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGGTACAAGGTAACATTGATTTTTC--TGTTTTGTTTTGCCCCTTGGTGATTTWCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAARTTTTTCTTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTWARATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-MTCTGAA-GTTTTTSTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGKTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGYC-TAGCCTCTGGCTTTA
		Thomomys_bulbivorus                  CAGGACTGGCATACAATGCACR-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATC-TCCTTATTTCAKCGAKCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGKTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGTTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAKAATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAAAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACTTTGATTGCTCAGGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTTAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAAAGTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGA-CATTGGTTTTATTTTG-C-TTTTC-TGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGG-TCCTAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_talpoides_ocius             ??????????????????????????????????????????????????????????????GAACTGTGATC-TC-AGATTTCAGCRAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGAGTGTAGAAATTGAGACAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACAWATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_idahoensis_pygmaeus_a       CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_idahoensis_pygmaeus_b       ???????????????????????????????????GCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_mazama_mazama               ??????????????????CACG-AAGTCATCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGAGCTGGCTTATAAAGAGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGWTAACATTGATTT--YTTTGTTTTGTTTTGCCCGTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAATTTGATCCAAACCTTRATTACTCATGTTTATTTTTGAAATTTGGGTTGCAGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-CTTTTTCCTGGGCTGGTCCCTACTCCCAT-GAAACTCAGGGCC-TA?????????????
		Thomomys_mazama_nasicus              ??????TGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGYCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCKTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTARAAATTGAGCCAAACCTTAACTACTCATGTTTATTTTTGAAAWTTGGG-GGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGGGCTTTT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CCATTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGC????
		Thomomys_monticola_a                 CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-AAACCTTGATCCCC-AGATATCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCTCTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_monticola_b                 CAGGACTGATATACAGTGCATG-AAGTC-TCTT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATAGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTT-CTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_talpoides_yakimensis        CAGGACTGGTATACAGTGCACG-AAGTC-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCAAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTARGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAATTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCY-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGCC-TAGCCTCTGGCTTTT
		Thomomys_talpoides_bridgeri          ?????????????????????G-AAGTM-TCAT-GGCCTT-TCCTGTCCAGGCATG---TACAGACTGTGATCATCCAGATTTCAGCGAGCTAGGCAGCTAGAATTCTTTAGCTACAAGATAACATTGATTT--YTTTGTTTTGTTTTGCCCTTTGGTGATTTTCCTTAGGGTTTTAAATCAGGGCCTAGTATACTCTCACTGAAAGTTTTTCTTCAGAGGAAGCAGGCTGTAGAAWTTGAGCCAAACCTTGATTACTCATGTTTATTTTTKAAATTTGGGTTGCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCTCATCTGAA-GTTTGTGTTTATTTTCTTCTAAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTCCAAGTTTGGTCTTTGGCTTTTTTTTAACTTTTTCCTGGGCTGGTCC-TTCTTCCAT??????????????????????????????
		Thomomys_townsendii_townsendii       CAGGACTGGCATACAATGCACA-AAGTC-TCAT-GGACTT-TCCTGTCCAGGC-TGGCTTA-GAACTGTGATCCCC-AGATTTCAGCGAGCTAGGCTGCTAGAATTCTTTAGCTACAATTTAACATTGATTT--CTTTGTTTTGTTTTGCCCTTGGGTGATTTTCCT-AGGGTTTTAAATCAGGGCCTTGTATACTCTCACTGAAAATTTTTCCTCAGAGCTAGCAGGCTGTAGAATTTGAGCCAAACCTTGATTGCTCATGTTTATTTTTTAAATTTGGGT-GCTGGTACTATGCCTTAAACCCAAGGGCTGGTGCTTCT-ATTTGAA-GTTTTTGTTTATTTTCTT--AAGTCTACTGGGTGCTATTACTTGCAACATATGTC-AAGTTTGG-CTTTGGTTTTGTTTTG-C-TTTTCCTGGGCTGGTCC-TACT-CC-TTG-AACTCAGGGYC-TAGCCTCTGGCTTTA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 471 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;