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CCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCACTGTGAGTACTACCCTCTACGATGAGCTTATCTGCCATCGTT-ATCCCGACCAA-GATCTGGCGGGGTAT--CACC--AAGATAACATGCTGACATCGCTCCACAGACCGGTCACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTATCGACAAGCGAACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTTAGTTACTTTCCCTTCAATCGCGCGTCCTTT-GCCCATCG-ATT-CTCC-ATACGACTCGAAACGTGCCCGCTACCCC--GCTCGAGACCAAAAATTTT-GCGATA-TGACCGTAATTTTTTT--GGTGGGGCATTTACCCCGCCACTCGAGCGAT--GCGCG-TTTCTGCCCTC-----CATTTTCACAACCTT--CTGAGCGCATCGTCACGTGTCAAGCAGTCACTAACCACTCGACAATAGGAAGCCGCTGAGCTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCTGGGTTCTTGACAAGCTCAAGGCCGAGCGTGAGCGTGGTATCACCATCGATATTGCTCTCTGGAAGTTCGAGACTCCTCGCTACTATGTCACCGTCATTGGTATGTTGTCGCTCATGCCTCGTTCT---CCCTTTATTCGTACTAACATATCACTCAGACGCTCCCTGCACGCGTTGAGTTTATCGTGCCCC--TGATTCTA-----CCCCGCTGGGCGGTGGCAGCTCAACGACAATGCACGAT----AGCTAGCAGCTTTAATATACCTTCTGTCAAGATGAAGAAGCTAATCAGATCTTTTCTCTGCGATAGGTTCACCTCCAGACCGGTCAGTGCGTAAGTGCTCATCGCTTCCTCGACGTCGCATGTGAGGG-ATGCTCACGATGTTTATCAGGGTAACCAAATTGGTGCTGCTTTCTGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAATGGTGTCTACAACGGTACCTCCGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGTGTCTACTTCAACGAGGTATGCATTAACAGTCAATGCCAA-GAATTCCCAAGCTC-ACACAACTAGGCCTCTGGCAACAAGTATGTTCCCCGAGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCTGGCACCATGGACGCCGTCCGAGCTGGTCCCTTCGGTCAGCTCTTCCGTCCCGACAACTTCG 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Fusarium_temperatum_MUCL52450 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Fusarium_thapsinum_NRRL22045 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Fusarium_tupiense_CML389 CCACGTCGACTCTGGCAAGTCGACCACTGTGAGTACTACCCTTTACGATGAGCTTATCTGCCATCGTT-ATCCCGACCAA-GATCTGGCGGGGTAT--CACC--AAGATAACATGCTGACATCGCTCCACAGACCGGTCACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTATCGACAAGCGAACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGTTAGTTACTTTCCCTTCAATCGCGCGTCCTTT-GCCCATCG-ATT-CTCC-ATACGACTCGAAACGTGCCCGCTACCCC--GCTCGAGACCAAAAATTTT-GCGATA-TGACCGTAATTTTTTT--GGTGGGGCATTTACCCCGCCACTCGAGCGAT--GCGCG-TTTCTGCCCTC-----CATTTTCACAACCTG--CTGAGCGCAGCGTCACGTGTCAAGCAGTCACTAACCACTCGACAATAGGAAGCCGCTGAGCTCGGTAAGGGTTCCTTCAAGTACGCCTGGGTTCTTGACAAGCTCAAGGCCGAGCGTGAGCGTGGTATCACCATCGATATTGCTCTCTGGAAGTTCGAGACTCCTCGCTACTATGTCACCGTCATTGGTATGTTGTCGCTCATGCCTCGTTCT---CCCTTTATTCGTACTAACATATCACTCAGACGCTCCCTGCACGCGTTGAGTTTATCGTGCCCC--TGATTCTA-----CCCCGCTGGGCGGTGGCAGCTCAACGACAATGCACGAT----AGCTAGCAGCTTTAATATACCTTCTGTCAAGATGAAGAAGCTAATCAGATCTTTTCTCTGCGATAGGTTCACCTCCAGACCGGTCAGTGCGTAAGTGCTCATCGCTTCCTCGACGTCGCATGTGAGGG-ATGCTCACGATGTTTATCAGGGTAACCAAATTGGTGCTGCTTTCTGGCAAACCATCTCTGGCGAGCACGGCCTCGACAGCAATGGTGTCTACAACGGTACCTCCGAGCTCCAGCTCGAGCGTATGAGTGTCTACTTCAACGAGGTATGCTTTAACAGTCAATGCCAA-GAATTCCCAAGCTC-ACACAACTAGGCCTCTGGCAACAAGTATGTTCCCCGAGCCGTCCTCGTCGATCTTGAGCCTGGTACCATGGACGCCGTCCGAGCTGGTCCCTTCGGTCAGCTCTTCCGTCCCGACAACTTCG 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; END; BEGIN TREES; Title 'Lima et al 2012 tef1+tub2 Fusarium tupiense MP'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Fusarium_acutatum_NRRL13308, 2 Fusarium_ananatum_NRRL22945, 3 Fusarium_anthophilum_NRRL13602, 4 Fusarium_bactridioides_NRRL20476, 5 Fusarium_begoniae_NRRL25300, 6 Fusarium_brevicatenulatum_NRRL25446, 7 Fusarium_bulbicola_NRRL13618, 8 Fusarium_circinatum_NRRL25331, 9 Fusarium_concentricum_NRRL25181, 10 Fusarium_denticulatum_NRRL25302, 11 Fusarium_fractiflexum_NRRL28852, 12 Fusarium_fujikuroi_NRRL13566, 13 Fusarium_inflexum_NRRL20433, 14 Fusarium_lactis_NRRL25200, 15 Fusarium_mangiferae_NRRL25226, 16 Fusarium_mexicanum_NRRL53147, 17 Fusarium_napiforme_NRRL13604, 18 Fusarium_nygamai_NRRL13488, 19 Fusarium_oxysporum_NRRL22902, 20 Fusarium_phyllophilum_NRRL13617, 21 Fusarium_proliferatum_NRRL22944, 22 Fusarium_pseudoanthophilum_NRRL25206, 23 Fusarium_pseudocircinatum_NRRL22946, 24 Fusarium_pseudonygamai_NRRL13592, 25 Fusarium_ramigenum_NRRL25208, 26 Fusarium_sacchari_NRRL13999, 27 Fusarium_sterilihyphosum_CML283, 28 Fusarium_sterilihyphosum_NRRL25623, 29 Fusarium_subglutinans_NRRL22016, 30 Fusarium_succisae_NRRL13613, 31 Fusarium_temperatum_MUCL52450, 32 Fusarium_thapsinum_NRRL22045, 33 Fusarium_tupiense_CML262, 34 Fusarium_tupiense_CML345, 35 Fusarium_tupiense_CML389, 36 Fusarium_udum_NRRL22949, 37 Fusarium_verticillioides_NRRL22172, 38 Fusarium_xylarioides_NRRL25486; TREE Fig._2 = ((13:5.0,19:7.0):15.5,((16:8.0,((5:5.0,(2:10.0,(8:9.0,31:12.0):3.0):1.0):1.0,((7:3.0,(3:4.0,30:9.0):1.0):2.0,((4:18.0,29:10.0):2.0,((27:0.0,28:0.0):2.0,(33:6.0,34:2.0,35:0.0):3.0):9.0):1.0):1.0):3.0):27.0,((26:29.0,((12:34.0,21:18.0):10.0,(11:18.0,(9:9.0,15:10.0):14.0):7.0):11.0):13.0,((20:8.0,(36:6.0,38:16.0):1.0):16.0,(1:21.0,((10:21.0,32:36.0):7.0,(23:23.0,(18:15.0,(14:17.0,((24:18.0,(6:5.0,22:16.0):13.0):8.0,(37:35.0,(17:10.0,25:12.0):19.0):4.0):7.0):6.0):2.0):2.0):15.0):8.0):14.0):9.0):15.5)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; TREE Fig._2 = ((13:100.0,19:100.0)0:50.0,((2:100.0,3:100.0,4:100.0,5:100.0,7:100.0,8:100.0,16:100.0,29:100.0,30:100.0,31:100.0,((27:100.0,28:100.0)75:75.0,(33:100.0,34:100.0,35:100.0)96:96.0)100:100.0)100:100.0,((26:100.0,((12:100.0,21:100.0)98:98.0,(11:100.0,(9:100.0,15:100.0)100:100.0)71:71.0)91:91.0)95:95.0,((20:100.0,36:100.0,38:100.0)100:100.0,(1:100.0,(18:100.0,23:100.0,(10:100.0,32:100.0)70:70.0,(14:100.0,(37:100.0,(17:100.0,25:100.0)100:100.0,(24:100.0,(6:100.0,22:100.0)100:100.0)96:96.0)59:59.0)67:67.0)93:93.0)62:62.0)99:99.0)52:52.0)100:50.0)[% ] [% ] [% setBetweenBits = selected ]; END; Begin PAUP; Set autoclose = yes; Set criterion = parsimony maxtrees = 1000 increase = auto; Pset gapmode = newstate; hsearch nreps = 1000 addseq = simple swap = TBR Multrees = yes; Bootstrap Nreps = 1000; Pscores / CI = yes RI = yes HI = yes RC = yes; Savetrees SaveBootP = both from = 1 to = 1000 MaxDecimals = 0 file = F_tupiense_tef1 + tub2GFC - boot.tre replace = yes; END; Begin PAUP; Set autoclose = 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