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Felis_silvestris 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Felis_margarita 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Leopardus_geoffroyi 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Leopardus_tigrinus 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Pardofelis_temminckii AAATCCAACTTACAAGTTCTTTGAGCAGATGCAGAACTAGACCACCGCCACAGCAGCCTCTCGAGTTGGACAGCAGAAACCATTGCTTCACGACCCATCGGTGTTCATTTATAGAATAATGTGGAAAAGAAACAAACCCTCCCGTTTTCTTCTTTACTCATTATCGCCTTTTGACAGCCGTGCTGTAACACAAGTAGATGCCTGAACTTGAATTAATCCACAAATCAGTAATGTATTCTCTCTCTTTACATTTTGGTCTCTACATTATTAATGGGTTTCGTGTACTGTAAAGAATGTAGCTGTATCAAACCTAGTGCATGAATAGA-TTCTCTCCTGATTATTTATCACGTAGCCGCTTAGCCAGTTGAATATTATTCTTGTGGTTTGTGACCCAATTAAGTCCTACTTGAAATATGCTTTAAGAATCGATGGGGGATGCTTCATGTGAACGTGGGACTATAGCTGCTTCTCTTGCCTAAGTATTCTTTTCCTGATCACTATGCA-TTTTAAAGTTCAGCATTTTTAAGTATTCCAAATGATTTCGAGAA--TTTTTTTTCCATGATTGCATTTTACTGTACAGATTGCTGCTTCTGCTATATTTGTGATATAGGAATTACGAGGATACACATTTATTTCTTTGCTACATGGAAAGAAAATCCAGGAAGTATGCAAAGTAGACACCAGGATACTCGGCATATATAATTTAATCAGAGATCACACAATATGACATAAAAACAGCAGTTGACTAGAATAATTGTAATTTGCAACACGTGAAAACAGTTTAGAAAATGGATTAAGGTCATACTCTCTGACAGTAGGCTTGTTGGAAATACAGATGTAGAATCAGACAGATTTATGTTTCATCTGGTGCTACTCTTCCTTGTCATCAAATTAACTTGAACCAATAGCTTGGTATGGATTCAAGCAGTAGACGTATTGTTGATTAATTAACTAAGTCTTGTCTAGTGAGACTGTTAACCTCATAGAGCCACAAATAACTAACTATTGATTGATATTTTGGTATTTTAGATGCAAAAGCACATTCCTCCTAATAATTGGAAATACAGCTTAAGACTATCTTGTGGGACAGACCTATGATTGTCTGAAGCGGTAACTTGTTAGGTATAATTCTCCTATTCAGTGACAAATGTGCATTTACACATCAGAGACTAGAATTTTAGAGATTAATCCTAGTGGGATTTTTAGGGAAATCACGTCCAACTATATTTGTGACAGCAAGAATGTGTTCGGTTATTTTTTGTTCCC-AGTTGGGTGTATTGGCTGGCCTGAGCCTAA----GACGTTCTTTTCCAATCATGTAGTTACAAAAACTGTACATTACAAACAGTGTAGAAACAAGCCGAAAAGAAAGTGCCACACATCCTGGGTAATTAGCTATATGCAGTTAAATTTACAGATACAAAAGAAAATACAGCCTACTCCCTTATAGTGCACAGTTAATAATGTAAGCTTCGTGACTTGAAACCCACACCTCCGGGTTTAAATGATCCAATACGTGAACACAGATGGATGGGTTTGTCCTGAGGAGTAGGCTGGCATTCAAGGGGCAGC------------------ATTGGTGACCACCTCTAAGCCACCTTAGTGGGCCAACACATTGTGAATAATCTATTCGAATAATAAAGACCACAATGCCAGCCAAGGGATGTTACGGGCTTTGAGTGGGCCATAATTGATGCATAGCATGAACATGGT-GAGTCCAAAAACCATCGTAAGGAAATTCTAACACTTTTCTCTCTCCCAGGCGGCTGAGGAATGGAAGTATGTTGCAACGACCGGCAGCAGACCCACGCCCTGGACGTCATGCAGGACAGCTTCAACCGGGCATCCAGAATTATGGACGAGCTTTTCCAGGACAGATTCTTCACCCGTGAGCCCCAGGATACTTACCACTACTCACCCTTCAGCTCATTACAGAGGAGGCCTTTCTTCTTCAATCCCAAGTCCCGCTTCGCCCGGAACGTAATGCCTTTCCCTGCATTCCAACCGTTGAACTTCCACGACATGTTTCAACCCTTCTTCGACATGATACACCAGGCTCAACAGGCCATGGACATCAACCTCCAGAGAATTCCCTACCACTTTCCGATG------GAATTCACAGAAGGTGAAAAAA-TGTCTCATTCTTCCTAAGGGATGGGAACTAGCAGGTTATTGAGAAGCTCAGTAGAGTCTAAGAACATTGCTGGCGGCCTGGCGTGTGTCG-CT--------CTATTTCCCCCA-GCAACTCCATGAG--TGGTATTATCCCCATTTAAGGAGGAGAAAATTATGACA-----GTAAAGGAGTGTGTCCAAGTATTCACAGCCGGAAAAGTATGACCTGGTCAAACTTAGCCCTGCCAGACTTGGAACCTTGTTTTTTCCAAGTTTACCATGCCCCTCCCAGCAACTGGTGGTCATGACATTGATTAGTCCATTCGAGAGAACCAGACAGCCTTTCTCTCGGGAACGCAGGTGGCTTTATGTGGATGCCATGCATATATTGGTGACCAATTATATAATGAGTCCATATTACAGTTTAGA--AAACCGTTCATGGCTATAACCTTGGGGCCTTGGTGGAGAATGAGCATGCAGTGAATATTTTTTCAGGGAATGAAGTCTAATATGGACATGAAAAGTCAATATATTTAGAACTGATTTCCTTCGTTGAACCAATAGACGTAGTTGGCCAACACCATCTCCTAAATGCTGCAGTGTGTTGGCTTGAAATGGTCTGGAAATACAGAAGGACCTTGAATTGAAC------------------AGCATCTACTGCA-TATCCGCAATGGGGGG-AGCCCTCTGTTATAAGGAGGCTCAAAGGAGGATCCCATTCCTGCCTTCAA-GGGGCTTGCTGACTGGCTAGGGGGAGAGAAACGAGCCAGATGAAATGCAAAGCAAAA--ATGGGTTCTGATGCCAAAGAGAGGCCCGTGGAGCTAACGGCAGTGTGGCGGCGG--GAGGGTCTCATCCCCCAGAGAC----GGTGGGAGGCGAGGCCCTGGGAGCCAGCTCCTGGTCCTTCTGTGGGGAGCCCCGATCAGT-CTGCAGGCAGATGACTACTTTCCAACCT---------------GCATCTCAGGGGGGCAAACGGGAGCGTGGAAGGCTCAGTGAGGTCGGGGTGGCCCATCACTATATTGCTCTGTGTGGGCCATCAGCATGACTCCCCCTTCCCTCCGGTCATAAAACAATTTCCTCACCCAAAATATGATGACAGTGCTTTTCTCCATGACATCATGTTACTGCAGGTAATAACTTCTTTCTCCACATTTCCCACTTTCTGTTCTCTTAGTTTTCTCCTTCAGGTCTCCATTGCCCTAAAATGTCCACAACCTGCCTCTGGACTCCAACCCCACTGACTCGTGCCACYGGATGTAGTTCTAATGCAAAACAGTTTGCCCTGTCCTTCCCTGATTTCCTCCAACTGCCCTGTCACCCATTTCTAGCACTGACAGCCCCTCATGCCCTCCACAGTTGAAGGAGAAAGCTAACCTGACCCTGGCCGTGGGGACGCTCCCCCTTCCGCCCCAGTTCAACGTCATCCCACCCGGGAGAATGTGCCGGGTGGCTGGCTGGGGAAGAACACAAGTGAATGAACCAGGCTCTGATACTCTGC?AGAGGTGAAGCAGAGGCTCATGAATCCCCAAGCCTGCAGACACTACAGAACTTTCAACCACAACCTCCAATTGTGTGTTCACAAAGCCGTCCCGGTCGTAGTCCATTCCTTGCAACATCTCCTTCAGTATCTGCAGAACCCAGAGAGCAACAATTGTCCACTTTCATCCTGCACTTCCCTGCCTCCCTCTGTCTCCTTCTTTCTCTTTTGCTCTGCCTTAT------------------CTTTGCCCTCTAATTCACAGTGAGCAGAGCAGTGAGGGGGCAAAAAGGGGTGAGGAGGCCAGTGTTCAGTGCCTGGCCCTGCCCTGCCCTGCCCTGACTGTGTGGCCTTGGGCAAGCCACTC---CTCTCTGGGTTCTGCTTTGCTCATCTGTAAAATGAAAATAACATTGCTATGCTTGGAGCACTGTAGTGAGGGCAAGAGAAAATGAATATAAAATGTCTAATCTAATAACTGACTCATAGGAA----CCCCCAGTGTAATTATTATTATTAATATTACCTAGTGATTGAGAAAATCTTTAAAATTCTTTCTAGCTCTAAATTCCTTGAACTCCTGT--------TATAAAAATTTAACTCCGGTGGAAAGGTTAGGGAGTATTATTAGGTATTACTATTTGAATTATGTTTTCAATTTTTCCTGTCAGAGAA-GTGGAAGGTCAAGGTATAGGACCCTAGAGAAGTTGCCTATGAGAAACTAAGTCTGGGAGAGCATGCACAGTAAACACTTGTATCCAAGTCCTGAATCCTGCTTTTCATTTTGGAGGCTCACGTGGACGTCACCCCTTGCTTCTGGAAAGATGTTGGGGTGGCTGTACTGCTTCAGGATCCT-GGGGGGCAGTGCCGCTTAGGAGCCCGCC-TCGGGGG----CTGGCACGTTCACTTCCCCGAC--CGCGGGAGCCCCCGAGCCCCAGGGAGACTGAGGGAGGGCGGGAGAGGGCAGCGGAATTGGAGAGCTTGGCCGCTGAGGCCAGGAGACCTGGAGATGTGACCTCGGGTGGTCACGGACACT----GTGTGTGTGTGTGGGGGTCCCATCTGCATGGGGGCGTGAGGATTAAACACTCCCATCGAAGTCCA--AGTTTACCCCGTGCCATGCCCAGACGAACCCACTGCGTGCGGAATTATGGGATCGTTCTTTTACCACCTACTTTGCTTCCTGAAGAAACTTGGCCTTGATGTCAGGTGGGAGTGTCTCGCGACAAGATTTCACGGCCTCTTCCCTATTGAACAGGGTCTCTCTAGTGCTGTGAAAACAA----ACAAACGAGCAAGCA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Pardofelis_marmorata 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Panthera_tigris 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; END; BEGIN TREES; Title 'Felid loci: 19 aDNA, 5 X-DNA, 6 Y-DNA, 9 mtDNA'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 Felis_catus, 2 Felis_silvestris, 3 Felis_libyca, 4 Felis_bieti, 5 Felis_margarita, 6 Felis_chaus, 7 Felis_nigripes, 8 Otocolobus_manul, 9 Prionailurus_rubiginosus, 10 Prionailurus_bengalensis, 11 Prionailurus_viverrinus, 12 Prionailurus_planiceps, 13 Puma_concolor, 14 Puma_yagouaroundi, 15 Acinonyx_jubatus, 16 Lynx_pardinus, 17 Lynx_lynx, 18 Lynx_canadensis, 19 Lynx_rufus, 20 Caracal_caracal, 21 Caracal_aurata, 22 Caracal_serval, 23 Leopardus_pardalis, 24 Leopardus_wiedii, 25 Leopardus_jacobita, 26 Leopardus_geoffroyi, 27 Leopardus_guigna, 28 Leopardus_colocolo, 29 Leopardus_tigrinus, 30 Pardofelis_badia, 31 Pardofelis_temminckii, 32 Pardofelis_marmorata, 33 Panthera_leo, 34 Panthera_pardus, 35 Panthera_tigris, 36 Panthera_onca, 37 Panthera_uncia, 38 Neofelis_nebulosa, 39 Prionodon_linsang; TREE Fig._1 = ((38:0.005136,((35:0.001999,37:0.003067):6.82E-4,(34:0.002092,(33:8.96E-4,36:0.002218):5.13E-4):6.07E-4):0.002198):0.003972,((32:0.00518,(30:0.002788,31:0.003551):0.001086):0.00363,((22:0.005199,(20:0.001724,21:0.002112):0.003628):0.002819,(((23:0.001942,24:0.001493):8.03E-4,((25:0.0027,28:9.3E-4):0.001265,(29:0.001158,(26:8.94E-4,27:7.33E-4):2.06E-4):0.001229):6.32E-4):0.005864,((19:0.003713,(18:0.001202,(16:0.001242,17:8.1E-4):3.08E-4):0.001022):0.00382,((15:0.004758,(13:0.003595,14:0.003129):6.77E-4):0.001552,((8:0.006356,(9:0.003223,(12:0.00256,(10:0.002243,11:0.003096):3.45E-4):0.001675):0.001174):3.6E-4,(6:0.00341,(7:0.002401,(5:0.003836,((1:0.001089,2:7.12E-4):4.13E-4,(3:0.00194,4:8.53E-4):2.71E-4):0.001312):7.05E-4):3.76E-4):0.002961):5.17E-4):5.11E-4):8.72E-4):4.24E-4):0.001024):0.001876):0.0441035; END;