#NEXUS
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	Eueides_lybia_02_2001_Pe                   TTCACAACAAAGAATGGACTTTATTATTTGGATTGTCGGATGTGGACTCCTAGATTTATCGATGATTGGAACCGGTCTTATGGGAGACAATTAAAACATGTACGCCAGCTTATATATTTTTATGTATCCATATATGGGGTTGGAATGCTGTCCTTATTTGGGCCCGAATGCTTCCCGATAAAAATAGTTTGCTCTCCCCTCTTATTTTTATTCAGAGATGTGAAAGGGCGGACGGTGACGTTACCCCTTTCTCAAATGCCAGGGGTCTCGTGATTGCATTTTCTTCATTGCGGATTCTCATTTGGGCATAATTATACACATATAAATCGATAAAAATTCTTGACATTCCTTTTGTTGGCGTGGATACGCCTTTTTCTTTTCTTCCGTTTGCGGGCATACATTTTTACGACGAATTAAACTCTTTTGACCGCGGGGGGGACCATTTTACACATTTTTGTTTTGGCACCGAGTTAATTTATTTCCGGTTGGATATTCCAATATTCCAGAAGGGAAAAGAACTTGGTGTTGGATATTAGCATATGCATGGTTTTGGTTATGTTGGCCACAATTTACGTGGATGAATGAACCGGCTATTACTCGCACATATATGCGTCCACGGATAAATTTAGTGTTGCACTTCAGGACCAATAATAAGCCTCATTTTGAGCTGGTTATTTTTTTACGTGGGGTTACGGGTGTTTGCAATCTCATGAATACCTCAGAACTATAGTGTGCCATTCATAGTTTTCATGGGCGTTTGCATTTGGGGTTATCATGTATCTTTTACGGTTATTTAACCTATTCTAAATCATTATTCATTTATGGGTAATTACTTTTCCCACATTTTGGTTGCGGATCCCGCGTATCGATACCGAAATAATTCTGAAATATTCTCTTGGTCTAATTCTTTTTCATATTTATATATATATTGGATCATATAACACGATATTTTTTCTTAAATCCTCTCATGATGTACAAACTCCCCTCGACATCTAAAGACTCCATTTAGAATTATGCACTGTCAATTAATACAAAAGGCTCCCTTATGACAATATTTTTCAGACAACTTATATTTATATATACATTTGTGCTATTATTTAATTTTTTAAAATAATAACGTTTTTTGAGGCAATATGATTATTGACATTTCCGCATACTTATTTATGCCTCCTCTTCGTTCTTACTTTGAGACTAAAACCTTATACCTAATCATGGCACATGTATGAGTAGATATCGATTAAAAGTGATTGATCTAATATCATCAAGAAATTTCAATTCGTTTTGAGTGAAACGATATTTCCATAAAACAATCGATTTGTACGCACGAGTATCATCTGACATCCTCTTGGGTAAATGAGCAACCGGCGCTAACAACAGTTTTATAACGCCGGATTATAGGCATGTCGAATTGGGGCAACAAGTTATCCATGTATGAAGATTCATAAAATTATAATGATAAAATA--TCTTGAGATGAACAGTCTGTTCTATTATTATTTTATTTTATAAAATGACCTTATAAAATCTAAATTTTATTTATAATTACTATTTAAAATATTATTTATAAAAAATTTAATTAATTAATATTCAAATAATTAATTATAAATCAATTATATTTTTTATTTTTAATTAGTATATAATAGATTTTTATTTAATTTAATTAATATTATATCAATAATAAAATATATTTAAAATACATAATTTAAAAATATACATATATTATTATTTATAAGTAATCTTTTAAAAAAATTTTAAATTTAAATAAAATTGATCTATTAAATTTAATTTATATATTAAAAATATTTAAATATATATTCTAAAAATAATTCATTAAAATAAAAATCATTTTTCTTTTTACTTTTTATAGTATTTAGATTCACTATAAAAATTTAAATATCCATTATTAATCTATCATATTATTATATCTTTTAAATTTAATATTTCATTATATTTTTAATATTAAATATAATATTATAACATTCATATATTATTTAATCGACATTTTTATACATAAAACTTTTCTAATTATATATAAATAAATATTTTTTTATAAAAAACAATATTACTTTATTTTTATATATTTATATTTTATTAAATTTAATATTACTTCTTAATTATATATTATATTTTAATATTACTATATCATTTACAATTATTAAATAAAGAATTTCAAATTATTTTTTTTATTTAATAATTGATTTTATTTTAATAAATTTTATTTT-AATCAGAAGCTA-------TAATATGGCAGACTATATGTAATGGATTTAAACCCCATTTATAAAGG----AATATCCTTTTTTTAGAA-TTAAAGTCTAATCTGCCCACTGATTTA-AAAA---TTAAAGGGCTGCAGTATATTGACTGTACAAAGGTAGCATAATCAATAGTCTTTTAATTGAAGACTTGTATGAAAGATTTAATGAAATATAAACTGTCTCTAAATTATAAATTGAAATTAATTTTTTAATTAAAAAGTTAAAATAAATTAAAAAGACGAGAAGACCCTATAGAGTTTTATAAT---TATAATTTTT-AATTTTTTTTTTATATA---ATAA---ATATAAAAAAAA---TTATAATTATTTTATTGGGGTGATAGAAAAATTAAATTAACTTTTTTT--TATAGAAAAT--------TACATAAATAAGTGATTAAATGATCCA-TAATTTATGATTAAAAGAAAAAATTACCTTAGGGATAACAGCGTAATTTTTTCTTTTAGTACAAATAAAAGAAAAAGGTTGCGACCTCGATGTTGGATTAAGATAAAATTTAAATGCAAAAGTTTAAAATTTTGATCTGTTCGATCATTAAAATCTTACATGATCGGACACGTCGACTCCGGCAAGTCCACCACCACCGGCCACTTGATTTACAAATGTGGTGGTATCGACAAACGTACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGAAGCCCAGGAAATGGGCAAAGGTTCCTTCAAATACGCCTGGGTGTTGGACAAACTGAAGGCTGAGCGTGAACGTGGTATCACCATTGATATTGCTCTATGGAAGTTCGAAACCGCAAAATACTACGTCACCATCATCGATGCTCCCGGACACAGAGATTTCATCAAGAACATGATCACCGGTACGTCTCAGGCCGATTGCGCCGTGCTCATCGTCGCCGCCGGTACTGGTGAATTCGAAGCCGGTATCTCTAAGAACGGACAGACCCGTGAGCACGCCCTGCTCGCCTTCACACTCGGCGTCAAGCAGCTGATTGTTGGAGTAAACAAAATGGACTCCACTGAGCCACCATACAATGAGGCTCGTTTCGAGGAAATCAAGAAGGAAGTATCTTCTTACATCAAGAAGATCGGTTACAACCCAGCTGCCGTTGCTTTCGTACCCATTTCTGGCTGGCACGGAGACAATATGTTGGAGGCATCCACCAAGATGCCCTGGTTTAAGGGATGGCAAGTGGAGCGCAAGGAAGGTAAGGCTGACGGTAAATGCCTCATTGAGGCCCTCGACGCCATCTTGCCCCCAGCGCGTCCCACCGACAAGGCCCTCCGTCTTCCCCTTCAGGACGTCTACAAAATCGGTGGTATTGGTACAGTGCCAGTAGGCAGAGTAGAAACTGGTGTCCTGAAACCCGGTACCATTGTTGTCTTCGCTCCTGCTAACATCACTACTGAAGTTAAGTCCGTTGAAATGCACCACGAAGCTCTCCAAGAGGCTGTGCCCGGAGACAATGTAGGTTTCAACGTAAAGAACGTGTCTGTCAAGGAATTGCGTCGTGGTTATGTCGCTGGTGACTCCAAGAACAACCCACCCAAGGGTGCCGCTGACTTCACCGCACAAGTAATTGTACTCAACCACCCTGGTCAAATCTCCAACGGATACACACCTGTGTTGGATTGCCACACAGCTCACATTGCCTGCAAGTTCGCTGAAATCAAAGAAAAGGTTGACCGTCGTTCTGGTAAATCCACTGAAGACAATCCTAAATCTATCAAATCTGGTGACGCTGCCATCGTCAACCTCCAACCATCGAAACCTCTGCACAGTCAAGACTTGTTGGATGAGGCTTCCTAGCTTTAGGTCCGTGGGGGACGCCTTGAAGGATCGCTTCGATGGAGCCTCGCGGGTCATGATGCCTAATACGGAAGTTGAAGTGCCTGTTCAGAGGAATGACGCCGCTGCGCACAGAGTTCCTCGAAGAGATCGGTATAAATTCCAACTTCGACCACATAACCCTGATCATAAAACACCTAGCGTCAAGGATTTGGTTTACTTAGAACCATCACCGGGTTTCTGCGAGAAAAACCCGAGGCTGGGCATTCCCGGCACGCACGGGCGTGCCTGCAACGATACTAGCATCGGCGTCGACGGCTGCGATCTCATGTGTTGCGGCCGCGGATACCGGACCGAGACAGAGCGTGGCGAGACGCGGCTCACACGCAACAAGCGCGCCGCGCCAAGAAGAGGGCACCGTGGGCACCATAAACGCAAGGAGGCCCGCGAGATTTGCCAGCGTAGACCGTTGTTTGTGGACTTTGCTGACGTGGGTTGGAGTGATTGGATCGTAGCTCCACAGGGATACGATGCGTACTACTGTCAAGGCGACTGCCCGTTTCCTTTGGCAGATCATCTTAATGGCACGAACCACGCCATCGTGCAAACTCTCGTTAATTCAGTGAACCCCGCGGCAGTGCCTAAGGCGTGCTGCGTTCCTACGCAACTTTCCTCAAGGAAATGGAAGAAAAAGTTTCCTCAACCCTGTCCGGTCTTGAAGGTGAACTCAAGGGTACTTTCTACCCCCTGACTGGCATGTCCAAGGAGACCCAGCAACAGCTCATCGATGACCACTTCCTCTTCAAGGAGGGTGACCGTTTCCTCCAGGCCGCCAACGCTTGCCGCTTCTGGCCCTCTGGCCGTGGTATCTACCACAATGAGAACAAGACTTTCTTGGTGTGGTGCAATGAGGAGGACCACCTCCGCATCATCTCCATGCAAATGGGTGGTG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	Heliconius_elevatus_09_270_Pe              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	Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG          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	Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe        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	Heliconius_erato_hydara_440_FG             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	Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG         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	Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E        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	Heliconius_erato_petiverana_618_P          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	Heliconius_hecale_WOM_P                    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	Heliconius_sapho_2739_P                    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	Heliconius_wallacei_04_200_Pe              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	Heliconius_wallacei_286_FG                 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;



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BEGIN TREES;
	Title starBEAST_gene_phylogeny;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Eueides_aliphera_555_P,
		2 Eueides_aliphera_8594_Pe,
		3 Eueides_aliphera_875_P,
		4 Eueides_aliphera_NW126_2_B,
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		6 Eueides_lybia_556_P,
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		21 Heliconius_cydno_weymeri_221_C,
		22 Heliconius_doris_02_1939_Pe,
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		28 Heliconius_elevatus_09_270_Pe,
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		49 Heliconius_heurippa_2417_C,
		50 Heliconius_heurippa_8_C,
		51 Heliconius_heurippa_WOM001_C,
		52 Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo,
		53 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E,
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		55 Heliconius_melpomene_malleti_16550_B,
		56 Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG,
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		61 Heliconius_melpomene_rosina_811_P,
		62 Heliconius_melpomene_rosina_845_P,
		63 Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C,
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		68 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe,
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END;


BEGIN TREES;
	Title starBEAST_species_phylogeny;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 Eueides_aliphera_555_P,
		2t Eueides_aliphera_8594_Pe,
		3t Eueides_aliphera_875_P,
		4t Eueides_aliphera_NW126_2_B,
		2 Eueides_lybia_02_2001_Pe,
		6t Eueides_lybia_556_P,
		7t Eueides_lybia_8691_Pe,
		3 Heliconius_aoede_09_347_Pe,
		9t Heliconius_aoede_8198_FG,
		10t Heliconius_aoede_8569_Pe,
		11t Heliconius_aoede_8572_Pe,
		4 Heliconius_clysonymus_2_C,
		13t Heliconius_clysonymus_8037_P,
		14t Heliconius_clysonymus_9211_E,
		5 Heliconius_cydno_alithea_8509_E,
		16t Heliconius_cydno_chioneus_553_P,
		17t Heliconius_cydno_chioneus_557_P,
		18 Heliconius_cydno_cordula_2096_V,
		19 Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C,
		20 Heliconius_cydno_weymeri_1690_P,
		21 Heliconius_cydno_weymeri_221_C,
		6 Heliconius_doris_02_1939_Pe,
		23 Heliconius_doris_846_P,
		24 Heliconius_doris_847_P,
		25 Heliconius_doris_8645_Pe,
		26 Heliconius_doris_8684_Pe,
		27 Heliconius_doris_8697_Pe,
		7 Heliconius_elevatus_09_270_Pe,
		29 Heliconius_elevatus_434_FG,
		30 Heliconius_elevatus_503_FG,
		8 Heliconius_erato_chestertonii_WOM0059_C,
		32 Heliconius_erato_demophoon_8054_P,
		33 Heliconius_erato_emma_NCS1673_Pe,
		34 Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG,
		35 Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe,
		36 Heliconius_erato_hydara_440_FG,
		37 Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG,
		38 Heliconius_erato_lattivita_WOM03_E,
		39 Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E,
		40 Heliconius_erato_petiverana_618_P,
		9 Heliconius_hecale_02_1326_Pe,
		42 Heliconius_hecale_261_C,
		43 Heliconius_hecale_665_P,
		44 Heliconius_hecale_71_C,
		45 Heliconius_hecale_felix_8682_Pe,
		46 Heliconius_hecale_NW70_6,
		47 Heliconius_hecale_WOM_P,
		48 Heliconius_hecale_zuleika_8100_P,
		10 Heliconius_heurippa_2417_C,
		50 Heliconius_heurippa_8_C,
		51 Heliconius_heurippa_WOM001_C,
		11 Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo,
		53 Heliconius_melpomene_cythera_2856_E,
		54 Heliconius_melpomene_ecuadorensis_9111_E,
		55 Heliconius_melpomene_malleti_16550_B,
		56 Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG,
		57 Heliconius_melpomene_melpomene_P,
		58 Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG,
		59 Heliconius_melpomene_plesseni_9156_E,
		60 Heliconius_melpomene_rosina_546_P,
		61 Heliconius_melpomene_rosina_811_P,
		62 Heliconius_melpomene_rosina_845_P,
		63 Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C,
		12 Heliconius_pardalinus_09_371_Pe,
		65 Heliconius_pardalinus_butleri_09_372_Pe,
		66 Heliconius_pardalinus_butleri_MJ2021_CR,
		67 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_200_Pe,
		68 Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe,
		13 Heliconius_sapho_260_C,
		70 Heliconius_sapho_2739_P,
		71 Heliconius_sapho_8126_E,
		14 Heliconius_sara_8211_FG,
		73 Heliconius_sara_850_P,
		74 Heliconius_sara_8571_Pe,
		75 Heliconius_sara_8862_P,
		15 Heliconius_timareta_09_57_Pe,
		77 Heliconius_timareta_8520_E,
		78 Heliconius_timareta_9178_E,
		79 Heliconius_timareta_9223_Pe,
		16 Heliconius_wallacei_04_200_Pe,
		81 Heliconius_wallacei_286_FG,
		82 Heliconius_wallacei_8687_Pe,
		83 Heliconius_wallacei_flavescens_8132_E,
		84 Heliconius_wallacei_flavescens_8687_Pe,
		17 Heliconius_xanthocles_8609_Pe,
		86 Heliconius_xanthocles_8758_Pe,
		87 Heliconius_xanthocles_9106_E;
	TREE starBEAST_species_tree_MCC = ((2:8.235372027813963,1:8.235372027813963)1.000:9.254693166564993,(((8:3.3634465224927026,4:3.3634465224927013)0.950:0.8868699843369248,(14:2.0847359095960556,13:2.0847359095960556)1.000:2.165580597233568)0.978:6.4103709304189005,((3:7.62556578450784,(6:3.0005118657645795,17:3.0005118657645795)1.000:4.62505391874326)0.753:0.8278753528060454,(16:7.725010437328351,((9:1.2963820587203125,(7:0.1740879443526541,12:0.1740879443526541)1.000:1.1222941143676566)1.000:0.610412605208531,(11:0.7966652591942911,(5:0.6249301407950199,(10:0.16269200186465507,15:0.16269200186465507)1.000:0.46223813893036475)1.000:0.17173511839927125)1.000:1.1101294047345514)0.978:5.818215773399501)0.859:0.7284306999855383)0.977:2.2072462999346456)1.000:6.829377757130413)1.000;

END;


BEGIN LABELS;
	CHARGROUPLABEL 'Co I/II codon positions 1 and 2' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 'Co I/II codon position 3' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 'tRNA-Leu' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 16S;
	CHARGROUPLABEL Ef1a COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Wg COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Dpp COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL ArgK COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Cad COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Cmdh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Ddc COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Gapdh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Idh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Rps2 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Rps5 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Aact COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Cat COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Gts COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Hsp40 COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Lam COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Tada3 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Trh COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Vas COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Hcl COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix2;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix3;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix4;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix5;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix6;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix7;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix8;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix9;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix10;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix11;


END;

BEGIN SETS;
	CHARSET cox_12   =   1 -  1489;
	CHARSET cox_3   =   1490 -  2234;
	CHARSET tRNA   =   2235 -  2311;
	CHARSET 16S   =   2312 -  2845;
	CHARSET EF1a   =   2846 -  4034;
	CHARSET wg   =   4035 -  4408;
	CHARSET dpp   =   4409 -  4723;
	CHARSET argK   =   4724 -  5331;
	CHARSET cad   =   5332 -  6141;
	CHARSET cmdh   =   6142 -  6931;
	CHARSET ddc   =   6932 -  7270;
	CHARSET gapdh   =   7271 -  7992;
	CHARSET idh   =   7993 -  8670;
	CHARSET rps2   =   8671 -  9088;
	CHARSET rps5   =   9089 -  9703;
	CHARSET aact   =   9704 -  10446;
	CHARSET cat   =   10447 -  11185;
	CHARSET gts   =   11186 -  12121;
	CHARSET hsp40   =   12122 -  12660;
	CHARSET lam   =   12661 -  13540;
	CHARSET tada3   =   13541 -  14297;
	CHARSET trh   =   14298 -  14974;
	CHARSET vas   =   14975 -  15696;
	CHARSET hcl   =   15697 -  16457;

END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  16457;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  16457;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  16457;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
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		timeSaved 1395293527257;
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		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 7981904205226251722;
			mqVersion 275;
			checksumv 0 3 3244716235 null  getNumChars 16457 numChars 16457 getNumTaxa 87 numTaxa 87   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 2.6716454E7 sumSquares -2.8961388195723986E21 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState true false 327;
			setPopoutState 400;
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			getToolPalette;
			tell It;
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			setActive;
			desuppress;
		endTell;
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end;