#NEXUS [written Tue Aug 28 16:46:16 PDT 2012 by Mesquite version 2.5 (build j77) at vlsb-3102-004.MVZ.Berkeley.EDU/128.32.146.175] BEGIN TAXA; TITLE Shorebird_Taxa; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Calidris_fuscicollis_11449_1 Calidris_fuscicollis_11449_2 Calidris_fuscicollis_11450_1 Calidris_fuscicollis_11450_2 Calidris_fuscicollis_11451_1 Calidris_fuscicollis_11451_2 Calidris_fuscicollis_11721_1 Calidris_fuscicollis_11721_2 Calidris_fuscicollis_11723_1 Calidris_fuscicollis_11723_2 Calidris_fuscicollis_11725_1 Calidris_fuscicollis_11725_2 Phalaropus_lobatus_11480_1 Phalaropus_lobatus_11480_2 Phalaropus_lobatus_11664_1 Phalaropus_lobatus_11664_2 Phalaropus_lobatus_11727_1 Phalaropus_lobatus_11727_2 Phalaropus_lobatus_11736_1 Phalaropus_lobatus_11736_2 Phalaropus_lobatus_14868_1 Phalaropus_lobatus_14868_2 Phalaropus_lobatus_14895_1 Phalaropus_lobatus_14895_2 Calidris_mauri_905_1 Calidris_mauri_905_2 Calidris_mauri_913_1 Calidris_mauri_913_2 Calidris_mauri_916_1 Calidris_mauri_916_2 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--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philomachus_pugnax_121_1 ATATGTGATGGGCCCAGACAATAAAGCCTAGGAAGCCGATGGATAGTATAGCTCATACCATTCCTATATATCCGAATGGTTCTTTTTTGCCCGCATAATAGGCTACAACGTGTGAAATGATTCCAAAGCCTGGGAGGATAAGGATGTAGACTTCTGGGTGGCCGAAGAATCAGAAGAGATGTTGGTATAGAACTGGATCTCCTCCTCCAGCAGGATCGAAGAATGTGGTGTTAAGGTTTCGGTCTGTTAGTAGCATAGTAATACCAGCAGCAAGAACTGGAAGAGAAAGTAAGAGTAGGACAGCAGTAATAAGTACTGATCATACAAACAGAGGTGTTTGGTATTGGGAGAGGGCTGGAGGTTTTATGTTAATGGCAGTTGTGATGAAGTTGATGGCACCTAGAATAGAGGAGACCCCTGCCAGGTGGAGGGAGAAGATGGCAAGGTCGACGGAGGCTCCAGCGTGGGCCAGGTTGCCGGCGAGTGGGGGATACACCGTTCATCCTGTACCTGCTCCGGCTTCTACTGTGGATGATGCTAATAGTAGTAGGAATGATGGAGGGAGTAGTCAGAAGCTTATGTTGTTTATGCGAGGGAATGCTATGTCAGGGGCGCCGATTATAAGTGGGACTAATCAGTTTCCAAAGCCACCAATTATAATTGGCATTACTATGAAGAAGATTATTACAAAGGCGTGAGCGGTGACAATCACATTGTAGATTTGGTCATCTCCTAAAAGGGTTCCGGGTTGGCCCAGTTCTGCACGAATGAGTAGGCTAAGGGCGGTTCCGACTATACCAG Philomachus_pugnax_121_2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philomachus_pugnax_123_1 ATATGTGATGGGCCCAGACAATAAAGCCTAGGAAGCCGATGGATAGTATAGCTCATACCATTCCTATATATCCGAATGGTTCTTTTTTGCCCGCATAATAGGCTACAACGTGTGAAATGATTCCAAAGCCTGGGAGGATAAGGATGTAGACTTCTGGGTGGCCGAAGAATCAGAAGAGATGTTGGTATAGAACTGGATCTCCTCCTCCAGCAGGATCGAAGAATGTGGTGTTAAGGTTTCGGTCTGTTAGTAGCATAGTAATACCAGCAGCAAGAACTGGAAGAGAAAGTAAGAGTAGGACAGCAGTAATAAGTACTGATCATACAAACAGAGGTGTTTGGTATTGGGAGAGGGCTGGAGGTTTTATGTTAATGGCAGTTGTGATGAAGTTGATGGCACCTAGAATAGAGGAGACCCCTGCCAGGTGGAGGGAGAAGATGGCAAGGTCGACGGAGGCTCCAGCGTGGGCCAGGTTGCCGGCGAGTGGGGGATACACCGTTCATCCTGTACCTGCTCCGGCTTCTACTGTGGATGATGCTAATAGTAGTAGGAATGATGGAGGGAGTAGTCAGAAGCTTATGTTGTTTATGCGAGGGAATGCTATGTCAGGGGCGCCGATTATAAGTGGGACTAATCAGTTTCCAAAGCCACCAATTATAATTGGCATTACTATGAAGAAGATTATTACAAAGGCGTGAGCGGTGACAATCACATTGTAGATTTGGTCATCTCCTAAAAGGGTTCCGGGTTGGCCCAGTTCTGCACGAATGAGTAGGCTAAGGGCGGTTCCGACTATACCAG Philomachus_pugnax_123_2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philomachus_pugnax_124_1 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--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philomachus_pugnax_171_1 ATATGTGATGGGCCCAGACAATAAAGCCTAGGAAGCCGATGGATAGTATAGCTCATACCATTCCTATATATCCGAATGGTTCTTTTTTGCCCGCATAATAGGCTACAACGTGTGAAATGATTCCAAAGCCTGGGAGGATAAGGATGTAGACTTCTGGGTGGCCGAAGAATCAGAAGAGATGTTGGTATAGAACTGGATCTCCTCCTCCAGCAGGATCGAAGAATGTGGTGTTAAGGTTTCGGTCTGTTAGTAGCATAGTAATACCAGCAGCAAGAACTGGAAGAGAAAGTAAGAGTAGGACAGCAGTAATAAGTACTGATCATACAAACAGAGGTGTTTGGTATTGGGAGAGGGCTGGAGGTTTTATGTTAATGGCAGTTGTGATGAAGTTGATGGCACCTAGAATAGAGGAGACCCCTGCCAGGTGGAGGGAGAAGATGGCAAGGTCGACGGAGGCTCCAGCGTGGGCCAGGTTGCCGGCGAGTGGGGGATACACCGTTCATCCTGTACCTGCTCCGGCTTCTACTGTGGATGATGCTAATAGTAGTAGGAATGATGGAGGGAGTAGTCAGAAGCTTATGTTGTTTATGCGAGGGAATGCTATGTCAGGGGCGCCGATTATAAGTGGGACTAATCAGTTTCCAAAGCCACCAATTATAATTGGCATTACTATGAAGAAGATTATTACAAAGGCGTGAGCGGTGACAATCACATTGTAGATTTGGTCATCTCCTAAAAGGGTTCCGGGTTGGCCCAGTTCTGCACGAATGAGTAGGCTAAGGGCGGTTCCGACTATACCAG Philomachus_pugnax_171_2 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Philomachus_pugnax_204_1 ATATGTGATGGGCCCAGACAATAAAGCCTAGGAAGCCGATGGATAGTATAGCTCATACCATTCCTATATATCCGAATGGTTCTTTTTTGCCCGCATAATAGGCTACAACGTGTGAAATGATTCCAAAGCCTGGGAGGATAAGGATGTAGACTTCTGGGTGGCCGAAGAATCAGAAGAGATGTTGGTATAGAACTGGATCTCCTCCTCCAGCAGGATCGAAGAATGTGGTGTTAAGGTTTCGGTCTGTTAGTAGCATAGTAATACCAGCAGCAAGAACTGGAAGAGAAAGTAAGAGTAGGACAGCAGTAATAAGTACTGATCATACAAACAGAGGTGTTTGGTATTGGGAGAGGGCTGGAGGTTTTATGTTAATGGCAGTTGTGATGAAGTTGATGGCACCTAGAATAGAGGAGACCCCTGCCAGGTGGAGGGAGAAGATGGCAAGGTCGACGGAGGCTCCAGCGTGGGCCAGGTTGCCGGCGAGTGGGGGATACACCGTTCATCCTGTACCTGCTCCGGCTTCTACTGTGGATGATGCTAATAGTAGTAGGAATGATGGAGGGAGTAGTCAGAAGCTTATGTTGTTTATGCGAGGGAATGCTATGTCAGGGGCGCCGATTATAAGTGGGACTAATCAGTTTCCAAAGCCACCAATTATAATTGGCATTACTATGAAGAAGATTATTACAAAGGCGTGAGCGGTGACAATCACATTGTAGATTTGGTCATCTCCTAAAAGGGTTCCGGGTTGACCCAGTTCTGCACGAATGAGTAGGCTAAGGGCGGTTCCGACTATACCAG Philomachus_pugnax_204_2 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71 Philomachus_pugnax_204_1, 72 Philomachus_pugnax_204_2; TREE TREE1 = 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((22:7.801372085637411,(((17:1.975242841504669,((20:0.48501432891665813,19:0.4850143289166564):0.768978930739344,(23:0.48585542840779844,16:0.4858554284077993):0.7681378312482026):0.7212495818486673):2.773221744842493,(18:3.742488491818088,24:3.742488491818088):1.0059760945290726):1.595755952969525,((21:1.6690161612888974,(15:0.6196709162994185,13:0.6196709162994185):1.0493452449894791):1.7766401298396537,14:3.445656291128551):2.8985642481881357):1.4571515463207216):27.828100759878552,(((61:0.11498139527751763,65:0.11498139527751762):1.3316773133844353,((72:0.16792645161666195,(66:0.08930048540002666,69:0.08930048540002661):0.07862596621663576):0.6487212658477359,(((63:0.08989159330527947,62:0.08989159330527868):0.17261261372133316,(71:0.08815881799060708,68:0.0881588179906066):0.17434538903600533):0.16921071121826142,((64:0.08906265399442867,70:0.08906265399442898):0.08258897960746585,67:0.1716516336018953):0.2600632846429789):0.3849327992195246):0.6300109911975553):26.08199714439793,(((((2:2.62356560440719,(6:0.5675128207219717,10:0.5675128207219721):2.0560527836852196):1.9568180263685933,((4:1.8278703001579424,8:1.8278703001579424):1.2701346474993631,(3:2.266889980034441,((11:0.29077171058053697,12:0.290771710580537):1.2185605967850086,((5:0.3020083914227052,9:0.30200839142270564):0.5638749930640001,(1:0.29833519661246743,7:0.29833519661246755):0.5675481878742381):0.6434489228788386):0.7575576726688964):0.8311149676228644):1.4823786831184802):6.204734737298703,(40:7.578060957328192,(((44:0.5838082757019608,41:0.5838082757019615):0.9498355903349899,48:1.5336438660369511):2.3350099516883907,(37:2.395876389502294,(42:1.8452937755564407,((43:0.41273884700240426,45:0.4127388470024045):0.6933629644727912,(47:0.41179143697157744,38:0.4117914369715777):0.6943103745036177):0.7391919640812461):0.550582613945853):1.472777428223047):3.7094071396028507):3.2070574107462964):0.9634625566624422,((58:0.8043652163327728,52:0.8043652163327727):3.8274059111027907,((54:2.050236624985483,((55:0.6700748676913465,(53:0.37623336071683866,59:0.3762333607168385):0.2938415069745081):0.9606582408227019,(51:1.0786092713824302,(50:0.36954181012848397,56:0.3695418101284839):0.7090674612539442):0.5521238371316197):0.41950351647143624):1.2714406274448282,(60:2.1049949100695144,(49:0.36929351637234964,57:0.3692935163723497):1.7357013936971635):1.2166823423607998):1.3100938750052507):7.116809797301366):2.8359176892601834,(((((34:0.18370826048395245,30:0.18370826048395256):0.41001255305643713,(27:0.18405003879327908,35:0.184050038793279):0.4096707747471102):0.6107743044067343,28:1.204495117947124):3.7037253731860456,(((29:0.25611588566606086,26:0.25611588566606086):2.1942513807154125,((31:0.21995081492329352,25:0.21995081492329344):0.897124497823141,(32:0.6011395479123127,36:0.6011395479123132):0.5159357648341216):1.3332919536350387):0.7423766616670369,33:3.1927439280485124):1.7154765630846587):3.607269031408901,(39:3.2345626849792493,46:3.2345626849792497):5.28092683756282):6.069009091455046):12.944157239062765):8.100816992456071); 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'Locus_MB: Gene_MB') = 'Jukes-Cantor': 1 - 637; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_TGFB2: Gene_TBFB2') = 'Jukes-Cantor': 1 - 464; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_9.93: Gene_DNAJA5') = 'Jukes-Cantor': 1 - 520; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_10.39: Gene_RANBP3L') = 'Jukes-Cantor': 1 - 738; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_26.59: Gene_DOCK8') = 'Jukes-Cantor': 1 - 686; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_29.41: Gene_PTPRD') = 'Jukes-Cantor': 1 - 819; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_31.46: Gene_FRAS1') = 'Jukes-Cantor': 1 - 810; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_47.43: Gene_EF5') = 'Jukes-Cantor': 1 - 480; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_50.99: Gene_UDP') = 'Jukes-Cantor': 1 - 698; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_69.74: Gene_DMXL1') = 'Jukes-Cantor': 1 - 612; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_73.07: Gene_ZNF608') = 'Jukes-Cantor': 1 - 853; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_7878620: Gene_PARP8') = 'Jukes-Cantor': 1 - 1069; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Aldob: Gene_Aldob') = 'Jukes-Cantor': 1 - 588; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Musk: Gene_Musk') = 'Jukes-Cantor': 1 - 605; ProbModelSet * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_COX1: Gene_COX1') = 'Jukes-Cantor': 1 - 801; END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 1.1ny: Gene_Q5ZM32_CHICK') = universal: 1 - 451; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 2.3: Gene_MPP6') = universal: 1 - 640; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 2.7: Gene_RAB12') = universal: 1 - 626; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 3.3: Gene_Q6JLB2_CHICK') = universal: 1 - 509; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 4.4: Gene_HMG-2') = universal: 1 - 790; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_4.5b: Gene_NDST3') = universal: 1 - 958; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_4.8c: Gene_CBPZ_CHICK ') = universal: 1 - 930; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_6.1b: 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universal: 1 - 612; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_73.07: Gene_ZNF608') = universal: 1 - 853; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_7878620: Gene_PARP8') = universal: 1 - 1069; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Aldob: Gene_Aldob') = universal: 1 - 588; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Musk: Gene_Musk') = universal: 1 - 605; CODESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_COX1: Gene_COX1') = universal: 1 - 801; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 1.1ny: Gene_Q5ZM32_CHICK') = unord: 1 - 451; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 2.3: Gene_MPP6') = unord: 1 - 640; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 2.7: Gene_RAB12') = unord: 1 - 626; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 3.3: Gene_Q6JLB2_CHICK') = unord: 1 - 509; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus 4.4: Gene_HMG-2') = unord: 1 - 790; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_4.5b: Gene_NDST3') = unord: 1 - 958; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_4.8c: Gene_CBPZ_CHICK ') = unord: 1 - 930; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_6.1b: Gene_RasGEF1A') = unord: 1 - 722; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_9.2: Gene_ATG4B_CHICK') = unord: 1 - 997; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_IRF: Gene_IRF2') = unord: 1 - 623; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_MB: Gene_MB') = unord: 1 - 637; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_TGFB2: Gene_TBFB2') = unord: 1 - 464; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_9.93: Gene_DNAJA5') = unord: 1 - 520; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_10.39: Gene_RANBP3L') = unord: 1 - 738; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_26.59: Gene_DOCK8') = unord: 1 - 686; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_29.41: Gene_PTPRD') = unord: 1 - 819; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_31.46: Gene_FRAS1') = unord: 1 - 810; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_47.43: Gene_EF5') = unord: 1 - 480; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_50.99: Gene_UDP') = unord: 1 - 698; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_69.74: Gene_DMXL1') = unord: 1 - 612; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_73.07: Gene_ZNF608') = unord: 1 - 853; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_7878620: Gene_PARP8') = unord: 1 - 1069; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Aldob: Gene_Aldob') = unord: 1 - 588; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_Musk: Gene_Musk') = unord: 1 - 605; TYPESET * UNTITLED (CHARACTERS = 'Locus_COX1: Gene_COX1') = unord: 1 - 801; END; BEGIN TREES; Title 'Locus_3.3_gene_tree'; LINK Taxa = Shorebird_Taxa; TRANSLATE 1 Calidris_fuscicollis_11449_1, 2 Calidris_fuscicollis_11449_2, 3 Calidris_fuscicollis_11450_1, 4 Calidris_fuscicollis_11450_2, 5 Calidris_fuscicollis_11451_1, 6 Calidris_fuscicollis_11451_2, 7 Calidris_fuscicollis_11721_1, 8 Calidris_fuscicollis_11721_2, 9 Calidris_fuscicollis_11723_1, 10 Calidris_fuscicollis_11723_2, 11 Calidris_fuscicollis_11725_1, 12 Calidris_fuscicollis_11725_2, 13 Phalaropus_lobatus_11480_1, 14 Phalaropus_lobatus_11480_2, 15 Phalaropus_lobatus_11664_1, 16 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