NEXUS
[File created by TreeBASE:  7/26/07  20:57:23]
[Matrix accession#: M616]

BEGIN TAXA;
	TITLE M616;
	DIMENSIONS  NTAX=23;
	TAXLABELS
		Rhipicephalus_punctatus	Rhipicephalus_evertsi_mimeticus	Rhipicephalus_simus	Rhipicephalus_hurti	Rhipicephalus_pulchellus	Rhipicephalus_compositus	Rhipicephalus_evertsi_evertsi	Rhipicephalus_zambeziensis	Rhipicephalus_appendiculatus	Boophilus_decoloratus	Boophilus_microplus	Nosomma_monstrosum	Rhipicentor_nuttali	Hyalomma_marginatum_rufipes	Hyalomma_truncatum	Hyalomma_dromedarii	Hyalomma_aegyptium	Dermacentor_variabilis	Dermacentor_marginatus	Dermacentor_reticulatus	Dermacentor_rhinocerinus	Haemaphysalis_humerosa	Haemaphysalis_longicornis
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M616;
	DIMENSIONS NCHAR=332;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Rhipicephalus_punctatus               AGTAAATAGTAATTATGAAAGCATAAAGTTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGT-TAAGT-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTAACTTTAATTAATAAAATTTATAAAG-TA----TTAAAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGTATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTAAC-GCATT-AAAATT--A-AATTAGGATTTGAAAGTAAATTTAAAATAGTATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_evertsi_mimeticus       AGTAAATAACTATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGC-TAAAC-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTTGCTTTAATTAATAAAGTCTATAATCT------TTAAAACAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTGATAAAATTAAAAATA--G-AGTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATACAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_simus                   AGTAAATAAAAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGT-TAAAT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATTAATAACTTTAATTGTTAAAATTTA------TTGAA-TTAAATTATGTTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTCAGAAA--TAAAAAATT-A-AATTTAC-ATATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_hurti                   AGTAAATAATAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTAGATTTGT-GATTT-CAATTTGTATACCACTATTAAAACAATTTATAACTTTAATTGTTTAAATTTA----CAAA--A-CTAAAATATATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGGATGAAGTGAATTACATTACTTTTTAGTGA--GATA-AATTTATAACAAT--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGGATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_pulchellus              AGTACATACAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-TAATA-CAATTTGTATACCACTATTAAAATAATTATTAACTTTAATTATTTAAATTTACA-ATAAA-----TAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTATAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGA--GGAAAAATT-AAAATGC---AGTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATCAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_compositus              AGTAAATAAAAATTGTGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTAAATTTGT-TAAAT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATTAATAACTTTAATTGTTAAAAATTA----TTTA-CA-TTAAATTATGTTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTTAGAAA--CAAGAAATT-A-AATTTAT-AAATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_evertsi_evertsi         AGTAGATAGTTATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTGAATTTGT-TAAGG-CAATTTGTATACCACTATAAAATTAATTATTTGCTTTAATTAATAAAGTTTATAATTT------TTAAAACAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAGATTAATGCAATTAAAAATA--G-AATTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATATAATGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_zambeziensis            AGTATATAAAGATTATGAAAGCAAAAAGTTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTAAATTTGT-CAAAT-CAACTTGTATACCACTATTAAAACAATTATTAACTCTAATTGTTAATATTTAAAATTT-TATAATTAATTAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTACTTTTAAGGGA--AATAAAATT-A-AATAAA--TATTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Rhipicephalus_appendiculatus          AGTATATAATAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-CAAAT-CAACTTGTATACCACTATTAAAACAATTATTAACTCTAATTGTTAATATTTAAAAAC-ATA-AATTAATTTAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTACTTTTAAGAGA--AATAAAATT-A-AATAAA--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Boophilus_decoloratus                 AGTAAATAATAATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTAAATTTGT-TAAAT-CAGTTTGTATACCACTATGAAATTAATTAATTATTTTAATTAATAAAATTTATTAATATT----TTAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAACCAGTAAAATT-AAAATTATT--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Boophilus_microplus                   AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTTGT-TAAGT-CAATTTGTATACCACTATTAAATTAATTATTAATTTTAATTTATAAAATTTATTTAA-AT----TTAAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACAATTCTTTTAAGAGATTATTTAAATT-AAAATT-TTAATTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAATGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Nosomma_monstrosum                    AGTAAATATAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCAAAATCTTACTTATATTAGT-TAATT-CAATTTGTATACCACTATAAAAACAATAATTTACTATTATTGTTTAAAATCA-----ATTGAAT-TGAAGAAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTTAAGGATGAAGTGAATTACATTACTTTAAAGTGAATAA---AATTGAAAAAATA--ATTTAGGATTTGAAAGTAAAGTTAAAATAGAAAGTTGACTTGAATTTAGCTCTAAGATATGTACATA
		Rhipicentor_nuttali                   AGTAAATATAAATTATGAAAGCAAAAAACTATGGCGGTACCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTAAATTGGT-TAAAA-CAGTTTGTATACCACTATAAAAATAGTAATATGTAATTATTATTAAAATTCA--ATTT-----TTTGAAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACAATGCTTCTAAGAAA--GAAA-AATTGA-AATTAA--TTATAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGAAAGTTAATTTAAATTAAGCTCTAAGATATGTACATA
		Hyalomma_marginatum_rufipes           AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAACCTTACTTAAATTAGTACC-TTTCAGTTTGTATACCACTATTATAATAATAATTTGTTATTATTATTAATATTCTTAAAT-------TAGAATAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTATGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTAAAGAAA--AATAAAATTGA-AATAAAACATTTAGGATTTGATAGTAAAGTTAAAATATTAAGTTAATTTGAATAAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Hyalomma_truncatum                    AGTAAATATTAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGTGCT-TTTCAGTTTGTATACCACTATTACAATAATAATTTGTTATTATTATTAATATTCTTATGT-------TAGAAGAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTATGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAA--AATAAAATTGA-AATAGAATATTTAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATATAAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
		Hyalomma_dromedarii                   AGTAAATATAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTAGATTGGTTA-AAT-CAGTTTGTATACCACTATAAAAATTATAATTTACTTTTATTATTTCTCTTCTTTAA---------AGAAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGCTAAAATTTAAGGTTGAAGTGAATTACATTTCTTTAAAGAAATGAAA--CAATGA-AATAAAA--TATAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATAGAAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAAGATATGTACATA
		Hyalomma_aegyptium                    AGTAAATAATAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTAAATTAGTTAGAATTCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATTAACTATTATTATTAATATTCTTTATTA-------AGAAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTTAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTAAAAGAAAAAA----AATTGA-AATTAAAA-TTTAGGATTTGATAGTAAAATTAAAATAAAAAGTTAATTTGAACTAAGCTCTAAGATATGTACATA
		Dermacentor_variabilis                AGTAAATATTAATTATAAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTAATGGATAAAACACCCAAATCTTACTTTAATTAGT--AAAATCAATTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACAATTATTATTAGAATATA--ATTTA------TATAATAAATTAAGTCAAGGTGCAGTAAAAATTAAAGAATGAAGTGAATTACATTTCTTTTTAGAAAAAAA---AAATGAAAAATTA---TTTCGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGTATGTTAATTTGAATTTAGCTCTAAGATATGTACATA
		Dermacentor_marginatus                AGTATATAAATATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTATAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTTAATTGGTGTAAAAACAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACAATTATTATTAAAGTATATTATTTATGTATTTAAATAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCAAAAATTAAAGTATGAAGTGAATTACACTGCTTTTTAGATA--AGA--AAATGAAAATAA---GTTTAGGATTTGAAAGTAAAATTAAAATAGGAAGTTAATTTGAATTAAGCTCTAGGATATGTACATA
		Dermacentor_reticulatus               AGTATATAAATATTATGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATCTTAAGCTTATCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTTAATCTTACTTTAGTTTGT-TAAA-TCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAATATACTATTATTATTATAATATA--ACTTTT----TTATAAAAAATTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTAAAGTATGAAGTGAATTACATTGCTTATTAGAAA--GTAT-AAATGA-AATGATAA-TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTGAAATAGAAAGTTAATTTGAATAAAGCTCTAGGATATGTACATA
		Dermacentor_rhinocerinus              AGTAAATTCAAATTACGAAAGCAAAAAATTATGGCGGTATTCTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTTTGATTAGT-TAGA-TCAGTTTGTATACCACTATTAAAATAATAACGTACAATTATTATTTAAATATA----TAAAG----TATTAAAGATTAAGTCAAGGTGCAGCTTAAATCAAAGTATGAAGTGAATTACATTACTTATTAGAGG--GAAA-ATATGA-AAAAGAA--ATTAGGATTTGAAAGTAAAATTGAAATAAAAAGTTAACTTGAATTAAGCTCTAGAATATGTACATA
		Haemaphysalis_humerosa                AGTATATAAATATCATGAAAACAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTGTGATGGATAAAACACCAATATCTTACTAAAATTAGT-TAAG--CAGCTTGTATACCACTATTTAAGTAATAATTCATTATTATTACTAGAATCTA------TTGAAA-TAGAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCATAAGTTTTAGGATGAAGTGAATTACATTTCTTAAAAGAGA---ATA-AAATGAAAAGGAAA--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTTTAATAAGATGAAAATTTGAATTTAGCTCTAAAATATGTACATA
		Haemaphysalis_longicornis             AGAATATAAATTGTATGAAAACAAAAAATTATGGCGGTATTTTAAGCTTTTCAGAGGAATTTGCTCTTTAATGGATAAAACACCTAAATCTTACTAAATTTAGT-TAAA--CAGTTTGTATACCACTATTTAAGTAATAATTTGCTATTATTACTAAAATTTA----TATT-AA-TTAAAAAAAGTTAAGTCAAGGTGCAGCATAAATTTTAGTATGAAGTGAATTACATTTCTTTTAAGAAA--AATT-TGTTGAAAATAAAA--TTTAGGATTTGAAAGTAAAATTTTAATAGAAGGAAAATTTGAATTAAGCTCTAAAATATGTACATA
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 1 - 332 ; 
 CODESET * UNTITLED = mtDNA.mam.ext: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 
 END;