NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 20:56:56] [Matrix accession#: M516] BEGIN TAXA; TITLE M516; DIMENSIONS NTAX=35; TAXLABELS Albertiniella_polyporicola Cryptendoxyla_hypophloia Cephalotheca_sulfurea Aporothielavia_leptoderma Neurospora_crassa Chaetomium_elatum Fragosphaeria_purpurea Ophiostoma_ulmi Pidoplitchkoviella_terricola Diatrype_disciformis Cryphonectria_parasitica Ceratocystis_fimbriata Microascus_trigonosporus Bulbithecium_hyalosporum Leucosphaerina_indica Nigrosabulum_globosum Hapsidospora_irregularis Hypocrea_schweinitzii Hypomyces_polyporinus Emericellopsis_terricola Epichloe_typhina Nectria_haematococca Pseudeurotium_zonatum Leuconeurospora_pulcherrima Connersia_rilstonii Pleuroascus_nicholsonii Dothidea_insculpta Blumeria_graminis Sclerotinia_sclerotiorum Peziza_badia Onygena_equina Aspergillus_fumigatus Fonsecaea_pedrosoi Saccharomyces_cerevisiae Taphrina_deformans ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M516; DIMENSIONS NCHAR=1098; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = . 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Leucosphaerina_indica ............................................................AACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATTAAAAACCAATG-CCTTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTTCTCGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGG....................................................TAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGCGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTACTTATT--GACTCG---TTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AA............ Nigrosabulum_globosum ..............................................A--TTATACAGCGAAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGCACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAG-TCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATACAAAACCAATG-CCTCCGGGGCTCAAT-GGTGATTCATGATAACTTCGCGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGATATGGGCCAAACATGGTGGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTATTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATCTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTATTTTTT--GACTCG---TCCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTGCTTGGGC.. Hapsidospora_irregularis ..............................................A--TTATACAGCGAAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGCACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAG-TCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATACAAAACCAATG-CCTCCGGGGCTCAAT-GGTGATTCATGATAACTTCTCGAATCGCACGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTGGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTATTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATCTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTATTTTTT--GACTCG---TCCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTGCTTGGGC.. Hypocrea_schweinitzii .............AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACCGCGAAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAATACTTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTGAAAA-TCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATCCCGCTCGGGGCTCTCT-GGTGAATCATAATAACTAGTCGAATCGACAGGCCTTGTGCCGGCGATGGCTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTGGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCTTGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGCGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGACTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTACATTTTT-GACGCG---TTCGGCACCTTACGA...................... Hypomyces_polyporinus ...........................................................AAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAATACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGACTTC--GGAAGGGTTGTATTTATTAGATTAAAAACCAATG-CCTCTGGG-CTCTCT-GGTGAATCATGATAACTAGTCGAATCGACAGGCCTTGTGCCGGCGATGGCTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTGGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGAGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTCGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGG.GGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGC.GGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCAAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATAC.GTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTA.ATTTT--GACGCG---TTCGGCAC............................. Emericellopsis_terricola .........................ATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACGGCGAAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTAGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCT.................................................TCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGCCTCGGCCGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---TCGGCCGGGGCTTTCCCTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGCGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTTCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGT-GCGGTTCTATTT.GTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACC....................................................................................................... Epichloe_typhina ...........................................................AAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCCTGGGGCTCTCT-GGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTAGTGGCCAAACATGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACCGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGCGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGC-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTATTTT..--GACTCG---TTCGGGCACTTACGAGAAATCA-AA............ Nectria_haematococca .........TCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACAGCGAAACTGCGAATGGCTCATTATATAAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGACTTC--GGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATG.CCTCCGGGGCTCACT-GGTGATTCATGATAACTCCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTTCCCTATCAACTTTCGATGTTTGGGTATTGGCCAAACATGGTTGCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGT.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGTGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGC-GGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCCTCTGTGGAACCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGCGGGGAAACAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGATGTTATATTTT--GACTCG........................................ Pseudeurotium_zonatum 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Leuconeurospora_pulcherrima ATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TCTATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCTCTTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAAATGGAGG.....................GCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCTCCTGGGGAGCCG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTT-GACTCG---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTTTTTGGGTTC Connersia_rilstonii ATATGCTTGTCTCAAAGATCAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TCTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTC--GGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGATCTTTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATATAGGGCTCTTTTGAGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA.........................................................TAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTAGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGAACTGGT---CCGGCTGGGCCTTTCCCCCTGGGGAGCCG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGCCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GGGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTT-GACTCG---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Pleuroascus_nicholsonii 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Dothidea_insculpta ........................CATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--CTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAGCGCCCTTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTATCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTAGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGT---CCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCG-TATGCCCTTCACTGGGCGTATTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCATTTT-GACTCG---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Blumeria_graminis ............................................CAA-TTTATACCGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAG-CCCCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGTATATGGGACTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGGCCGGGTCTTTCCTCCTGGGGAGCCA-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATTTTTTT-GACTCG---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Sclerotinia_sclerotiorum ATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--CTATACTGTGAAACTGCGAAT.GCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACATGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCTCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGG-CTCCCT-GGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGG.ATTAGGGTTCTATTCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGAGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGTTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGCACTGGT---CCGACCGGGTCTTTCCTTCTGGGGAGCCG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATCTTTTT-GACTCG---CTCGGCACCTCACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Peziza_badia ........................................................................CTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCGACTTCACGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATG-CCTTCGGGCCTCCT--GGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACG-GGAGGTAGTGACAATAAATACTAATACAGGGGTTTTATGCCTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGACCTGCCCAACCGGTCTACCTCACCGTATGCACTGGT---TTGGTCGGGTCTTTCCTTCTGGCAAACTG-CATGCCCTTCACTGGGTGTGTTTGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATTA-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCACCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATCGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATCGATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATTGGGCGATGTTCTTTTTT--GACTCG---CTCAGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Onygena_equina .........TCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-CTTGTACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTTTCCACATGG-ATACCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCTCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTT-GGTGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATCCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTCGGGTCTTGTAATCGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCTTCGCGGCGTGCACTGGT---CCGGCTGGACCTTTCCTTCTGGGGAACCC-TATGGCCTTCACTGGCTGTAG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGGATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGATGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCGGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGGCAACTTTGAAT-AACCCG---TTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTTTTTGGGTTC Aspergillus_fumigatus ATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TTTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACATGG-ATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCTCGACTTC--GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTT-GGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTTGGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGAGTACTGGT---CCGGCTGGACCTTTCCTTCTGGGGAACCT-CATGGCCTTCACTGGCTGTGG-GGGGAACCAGGACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAGCTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGCTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTTCTATGAT-GACCCG---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTTTTTGGGTTC Fonsecaea_pedrosoi ................................TCTAAGTATAGGCAC--TCATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT---TACCTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-CCCCAACTTC--GGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCTGGGGCTCCTT-GGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGGATAGAGGCCTACAATGGTCTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATGCTAATTCAGCGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGCTCTTTCGGGTCTCGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCCGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGACCTGGCTGATCTGTCCTCCTAATCGAGCGCACGGAT---TCGGTCGGGTCTTTCCTTCTGGGGAGCCC-CATGCCCTTCACTGGGTGTGGTGGGGAACCAGGACTTTTACCTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACAT--CGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCTGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGGTTTTTTTAT-GCCCCG---TTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTTTTTGGGCTC Saccharomyces_cerevisiae ATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TTTATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTTCCTTTACTACATGGTATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTTAAAA-TCTCGACCCTTTGGAAGAGATGTATTTATTAGATAAAAAATCAATG-TCTTCGGA-CTCTTT-GATGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCCATTCGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTTGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTT-CGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCCTTTCCTTCTGGCTAACCT-TGAGTCCTTG--TGGCTCTT--GGCGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGTATTGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-TTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCATCGTAATGATTAATAGGGACGGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGACGTTTTCATTAATCAA-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGTGGTGTTTTTTTAAT-GACCCA---CTCGGCACCTTACGAGAAATCA-AAGTCTTTGGGTTC Taphrina_deformans ..........CTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACAGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTA-ATTACTTGG-ATACCCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAA-TCCCGACTTCT-GGAAGGGATGTATTTATTAGATAAAAAACCAATG-CCTTCGGG-CTCCTT-GGTGATTCATAATAACTTTACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATATTGGCCTACCATGGTTTTGACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCC-GACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGCTGAACCTTGGCCTTGGCCGACCGGTCCG.CTAACGGTGTGCACTGGC---TTGACCGAGGCTTTCCTTCTG-CTAGCCTGTATGGTATTAATTTATTGTGCA-GGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTAT-GCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTTGGGGAAATTAGTATTGAGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTCAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGTCAAGGATGTTTTCATTAGTCAA-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTCTTTTCTT-GACTCG---CCCGGCACCTTATGAGAAA.................. ; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = Universal.ext: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; EXSET excl = 1 - 72 84 86 90 92 109 - 112 120 157 - 159 170 171 178 204 206 207 212 214 215 220 - 222 248 249 263 346 428 430 436 437 470 483 498 - 572 578 583 623 628 634 636 641 646 648 660 - 663 684 692 - 715 751 758 768 779 792 804 807 808 820 846 861 875 922 928 - 930 945 951 952 959 976 979 986 987 995 - 1098 ; CONSTRAINTS monoph = ( ( 10 - 13 , 14 - 35 ) , 1 - 9 ) ; END;