NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  20:56:33]
[Matrix accession#: M426]

BEGIN TAXA;
	TITLE M426;
	DIMENSIONS  NTAX=10;
	TAXLABELS
		Pelodera_strongyloides	Teratorhabditis_palmarum	Pellioditis_typica	Rhabditella_axei	Rhabditis_blumi	Rhabditis_myriophila	Caenorhabditis_sp._CB5161	Caenorhabditis_elegans	Caenorhabditis_remanei	Caenorhabditis_briggsae
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M426;
	DIMENSIONS NCHAR=1795;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Pelodera_strongyloides          GATTAAGCCATGCAAGTAAAAGTGCCAACTTGTTCGTTCTTCGGAACTAAGTTGAACTACGGACTACTCATTGCAATGTTTTGAAAAAAGCTGAAAAGACGTGAAAGGGATATATACGGCAAATCTGGGTCTAATACAGAATACGTA-????????????????????CACCTAGCTATGGATAAAGAAATCG-???AAGAGAATGGCCGTCCACTTT-???????TTGCGGATTGACAGCCGGAACC???????????????????-AACACCATTTTCTG-???GTTGGTGGTGTA-?TTGGTGCAAATAGGACAAT-GGTTGCGGATGATAGTTGTCGGGCGTCGGAGAATACGCTTGAGAAACGGCGAATACTTCTAAGGAAGGCAGCAGGCTCGCAAATTACCCATACTTCTAATTTTGAGCGGGTGGTAGTGACAACAAATACCGAA-ACCTTCCTCATATGAGGAGCTATTGG-AATGATTTTCTTTTAAACCGAGATCGCAGGATCTATGAGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACTCCAGCTCTTAAAGTTTATACCATATCTGCTATGGTTGGCAAGTCTGT-GCCAGCAAGCCCGTACACAGCTCTTAAA-?GTTATACCAT-???ATCTGCTATGGTT-GGAATGCATTACTTTGGATTCTA-??TTTGCCGGTGCAGCTTCGGTTGCGCATGCCGGCGGAA-????TACT-CCGAGTCTCACGGAGTGTTCAAAACAAGACTTTTGCTTGAACGATCATTGCATGGGATATTGGAAAAGGACTATGTGCTCTTTATT-TTGGTTTCGGCCTAG??-TAATGGATAGCAGGGTCTG-CCGGGGGCGTACGTATCGTCCCGCGAGGGGTGAAATCCGTAGACCGTGACGAGACGACCAAGAGCGCAAGCATACGCCAAGAAAGAC-CCGCTAACCTCTGGCGAGAGCCTGACGATTAAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTTTTATCTGTGAACGATGGGAACTGACTGAAGTTTTATGCGAAGTACTACAAGAGTTGTT-?TGAATT?-CCTGGAAACGTCGAGTGTCC-?CTCCAGGGGTAGTATTGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGCGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGTGGCTTAATTTGACTCAACACGGAGAAACTTACCCAGCCATCACGTTTAGTGGATGGACCTGCGA-AAGT-GAGCGTTCTTGATTT-TACGAATAGTGGTGCATGGTCGATTTTAGTTCGTGGGTTGATCTCTCAGCTTAATTGCGTT-AACGAACAAGATACAAAAACCCCAAAAGGATT-????????????????ATCCAAGTGGGTTC???????-AACGGTTACTTCCAAATTTCTATGAAATTGTGCTATATCAGGTCTGT-ACGCTCTACGATGGCTGGGGCCGCACGCGTGCTACACTTAGGTCCGCAGCGAGTTCTTAATCACAGCGGGTAAACCCACTGT??CGAACCAATGCAATGGACCTTCGTGGATTGGGATTGTAATTTGCACGTTTGTCGGCTAATTCGATATCGTGAACAAGGAATTCCTAGTAAGCGTTCAGTCATCATCTCACACTGAATGCGTCCCTGCGCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACCGGGGACTCTGAGCTGCGGCGAGAAGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Teratorhabditis_palmarum        GATTAAGCCATGCA-???????TGTATTCGAACGGTCATTTTATGGCCCATCTGCGAA-CGG-???CTCATTACAACAGTTAAAATTCGCATGACGA-TTGTTTCTTGGATACTTTCAGTAATTCTGGAGCTAATACGT-?AAGCGTGCTTCGGCAC-??????????CACTTAT-TAG?-ATCGACCAACCGCTT-?AGGCGTTTTGTGTTGACTCTGAATATT-TTGCAGACCG-CATGCGAAAGCGGCGGCGTGTCATGCGATTAACTGCCCTATCAACTTTTGATGGTAGTTTAGTTGACTACCATGGTGATAACGGGTAACGGAGGATCAGGGTTTGACTCCGGAGAGTATCCT-GAGAGACGGCAAACACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCA-?CTCTCAATTC-?GAGGAG-?GTAGTGACAACAACTAACGAG-ACTGCTCCTACGGGAACAGTCATCG-AAATGGGTACAATTTAAACCCTTTAACGAGGATCTATGAGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCAAAGTGTATGTCATTATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGAGCTCGTGAATCCAGT-??????CTGCC??????-TCTGTGTGGTACTGGCATTC-TGAGTTTGATTCGTCGGC-???????????????????????CTCGCCGGCGAG-?AGT-TACTCTTGAATAAATCGGAGTGCTCAAAACAAC-GTTTCGCTTGAACGTTTTTG-CATGGAATAATGGAAAAGGAATTCG-GTTCCTTACTGTTGGTTTCGGAATTGAATTAATGATTAAGAGGGACCAA-CGGGGGCATGCGTATCGCTGCGCGAGAGGTGAAATTCATGGACCGCAGCGAGACGGCCTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCGTAGTTCTGACCGTAAACGATACCATCTAGC-??GATCCGGCGG-CGGTATT-TTCGCCTCGCCGGGGAGCT-TTCCGGAAACGAAAGACTTCAGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAATCGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGAAAGGACTGTCAGA-CT-GAAA-GCTCTTACTTGATTC-AGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACGCACGCCTACTCAATACGACTCGAGT-?TCTTTC-??GCTCGATGCCGTTC-TTAGAGGAATGGGCGGTATAG-AACCGCATGAAAGTGCGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGGGGTCTGCAGCG?GTTC-????CATAGCCGAAAGGTCATTGGT-??AAACCGTT?-GAAAGGACTCCGTGA-TCGGGATCGGGAATTGCA-????????ACTATTTC-???CCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTG-AATCATCATCTCGCTTTTAATACGTCCCTGCGATTTGTACACACCGCCCGTCGCTACCCGGGACT-?GAACCGTTTCGAGAAATCCAGGGAATCGCTCGCCGGGGTTCGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????
		Pellioditis_typica              ????????????????????????????????????????????GAA-?ACTG-CGAA-CGG-???CTCATTAGAGCTTATACTAAGCTAG-CACCT-GCCTTTTA-GGATATCTTCGACAA-ATTGAAGCTAATACATGCAACCATGGCTC-?CTTCGGG-?GGTCGCA-ATAT-TAG-AACT-ACCAGT-?TTACTGGATA-?????GTTGACTTTAATTATCGTAGA-AATCGGCAGCGTGAGCT-CCGATGGGTGCAAGTTATGTACGCCCTATCACCCA-?GCAGGCTGTTTAACCGACAGCCAGGGGTATAACGGGTAACGGAGAACTAG-GTTCGTCTCCGGAGAAGAAGCCTTCGAAA-GGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAACTTATCCA-?CTAC-ATCA-???GTGAG-?ATAGTAACTAGTCTTAACTATTAACTGACTTTTCAAGTTAGTTATGGTCCATGAGTTGAGCTTAAATAGCTCTTCGAGGATCAAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCACTAGCGTAAATTATTACTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATCT-AGACGTGTATTGTTGGCATGCTTTTGGCATTCATTTGTCATTGGCTTTAGCCTTCAACCGTCT-??TTGCTGGTTTTCTGTTGGTG-?TTCG-CATC-TTCAGTGGCCAGCGAGT-TACT-TTGACCAAATCAGAGTGCTCAAAACAGG-CGAAAGCTTGTATGATTTCT-CGAGGAATAACAGAATAGGACTTCG-GTTCT-TGTTGTTGGTTCCAGAATCG-TTTAATGGTTAAGAGGGACAATTCGGGGGCAGCCGTATCCTCGGGCGAGGGGTGAAATCCGTAGACCCTGAGGAGACGACCAATAGCGAAAGCAGCTGCCAAGAATGTCTCCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACTATACCAGCTCAT-??GACTAGTTGG?-GATGT-?AATGTCCACAACGG-GTCTGATCCGGAAACGAAAG-CTTTCGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTAGACTCAACACTGGGAAGCTCACCCGGTCTGGACACTATGAGGATTGACGGAACT-CGAA-GCTCCTTCTCGATTT-AGTGGCTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATCTGTCTGGTTTATTCCGGT-AACGATCGAGACTCTAGCCAACTCAATAGTTACTGGATC-GCAAGG-??ATCCAGGTAACTTC-TTAGAGGGATTAGTGGCGTTT-AGTCACACGAGAAGGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCCACACTGGGAGAATCATTAGGTGTC-???CATGGCCGAAAGGCT-TTGGT-??AATCCTTT-TGAACCTCTCCCGTGG-CCGGGATAGGGATTTGTA-????????ATTATTTC-???CCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAACTCACGTTGATTGCGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTGTCCGGAACT-?GAACTGTTTCGAGAAGGCTGAGGACTGACTTT-????GTTCACTTGTGTTCATTGTT-?GGGAATCAGTTGGATCGAATTGGTTTGAACCGGGCACAAGTCGTAACAAGGTAG??
		Rhabditella_axei                GATTAAGCCATGCA-???????TGT?-ATAGTTCATTTTTTC-TGAA-?ACTG-CGAA-CGG-???CTCATTAGAGCAGATTTTAC-CTATTCCGAA-ATCTTATTTGGATAACTGCGGTAATTCTGGAGCTAATACATGCAATAAAGCCCATCCTTACGGGTGGGTGCAGATAT-TAG-TACAAACCAATCGTCTCTG-ACGAAGTTTGTTGACTCTGAATATCGTAGCTGATCGACGGTTT-ACCTGTCGACGATCGGAGAAGGAGTCTGCCCTATCAACCA-?GATGGTAGTCTATTAGTCTACCATGGTGATCACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAACTTATCCA-?CTACC-TTA-???GTGAG-?ATAGTGACTAAAAATAAAGAG-ACCAATCCTTT-GGATTGGTTATT-TCAATGAGTTGAGCTTAAATAGCTCTTCGAGGACCCAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCACTAGTATAAATCGTCATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTGAGGCACGTACAGCGGT-??????TCGGC-????????TCTGCCG-TTAATCACTGTTGTGTCTAATTTGTTGGTTTTCTGTTGGTAACTTCGGTTCC-TTCAGTGGCTAGCAAGTTTACC-TTGATCAAATCAAAGCGCTCAAAGCAGG-CGATTGCTTGCATTTTGGAT-CATGGAATAATAAAATAGGATTTCG-ATTCTAT-TTATTGGTTTAAGAATTGAATTAATGATTAAGAGAGACAATTCGGGGGCATTCGTATCCCTGCGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGCAGGGGGACGCCCAAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACTATGCCATCTAGC-??GATCCGATAG?-GGTATT-CATGCCTTG??GGG-AGCT-TCCCGGAAACGAAAGTTTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCAGTAGGATTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAACCTACTAAATAGTTACAGAAT-?TATTAA-??GTTCTGTTAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AACCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGGAAGAATCAGCTGGTTTTT-??CATTATCGAAAGATA-TTGGT-??AAACCGTT?-GAAACTCTTCCGTGA-CCGGGATAGGGAATTGTA-????????ATTATTTC-???CCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTGTCCGGGACT-?GAGCTGTTTCGAGAAGACTGAGGACTGCTGCAGCGAGGCTC-?ACGC-TTTTCTGTTGCGGAAATCATTTTAATCGCAATGGCTTGAACCGGGCAAAAGTCGTAACAAGGTAGCT
		Rhabditis_blumi                 GACTAAGCCATGCA-???????TGT-CTCAGATCCCCATTTCACGGA-?ATCGGCGAA-CGG-???CTCAATATTACAGCTATCACT-TATTCGGTG-ATCCTT-?TGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCAACAT-GCCGTGTCTT-TGACACGGTGCAATTAT-TAG-TACAAATCAATCGCTTTCGGGCGTTGTTTGTTGACTCTGAATAACGTAGTTTATCGGTGGTTT-ATCTGCCGAAGTCCGAAATAGGTGTCTGCCCTATCAACT-??GACGGTAGTCTATTAGTCTACCGAGGTTATCACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAACTTATCCA-?CTACCAATA-???GTGAG-?ATAGCGACAGAAAATAAAAAG-ACCAGTCCTCT-GGATTGGTTATT-TCAATGAATTGAGTCTAAACAGCTCTTTGAGTAACAAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCACTAGTGTACACCGTTATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTGAGTCGTTCGTTTGCGT-??????TGCTC-????????TTTG-AGCTTAACGTAGGCAGCGACTATTTTGCTGGTTTGCTGTTGTAGCTTTCGGGCTC-TTCAGTTGCTAGCGAGTTTACT-TTGAATAAATCAGAGTGTTCATGACAGG-TGTTTGCCTGAATGGTCTAT-CATGGAATAATAGAATAGGACTTCG-GTTCTGT-TTATTGGTTTCTGAACCGATGTAATGATTAACAGGAACAAACCGGGGGCATACGTATTTCTGCGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGCAGAAGGACGCCTAAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTAATCATGAGCGAAAGTTAGAGTTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACTATGCCATCTAGC-??GATCCAATGG?-GATGTT?-AAGTCTCGTTGGGGAGCT??-????AAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAACTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAATGGCACCACCA???GTGGATTTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACTGTTAGGATTGACAGA-TT-GATA-GCTCTTTCTTGATTC-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTGGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTGATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAACCTACTAAATAGTTTCTGAAT-?CTTCTA-??GTTCAGTAAACCTC-TTAGAGGCATAAGCGGTGTGA-AACCGCATGAGAGAGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTAATACACTGGGAGAATCAGCTGGCCATC-??CATTGCCGAAAGGTA-TTGGT-??AAACCGTT?-GAAACTCTTCCGTGT-CCGGGATAGGGAATTGTA-????????ATTATTTC-???CCTTGAACGAGGAATCGCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCATATTGATTACGTCCCTGCCATTTGTACACACCGCCCGTCGCTGTCCGGGACT-?GAGCTGTTTCGAGAAGTGTGAGGACTTTTGTTGCGGGGCTT-?CGGC-TCTTCTTCGAGAGAAATCATCCTAATCGCAATGGCTTGAACCGGGCAAAAGTCGTAACAAGGTA???
		Rhabditis_myriophila            GATTAAGCCATGCA-???????TGT-AAAAGTTCAACTTTTC-TGAA-?ACTG-CGAA-CGG-???CTCATTAGAGCAGCTATCATTCTCTTCGGAT-ATCCTTTATGGATAACTGCGGAAATTCTGGAGCTAATACATGCAACAAAACCTCGACTT-TGAAGAGGTGCAGATAT-TAG-TACAAACCAATCGTCTTCGGACGTTGTTTGTTGACTCTGAATATCGCAGTTTATCGGCAGGTA-ATCTACCGATAACCGAAAGAAGTGTCTGCCCTATCAACCA-?GATGGTAGTCTATTAGTCTACCATGGTTATTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAACTTATCCA-?CTACTT-CA-???GTGAG-?ATAGTGACTAAAAATAAAAAG-ACCAATCCTCACGGATCGGTTATT-TCAATGAGTTGAGCTTAAATAGCTCTTCGAGGATCTAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCACTAGTGTAAATCGTCATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTGAGTTGCATGCGTTGGT-??????TCCTC-????????TCTG-AGGTTAATCTTCGCTGCAACTATTTTGCTGGTTTTCTGCAGATAGCTTCGGCTTC-TGTAGTGGCTAGCGAGATTACT-TTGAATAAAACAGAGTGTTCAAAACAAG-CGATTGCTTGAATGCTCGAT-CATGGAATAATGGAATAGGACCTCG-GTTCTAT-TTATTGGTTCAAGAATTGAGGTAATGATTAAGAGAGACAATTCGGGGGCATTCGTATCC-TGCGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGCAGGGGGACGCCCAAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACTATGCCATCTAGC-??GATCCGGTGG?-GGTTAT?-TCGCCTCGCCGGGGAGCT-TCCCGGAAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTTAGGATTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAACCTACTAAATAGTTTCACGAT-?TTTCGG-??GTCGTGTGAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AACCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGGAAGGATCAGCTGGTCGCC-??AATTGCCGAAAGGTA-TTGGT-??AAACCGTT?-GAAACCCTTCCGTGA-CCGGGATAGGGAATTGTA-????????ATTATTTC-???CCTTGAACGAGGAATTCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTGTCCGGGACT-?GAGCTGATTCGAGAAGAGTGAGGACTGACGCAGAGGGGCTT-?CGGC-TCTACTGTGATGGGAATCACTTTAATCGCAATGGCTTGAACCGGGCAAAAGTCGTAACAAGGTACCT
		Caenorhabditis_sp._CB5161       GATTAAGCCATGCA-???????TGC-TTTGATTCATCA-???ATGAA-?ATTG-CGTA-CGG-???CTCATTAGAGCAGATATCACCTTATTCGGAA-TCCT-ATATGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCAACTATACCCCAACGCAAGGCGGGGTGCAATTAT-TAG-AACAGACCAAACGTTCTCGGACGTTGTTTGTTGACTCTGAATAAAGCAGTTTACTGTCAGTTTCGACTGACTCTATCCGAAAAGGGTGTCTGCCCTATCAACTA-?GATGGTAGTCTATTGGACTACCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCA-?CTGTTGAGT-???ATGAG-?ATAGTGACTAAAAATATAAAG-ACTCATCCTTTTGGATGAGTTATT-TCAATGAGTTGAATATAAATGATTCTTCGAGTAGCAAGGAGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCCTAGTGTATCTCGTTATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTAGGTTACGTGTTGCAGT-??????TCGCC-????????CTCGTGCGTCAACTGTAGCCGTGACTTCTAATTTGCTGGTTTGAGGTTGGGTTCG?-CCC-TTCAACTGCCAGCAGGTTTACC-TTGAATAAATCAGAGTGCTCAAAACAAG-GCTTTGCTTGTATAGCTCAT-CATGGAATAATGAAATAGGACTTCG-GTTCTTT-TTGTTGGTTCTAGAACTGATTTAATGGTTAAGAGGGACAAACCGGGGGCATTCGTATCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAATAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACGATGCCATCTCGC-??GATTCGGAG-??GGTTTT??-TGCCCTGCCGAGGAGCT-ATCCGGAAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGTCCGGACACCATTAGGACTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAGCCTGCTAAATAGTCGGCGAAT-?CTTCGG-??GTTCGTATAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AGCCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGGTGGAGTCAGCGGGTTTTTC-?CTATGCCGAAAGGTA-TCGGT-??AAACCGTT?-GAAATTCTTCCATGT-CCGGGATAGGGTATTGTA-????????ATTATTGC-???CCTTAAACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACT-?GAACTGATTCGAGAAGAGTGGGGACTGTCGCTTCGAGGTTTTCGGAC-TTCGTTGTTGCGGAAACCATTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAG??
		Caenorhabditis_elegans          GATTAAGCCATGCA-???????TGC-TTTGATTCATCA-???ATGAA-?ATTG-CGTA-CGG-???CTCATTAGAGCAGATATCACCTTATCCGGGA-TCCTCATATGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCAACTATACCCCAACGCAAGGCGGGGTGCAATTAT-TAG-AACAGACCAAACGTTTTCGGACGTTGTTTGTTGACTCTGAATAAAGCAGTTTACTGTCAGTTTCGACTGACTCTATCCGGAAAGGGTGTCTGCCCTTTCAACTA-?GATGGTAGTTTATTGGACTACCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCA-?CTGTTGAGT-???ATGAG-?ATAGTGACTAAAAATATAAAG-ACTCATCCTTTTGGATGAGTTATT-TCAATGAGTTGAATACAAATGATTCTTCGAGTAGCAAGGAGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCCTAGTGTATCTCGTTATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTAGGTTACGTGCCGCAGT-??????TCGCA-????????ATT-TGCGTCAACTGTGGTCGTGACTTCTAATTTGCTGGTTTGAGGTTGGGTTCG?-CCC-TTCAACTGCCAGCAGGTTTACC-TTGAATAAATCAGAGTGCTCAATACAAG-CGCTTGCTTGAATAGCTCAT-CATGGAATAATGAAACAGGACTTCG-GTTCTTT-TTGTTGGTTCTAGAACTGATTTAATGGTTAAGAGGGACAAACCGGGGGCATTCGTATCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACGATGCCATCTCGC-??GATTCGGAG-??GGTTTT??-TGCCCTGCCGAGGAGCT-ATCCGGAAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGTCCGGACACCATTAGGACTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAGCCTGCTAAATAGTTGGCGAAT-?CTTCGG-??GTTCGTATAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AGCCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGGTGGAGTCAGCGGGTTTTTC-?CTATGCCGAAAGGTA-TCGGT-??AAACCGTT?-GAAATTCTTCCATGT-CCGGGATAGGGTATTGTA-????????ATTATTGC-???CCTTAAACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACT-?GAACTGATTCGAGAAGAGTGGGGACTGTCGCTTCGAGGTTTAACGAC-TTCGTTGTTGCGGAAACCATTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCT
		Caenorhabditis_remanei          GATTAAGCCATGCA-???????TGC-TTTGATTCATCA-???ATGAA-?ATTG-CGTA-CGG-???CTCATTAGAGCAGATATCACCTTGTTCGGAA-TCCT-ATATGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCAACTAAGCCCCAACGTAAGGCGGGGTGCAATTAT-TAG-AACAGACCAAACGTTTTCGGACGTTGTTTGTTGACTCTGAATAAAGCAGTTTACTGTCGGTTTCGACTGACTCTATCCGGAAAGGGTGTCTGCCCTTTCAACTA-?GATGGTAGTTCATTGGACTACCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCA-?CTGTTGAGT-???ATGAG-?ATAGTGACTAAAAATATAAAG-ACTCATCCTTTTGGATGAGTTATT-TCAATGAGTTGAATACAAATGATTCTTCGAGTAGCAAGGAGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCCTAGTGTATCTCGTTATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCTAGGTTACGTGCTGCAGT-??????TCGCA-????????ATT-TGCGTCAACTGTAGTCGTGACTTCTAATTTGCTGGTTTGAGGTTGGGTCCG?-CCC-TTCAACTGCCAGCAGGTTTACC-TTGAATAAATCAGAGTGCTCAATACAAG-TGTTTGCTTGAATAGCTCAT-CATGGAATAATGAAACAGGACTTCG-GTTCTTT-TTGTTGGTTCTAGAACTGATTTAATGGTTAAGAGGGACAAACCGGGGGCATTCGTATCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACGATGCCATCTCGC-??GATTCGGAG-??GGTTTT??-TGCCCTGCCGAGGAGCT-ATCCGGAAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGTCCGGACACCATTAGGACTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAGCCTGCTAAATAGTTGGCGAAT-?CTTCGG-??GTTCGTATAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AGCCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGGTGGACTCAGCGGGTTTTTC-?CTATGCCGAAAGGTA-TCGGT-??AAACCGTT?-GAAATTCTTCCATGT-CCGGGATAGGGTATTGTA-????????ATTATTGC-???CCTTAAACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACT-?GAACTGATTCGAGAAGAGTGGGGACTGTGGCTCCGAGGTTTAACGAC-TTCGTTGTTGCGGAAACCATTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCT
		Caenorhabditis_briggsae         GATTAAGCCATGCA-???????TGC-TTTGATTCATCA-???ATGAA-?ATTG-CGTA-CGG-???CTCATTAGAGCAGATATCACCTTGTTCGGAA-TCCTAATATGGATAACTGCGGAAATACTGGAGCTAATACATGCAACTAAACCCCAACGTAAGGCGGGGTGCAATTAT-TAG-AACAGACCAAACGTTTTCGGACGTTGTTTGTTGACTCTGAATAAAGCAGTTTACTGTCAGTTTCGACTGACTCTATCCGAAAAGGGTGTCTGCCCTTTCAACTA-?GATGGTAGTTTATTGGACTACCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCA-?CTGTTGAGT-???ATGAG-?ATAGTGACTAAAAATATAAAG-ACTCATCCTTTTGGATGAGTTATT-TCAATGAGTTGAATACAAATGATTCTTCGAGTATCTAGTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCCCTAGTGTATCTCGTTATTGCTGCGGTTAAAAAACTCGTAGTTGGATCTAGGTTACGTGCTGCAGT-??????TCGCA-????????ATT-TGCGTCAACTGTAGTCGTGACTTCTAATTTGCTGGTTTGAGGTTGGGTCCG?-CCC-TTCAACTGCCAGCAGGTTTACC-TTGAATAAATCAGAGTGCTCAAAACAAG-TGTTTGCTTGAATAGCTCAT-CATGGAATAATGAAACAGGACTTCG-GTTCTTT-TTGTTGGTTCTAGAACTGATTTAATGGTTAAGAGGGACAAACCGGGGGCATTCGTATCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATACCGCCCTAGTTCTGACCGTAAACGATGCCATCTCGC-??GATTCGGAG-??GGTTTT??-TGCCCTGCCGAGGAGCT-ATCCGGAAACGAAAGTCTTTCGGTTCCGGGGGTAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAAGGCGTGGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGTCCGGACACCATTAGGACTGACAGA-TT-GAAA-GCTCTTTCTCGATTT-GGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTTATTCCGAT-AACGAGCGAGACTCTAGCCTGCTAAATAGTTGGCGAAT-?CTTCGG-??GTTCGTATAACTTC-TTAGAGGGATAAGCGGTGTTT-AGCCGCACGAGATTGAGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGGTGGACTCAGCGGGTTTTTC-?CTATGCCGAAAGGTA-TCGGT-??AAACCGTT?-GAAATTCTTCCATGT-CCGGGATAGGGTATTGTA-????????ATTATTGC-???CCTTAAACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTG-AGTCATCAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACT-?GAACTGATTCGAGAAGAGTGGGGACTGTCGCTTCGAGGTTTAACGAC-TTCGTTGTTGCGGAAACCATTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCT
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
USERTYPE TvPars STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 1 0 1 
 1 . 1 0 
 0 1 . 1 
 1 0 1 . 
 ; 
 
 USERTYPE Tv2Ts STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 2 1 2 
 2 . 2 1 
 1 2 . 2 
 2 1 2 . 
 ; 
 
 USERTYPE GapsOnly STEPMATRIX = 4 
 A C G T 
 . 0 0 0 
 0 . 0 0 
 0 0 . 0 
 0 0 0 . 
 ; 
 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 CHARSET MaleTail = 1795 ; 
 CHARSET MaleTail = 1 - 35 ; 
 CHARSET MaleMulti = 1795 ; 
 CHARSET MaleMulti = 13 - 17 1795 ; 
 CHARSET MaleIndep = 1795 ; 
 CHARSET MaleIndep = 1795 ; 
 CHARSET MaleNonind = 1795 ; 
 CHARSET MaleNonind = 1795 ; 
 CHARSET Fusions = 1795 ; 
 CHARSET Fusions = 1795 ; 
 TYPESET * MUnDUn = unord: 1 - 1795 ; 
 TYPESET MOrdDUn = unord: 1 - 1794 , ord: 1795 ; 
 TYPESET MUnDTv2Ts = unord: 2 - 1795 , Tv2Ts: 1 ; 
 TYPESET MOrdDTv2Ts = unord: 2 - 1794 , ord: 1795 , Tv2Ts: 1 ; 
 TYPESET MUnDTvPar = unord: 2 - 1795 , TvPars: 1 ; 
 TYPESET MOrdDTvPar = unord: 2 - 1794 , ord: 1795 , TvPars: 1 ; 
 TYPESET MUnDgaps = unord: 2 - 1795 , GapsOnly: 1 ; 
 TYPESET MOrdDgaps = unord: 2 - 1794 , ord: 1795 , GapsOnly: 1 ; 
 WTSET * AllEqual = 1: 1 - 1795 ; 
 WTSET Lps5Stms4 = 4: 1 , 1: 2 - 1794 , 5: 1795 ; 
 WTSET Lps2Stms1 = 1: 1 - 1794 , 2: 1795 ; 
 EXSET NoAmbNonin = 1 1795 ; 
 EXSET NorDNA = 1 ; 
 EXSET NoMaleTail = 1795 ; 
 EXSET NoStems = 1 ; 
 EXSET LOdStmOnly = 1 ; 
 EXSET ROdStmOnly = 1 ; 
 END;