NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:17:36] [Matrix accession#: M3201] BEGIN TAXA; TITLE M3201; DIMENSIONS NTAX=33; TAXLABELS Carpilius_convexus Trapezia_symodoce Chlorodiella_nigra Amarinus_paralacustris Rhinolambrus_longispinus Dorippoides_facchino Cymonomoides_delli Corycodus_sp Tymolus_brucei Symethis_corallica Raninoides_sp Ranina_ranina Homolochunia_sibogae Latreillia_valida Moloha_majora Paromola_japonica Homolodromia_kai Hypoconcha_spinosissima Lauridromia_dehaani Pylocheles_macrops Munida_quadrispina Schizophrys_aspera Menaethius_monoceros Metadynomene_tanensis Macrophthalmus_setosus Leptograpsus_variegatus Aethra_scruposa Hepatus_ephileticus Calappa_bilineata Tanaoa_pustulosus Carcinus_maenas Eriphia_sebana Daira_perlata ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M3201; DIMENSIONS NCHAR=1830; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Munida_quadrispina 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Schizophrys_aspera 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Menaethius_monoceros 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Metadynomene_tanensis 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Macrophthalmus_setosus 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Leptograpsus_variegatus 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Hepatus_ephileticus 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Calappa_bilineata 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Tanaoa_pustulosus 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Carcinus_maenas 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Eriphia_sebana 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Daira_perlata ??????????????????????????????????AA?T?CC?CTT?GG?GCTTACCGAGTAATTTAGTCGATACTAAGTAACCTAGACAT--GGGTGTGAATGAACCTATTGACACCATTAAGATCTCGATTATGTACGTGGTG----CAGAGACTGGCGTTCCCTTCTCGCGAAAATAATCAA-GTTTTGGCCAGCCCGGA-----GCC-AGGCAGTGGGGTGG-CACAACTTAGACTTATTGAACAGCGACTCGCGTGCCAGAGGCGTGGCCGCGGCGGAGAAAGTTCACAGACGGAATAGTCGAAAGCTAACATCCAATATGCGGATGTTACCGATATTGCCCATTGCCCCTTAGTCCCAAGCTAAGGCCTCTCCCTCGGACTCTTTGCCGATGGTGTAGATTCCTTCCGTCGTCCGTGCGTTTAATGGGTGAGGGCCGTGCCCCTCCATCACTGCTTTTTATTGCTACGCTCTGAGTAGGCTCCGGAGCGTTAGCCTTACTCATGTGAAATTTAGGAAATTGCTCCTAGATAACCTCCCGTTCAGACCACGGTCGTCGGCGCCATTAAGGTCGAGGTTATCGCATATAATTTCAACAACGCCAATTTTT-CGAGCATCAACCTAAAGTCAAGACCTGACTGCCAA--GTGGCGGGCCACGTGTG-ACAGTGCGAGGCTTG---------------------------TCGGTGTTGTCGGG-CGACCGAGCGTGCCCCACGAGAAGTAGCTCACAGAGCGCACCGGCCGTCTCAAATGAAACTTTTTTAATCTCACGAGTTTCGTCCGATGTGACT-GCCGGACTTACGGAT-ACGTACCTTATTACCTTATCCTGGAGCCAAGATAAAACAGCCAAAAG--ACTTGGGCTCCATTACTGATTATCCTTGTCCGCCCCCGTAAGCATAACGCTGCGATCTCCACTTTAAGAACCTGGCAGCGTTCTGCTTGATGACGCTTTCGTAAA-CGGTTCCTACAAAAGTAATTAGTTCTTGCTTTCAATCTCCAAGCTTCCGCTAGTCTATGGCGGGATCAAGATTGGTATTTGCTACGACTGGTCGCTAGGCGGCCGCAATAAGGG-TACTGGGCCGCCCGTCGAA-GGCCCTTTGGTTTCAGAAACCCAAGGCCCCCTTCATACCAACGTTTCGACTTTGAATTTCCTTAACTGCCTTCCCGTGGTGGTCCTCACCTCGGACGCCGAATTAAACTGAGTTGTGCCCCTTGGAGTGGTCCGGGTCTGTGGCCTTCCTAACTGTCTAACTCTCGAGAAAGAGCTAAGCCACCCACCACCACGTACCGGCAAGA-ATCAACCACCTCGCTAAACAGACCAATTAAGGCTATTGCTTGCTCTGAGACCGGATGATTGATCAGCTGCCTAGAGGTCGTTAACCACAGGTCAAGCGTCGAAGAAGAATCTCCCTATTCGCCGT-TAAGATCGGCGTGCTCTAACTCGTTATTGTCCAGACACTACGGGAATCTACAAGACCCGGCGTGCGCGCGATGTGACTTCCCTAGTTGCACAGGAGGGGGAGGCTCTCCTCGCCCATTGGGCAACTTTAGGAAAGTACTATCCCTAACCCCAAACGTTAACAGAGGGTACTTGCTCCTTAAGGGTCATTCGCGTTCAGTACTCGAACGCAACTAATGCAGGGACGGGAAACATGTGTGGCGGGCAGCGATGATGGCTAACTTACTAAATCACTCCGGAAGCCTGACCGCGAGAACCTACGGCCCGGGTACG-CCCGACCCAGAAGCC-GCGGAGCTCGACTGCCTTTCTACAGGTTTGAACTAGTAAATCT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 1830 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; END;