#NEXUS Begin trees; [Treefile saved Sun Aug 15 14:17:08 2010] [! >Data file = 100815.nex >Heuristic search settings: > Optimality criterion = parsimony > Character-status summary: > Of 1711 total characters: > All characters are of type 'unord' > All characters have equal weight > 1107 characters are constant > 155 variable characters are parsimony-uninformative > Number of parsimony-informative characters = 449 > Gaps are treated as "missing" > Multistate taxa interpreted as uncertainty > Starting tree(s) obtained via stepwise addition > Addition sequence: random > Number of replicates = 100 > Starting seed = 487848258 > Number of trees held at each step during stepwise addition = 1 > Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) > Steepest descent option not in effect > No more than 1 tree of score (length) greater than or equal to 1 will be > saved in each replicate > Initial 'MaxTrees' setting = 1088500 (will be auto-increased by 100) > Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero > 'MulTrees' option in effect > Topological constraints not enforced > Trees are unrooted > >Heuristic search completed > Total number of rearrangements tried = 4415663 > Score of best tree(s) found = 1238 > Number of trees retained = 23 > Time used = 5.64 sec ] Translate 1 'Strobilomyces strobilaceus KEP_4364', 2 'Strobilomyces annulatus KEP_FRI62275', 3 'Strobilomyces foveatus KEP_FRI62579', 4 'Strobilomyces annulatus KEP_FRI62672', 5 'Strobilomyces annulatus KEP_FRI62753', 6 'Strobilomyces foveatus KEP_FRI62957', 7 'Strobilomyces foveatus KEP_FRI69410', 8 'Strobilomyces foveatus KEP_FRI69468', 9 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s111', 10 'Strobilomyces confusus MAK_s170', 11 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s174', 12 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s192', 13 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s223', 14 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s224', 15 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s226', 16 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s227', 17 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s228', 18 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s229', 19 'Strobilomyces seminudus MAK_s243', 20 'Strobilomyces verruculosus MAK_s246', 21 'Strobilomyces hongoi MAK_s249', 22 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s290', 23 'Strobilomyces hongoi MAK_s296', 24 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s305', 25 'Strobilomyces sp. SU-1 MAK_s309', 26 'Strobilomyces mirandus MAK_s310', 27 'Strobilomyces seminudus MAK_s346', 28 'Strobilomyces confusus MAK_s370', 29 'Strobilomyces hongoi MAK_s377', 30 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s380', 31 'Strobilomyces confusus MAK_s381', 32 'Strobilomyces confusus MAK_s384', 33 'Strobilomyces hongoi MAK_s391', 34 'Strobilomyces confusus MAK_s394', 35 'Strobilomyces confusus MAK_s397', 36 'Strobilomyces confusus MAK_s399', 37 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s404', 38 'Strobilomyces confusus MAK_s416', 39 'Strobilomyces confusus MAK_s421', 40 'Strobilomyces hongoi MAK_s426', 41 'Strobilomyces seminudus MAK_s428', 42 'Strobilomyces hongoi MAK_s429', 43 'Strobilomyces hongoi MAK_s434', 44 'Strobilomyces seminudus MAK_s458', 45 'Strobilomyces seminudus MAK_s461', 46 'Strobilomyces seminudus MAK_s462', 47 'Strobilomyces seminudus MAK_s465', 48 'Strobilomyces strobilaceus MAK_s563', 49 'Strobilomyces foveatus KYO_st89', 50 'Strobilomyces foveatus KYO_st90', 51 'Strobilomyces foveatus KYO_st91', 52 'Boletus reticulatus KYO_yk457', 53 'Retiboletus nigerrimus KYO_yk536' ; tree PAUP_1 = [&U] (1:30,(((((((((2:1,5:0):1,4:2):59,(52:98,53:106):77):37,(((((3:0,8:0):0,50:0):0,49:2):3,(6:0,(7:0,51:0):1):3):84,(((((10:0,28:1,36:1):1,31:0):1,39:2):17,(((((((19:0,41:2):1,45:0):0,44:0):2,(27:0,46:0):8):1,47:1):31,(32:2,(34:0,(35:1,38:1):0):1):16):9,((((21:0,29:2,(40:0,43:0):1):1,23:0):0,33:0):1,42:2):17):10):32,20:72):24):34):55,25:69):44,9:19):5,((((13:0,18:0):1,17:1):2,30:3):10,(14:0,(15:0,16:0):1):14):15):3,(22:32,24:25):3):1,(26:21,48:32):1):3,(11:31,(12:13,37:22):8):5); tree PAUP_2 = [&U] (1:30,(((((((((2:1,5:0):1,4:2):59,(52:98,53:106):77):37,(((((3:0,50:0):0,49:2):0,8:0):3,(6:0,(7:0,51:0):1):3):84,(((((10:0,28:1,36:1):1,31:0):1,39:2):17,(((((((19:1,41:1):3,(27:0,46:0):7):0,45:0):1,44:0):1,47:1):31,(32:2,((34:0,35:1):0,38:1):1):16):9,(((21:0,(29:2,((33:0,40:0):0,43:0):1):0):1,23:0):1,42:2):17):10):32,20:72):24):34):55,25:69):44,9:19):5,((((13:0,18:0):1,17:1):2,30:3):10,(14:0,(15:0,16:0):1):14):15):3,(22:32,24:25):3):1,(26:21,48:32):1):3,(11:31,(12:13,37:22):8):5); 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