NEXUS
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[Matrix accession#: M3148]

BEGIN TAXA;
	TITLE M3148;
	DIMENSIONS  NTAX=7;
	TAXLABELS
		Fahrenholzia_pinnata	Pedicinus_badii	Pedicinus_hamadryas	Pthirus_gorillae	Pthirus_pubis	Pediculus_schaeffi	Pediculus_humanus
	;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE M3148;
	DIMENSIONS NCHAR=1203;
	FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? GAP = -  ;
	MATRIX
		Fahrenholzia_pinnata       CTGGTTCCTATTTTCTTAGGCGCGCCTGATATGGCTTTCCCTCGGATGAATAATTTAAGATTTTGACTTTTAGTCCCGTCAATAATTTTCTTATTAGCGAGAAGAGTAGGAGGCGGGGGAGTTGGGACTGGTTGGACAGTTTATCCTCCTTTAGCCTCTTTAACAGGCCAGCCCGATTGTTCTGTTGATTTGGCTATTTATAGTTTACATTTGGCCGGGATTAGTTCAATTTTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACAATTGTGAATTCATGGCGTTGAAAAACA------AATCTTTTACCTTTGTTTTGTTGGGCTGTATTAATCACAGCTATTCTGTTGTTATTGTCCTTGCCTGTTCTAGCAGGAGGAATTACGATACTTCTTTTAGATCGAAATTTAAACTGCTCATTTTTTGACCCCTCTGGAGGGGGTGATCCTGTTTTATACCAACATTTGTTTTGATTTTTTGGGCACCCAGAAGTGTATATTCTTATTTTACCAGCCTTCGGCCTTATTTCCCATATTATTCTGGATGAAAGAGGGAAAAAAGAAGTGTTTGGCACGTTGGGAATAATTTATGCTATGTTAGCCATTGGAGTTTTGGGGTTTGTTGTTTGAGCCCATCACATATTCACTGTTGGATTAAATGTTGACACTCGCGCTTACTTTTCTAGTGCTACAATAATTATTGCAGTTCCTACTGGGATCAAGGTTTTTAGATGGATCGCTACTTGATTTGGTTCAAAAATAAAATGAAGAGTGCCTAATTTGTGGAGATTAGGATTTGTATTCTTGTTTACAATTGGAGGTTTAACAGGCCTAATGTTA---------------------------AAGAACGTGTCCGTGAAGGAATTGCGCCGTGGATACGTTGCAGGCGACTCGAAGAACAACCCTCCGAAGGCCGCTGCTGACTTCCTTGCTCAGGTCATTGTGTTGAACCATCCCGGACAGATTTCAAACGGCTACACGCCCGTCTTAGATTGCCACACGGCCCACATAGCATGCAAATTTGCGGAAATTAAGGAGAAATGCGACCGCCGTACCGGAAAGACCACCGAGGAGAACCCGAAGAGCATCAAGTCCGGAGACGCCGCCATCGTGAATTTGGTGCCGTCTAAGCCAATGTGCGTCGAGTCTTTCTCCGAATTTCCTCCACTCGGCCGTTTCGCCGTACGT
		Pedicinus_badii            TTAGTTCCAATTATATTAGGAGCTCCAGATATGGCTTTTCCGCGGATAAACAATATGAGTTTTTGACTTTTATTTCCTTCATTTTGTTTATTGCTTCTTGGAGGTTCAACAAGATTTGGAATTGGTACTGGATGAACAGTTTATCCTCCTCTAAGAGGTTTAGATGCCCATCCAGGCTTGTCAGTTGATTTTTCAATTTTTAGTCTTCATTTAGCAGGAGCAAGGTCGATTATGGGGGCTATTAATTTTACTTGTACAATTTTTAACATGTGACCTTCGTCTATTTCATTCCATCGAATGCCTTTATTTTGCTGGTCAGTTTTAATTACTGCTTTTCTTTTACTTTTGAGATTGCCAGTTTTGGGTGTTGGGTTAACAATACTTTTATTAGATCGAAATTTTAATTGTTCTTTTTTTGATCCTTTAGGTGGTGGAGATCCAATTCTTTATCAGCATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTGATTTTACCAGGATTTGGTTTAATTTCACATATAATTCTAGATGAGAGTGGAAAAACTGAAGTTTTTGGGGTTTTAGGGATAATTTATGCTATGTCGGCAATTGGCATTTTAGGATTTGTTGTGTGGGCTCATCACATGTTTACAGTAGGTCTTGATGTTGATTCTCGGGCTTATTTTACTAGAGCTACGATAATTATTGCCGTTCCCACAGGTGTAAAAGTATTTAGATGGTTAAGAACTTTATTTGGAGGAAAGTTGAATTATTCAGTAACAGTTCTGTGATCATTAGGTTTTGTATTTTTATTTACCGTTGGTGGATTAACTGGTTTAGTGTTATC-------------------------AAAAATGTTTCCGTTAAAGAATTGCGTCGTGGATATGTAGCAGGTGACTCAAAGAACAATCCACCAAAGGCTGCTGCTGACTTCCTTGCACAGGTTATTGTTTTGAACCACCCAGGACAGATTTCAAACGGTTATACACCCGTATTAGATTGCCACACGGCCCATATAGCTTGCAAGTTTGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACTGGAAAAACAACTGAGGAAAATCCGAAGAGCATTAAATGTGGAGACGCTGCCATTGTTAACTTGGTTCCGTCTAAGCCTATGTGCGTAGAATCTTTCTCCGAATTCCCTCCTCTTGGTCGTTTTGCTGTTCGT
		Pedicinus_hamadryas        --------AATTATATTGGGGTCTCCTGATATAGCCTTTCCACGAATAAATAACATGAGATTATGACTTTTATTTCCATCTCTTTGCCTCCTTTTGATGGGAGGGTCGATTAATTCTGGAATTGGGACAGGATGGACAGTTTACCCGCCATTAAGGGGGCTTGAAGCTCATCCTGGGTTATCAGTTGATTATTCAATTTTTAGTCTTCATCTTGCTGGAGCAAGGTCAATTATGGGTGCAATTAATTTTATTTGCACAATTATTAATATGTGACCTTCTTCATTTTCTTTTCACCGGATACCTCTCTTCTGTTGATCTGTTTTAATTACTGCTTTTTTATTACTTCTTTCACTTCCTGTTTTAGCAGGAGCAATTACTATGCTTCTATTAGATCGGAATTTTAATTGCTCATTTTTTGATCCACTTGGTGGCGGAGATCCAATTTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCAGAGGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGCTTAATTTCACACATAATCGTTGATGAAGTCGGAAAAAAGGAAGTCTTCGGCTCCTTGGGCATGATTTATGCTATAGCCGCTATTGGAGTTCTTGGATTTGTGGTGTGGGCTCACCATATATTTACAGTTGGATTAGATGTTGACTCACGGGCCTATTTTACTAGAGCCACAATAGTGATTGCAGTGCCAACTGGAATTAAAGTGTTCAGGTGATTGAGAACTTTATTTGGAGGAAAATATTCATTTTCAGTACCTCTTTTATGGTCTTTAGGGTTTGTATTCCTATTCACTGCGGGAGGATTGACAGGATTAGTTCTTTCTAACTCGTCAATCGATGTTGCCTTAAAAAACGTTTCCGTTAAAGAATTGCGTCGTGGATATGTAGCTGGTGACTCAAAGAACAATCCACCCAAAGCTGCTGCTGACTTCCTTGCACAGGTCATTGTTTTGAACCACCCTGGACAGATTTCAAACGGTTATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCCCACATAGCTTGCAAGTTTGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACTGGAAAAACAACCGAAGAAAACCCCAAGAGCATCAAGTGTGGAGACGCTGCCATCGTTAATTTGGTTCCGTCTAAGCCCATGTGCGTAGAGTCTTTCTCCGAATTCCCTCCTCTTGGTCGTTTTGCCGTTCGT
		Pthirus_gorillae           TTAGTTCCTTTATTCTTAGGTGCTCATGATATGGCTTTTCCTCGGATGAACAATATAAGCTATTGACTGATTATACCCTCTGGAATTTTATTAATTGCTAGTTCGGTAGTCCAAGGTGGAACAGGTACCGGCTGAACTGTTTACCCTCCTCTTAGTTCACTGGTAGGTCAGCCTTCTTTGTCGGTGGATTTCACTATCTTTAGCCTGCATTTAGCGGGTGTAAGTTCTATTTTAGGCTCAGTAAACTTTATTAGAACGATTTTAAATATATGACCTTCAAGGCTGAAGATTTTTCGACTGCCTTTGTTCTGTTGGTCTGTTTTGGTTACAGCTTTCTTGCTATTACTATCTTTACCTGTACTCGCGGGTGCTATCACTATGCTACTACTAGACCGGAACTTTAATTGTTCTTTTTTCGACCCTCTAGGGGGGGGCGACCCTATTCTCTATCAGCATCTTTTTTGGTTTTTTGGGCATCCTGAGGTATACATCTTGATTCTTCCCGGGTTCGGGCTAATTTCCCACATGGTTGTTGATTTAAGAGGTAAGAAGGAGGTGTTCGGTTCTTTAGGAATGATCTATGCTATAGTGTCGATCGGTGTCTTAGGTTTTGTTGTTTGAGCCCACCATATATTTACTGTTGGGTTAGACGTAGATAGCCGTGCTTACTTTACTAGAGCCACTATAACTATTGCTATCCCGACGGGAGTAAAGGTTTTTAGCTGGTTAGGTACTTTATTTGGGCCTAAACTTCAATTAAGAGTAAGATTACAGTGGTCTTTAGGATTCATTTTCTTATTCACTGTTGGAGGCCTCACGGGGATTATTTTATCTAACTCGTCAGTTGACGTGCTTCTCAAAAACGTTTCCGTCAAGGAATTGCGTCGTGGATATGTTGCTGGTGATTCTAAGAACAATCCACCAAAAGCAGCTGCTGATTTCTTAGCTCAAGTTATTGTGCTAAATCACCCAGGACAAATTTCAAATGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCACACGGCTCACATAGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACTACTGAAGAAAACCCCAAGAGCATTAAGACAGGAGATGCAGCCATTGTTAGTTTGGTTCCATCTAAGCCCATGTGCGTTGAGTCTTTCTCCGAGTTTCCGCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTTCGT
		Pthirus_pubis              TTAGTTCCTTTATTTTTAGGTGCTCCTGACATGGCTTTCCCCCGGATGAACAATATAAGCTATTGGCTGATTATGCCCTCTGGGGTTCTGTTAATTGCGAGTTCAATAATCCAAGGTGGAACAGGTACTGGCTGGACTATTTATCCTCCGCTAAGTTCTTTAGAAGGCCAACCTTCTTTATCAGTGGATTTTACCATCTTTAGCCTCCATTTAGCTGGAGTAAGTTCTATTTTAGGCTCAGTAAATTTTATTAGGACAATTTTAAATATATGACCTTCTAGGTTAAAGATTTACCGGTTACCTTTGTTCTGCTGGTCTGTCTTAATCACGGCCTTTTTGCTTCTACTCTCTTTACCTGTACTTGCGGGTGCTATCACTATGCTACTATTAGATCGGAATTTTAATTGTTCTTTTTTTGACCCTCTAGGTGGAGGTGATCCTGTTCTTTACCAGCATCTTTTTTGGTTTTTTGGTCATCCTGAGGTTTATATCTTGATCTTACCTGGGTTTGGATTGATCTCTCATATGGTTGTTGACTTGAGAGGTAAGAAAGAAGTCTTTGGTTCATTAGGAATAATCTACGCTATAGTATCGATTGGTGTTCTAGGGTTTGTTGTTTGAGCCCACCACATGTTCACTGTTGGTCTAGATGTAGATAGACGTGCTTACTTTACTAGAGCTACTATGACCATTGCTATTCCAACGGGAGTAAAAGTCTTTAGCTGATTAGGTACTCTATTTGGCCCTAAACTTCACTTAAGAGTGAGGTTGCAGTGGTCTCTGGGATTCATCTTTTTATTTACTGTTGGAGGCCTGACAGGGATTATTCTATCTAACTCGTCAGTTGACGTTCTTCTTAAAAACGTTTCCGTCAAGGAATTGCGTCGTGGCTATGTTGCTGGTGATTCTAAGAACAATCCACCAAAAGCAGCTGCTGATTTCTTAGCTCAAGTTATTGTGCTAAATCACCCAGGACAAATTTCAAATGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCACACGGCTCACATAGCCTGTAAATTCGCTGAAATTAAAGAAAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACTACTGAAGAAAACCCCAAGAGCATTAAGACAGGAGATGCAGCCATTGTTAGTTTGGTTCCATCTAAGCCCATGTGCGTTGAGTCTTTCTCCGAGTTTCCGCCTCTTGGTCGTTTCGCTGTTCGT
		Pediculus_schaeffi         --------TTCTATGCTAGGTTCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGTTATTGGCTTTTGTCACCTTCTGGAGTTTTATTAATTAGAAGATCTTTAATTCAAGGTGGTGTAGGTACAGGATGAACTGTTTATCCTCCTCTTAGATCTTTGGAAGGGCAGCCTTCTTTATCGGTTGATTTAGCCATTTTGAGACTTCATCTAGCAGGAGTAAGCTCAATTTTAGGGTCTGTAAATTTTATTAGGACTATTTTTAATATGTGACCTTCTTATTTTGGGTTAGTTCGATTACCCTTATTTTGCTGGAGTGTATTGGTAACAGCGTTTTTACTACTTCTTTCTCTACCTGTTTTAGCTGGCGCTATTACCATACTTTTAATAGATCGAAACTTTAATTGTTCTTTCTTTGACCCTTTAGGAGGTGGTGACCCTGTCTTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGGTCATCCTGAAGTTTATATTCTTATTCTTCCTGGATTTGGCTTAATTTCTCATATAGTAGTAGATTGTTGTGGGAAAAAGGAAGTATTTGGTTCTTTAGGAATAATTTATGCCATGTCGGCTATCGGGGCATTAGGGTTTGTTGTATGAGCACATCACATATTTACTGTTGGCTTGGATGTTGACAGTCGTGCTTATTTTACAAGAGCTACAATAACTATTGCTATTCCAACTGGCGTGAAAGTATTTAGATGATTAGGCACTCTGTTTGGCCCAAATTTGAAAAGAAGAATTAGACTTTTATGATCTTTAGGTTTTATTTTTCTTTTTACTTTAGGGGGTTTAACTGGTGTTGTTCTTTCTAATTCATCAGTTGATATCTCACTTAAAAACGTTTCTGTAAAAGAATTGCGTCGTGGATACGTTGCCGGCGATGCTAAAAATAATCCACCAAAAGCTGCAGCTGATTTTCTTGCTCAGGTCATTGTGCTAAATCACCCTGGACAAATATCAAACGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCTCACATAGCCTGTAAATTTGCTGAAATCAAAGAGAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAGACAACTGAAGAAAATCCCAAGAGCATTAAAACAGGAGATGCAGCCATTGTTAATTTGGTTCCATCTAAACCCATGTGTGTTGAATCTTTCTCCGAATTTCCGCCTCTAGGTCGTTTTGCCGTTCGT
		Pediculus_humanus          ----TTCCTTCAATATTAGGGTCTCCAGATATAGCGTTTCCTCGTATAAATAATATAAGCTATTGACTTCTTACTCCCTCTGGTATTTTACTTATTAGTAGCTCATTTGTTCAAGGCGGTGTGGGTACTGGCTGGACTGTTTATCCTCCTCTTAGGTCCTTAGAAGGTCAGCCTTCTGTTTCAGTTGATTTAGCTATTTTAAGTCTTCATTTAGCAGGAGTGAGTTCGATTTTAGGATCAGTAAATTTTATTAGAACTATTTTCAACATATGACCTAAATATTTTGGTTTAGTACGGCTGCCTTTATTTTGCTGGAGGGTGTTGGTAACAGCCTTTTTACTATTACTGTCACTTCCAGTTTTAGCTGGAGCTATTACAATGCTATTAATAGACCGTAACTTCAATTGCTCGTTTTTTGACCCTTTAGGGGGTGGCGACCCTGTTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGGCATCCTGAGGTTTATATTCTTATTCTTCCTGGGTTTGGTCTTATTTCTCATATAGTGGTAGATTGTTGTGGAAAGAAAGAAGTTTTTGGGTCGTTAGGAATAATTTATGCGATATCTGCTATTGGGGCTCTAGGCTTTGTAGTTTGAGCACACCATATGTTTACAGTCGGGTTAGATGTTGATAGACGAGCTTATTTCACTAGTGCTACTATAACAATTGCAATCCCAACGGGAGTGAAAGTTTTTAGGTGATTAGGTACTTTATTTGGCCCAAAATTAAAGAGGAGAATTAGTTTGTTATGGTCTTTAGGATTTATTTTCCTTTTTACAATTGGAGGTTTAACAGGTATTGTTCTTTCTAATTCATCCGTAGATGTTTCACTAAAAAACGTTTCCGTAAAAGAATTGCGACGTGGATACGTTGTTGGTGACGCTAAAAATAATCCACCAAAAGCTGCAGCTGATTTCCTTGCTCAGGTCATTGTGCTAAATCACCCTGGACAAATATCAAACGGATATACTCCCGTATTAGATTGTCATACGGCTCACATAGCCTGTAAATTTGCTGAAATCAAAGAGAAATGTGACCGTCGTACAGGAAAAACAACCGAAGAAAATCCCAAGAGCATTAAAACAGGAGATGCAGCCATCGTTAACTTGGTTCCATCTAAATCCATGTGTGTTGAATCTTTCTCCGAATTTCCGCA----------------------
	;
END;

BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions = 
 N: 859 - 1203 , 
 1: 1 - 856 \ 3 , 
 2: 2 - 857 \ 3 , 
 3: 3 - 858 \ 3 ; 
 CODESET * UNTITLED = Universal: all ; 
 END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
CHARSET Cox1 = 1 - 858 ; 
 CHARSET EF1 = 859 - 1203 ; 
 OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; 
 END;