#NEXUS

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=29;
	TAXLABELS
		Ginkgo_biloba Araucaria_columnaris Cephalotaxus_harringtonia Cryptomeria_japonica Podocarpus_macrophyllus Sciadopitys_verticillata Abies_concolor Abies_lasiocarpa Abies_mariesii Cathaya_argyrophylla Cedrus_deodara Keteleeria_evelyniana Larix_decidua Larix_occidentalis Nothotsuga_longibracteata Picea_abies Picea_glauca Picea_sitchensis Pinus_contorta Pinus_krempfii Pinus_lambertiana Pinus_monophylla Pinus_nelsonii Pinus_pinaster Pinus_ponderosa Pinus_thunbergii Pseudolarix_amabilis Pseudotsuga_menziesii Tsuga_canadensis 
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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Pinaceae_plastid_concatenated_alignment;
	DIMENSIONS  NCHAR=59193;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	Ginkgo_biloba              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	Cryptomeria_japonica       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	Podocarpus_macrophyllus    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	Larix_occidentalis         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	Picea_sitchensis           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	Pinus_lambertiana          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	Pinus_monophylla           -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------???????????????????????????-------------------------------------------------?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????---?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????-------???????????????????????---------------------------------------???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATATCAAGACGTTCCGTATATGAACCCCTTCAAACGGGGCTTATTGCTATTGATTCTATGATTCCTATAGGACGTGGTCAGCGAGAATTAATTATTGGGGACAGACAGACCGGCAAGACAGCAGTAGCTACAGATACTATTCTTAATCAAAAGAGTCAAAATGTAATCTGTGTCTATGTAGCAATTGGTCAAAGAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTTAATACATTCCAAGAACGCGGCGCAATGGAATATACCATTGTGGTAGCGGAAACTGCGGATTCTCCCGCTACATTACAATATCTCGCTCCTTATACAGGAGCAGCTTTGGCTGAATACTTCATGTATAAGAAACAACATACATCAATCATTTATGACGATCTCTCCAAACAGGCACAAGCTTATCGACAAATGTCTCTTCTATTAAGAAGACCACCTGGCCGAGAAGCTTATCCGGGAGATGTTTTCTATTTGCATTCCCGTCTCTTGGAAAGAGCAGCTAAATTAAGTTCCCAGTTAGGTGAGGGGAGTATTACTGCTCTACCAATAGTTGAGACTCAAGCTGGAGATGTTTCAGCTTATATTCCCACTAATGCAATTTCCATTACCGATGGACAAATATTTTCATCGGCCGATCTATTCAATGCCGGGATCCGACCTGCTATTAATGTGGGTATTTCCGTATCTAGAGTAGGATCTGCGGCTCAGATAAAAGCTATGAAAGAGGTAGCTGGAAAGTTGAAATTAGAGTTAGCTCAATTTGCAGAGTTGGAAGCCTTTGCACAATTTGCTTCCGATCTTGATAAAGCTACTCAAGATCAATTGGCAAGGGGTCAACGATTACGTGAGTTGCTCAAACAATCTCAATCGGCTCCTTTGAAAGTAGAAGAACAAATAGCTACTATTTATACCGGAACAAATGGATACCTGGATATATTAGAAATATCACAGGTGAGAAATTTTCTCGTTCGGTTACGCGAGTATTTGATAAAGAATAAACCTCAGTTCGGAGAAATTATACGTTCTACTGGTACATTTACAGAAGAAGCGAAAGCCCTTTTGGAA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	Pinus_pinaster             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	Pinus_ponderosa            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	Pinus_thunbergii           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	Pseudotsuga_menziesii      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	Tsuga_canadensis           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;
END;

BEGIN TREES;
	Title MPT_from_Pinaceae_plastid_alignment;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Ginkgo_biloba,
[1] 		2 Araucaria_columnaris,
[2] 		3 Cephalotaxus_harringtonia,
[3] 		4 Cryptomeria_japonica,
[4] 		5 Podocarpus_macrophyllus,
[5] 		6 Sciadopitys_verticillata,
[6] 		7 Abies_concolor,
[7] 		8 Abies_lasiocarpa,
[8] 		9 Abies_mariesii,
[9] 		10 Cathaya_argyrophylla,
[10] 		11 Cedrus_deodara,
[11] 		12 Keteleeria_evelyniana,
[12] 		13 Larix_decidua,
[13] 		14 Larix_occidentalis,
[14] 		15 Nothotsuga_longibracteata,
[15] 		16 Picea_abies,
[16] 		17 Picea_glauca,
[17] 		18 Picea_sitchensis,
[18] 		19 Pinus_contorta,
[19] 		20 Pinus_krempfii,
[20] 		21 Pinus_lambertiana,
[21] 		22 Pinus_monophylla,
[22] 		23 Pinus_nelsonii,
[23] 		24 Pinus_pinaster,
[24] 		25 Pinus_ponderosa,
[25] 		26 Pinus_thunbergii,
[26] 		27 Pseudolarix_amabilis,
[27] 		28 Pseudotsuga_menziesii,
[28] 		29 Tsuga_canadensis;
	TREE Fig._1C = (((2:0.029537,5:0.089058):0.02088,(6:0.086743,(3:0.051011,4:0.075546):0.038853):0.016728):0.017374,(1:0.080539,(11:0.012048,(((27:0.012366,(15:0.006974,29:0.007443):0.011283):0.001467,(12:0.008153,(9:0.001651,(7:0.001651,8:0.001878):0.00043):0.008617):0.003957):0.003533,((28:0.008745,(13:0.001311,14:0.000591):0.005654):0.006569,((18:0.004217,(16:0.000964,17:0.000873):0.002742):0.008589,(10:0.022796,(((19:0.002968,25:0.000812):0.002104,(24:0.002564,26:0.001977):0.000802):0.008482,((20:0.00163,21:0.00134):0.001732,(22:0.002003,23:0.002761):0.001773):0.00717):0.009502):0.001045):0.002859):0.004163):0.001627):0.052176):0.017374)[% ] [% ] [%  setBetweenBits = selected ];
END;