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Bohadschia_koellikeri_RA661 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Chiridota_rigida 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Cucumaria_miniata 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Chiridota_laevis_E5602 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'Chiridota_albatrossii Complex_2_E5612' 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Colochirus_robustus 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Echinocucumis_hispida_MOLN168 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Placothuria_squamata_NW1 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Pseudostichopus_sp._2_S21020 CTTTGAGGAGGGTGACGGGCGGTGTGTACATTTTCTAGAGCTA------ATTTCAT-ATTCTTTTTATTTA---GTGTGATTACTATTGAATCCTTTTTTATT-TA-TCTT----A-------TTAAGATT-AAAGTCCTC----TGTTGAAAAGTAGGGTAGCTAAT--TATAACCAATTTATAAGTTGCACCTTGATCTGATTTTAAAA------GA---TTTCTTTTTTTGATTAC-TTTC-T--TTAGAAGTATTCTTTTACGATGGTATACAAGCTG------ATTTCTAAAATTGGAAAG-GTGTCTTGTGGATTATCTATTAAATAACAAGCTCCTCCAAAAAG-GTTTTGAAAACCGCCAAGTTCTTAAAGTTTAAGTTGT---------------TTAACTATACTTCTCTGGAGTTTT----------TGTTATCGAAT?????????????????????????????CGCCTG-TTTTATCAAAAACATAGCCTCCTGAA----------TTTATAGAAGGT-AAAGCCTGCCCAGTGGAA------ATTCTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCTAAGGTAGCATAATCACTTGTTTTTTAAATAAAAACCTGTATGAATGGCACCACATTTTTTAACTGTCTCCTTTTCTTTCCTTCCAAACTACTATTTATGTGAAGAAACATAAATACTTAAGATAGACGAAAAGACCCTGTCGAACTTCAACTCCTATTAGATTTTA---------------------------------------------------TAAATAT--------TTCTAAAT------ATCCTCTTTCTAATAAAAGTTTTGGTTGGGGTAACCCTGGAGAA--AAAATAACCTCCAGA------------AAA-TAAAAAGATT-TTTAATCTTTTA--------ATACTTTAATAATAAAGAACCAG-ACT--TCCTGGTTAACAGAAAAAGTTACCGCAGGGATAACAGCGTTATCTTCTCTAAGAGCCCATATTGACGAGAAGGCTTGCGACCTCGATGTTGGATTGGGGTATCCTAAAGGTGCAACAGCTTTTAAA-GGTTGGACTGTTCGTCCATTAAAACCCTACGTGATCT????????????????????????????????????????????????????????????TATACAAGAGAAACTGCAGATGGCTCATTAGATCAGTTATGGTTTATTGGAGAAAG-----TTTTATACCATGGATAA-CTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAACTAAG-CGCCGACCCTT-CG--GGGGAAGCGTGCTTTTATTAG-GAACAAGGCCAGCCCGGTCCCTT-------CGGGGTCCGGTC---TCC--GCTGGTGAACTCTAGAT-AACAATGCCGATCGCACGGTCTT-GCACCGGCGAC-GCTCCCTTCAAAAGTCTGCTCTATCAACTTTCGATGGTAAGTTATGCGCTTATCATGGTTGTGACGGGTAACGGAGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCACGCAAATTACCCACT-CCTGACACGGGGAGGTAGTGACAAAAAATAACGATACA-GGCCT-CTTC-GGAGGCCCTGTGATCGGAATGAGTACACTTTAAATCCTTTAACGAGGATCTACTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGCAGCGTATATTAAATTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGATTTCTGGCCGGGGCGGGCGGTCCGCCGCGAGGCGAGC-ACTGCCCGTT-CCC-----------------------CTTCTCCCCGTCAAAAGGGAGTT---GCGGGA-------GTCTTTTCCCGGCCAGTGATTCGGTT--GGTCGTGCGGTGCTCTTAACT-GAGTGCCGTGCGAGACTGGAACGTTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCAAAGTGCCCG---AACAGCTCAGCATGGAATAGTGGAAGAGGACCTCG----GTTC--TAT-TTC-GTTGGTC-TTGAG-ATCCTGAGGTAATGATCAAGAGGGACTGCCGGGGGCATTCGTATTGCGGCGTGAGAGGTGAAATTCTTGGATCGTCGCAAGACGCCCGACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTCTTCAT-TGATCAAGAACGAAAGTCGGAGGATCGAAGGCGATCAGATACCGCCCTAGTTCCGACCATAAACGATACC---GACTCGTAATTCGCCGGCGTTCCTCCCATGACGCGGCGGGCAACTCTCCGGAAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGG-AAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGG--GAAACCTA--CCCGGCCCGGACACAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGATGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTGGCTTGCTAAATAGTCCGGCCACCCGTCGTGGTGAGCC----GCG---AACTTCTTAGAGGGACAAATGGCTTTC--AGCCATACGAGATGGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGGCGCAAGCAGCGGGTA-CACTTGCCCTAGGCCGACAGGTCC-GGGTAATCCGCTGAGACTTCTCCGTGCTGGGGACAGGGACTTGTAATTGTGTCCCTTGAACGAGGAATTCCAAGTAAACGCGAGTCATCAGCTCGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATCGAATGGCTTAGTGAGGCCATCGGATCGACCGTCT---GGCAT-CCCCGGCTTCGGTCGGTTGTCGAGG-CGTG-ACGAGAAGACGGT-CAAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAA???????????????????TCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAATGAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTAT-GACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCTGGCGAAACCACAGCCAAGGG-AACGGGCTTGGCAAAATCGGCGGGG-AAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCTGGTGACGTGAAGAGACTTGAGAGGTGTAGAATAAGTGGGAGGTTCCCTTC------------------------------------GGGG-TTCCGCCGGTGAAATACCACTACTCTCATCGTTTTTTTACTTATCCGATGAAGCGGG-AGACGAGCGCGCGGTCC---TTTC------CATGGCCGTGGCGTT-CG--------AATTTCTTGTGCCAAACGCCGC-AGGCCGGG------GGTGGCTTC--------------------------GGCCCCTTCGGTCGGCGCGACCCGTTTCGGAGAAGCCGTCAGGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTCAAATGGTAACGCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGCGAGGACAGAAACCTCGCGTAGAGCAAAAGGGCAAAAGCTCTCTTGATCTCGATTTTCAGTACGAATACAGACCGCAAAAGCGGGGCCTATCGATCCTTTTGAA--TTGTCCGAGTTCGACGCAAGGGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGAATTCGCCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTGAT-GAT----AC-GTCGCC---GTCACGGCAA-TTCTGTTCAGTACGAGAGGAA???????????????????????TGATAGGAGGGTTTGGAAACTGATTAATACCATTAATGATAGGAGCCCCAGACATGGCTTTCCCACGTATGAAAAAAATGAGTTTTTGACTTCTTCCTCCTTCATTTATCCTATTATTAGTATCCTCTGGTTTAGAAGCAGGAGTAGGTACTGGTTGAACAATATATCCTCCTCTATCTAGAAATATTTCTCATACAGGAGGTTCCGTAGACTTAGCAATATTTTCACTTCATCTAGCAGGTGCATCTTCAATTCTTGCCGCTATAAAATTTATCAGAACAGTTATAAAAATGCGAGCTCCAGGAGTAACATTTGACCGTCTACCACTATTTGTTTGATCAGCTTTCATAACTGCCTTCCTTCTACTTCTCAGCCTCCCAGTTTTAGCAGGTGCCATAACAATGTTACTTACAGACCGAAAAATCAATACAACATTTTTTGACCCTGCTGGAGGGGGAGATCCTATTCTATTTCAACACTTATTCTGATTCTTTGGTCACCCCGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGGTTCGGTATGATATCCCATGTAATAGCCCACTATAGAGGAAAGAAAGAACCTTTTGGTTACTTAGGAATGGTTTATGCTATGATAGCCATAGGAGTATTAGGATTTTTAGTATGGGCTCATCATATGTTTACTATAGGAATGGAC?????????????????????GCTCGAAAATCGACTGGAGGAAAGGCCCCTCGTAAACAGTTGGCAACCAAAGCTGCCCGAAAGAGTGCTCCAGCCACCGGGGGAGTCAAGAAACCTCATCGTTACAGGCCAGGGACCGTTGCCCTCCGTGAGATCAGAAGGTACCAAAAGAGCACCGAACTGCTGATCCGAAAGCTACCATTCCAGCGCCTTGTTCGTGAGATCGCACAGGATTTCAAAACCGAATTGCGATTCCAGAGCTCCGCTATCATGGCCCTCCAAGAAGCCAGCGAAGCCTACCTCGTCGGCCTCTTCGAAGACACCAACCTGTGCGCCATCCATGCCAAGCGTGTCAC??????? ; END; BEGIN SETS; CHARSET 12S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta = 1 - 476; CHARSET 16S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta = 477 - 1152; CHARSET 18S_Finalalignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta = 1153 - 3106; CHARSET 28S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_Renamed_28Mar15_fasta = 3107 - 4124; CHARSET COI_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta = 4125 - 4808; CHARSET H3_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta = 4809 - 5171; TAXSET LENGTH_ATLEAST_400 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_600 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_800 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_1000 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_1200 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_1400 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 55 57 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_1600 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 55 57 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_2000 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 34 36 - 55 57 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_3000 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 23 25 - 34 36 - 37 39 - 55 57 - 61 63 - 84; TAXSET LENGTH_ATLEAST_4000 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 3 6 8 10 - 11 13 15 - 16 19 22 - 23 25 - 30 36 - 37 39 - 46 49 52 - 54 58 61 63 65 - 66 68 - 71 73 75 - 84; TAXSET CHARSETS_ATLEAST_6 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 2 6 11 16 19 23 26 - 28 30 36 39 - 40 43 46 52 54 58 63 68 - 71 75 - 76 78 - 84; TAXSET CHARSETS_ATLEAST_5 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 3 6 - 11 13 15 - 16 19 22 - 23 25 - 30 33 36 - 37 39 - 50 52 - 55 58 60 - 61 63 - 66 68 - 71 73 - 84; TAXSET CHARSETS_ATLEAST_4 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 13 15 - 23 25 - 34 36 - 55 58 - 61 63 - 84; TAXSET CHARSETS_ATLEAST_3 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 34 36 - 84; TAXSET CHARSETS_ATLEAST_2 ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 34 36 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_12S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 2 6 - 9 11 13 16 - 23 25 - 30 33 36 39 - 40 43 45 - 56 58 - 61 63 - 64 66 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_16S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 12 15 - 16 19 21 - 23 26 - 31 33 - 34 36 - 48 50 - 55 57 - 58 60 - 66 68 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_18S_Finalalignment_MAFFT_Trimmed_Cut_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 55 57 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_28S_FinalAlignment_MAFFT_Trimmed_Cut_Renamed_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 4 6 10 - 11 13 - 16 19 23 25 - 30 32 36 - 37 39 - 44 46 49 52 54 58 63 65 - 71 75 - 76 78 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_COI_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 34 36 - 50 52 - 61 63 - 65 68 - 84; TAXSET TAXA_HAVING_H3_Final_MAFFT_Trimmed_Renamed_28Mar15_fasta ( TAXA = Taxa2 ) = 1 - 3 5 - 13 15 - 20 22 - 28 30 - 34 36 - 56 58 - 71 73 - 84; END; BEGIN TREES; Title RAxML_bipartitions_Combined_29Mar15; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE [0] 1 Patiria_miniata, [1] 2 Strongylocentrotus_purpuratus, [2] 3 Afrocucumis_africana_GU038, [3] 4 Apostichopus_californicus_GB, [4] 5 Actinopyga_varians, [5] 6 Acaudina_molpadioides_MOLAF0220, [6] 7 Astichopus_multifidus_UF3985, [7] 8 Apostichopus_parvimensis_SIO2, [8] 9 Amperima_robusta_MOLN116, [9] 10 Benthogone_abstrusa_MOLAF0378, [10] 11 Bathyplotes_sp._1_E5111, [11] 12 Bohadschia_koellikeri_RA661, [12] 13 Chiridota_rigida, [13] 14 Cucumaria_miniata, [14] 15 Crucella_scotiae_1_E5296, [15] 16 Crucella_scotiae_2_VMA05, [16] 17 Chiridota_laevis_E5602, [17] 18 Paradota_sp._E5604, [18] 19 'Chiridota_albatrossii Complex_1_E5611', [19] 20 'Chiridota_albatrossii Complex_2_E5612', [20] 21 Colochirus_robustus, [21] 22 Deima_validum_AMK9, [22] 23 Enypniastes_eximia_NW3, [23] 24 Echinocucumis_hispida_MOLN168, [24] 25 Euapta_tahitiensis_CHK067, [25] 26 Gephyrothuria_alcocki_MOLN032, [26] 27 Heterothyone_alba_NW5, [27] 28 Holothuria_hilla_GU047, [28] 29 Holothuria_leucospilota, [29] 30 Heteromolpadia_tridens_MOLAF0228, [30] 31 Isostichopus_badionotus_UF4703, [31] 32 Leptosynapta_clarki_MBLsup, [32] 33 Lissothuria_nutriens_E6675, [33] 34 Labidodemas_cf_pertinax_NOAA1407, [34] 35 Myriotrochus_antarcticus_MOLAF0805, [35] 36 Molpadia_arenicola_SIO1, [36] 37 Molpadiodemas_involutus_NIWA49857, [37] 38 Massinium_magnum_PNG120875, [38] 39 Molpadia_musculus_complex, [39] 40 Mesothuria_oktaknemus_UF9746, [40] 41 Molpadiodemas_villosus, [41] 42 Myriotrochus_sp._MOLN139, [42] 43 Orphnurgus_glaber_MOLAF0372, [43] 44 Oneirophanta_setigera_UF9706, [44] 45 Pannychia_moseleyi_E4625, [45] 46 Pannychia_cf._moseleyi_E5614, [46] 47 Paracaudina_chilensis_BCOW1, [47] 48 Peniagone_diaphana_AMK3, [48] 49 Psycheotrephes_exigua_MOLN104, [49] 50 Pearsonothuria_graeffei_RA011, [50] 51 Psychropotes_longicauda_E4074, [51] 52 Phyrella_mookei_UF10336, [52] 53 Paroriza_prouhoi_AMK8, [53] 54 Aslia_pygmaea, [54] 55 Pachythyone_rubra_E6676, [55] 56 Placothuria_squamata_NW1, [56] 57 Parastichopus_tremulus_UF4863, [57] 58 Paracucumis_turricata_VMA06, [58] 59 Paelopatides_sp._2_E5609, [59] 60 Protelpidia_cf_murrayi_E5110, [60] 61 Psolidium_whittakeri_E5136, [61] 62 Rhipidothuria_racovitzai_MOLP166, [62] 63 Sclerodactyla_briareus_GulfSp, [63] 64 Stichopus_chloronotus_GU1401, [64] 65 Stichopus_vastus_CHK135, [65] 66 Pentamera_calcigera_E5613, [66] 67 Sigmodota_contorta_E5135, [67] 68 Synallactes_sp._E5607, [68] 69 Paelopatides_sp._1_E4365, [69] 70 Thelenota_anax_CHK131, [70] 71 Thyonella_gemmata_GulfSp, [71] 72 Thyone_sp._PNG121030, [72] 73 Ypsilothuria_cf._bitentaculata_E4760, [73] 74 Zygothuria_oxysclera_BFGU0226, [74] 75 Bathyplotes_sp._2_S20496, [75] 76 Pentactella_leonina_S20193, [76] 77 Abyssocucumis_abyssorum_E5610, [77] 78 Euthyonidiella_huwi_S20863, [78] 79 Echinocucumis_cf._hispida_S20758, [79] 80 Peniagone_sp._E5608, [80] 81 Pseudostichopus_sp._1_S21014, [81] 82 Psolidium_dorsipes_S20868, [82] 83 Pentactella_sp._S20682, [83] 84 Pseudostichopus_sp._2_S21020; TREE tree_1 = (1:0.1769695,(2:0.369774,(((35:0.142689,42:0.052351):0.629458,(25:0.138772,(13:0.089242,(18:0.085288,(32:0.155945,(67:0.102721,(17:0.013298,(19:0.00318,20:0.00368):0.017496):0.025798):0.026555):0.014511):0.019426):0.039655):0.111557):0.2367,(((45:0.007157,46:0.003108):0.076344,(((10:0.061031,23:0.082375):0.010988,(49:0.010476,51:0.004084):0.092344):0.010487,((48:0.03726,80:0.023766):0.045029,(62:0.051137,(9:0.013845,60:0.013084):0.016269):0.034792):0.054916):0.016343):0.080505,(((40:0.092822,74:0.102471):0.094235,((5:0.084954,(12:0.099386,50:0.087924):0.016813):0.011668,(34:0.052288,(28:0.084724,29:0.038236):0.019093):0.03411):0.130875):0.020246,((38:0.131634,((78:0.132363,(3:0.066283,52:0.073283):0.049489):0.027695,(((77:0.06658,(76:0.072458,83:0.044456):0.029109):0.0135,((71:0.091707,(14:0.022241,54:0.037332):0.007604):0.015566,(72:0.095566,(66:0.078668,(55:0.077554,63:0.053197):0.006378):0.019724):0.008991):0.014847):0.00346,((24:0.045469,79:0.075529):0.053591,(73:0.084828,((61:0.048161,(58:0.022276,(15:0.002183,16:0.003449):0.013531):0.016325):0.0221,(82:0.064247,((21:0.093531,33:0.081134):0.014562,(27:0.037028,56:0.048235):0.023458):0.002521):0.00999):0.009191):0.008312):0.006525):0.014833):0.008553):0.128379,(((81:0.017105,84:0.003523):0.119486,((26:0.119906,53:0.050798):0.124872,(37:0.006184,41:0.007388):0.074613):0.014839):0.030603,(((30:0.105207,39:0.068286):0.025967,(6:0.125256,(36:0.013079,47:0.011384):0.101326):0.011913):0.024578,((22:0.053178,(43:0.060404,44:0.047601):0.011858):0.058597,(68:0.079767,(((4:0.00487,8:0.006296):0.06709,((11:0.005183,75:0.003183):0.048569,(59:0.02892,69:0.029415):0.055408):0.00679):0.009413,((57:0.042514,(7:0.090271,70:0.063587):0.025961):0.012722,(31:0.050764,(64:0.041645,65:0.037108):0.023608):0.052633):0.014414):0.019644):0.021241):0.014598):0.008218):0.02172):0.037563):0.05134):0.21921):0.262892):0.1769695); END;