NEXUS
[File created by TreeBASE:  1/16/09  15:36:44]
[Matrix accession#: M4003]

BEGIN TAXA;
	TITLE M4003;
	DIMENSIONS  NTAX=116;
	TAXLABELS
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END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M4003;
	DIMENSIONS NCHAR=1785;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = - ;
	MATRIX
		Tsuga_canadensis_03_07_9             ACAGCGGGGGCCTATACGGCCCTCCTCCT-AG--TGTGGGGGAGTTGATGCCT-GCGACCCATGTCAGAAGGAAGGGTGCTCGGCTTCGTTG-TGGGTGGCGAAGACGTGTCATCCTTTGCGCGGGGAGGCGTAGCCTCCGGTGTGGGTTGTGGGCATTCGGCT-CTCTCTAT---AA-AATG--TTTGGCA--TGTGCTTTGTGATCGTTTTCTCGGTGAGCTCTCCTCTGCTCG-CCCCCA----GGGGGGGAGGCATGTTTTGCGGCCTTGTATGCC-TTGGCCTTCCGCAATGTGTATTTGTCGGGGAGTGATCGGTGGATGGATGAAAACGCGGTGCAAACCGTGGGGCTGGCCACCCTAGT--CCCCTCCCGATCGCTCGCTGCAATTCTCTTGCGGGGG-CTGGACGTGCAGGG--TTTTGAGGAGTCCTCTCGGTGGGTTGGAGTTGCTCTCGCATG--GTTCTCGGCTCGTGTTCGTTGTCCCGG-TGAGCTCTCCTCTTCTCGCCCCCAA--------GGGGGGAGAGGCATGTTCCGCGGCCTTGTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGCGT-ATTTGTCGGGGAGCGATCGTTGGATGGATGAAGACGCGGGGCA--ACCCGCGGGGCTGGCCACCCTAGT-CCTCCTGGTCGCTCACTGCGATTCTCTTGCGGAGACTGGGCATTCAGGGTCTTGAGGA--GT-TCTCTCGTTG---CGTAGAAGCTCTTGCACGTTTGTCGG-CTTTTTTTCATGTGCGTGCACGATGGGGGCGTTGATCGGAAGGGGCTTGCGCCCTTTATGCCT-TCGGTTCTCTCGCGGCTGTTGTGCCCCGTGGGCTATCCAGCGCTGACTGCCGTTGCCAGACTTCTCTGCCCCGTCGTGATTGCTGTCGCGGGCTTCAGCACCGGAAAGTCGACGGGCTATTCTTCTCGTGGGTGGTTGATCGATCGTTGGAGGGTGCGGTCCCTGTCTTGCCGATGCGCTCTTCGAAAGCCTCGATGTCCCTTGATGTTCTGCCCTTGCGCCGCGATCGTTGGGT-ATCCCAGCGGCGTTACTTTCTCGACCGGTGCACCTCTCTTTCCAAAGGGGAATCTTGTTGGGGAATTGAT---GGCTGGACGGATGAAAAGCGGCGCAAGCCGTTGGGTTGGCCACCCTAGTCCGCCCTCCATGCTATTCTCCACAGTTCTCGTTGGTGAGAGGGGCCTTCGGGGAAGGTCGCTGCTTGTCCCAGTTGGTCCGGCCGTGGATTGTCATGGGCGTCGGGTTTATACATCGGTTGTACGCATATCCA--------CGTGTT-CTTCCC-GGGTGCCTTGTGCATCGGGGCGATTGTTCTGTGCCTCGTGGACCCCTTGCCTGGTGGTTTTGGGTTTGCGGGC-AACACTTAAAAGAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGTTACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTAGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCAAGTCTTTGAACGCAATTTGCGCCCGAGGCCTTGGCTGAGGGCACGTTTGTCTGGGCGTCGCATACAATATACGCCCTCTTTGCACGGTAGCGGGGAGGAGCGGAAATGGTCGTCCGTGCCCAACGTGGTGCGGTTGGCTGAAATGCATTCGATGTTGTGCGCTTTGCATCGGCCAGCGGTGGCCTTGTCCCCCCTTTGGCTGCGGGCGAGTCGGCGTTTGCCCATGCGAGGTGTGCCCGACGTCGTATGAACTTTGTTTGGGCACTATC
		Tsuga_canadensis_04_72_4             ACAGCGGGGGCCTATACGGCCCTCCTCCT-AG--TGTGGGGGAGTTGATGCCT-GCGACCCATGTCAGAAGGAAGGGTGCTCGGCTTCGTTG-TGGGTGGCGAAGACGTGTCATCCTTTGCGCGGGGAGGCGTAGCCTCCGGTGTGGGTTGTGGGCATTCGGCT-CTCTCTAT---AA-AATG--TTTGGCA--TGTGCTTTGTGATCGTTTTCTCGGTGAGCTCTCCTCTGCTCG-CCCCCA-----GGGGGGAGGCATGTTTTGCGGCCTTGTATGCC-TTGGCCTTCTGCAATGTGTATTTGTCGGGGAGTGATCGGTGGATGGATGAAAACGCGGTGCAAACCGTGGGGCTGGCCACCCTAGT--CCCCTCCCGATCGCTCGCTGCAATTCTCTTGCGGGGG-CTGGACGTGCAGGG--TTTTGAGGAGTTCTCTCGGTGGGTTGGAGTTGCTCTCGCATG--GTTCTCGGCTCGTGTTCGTTGTCCCGG-TGAGCTCTCCTCTTCTCGCCCCCAA--------GGGGGGAGAGGCATGTTCCGCGGCCTTGTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGCGT-ATTTGTCGGGGAGCGATCGTTGGATGGATGAAGACGCGGGGCA--ACCCGCGGGGCTGGCCACCCTAGT-CCTCCTGGTCGCTCACTGCGATTCTCTTGCGGAGACTGGGCATTCAGGGTCTTGAGGA--GT-TCTCTCGTTG---CGTCGAAGCTCTTGCACGTTTGTCGG-CTTTTTTTCATGTGCGTGCACGATGGGGGCGTTGATCGGAAGGGGCTTGCGCCCTTTATGCCT-TCGGTTCTCTCGCGGCCGTTGTGCCCCGTGGGCTATCCAGCGCTGACTGCCGTTGCCAGACTTCTCTGCCCCGTCGTGATTGCTGTCGCGGGCTTCAGCACCGGAAAGTCGACGGGCTATTCTTCTCGTGGGTGGTTGATCGATCGTTGGAGGGTGCGGTCCCTGTCTTGCCGATGCGCTCTTCGAAAGCCTCGATGTCCCTTGATGTTCTGCCCTTGCGCCGCGATCGTTGGGT-ATCCCAGCGGCGTTACTTTCTCGACCGGTGCGCCTCTCTTTCCAAAGGGGAATCTTGTTGGGGAATTGAT---GGCTGGACGGATGAAAAGCGGCGCAAGCCGTTGGGTTGGCCACCCTAGTCCGTCCTCCATGCTATTCTCCACAGTTCTCGTTGGTGAGAGGGGCCTTCAGGGAAGGCCGCTGCTTGTCCCAGTCGGTCCGGCTATGGATTGTCATGGGCGTCGGGTTTATACATCGGTTGTACGCATATCCA--------CGTGTT-CTTCCC-GGGTGCCTTGTGCATCGGGGCGATTGTTCTGTGCCTCGTGGACCCCTTGCCTGGTGGTTTTGGGTTTGCGGGC-AACACTTAAAAGAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGTTACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTAGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCAAGTCTTTGAACGCAATTTGCGCCCGAGGCCTTGGCTGAGGGCACGTTTGTCTGGGCGTCGCATACAATATACGCCCTCTTTGCACGGTAGCGGGGAGGAGCGGAAATGGTCGTCCGTGCCCAACGTGGTGCGGTTGGCTGAAATGCATTCGATGTTGTGCGCTTTGCATCGGCCAGCGGTGGCCTTGTCCCCCCTTTGGTTGCGGGCGAGTCGGCGTTTGCCCATGCGAGGTGTGCCCGACGTCGTATGAACTTTGTTTGGGCGCTATC
		Tsuga_canadensis_03_07_8             ACAGCGGGGGCCTATGCGGCCCTCCTCCT-AG--TGTGGGGGAGTTGATGCCT-GCGACCCATGTCAGAAGGAAGGGTGCTCGGCTTCGTTG-TGGGTGGCGAAGACGTGTCATCCTTTGCGCGGGGAGGCGTAGCCTCCGGTGTGGGTTGTGGGCATTCGGCT-CTCTCTAT---AA-AATG--TTTGGCA--TGTGCTTTGTGATCGTTTTCTCGGTGAGCTCTCCTCTGCTCG-CCCCCA----GGGGGGGAGGCATGTTTTGCGGCCTTGTATGCC-TTGGCCTTCTGCAATGTGTATTTGTCGGGGAGTGATCGGTGGATGGATGAAAACGCGGTGCAAACCGTGGGGCTGGCCACCCTAGT--CCCCTCCCGATCGCTCGCCGCAATTCTCTTGCGGGGG-CTGGACGTGCAGGG--TTTTGAGGAGTTCTCTCGGTGGGTTGGAGTTGCTCTCGCATG--GTTCTCGGCTCGTGTTCGTTGTCCCGG-TGAGCTCTCCTCTTCTCGCCCCCAA--------GGGGGGAGAGGCATGTTCCGCGGCCTTGTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGCGT-ATTTGTCGGGGAGCGATCGTTGGATGGATGAAGACGCGGGGCA--ACCCGTGGGGCTGGCCACCCTAGT-CCTCCTGGTCGCTCACTGCGATTCTCTTGCGGAGACTGGGCATTCAGGGTCTTGAGGA--GT-TCTCTCGTTG---CGTCGAAGATCTTGCACGTTTTTCGG-CTTTTTTTCATGTGCGTGCACGATGGGGGCGTTGATCGGAAGGGGCTTGCGCCCTTTATGCCT-TCGGTTCTCTCGCGGCCGTTGTGCCCCGTGGGCTATCCAGCGCTGACTGCCGTTGCCAGACTTCTCTGCCCCGTCGTGATTGCTGTCGCGGGCTTCAGCACCGGAAAGTCGACGGGCTATTCTTCTCGGGGGTGGTTGATCGATCGTTGGAGGGTGCGGTCCCTGTCTTGCCGATGCGCTCTTCGAAAGCCTCGATGTCCCTTGATGTTCTGCCCTTGTGTCACGATCGTTGGGT-ATCCCAGCGGCGTTACTTTCTCGACCGGTGCGCCTCTCTTTCCAAAGGGGAATCTTGTTGGGGAATTGAT---GGCTGGACGGATGAAAAGCGGCGCAAGCCGTTGGGTTGGCCACCCTAGTCCGTCCTCCATGCTATTCTCCACAGTTCTCGTTGGTGAGAGGGGCCTTCGGGGAAGGTCGCTGCTTGTCCCAGTTGGTCCGGCCGTGGATTGTCATGGGCGTCGGGTTTATACATCGGTTGTACGCATATCCA--------CGTGTT-CTTCCC-GGGTGCCTTGTGCATCGGGGCGATTGTTCTGTGCCTCGTGGACCCCTTGCCTGGTGGTTTTGGGTTTGCGGGC-AACACTTAAAAGAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGTTACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTAGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCAAGTCTTTGAACGCAATTTGCGCCCGAGGCCTTGGCTGAGGGCACGTTTGTCTGGGCGTCGCATACAATATACGCCCTCTTTGCACGGTAGCGGGGAGGAGCGGAAATGGTCGTCCGTGCCCAACGTGGTTCGGTTGGCTGAAATGCATTCGATGTTGTGCGCTTTGCATCGGCCAGCGGTGGCCTTGTCCCCCCTTTGGCTGCGGGCGAGTCGGCGTTTGCCCATGCGAGGTGTGCCCGACGTCGTATGAACTTTGTTTGGGCACTATC
		Tsuga_canadensis_04_72_9             ACAGTGAGGGCCTATACGGCCCTCCTCCT-AG--TGTGGGGGAGTTGATGCCT-GTGACCCATGTCAGAAGGAAGGGTGCTCGGCTTCGTTG-TGGGTGGCGAAGATGTGTCATCCTTTGCGCGGGGAGGCGTAGCCTCCGGTGTGGGTTGTGGGCATTCGGCT-CTCTCTAT---AA-AATG--TTTGGCA--TGTGCTTTGTGATCGTTTTCTCGGTGCGCTCTCCTCTGCTCG-CCCCCA---GGGGGGGGAGGCATGTTTTGCGGCCTTGTATGCC-TTGGCCTTCCGCAATGTGTATTTGTCGGGGAGTGATCGGTGGATGGATGAAAACGCGGTGCAAACTGTGGGGCTGGCCACCCTAGT--CCCCTCCCGATCGCTCGCTGCAATTCTCTTGCGGGGG-CTGGACGTGCAGGG--TTTTGAGGAGTTCTCTCGATGGGTTGGAGTTGCTCTCGCATG--GTTCTCGGCTCGTGTTCGTTGTCCCGG-TGAGCTCTCCTCTTCTCGCCCCCAA--------GGGGGGAGAGGCATGTTCCGCGGCCTTGTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGCGT-ATTTGTCGGGGAGCGATCGTTGGATGGATGAAAACGCGGGGCA--ACCCGCGGGGCTGGCCACCCTAGT-CCTCCTGGTCGCTCACTGCGATCCTCTTGCGGAGACTGGGCATTCAGGGTCTTGAGGA--GT-TCTCTCGTTG---CGTCGAAGCTCTTGCACGTTTGTCGG-CTTTTTTTCATGTGCGTGCACGATGGGGGCGTTGATCGGAAGGGGCTTGCGCCCTTTATGCCT-TCGGTTCTCTCGCGGCTGTTGTGCCCCGTGGGCTATCCAGCGCTGACTGCCGTTGCCAGACTTCTCTGCCCCGTCGTGATTGCTGTCGCGGGCTTCAGCACCGGAAAGTCGACGGGCTATTCTTCTCGTGGGTGGTTGATCGATCGTTGGAGGGTGCGGTCCCTGTCTTGCCGATGCGCTCTTCGAAAGCCTCGATGTCCCTTGATGTTCTGCCCTTGCGTCGCGATCGTTGGGT-ATCCCAGCGGCGTTACTTTCTCGACCGGTGCGCCTCTCTTTCCAAAGGGGAATCTTGTTGGGGAATTGAT---GGCTGGACGGATGAAAAGCGGCGCAAGCCGTTGGGTTGGCCACCCTAGTCCGTCCTCCATGCTATTCTCCACAGTTCTCGTTGGTGAGAGGGGCCTTCGGGGAAGGTCGCTGCTTGTCCCAGTTGGTCCGGCCGTGGATTGTCATGGGCGTCGGGTTTATACATCGGTCGTACGCATATCCA--------CGTGTT-CTTCCC-GGGTGCCTTGTGCATCGGGGCGATTGTTCTGTGCCTCGTGGACCCCTTGCCTGGTGGTTTTGGGTTTGCGGGC-AACACTTAAAAGAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGTTACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTAGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCAAGTCTTTGAACGCAATTTGCGCCCGAGGCCTTGGCTGAGGGCACGTTTGTCTGGGCGTCGCATACAATATACGCCCTCTTTGCACGGTAGCGGGGAGGAGCGGAAATGGTCGTCCGTGCCCAACGTGGTGCGGTTGGCTGAAATGCATTCGATGTTGTGCGCTTTGCATCGGCCAGCGGTGGCCTTGTCCCCCCTTTGGTTGCGGGCGAGTCGGCGTTTGCCCATGCGAGGTGTGCCCGACGTCGTATGAACTTTGTTTGGGCACTATC
		Tsuga_canadensis_03_07_2             ACAGTGAGGGCCTATACGGCCCTCCTCCT-AG--TGTGGGGGAGTTGATGCCT-GTGACCCATGTCAGAAGGAAGGGTGCTCGGCTTCGTTG-TGGGTGGCGAAGATGTGTCATCCTTTGCGCGGGGAGGCGTAGCCTCCGGTGTGGGTTGTGGGCATTCGGCT-CTCTCTAT---AA-AATG--TTTGGCA--TGTGCTCTGTGATCGTTTTCTCGGTGAGCTCTCCTCTGCTCG-CCCCCA---GGAGGGGGAGGCATGTTTTGCGGCCTTGTATGCC-TTGGCCTTCCGCAATGTGTATTTGTCGGGGAGTGATCGGTGGATGGATGAAAACGCGGTGCAAACCGTGGGGCTGGCCACCCTAGT--CCCCTCCCGATCGCTCGCTGCAATTCTCTTGCGGGGG-CTGGACGTGCAGGG--TTTTGAGGAGTTCTCTCGATGGGTTGGAGTTGCTCTCGCATG--GTTCTCGGCTCGTGTTCGTTGTCCCGG-TGAGCTCTCCTCTTCTCGCCCCCAA--------GGGGGGAGAGGCATGTTCCGCGGCCTTGTGTGCCTTGGCCTTCTGCAATGTGT-ATTTGGCGCGGAGCGATCGTTGGATGGATGAAAACGCGGGGCA--ACCCGCGGGGCTGGCCACCCTAGT-CCTCCTGGTCGCTCACTGCGATTCTCTTGCGGAGACTGGGCATTCAGGGTCTTGAGGA--GT-TCTCTCGTTG---CGTCGAAGCTCTTGCACGTTTGTCGG-CTTTTCTTCATGTGCGTGCACGATGGGGGCGTTGATCGGAAGGGGCTTGCGCCCTTTATGCCT-TCGGTTCTCTCGAGGCTGTTGTGCCCCGTGGGCTATCCAGCGCTGACTGCCGTTGCCAGACTTCTCCGACCCGTCGTGATTGCTGTCGCGGGCTTCAGCACCGGAAAGTCGATGGGCTATTCTTCTCGTGGGTGATTGATCGATCGTTGGAGGGTGCGGTCCCTGTCTTGCCGATGCGCTCTTCGAAAGCCTCGATGTCCCTTGATGTTCCGCCCTTGCGTCGCGATCGTTGGGT-ATCTCAGCGGCGTTACTTTCTCGACCGGTGCGCCTCTCTTTCCAAAGGGGAATCTTGTTGGGGGATTGAT---GGCTGGACGGATGAAAAGCGGCGCAAGCCGTTGGGTTGGCCACCCTAGTCCGTCGTCCATGCTATTCTCCACAGTTCTCGTTGGTGAGAGGGGCCTTCAGGGAAGGCCGCTGCTTGTCCCAGTCGGTCCGGC--TGGATTGTCATGGCCGTCGGGTTTATACATCGGTTGTACGCATATCCA--------CGTGTT-CTTCCC-GGGTGCCTTGTGCATCGGGGCGATTGTTCTGTGCCTCGTGGACCCCTTGCCTGGTGGTTTTGGGTTTGCGGGC-AACACTTAAAAGAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGTTACGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTCAGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAATCATCAAGTCTTTGAACGCAATTTGCGCCCGGGGCCTTGGCTGAGGGCACGTTTGTCTGGGCGTCGCATACAATATACGCCCTCTTTGCACGGTAGCGGGGAGGAGCGGAAATGGTCGTCCGTGCCCAACGTGGTGCGGTTGGCTGAAATGCATTCGATGTTGTGCGCTTTGCATCGGCCAGCGGTGGCCTTGTCCCCCCTTTGGTTGCGGGCGAGTCGGCGTTTGCCCATGCGAGGTGTGCCCGACGTCGTATGAACTTTGTTTGGGCACTATC
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	;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET ITS1 = 1 - 1417 ; 
 CHARSET 58S = 1418 - 1580 ; 
 CHARSET ITS2 = 1581 - 1767 ; 
 END;