#NEXUS
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BEGIN TREES;
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		24 Heliconius_melpomene_melpomene_P,
		25 Heliconius_wallacei_04_200_Pe;
	TREE Eueides_ML = ((23:0.040335108854422444,(24:0.0385305606129234,25:0.04335844095034697)100:0.014507716142468938)100:0.03740737035667307,(((4:0.01222000992472649,(1:0.003214371249922554,(2:0.0035337999403592026,3:0.0011400103490206734):3.4020948733384717E-4)57:0.005934034961963824)97:0.029053358174258293,((19:0.0032287564693167935,20:0.026317878801943573)100:0.033249543267006375,(11:0.00890239622202409,(10:0.0079899844442541,12:0.005825709200845172)100:0.007086827562162911)100:0.03042434072996333)97:0.007616888223539224)100:0.008993726291771819,((18:0.010116705667669612,(16:5.13375433271447E-6,(15:0.00744379605229135,17:9.673596564550019E-4)77:0.0020550167426292296)88:0.017045740125604444)76:0.017162050620482268,((14:0.024677526886232107,(6:0.02664119961628207,9:0.03526988472837479)37:0.002759700083188039)45:0.003557802295347206,(7:0.026434631831793627,(13:0.014693296962209822,(8:0.005453313949033362,(21:4.979633682581196E-4,22:5.486154973131278E-4)100:0.009116286223030136)68:0.0028610640909470905)100:0.014549575845724244)98:0.007960503864701087)61:0.005195566703890928)96:0.010723655371874025)99:0.03740737035667307);

END;


BEGIN LABELS;
	CHARGROUPLABEL 'Co I/II codon positions 1 and 2' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 'Co I/II codon position 3' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 'tRNA-Leu' COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL 16S;
	CHARGROUPLABEL Ef1a COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Wg COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Dpp COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL ArgK COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Cad COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Cmdh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Ddc COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Gapdh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Idh COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Rps2 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Rps5 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Aact COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Cat COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Gts COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Hsp40 COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Lam COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Tada3 COLOR = (RGB 1.0 0.03529412 0.41960784) ;
	CHARGROUPLABEL Trh COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Vas COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Hcl COLOR = (RGB 1.0 1.0 1.0) ;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix2;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix3;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix4;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix5;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix6;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix7;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix8;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix9;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix10;
	CHARGROUPLABEL Character_Matrix11;


END;

BEGIN SETS;
	CHARPARTITION * UNTITLED  =  'Co I/II codon positions 1 and 2' :  1 -  1489, 'Co I/II codon position 3' :  1490 -  2234, 'tRNA-Leu' :  2235 -  2311, ArgK :  2312 -  2919, Cmdh :  2920 -  3709, Dpp :  3710 -  4024, Gapdh :  4025 -  4746, Idh :  4747 -  5424, Rps2 :  5425 -  5842, Rps5 :  5843 -  6457, Tada3 :  6458 -  7214;

END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  7214;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  7214;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  7214;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1395293540923;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 8642830030471810019;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 538279171847014995;
			mqVersion 275;
			checksumv 0 3 360124160 null  getNumChars 7214 numChars 7214 getNumTaxa 25 numTaxa 25   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 2735563.0 sumSquares -4.842270319348755E20 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState true false 327;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 952 464;
			setLocation 206 56;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			setActive;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #538279171847014995 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 0 -67;
					setLocation 206 56;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				hideWindow;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;