#NEXUS [written Mon Apr 11 16:19:00 BRT 2011 by Mesquite version 2.74 (build 550) at pedro-fiaschis-computer.local/172.16.6.147] BEGIN TAXA; TITLE Neotropical_Schefflera_ETS; DIMENSIONS NTAX=61; TAXLABELS Tetrapanax_papyrifer_4971 Heteropanax_fragrans_4927 Schefflera_fantsipanensis_4853 Schefflera_heptaphylla_4941 Schefflera_delavayi_5021 Schefflera_acuminata_8583 Schefflera_acuminata_21679 Schefflera_angulata_8589 Schefflera_aurata_3083 Schefflera_botumirimensis_3086 Schefflera_brenesii_4755 Schefflera_burchellii_2990 Schefflera_calva_942 Schefflera_capixaba_690 Schefflera_chimantensis_3198 Schefflera_cordata_3106 Schefflera_decaphylla_3217 Schefflera_dielsii_15066 Schefflera_diplodactyla_14000 Schefflera_epiphytica_1882 Schefflera_glabrata_3170 Schefflera_gleasonii_7369 Schefflera_grandigemma_1475 Schefflera_harmsii_15078 Schefflera_herzogii_9695 Schefflera_instita_17775 Schefflera_sp_A_aff_jahnii_13115 Schefflera_sp_A_aff_jahnii_12609 Schefflera_cf_lasiogyne_7467 Schefflera_aff_lilacina_7771 Schefflera_longipetiolata_3117 Schefflera_macrocarpa_3087 Schefflera_minutiflora_12901 Schefflera_morototoni_13999 Schefflera_panamensis_33 Schefflera_patula_15080 Schefflera_quinquestylorum_9094 Schefflera_robusta_4437 Schefflera_rodriguesiana_5199 Schefflera_ruschiana_956 Schefflera_sandiana_11260 Schefflera_sciodaphyllum_3129 Schefflera_sciodaphyllum_5454 Schefflera_selloi_6009 Schefflera_aff_paniculitomentosa_250 Schefflera_sp_D_Neill_13849 Schefflera_sp_D_Werff_21800 Schefflera_sp_B_aff_jahnii_8582 Schefflera_sp_C_Werff_21615 Schefflera_aff_robusta_4971 Schefflera_spruceana_3210 Schefflera_stilpnophylla_13020 Schefflera_ternata_158 Schefflera_ternata_1328 Schefflera_tipuanica_4046 Schefflera_tremula_20083 Schefflera_aff_varisiana_4542 Schefflera_cf_violacea_7922 Schefflera_cf_violacea_13877 Schefflera_umbellata_3204 Schefflera_umbrosa_931 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Neotropical_Schefflera_ETS_alignment; DIMENSIONS NCHAR=470; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX Tetrapanax_papyrifer_4971 ???????????????????????????????????????????????????????????????gcttgtgcagcgacgactgctctcacatcccttttcattctttctccaagagcaatatgccttggaccaattcggttgcctgtgttgtatacctacgttgatggaatttgctcgtccaatcatcccttattcactttgtgctgctc-acgcggtgcggaatgaaccacgcagtgtcctttgttgtccgttcttgcctcgcgttcgtgcgacgcatgaaatggccaatttggtgacactcgaattctaggatacggaacctt-aagcgggtaacgggcctttggccttgattt-gcccaaactaagcgttctcgcttcttaagaacgattgtcgcgccc-gttttgacctgaggatactttcggtccgactggatcatgYggtgccggcgtcgaagag?????????? 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Schefflera_umbrosa_931 ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????acttcccttttcattcttgctccaagagcgttatgccttggaccaatttggttgcctgtgttgcgtacctacgttgatggaattcgctcgtccaatcgccccttattcgccttgtgctgctt-acgcggtgcagggtgaaccatgcaatgtccgtcgttgtccgttcttgcccttcgttcacgcgacgcatgaaatggccaatgatgtgacactcgaattatcggatacggaacccttaagagggcaacgggtctttggccttgattt-gcctaaactaag---------ttcttacaaacgactgtctcgccc-gttttgacctgaggatgctttcggtccgactggctcatgcggtgcagacgtcgaaSaggaatgctacc ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 470; END; BEGIN TREES; Title Neotropical_Schefflera_ETS_Consensus_Tree; LINK Taxa = Neotropical_Schefflera_ETS; TRANSLATE 1 Tetrapanax_papyrifer_4971, 2 Heteropanax_fragrans_4927, 3 Schefflera_fantsipanensis_4853, 4 Schefflera_heptaphylla_4941, 5 Schefflera_delavayi_5021, 6 Schefflera_acuminata_8583, 7 Schefflera_acuminata_21679, 8 Schefflera_angulata_8589, 9 Schefflera_aurata_3083, 10 Schefflera_botumirimensis_3086, 11 Schefflera_brenesii_4755, 12 Schefflera_burchellii_2990, 13 Schefflera_calva_942, 14 Schefflera_capixaba_690, 15 Schefflera_chimantensis_3198, 16 Schefflera_cordata_3106, 17 Schefflera_decaphylla_3217, 18 Schefflera_dielsii_15066, 19 Schefflera_diplodactyla_14000, 20 Schefflera_epiphytica_1882, 21 Schefflera_glabrata_3170, 22 Schefflera_gleasonii_7369, 23 Schefflera_grandigemma_1475, 24 Schefflera_harmsii_15078, 25 Schefflera_herzogii_9695, 26 Schefflera_instita_17775, 27 Schefflera_sp_A_aff_jahnii_13115, 28 Schefflera_sp_A_aff_jahnii_12609, 29 Schefflera_cf_lasiogyne_7467, 30 Schefflera_aff_lilacina_7771, 31 Schefflera_longipetiolata_3117, 32 Schefflera_macrocarpa_3087, 33 Schefflera_minutiflora_12901, 34 Schefflera_morototoni_13999, 35 Schefflera_panamensis_33, 36 Schefflera_patula_15080, 37 Schefflera_quinquestylorum_9094, 38 Schefflera_robusta_4437, 39 Schefflera_rodriguesiana_5199, 40 Schefflera_ruschiana_956, 41 Schefflera_sandiana_11260, 42 Schefflera_sciodaphyllum_3129, 43 Schefflera_sciodaphyllum_5454, 44 Schefflera_selloi_6009, 45 Schefflera_aff_paniculitomentosa_250, 46 Schefflera_sp_D_Neill_13849, 47 Schefflera_sp_D_Werff_21800, 48 Schefflera_sp_B_aff_jahnii_8582, 49 Schefflera_sp_C_Werff_21615, 50 Schefflera_aff_robusta_4971, 51 Schefflera_spruceana_3210, 52 Schefflera_stilpnophylla_13020, 53 Schefflera_ternata_158, 54 Schefflera_ternata_1328, 55 Schefflera_tipuanica_4046, 56 Schefflera_tremula_20083, 57 Schefflera_aff_varisiana_4542, 58 Schefflera_cf_violacea_7922, 59 Schefflera_cf_violacea_13877, 60 Schefflera_umbellata_3204, 61 Schefflera_umbrosa_931; TREE 'Consensus tree of 39 trees from Stored Trees (Trees "Neotropical Schefflera ETS trees" from file Neotropical Schefflera ETS)' = (1,(4,((3,5),(2,((22,56),(27,28,48),((24,(57,(15,51,60))),((31,(13,23),(14,40)),(17,(9,(61,(44,(12,34),(10,16,32))))))),((21,(26,39),(36,52)),(((46,47),(35,38,50)),((19,(42,43)),((8,49),((33,41),(30,58,59)),(18,29,37,(6,7),(11,20),(53,54),(25,45,55))))))))))); END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 470; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 'Jukes-Cantor': 1 - 470; END; Begin MESQUITE; MESQUITESCRIPTVERSION 2; TITLE AUTO; tell ProjectCoordinator; timeSaved 1302549540355; getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa; tell It; setID 0 6428137933319680152; endTell; getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters; tell It; setID 0 8095682961188359533; mqVersion 274; checksumv 0 2 3208391731 null getNumChars 470 numChars 470 getNumTaxa 61 numTaxa 61 short true bits 3458764513820540943 states 15 sumSquaresStatesOnly 615893.0 sumSquares -1.9996270575901154E22 NumFiles 1 NumMatrices 1; mqVersion; endTell; getWindow; tell It; suppress; setResourcesState true false 100; setPopoutState 400; setExplanationSize 0; setAnnotationSize 0; setFontIncAnnot 0; setFontIncExp 0; setSize 1400 776; setLocation 40 59; setFont SanSerif; setFontSize 10; getToolPalette; tell It; endTell; setActive; desuppress; endTell; endTell; end;