#NEXUS
[written Tue Sep 28 11:13:50 CST 2010 by Mesquite  version 2.73 (build 544) at lpt/192.168.2.34]

BEGIN TAXA;
	TITLE Taxa;
	DIMENSIONS NTAX=16;
	TAXLABELS
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	;

END;


BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
	DIMENSIONS  NCHAR=16459;
	FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?;
	MATRIX
	'Canis_lupus_familiaris' 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	'Canis_lupus'           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	'Ailuropoda_melanoleuca' 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	'Ursus_thibetanus'      AGCCGCATGAGTGAGCGGCAGCTGGCTCTCTGGAACCCGGTATGCCCCTCGCAGCCTTTCCATTGGCTTACACTTGAGTTTCTGAGCAGGTCCTTGGGTGGGTAAATGGATTATAGGATTCTTAGTGTAGTTTTCTGAACCCCTACTGGTCTTGACATTCTCATCCTCACTGGAGACTTATTCTAAATGTATTATAAAATGCATTCTTAATACTCTCAAGTAGTCTATGTTGACTAGGTTTTTAAAAAGAAAGTATGAAGAACCAGTGTTTGGGACTTGGGAAACAAGTTCTGAACTTTATTTTATGATCAAATGTTTAAATCAAAATAGTCATGTTTAGGAAAATGTTAAGAGTAGCATAAGAAAAAATAACAAAACTGAATATACGCTATGATCTCAGTGTGTGTGTGGGAAGTAGACAAAAATGGTCATTGTTTTGCCACCCACCGGGCTGTGGGATTATGGAATATGGGATGATAGTCTTTCTGTAATGTATATTTACAATAAGAAAAATTTCTTTGGTGCCTGCCTGGCTCAGAGTGTGTGACTCTTGATCTCAGGGTCATGAGTTCAAGCCCTGCATTGGGCATGGAGCCTACTTTAAATAAACAAAGGAGAAGGGCTTTCTTATCTTCATCATGGAATCACACTGATAGCAGTTTTCAGTGGGTTGGGAAATTGGTATTTACTGTATGAGTGTTATATGTGCATTGTTCAACCTTCATTATTCTAGGAGATTGCTCACATAATTAGGGATAAAAGAATGATTCACCTTGTGAAAATATATATTTGTATTTTTTTAGAAAAATATGCAGGAACCAATCGCTCTTCATGAAATGGACACTAGCAATGGGGTGGACTTCTGGGACTTCTGCCTCGGCGTGCCACCCCCCTTTCCCAGGTGGGCACCAGACGGCCAAGAGGGTGGGTCGTTTAGTCAGCCCAGACTCAGCAGGGCTCAGAAGCAAGGCTGATGCATTGACATTTCCAAGGGAGGCTCTGGGAGAGACCCGCCCCACTGTCTGCACCTCTGGGAAGTCCCGCTCTGGTCTAACTTGAATCTCTCCAGCAAGACTGTCCTCGGTCAGTGGGATTCCCAGCTGGCCAGGAGAAAGGCAGCCTCCTGCCCTTTCTCCCAGTCCTGTCTCAATGCAGACAGGGAAGGTGCTGCCCGCTGACTCACAGGCTGATATCAGGCTCATCTTAGCCATTCCTCTGCCTTTGCTCAGGATTCTTTACGGGAGGTGGCTGGTCACGCCTGGGTTCCTGCTTTCAGCCGGTGTCACCATTGCCCTTGTCCCTGTCCGACAGAGGAATCATTTGAATCCCTTCCCCCAGTTCTGCAGGCCTACGGGCCTGGGTTGTCATCCCAAAGTGTTATCTTACGGAAGTCACTTGCCTTCTCTGGGCCTCGGCTTCCCCATGCCCCTTCCACTCCCCATCTCCAAGTTTAAGTCATTTAAATGGCAAAGGATCCAGGGAATGTTGTGGCTGGCGTCCAAGTGAAGCAAGAGGGCCAAGTTGGGGTCACTGAAGAACTTCCCAGGTAGCAGTTGGTATGTGGAGAGGACTTAAGAAGTTATAGTTTGACTTTCAGTGAGGGCTGGGCGTGTGTGTGTTTGGAGAATTCGGGACACCTGACTTCTGAGGACCTGGCCCTCTCGTCTTCTCTGGTCTTGGTTCCACTTCTCTTCTCTTCCCTCCCCCCAGGATGTACGCATGGGACTCGCATCTATCCAGTCTTGGGAACCTACTGGGACAACTG????????????????????????????????????????????????GTATGTTGGGACAGGCACATGATATTTGTTCTCAGGGGTTGTTTTTCTTTAAAGATATTTTACATTTTGTGGGTATACGTTCTCTGTCACAGCCAGCTCTGTCATTGTTTTTGTGTTTCAACAAAACCTTATTTACAAAAACGACCTGTTCTCGGAAAATTTAGTGAATGAGCATTTAAAGATTAAAGTGTGTTTCATTTTATTGTGGCTTTATTATCAAGCACATGTTAATAAAAATTAAGAATTTTTGGAATATGGTAAGGGACTAAAATGGGACCCAAAGTGATTCTAAGTGTTAATTTGGTCTTATGGGTGAGAATTTGAGAGTTCAGTAAAGCAGTTTTGAAGTTTAATTTGTCCATTGTTACCAGCTTTATAATTTTCTTTAAAAAATCAGCCTTCTATCACTGAGTCTTGATGTTCCATCCTCAGGAAGAAGAGAGCCATAAATTTCCTTTGTGGCTTGTAATTAGTTGTTATTGATTTAACTGTGATGAGTCTTAATAGCTTCAGTATCAGTGCAGCATTTAATGGCCACAGGTATTGCTGCAAATATTGTAATATGAATGTTGAGTCATTATAAAGACTCCTCTCAGCATAAAATTTTTATCAAAGTAAGCATAAAATGCTTGAGTGTATATGACAGGGAGGATGAGACTGTTTAGAATATTACAGACAAAAGCACCACCTACTGATTTTCTTTGGTGTATTCCCTTCATCCTGAATTCTTAAGAATTTTTAATTTCTCTAGGAACATGTTAATGCATCTACCCTGATATAATTACTGATAGTCATATCTTTCCTTTAATAACT??????????????????????????TCCAAAGACAAGAAAGTGAGAGTAATCGATCCTAGGAAACAAGAGAAGTATGCTTAGGACAAAAGCCCCTGTCTTTGTAGCACTCCTGGTCAGTGGAGCCTCACGGTGACTCCGCAGAGCCTTGTACAGGCTTCTGCCTCCACCCTTCAGAGCTGTGCATTCCAGCACTTACACAATCTTATCTCTCACTTGGTGACCATTTTTAAGAAACAAATTCTCATCAGTTCACCAGAGTCCTTGAGAAGTCTAGATCAGCTAACCTAAACAGTTAACTGTATTCCTGGCTTAGTGACTGATCCCTGCCCCTTCTGCAACCATCGTCAGAGTACCTCACAGAGAAGCCGTAGGTTCTCTTCAGCTCAGTGGCGGTTTCTGCCACTCAAGGCCTCACCAGATGGGCATTTGGAGCTGGAGCTGGGGTCTTGCATCAGCCCTGCTCTCACATGCCTCTCTCTGGGGGTGCTGGTTCTTTGGCAGTTTTACTTCAGAGTTGAGTAGCGGTCATGACTAGTGCTTATTGAGCACTGGGGACTTCCTGCACAAAGTGCTTTCAACACTAGAATCTTCTATTAGTGCACTCTCAATGAGGAAATTAAGGAACTGAACTAGACTTCCTTCTGTCCAGTGAATTTGGTAGAAACCATACAGGTTATCCTCTTGAGAAACAGACATCTGGCAGTCCTTTCATGTTTTATTTTTGCAGAGCATGGACTTGGGTTGGCAGCAGGACATGGTAGGCTTTTGAGTTAACTCCTGGCATTCTTGCTACCTAGCTGAGGGACCTTGGCCAGATTACATTGTCTCTTTGTTTTCTCATCTTGGGAGGAGACACGTGTGCACACCTGGTAATTTGAATGGGTTGGATTCAGGTATGAGCCCCCCTTTTTTGCAGTTTGAATATCCTATTGTTCTTGGTCCCCCAGGAGAAGGAGAAAGCACATGAAGGAGCAAGACCCATGAGAGCCATCTTTCTGGCTGACGGAAATGTCTTTACCACTGGTTTCAGCCGCATGAGTGAGCGGCAGTTCTGAAAAGCCTGTGATGAATTGGTGGAAGAAATGGAGCATTACGGCCAGTGGTCTGGGGGGAAACATCATGTAAGTGGTAATTTCACACAAGTGAATGTGGATATTTAGTCACTTAGAGGGGATTATCTCTTTTGTCATGTATCTCTGACTCCTAGACCTAAAAGGCTGTCAGGAGAACTCTGGTAGTATTTAATCTATCTGGCCTCAGGTTCTCATTTATGTATGTAATTACACTGGATGGTTTCTAAAGTCAGTGTCTCCAGGCTGTAATATTTGTCTATTCTGTGGATTGGTCTTCTCCAGGGCCACTTGTATTCTCTGCATTTTCACAGTGAGCTATAGTGAAAGGACCCAAAGTTTATTTGGTTGACTGCCAAAGCTTTGTGTGTGTGTAAACATTGGAAGAAGAATCTGTTTGAATGCCATTGGTGTAATTAGTTTTGCATTTATATTCGGTGTCAAAGACTTGGCAGGAAGTATTGCTGTTGGTGGTTCGGAATACTCTGGAATATTACTGTCTCTGCTCAACTTCATACCCCAGCTAGTTAGCTGACAAGAGAGACAGAAGTTCAAAGTTTGAAGAACTTGAAGTCAGCAAGTTGTAGAATAATAAAAAGCAATCATGGAAGGACTTTGGTTATCATAAAATTGAAGTGGGGAACATAGCAAGGAAAGCTTGTTTTCAGTGGTAGGGGATACAAAGGCAGACAAGCAGAATCTTTGTCCGTCAAGTAGCTCAGACTGCCTGAAGGGTTACTGTAAAAAACAATTTTTTAGGAGGCATGGGAGGGCTTTGGAAATATTTTATTTACTTTATAGAGACCTCACATATATGCTTTGCTTCATCATTGATATATGTTATCTAAAGTTTTGTAATTAAAGCAGATGGTGCACATAATTGAACAACTGTTATTTTTGTTGTCTGTTGTGATCTTGTGGTTGAAAAAAATTCTAAGGTAATATAAATGTGAATTGCATGTGGACCACACTTTATGACATCATGAATGCTGTTTCTAGGATAGCCGTATATCTGGTGGTTATGAAAATGTCCCGAAGATTTAAGGAGTTTAACCAACTTTTTTGGATCTTGCACTGAAACTTTTGTCTTGGCTGTCAATATTTTAGATAGATTCTTGGCTCTTATGAAGGTATTTAATCATTTTTGTATATGCATCTTCTATTTCTAAACCTAGTGCCCAGCACAGTGCCTGGCATACAAGGGTTCGATAAATGTTTGACAAGTGAATGTAATTATGTCATTGCATAGAAACATTTTGTGATCTTCAGTGCCAGAGTGAGAGACTACAGAATTAACTGTGT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	'Ursus_arctos'          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	'Martes_flavigula'      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	'Mustela_kathiah'       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	'Potos_flavus'          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	'Procyon_lotor'         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	'Ailurus_fulgens'       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	'Phoca_vitulina'        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	'Odobenus_rosmarus'     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	'Zalophus_californianus' 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	'Callorhinus_ursinus'   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ATGTAAGTATGGACAACACTGCTTTCTTACCCCCAAATGTTTTGTTATTTGTTTTGACCAGCTTGTTTAAGCTTTTCATTAAATGGACTAGTCAACTACTTGGGCATTTTATTGTTAGCATTAAGAATTACAAATTATTTGAAAGAGAATAAAGATACATAGTATTTCAAAATAAAATTGTCCAGATATAGGGAATAAAATGTCTTTTAAATTAAGTCTAAAAATCTCTTTACATGTTAAAATGTAAATAAGCATAATTTAGATATTATAGTATGGTTATAGGAAAGAAGCAGAGCACCAGAGACTTTTTATGAGTCTTTCCAGGTTAGCCTCTCTTATATATTGGAAATAAACACATAGGCAGCAGTAACATTCAGGTACATTCATTATTTTAAGGAATTTGTTGCACCTAATTTTATTAGCTGGGCAAAAAAGAAATGGAAATCTCTGTGACTAGGCTAGAACTCTTAATTCCTTTACCACATCTTTCCTGTCTATGTTAATAATTAGTGGAATTTATATATCATGGAGCAGTTTTATTTTGGATTGAGTGAATTATATCTACAGAATCTTGATTTAATGTGGTTCAGTTTTCCCTATTTAGGAACACATTTCTTCATCTTTTAAGATTTTTATTTAAATGGGCACACTGAGTCACATTTTTTGTTTGTTTTTACAAATAAGTTGCTTGTATCATGGGATACTCATCCTGGCGGCCCACGTGCCCACCCTGCAGGTCCTGCGGCCAGGGCTGGTTGTTGTCCATGCTGAGGACGGCACCACCTCCAAATACTTCGGTGAGTCCAGTGGGATGGAGCTCATAGGGCAAACTTGGGGTTGAGGAGCTTGTAGGGAGGCAGGCTCTGCGGGAGGGGCCGATTACTCGGAGGGACAGCAGGATTCAAATTCAGCTCCCCGACTGATCCGAGCTTAGCTGATGGTGTGTCCGGCCCCAGTGGGTGCTCCGGGCCCCCTGTGCGTTTCCCATGTTAGGTCTGTGGAGCCACTTCTCTGGTTTGGGGTGATCATGTCCCTACGACTGGGTGGGGAGGCTTACGTCTTTCTCTTCTGTAGTGAGCAGTGGTTCTGTCACCGTGAATGCTGACCTCAGTCCAGAATTTGCAATAGGAAGGCTTACTCTTGTCAACATTTGTTTTAATAGTGAAAATGGACCAGACTAGATTTTTGTGAAATCCTGTCTCTGTAAATCCGTATTTTAGGATTAATAGTGAGTTAGGAAGGATAATGGGAAATGACAAAAATTGTTTTAAAAAGATAGTTGGCTTTCTGAATGTTCTACCTCATGCTCATGAGCTGATCACCAGCTTCATCTAAGTTTATACCTCTTCAATTGCTATTAAAAATACAAACGTTATCTTAAAAACTGTGAGTCATTTGTCACTATATACCTGACCAAAAGCAATTTTTAAGTCTGGGTGTAATAAATTATATTTTAGATCATATAAATCTGTGAAACTTACTATCTAGATTTAAGTTGAATATAAAATACTTCCTTTGCCCCCCAGTTATTTGGAAAGCATATATTAGAATTATAGTTGTATGTTTGAGTTAGAGCAGAATTACAGTTTAATTAGT?????????????????????????????????????????????????????????????????CGTGATTATTCAAGATTTTCACTGAAAATATAGTTGAGGTTTGTATTAATAATTACTATGATGTGTAGAGCACTTCCAGAAGGGAACAATATTAATGCGATATTGCTTTAGCAGAGGATGTTGTGAAAGTGAAACCATCTTTTAGGTAAAAATCATGTGGCTTAATTACAAATGTTATGCCTTAAGGGTCATATAGTTGTAAAAATGTAGAATATGGGATCGAACAATATTTTAAGATCTTGCCCTTTTTTTGACATGGTTCCAAATGTAGCTATCACCATGAAAAATAAGGAACCTGGCAAATCTTTGGTGTAGGCCAAGCTTATCTTTGAAAGAAATTGAACTTTTTTTCAAAGATTTTTTTTAAAAATGAACAGTGTTCCAAACTGTTGCTAATAGCTTATTTCAGAGAATGTAAGGCATCTTTGATTCTGAGATGCTGTTATTTTGTGTACTGTGAGAAAGAATAAGAATACTGACATTTATTTTATACATATTGGAAAAGCTAAGTTAGACTTATGTTATCATATGTCATAGAGCACTGTATACATAATAACTCAATGACAAATCGTAAATTATTTTGACCAAGTGCAACACCCACACACACAGATGTACTGTAGCATTACAACTACATCAGTGGCCCCCTGGCCAAATGTGAGTCTAAGACATCTTGATTTTATAGATGTAAAATGCAAAAAAAAAAAAAGTCTTAGCATTAAAGAAAAGCCATTATTTGTAACAGTAATGTCAGTGTTATTGGGCAAACCTCTGAGGTGAATATATCCCATCCTGTTACTTTTGAAATGCCATTTATTACTAAAAGACACAAACTGTAATGGTGATGCCTTGTTTTATAGCCTTGTCCTGATGTCTTTTGGTTTCCCATGTGATCACACTGGATTTCTGCAAGTGTGAGTAGATTACTAATGTTAAACATTGTCCCATATCCTTGGCATAATACAGTTGCTATGCAAGTGGTATTAAAGTACAACATTAAGTTAATTCCTCACAAAGACAAAACTTAGTTGTCTCAGTAAGAAATTTTTCTCCTACCCTTTACAAAGGAAAAGGTAATCCTCATTTTTAAACCTTGCAAATTAGACACGGAAAATATAAAAACTGCAGTCAACAAAGGAAGTAGGAAGTTTTGGTAGTATTTATAGAATTTGGGGATTACTTTTAGTTTATTATTACTTATTAATTAATCTTATCCCTGAGACTGTTTTTTGAAACAATATTTTAGATTTTTCCTAGGCTGTATTATTTATACTGCAGAGGAAATACAGTAAATCATTATGTACTTATTTTGACTATTATCCTGGCATTAGACTCCTTCTTCACAGAGACAGCAAGTTTTCTTGGAATCTGTAGGCTTTGCAATCTAATTTGTAAAACACCTTTGTCTATATATTCATTATGCTCATTCCGTACTTGTTTTTCATACAGATATGAAAAGTTGATGAAGGAACAATGCAGAGAAGATAACAAAGTTTCTGGAAAATGTAGTGTGCTTTTTTATCTAGAAAGGAAGTCCGTTTAGCAAGCCAGATTTTCCTACTGCATTACATTTTGGAAAAATTTAGCTTAAAGTTGGTCTGTGGGTTATAATTTGCATCCTCTCTGGGGGATGATGGTCTGAGTAGTGAGACTGTTGTGCCTGAAGACCAGAGTCTTATCGCCTGACCACCAGGAAGCTTGGTGAGATCTGTCATACGAGGTGGAGTAATCCTTCTTAGTGGAAATGGAAGCCTATTTTGTAAGCCCTTTTGCTGTTAATATCTGGTGGAATCCCAGTTGGGTTTGATCATGTGCTTAAGTATATACTTACTGTGTGTAGGGAAGGGTCTAGTGTATCTTAGAACCCTTAACCAGGCAAGAGATTTATGCTGGGATGAATTTCACTGGACCCTTTTTAATTGGCCTCTATTAACATTTGAATAGCAGCTCAGTAAATAGTGCGTGGTGAATACATGAGTCCTGTATTTTTCACCCACATAATCCTAAATGGCCCTAGGAAGAGTTTGCCCCCTTTTAGAGATGGGATCTGAACTTGGATAGCCTGCCGGGGGGCACAAGTGCTGGCTTGAAACCGGGTAGTCTGAGCGGAGCTCTTCAAAACAAAGATCCTGGCCGCAGCCTTTCACATGGAAAAGTCGTGAGAATATGGTGCAGGGAATGAGGGAGACAAGGATGTA??????????CTTCTGAGCCAAGCGTCATCCATCAACTCTACCTGTAATCAGTGACGCCAGGAGTGTACTTCTGGAAGCAATACGAAAAGGTAATTGCCTCATGGCCGTTGAGAGCATTGCTATGGTAGATTAGAAACTTTTAAATACTTGACATTTCCTCACTTACAAAATTTTAGACAAATGGTTTTTGAAAGGAAAGCTATGTTCAACGTATTTTAAATCATTTTCCAGAAAATATATCACATTTTTTCATACTTTGGTAGGGATTCTTAAAATGTTTATGGAATAGAAAATTTAGTTAAAACCCTTTATATTATGTTTAATATGTATATTAACTCCTTTAAAAATGGTATTTTCTTCAGTGTTAAGGCTGTCCATTTGGTGTATCAGTGACACTTGCTCTACCAGATGCCTTTAACGTTCCTCTCTCAGGAGCCAGTTATTCAGCCAGCATTTCCTAGGCACCTTTAAGCCAGGCACAATAATAGCGCCTTTCCCTCGATTCCTTGGGAGAATAAAGCCCAGGAAATATACTCAACAACATTCATTTGACCATCATGGCTAAATAAACTGTAGATACTCACTGGGATACTGGTAAGTTTGACCAACTAGTTTTATAGATAATGAAAAATTAATTGACCAAATTAATATGATTCCAAATATGATCCCTTCAAATTCTTTTTAATAGATCTTGCTTTTCATTTTCCTGGTAGTATTTCTCACAGGTATTTGATTTTATTCCAGAGATTAATAATATGTAGTATTTAGTATTTTGGTTTAAATGAATGCTTTGGTTTTCTATATCTATTTCTAGAGGGTTCCAGAACAAATACTCTCTAAAAAAGAACTTCAAAAAGCTTAGTGGCTCTTCCCCAACCAATCCTAATGACATAAGAGCACATCATGAAGATATCCCTAGCATGCTGTGTTCTGACTTAGCCTAATGTATTCGCCAGTGTTGATGAATAGGATGTAGTGTAACAATGGTGGTCTCTCACCTGGCTAATGCGCGTGTTTGCTTGGGTAGGTAGGAGTTTCTCCATCCCATGTGTTCTGGCAGGTTATGTATATCCTAGGACATAAAAGGTGGAGAAGGGCTTGTTTCCCCTTGGGAAATAGAACTCAAAACTGAGTTTGATTTTG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;



END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "combined-nogap-ML.tre"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 'Canis_lupus_familiaris',
		2 'Canis_lupus',
		3 'Ailuropoda_melanoleuca',
		4 'Ursus_thibetanus',
		5 'Ursus_arctos',
		6 'Arctonyx_collaris',
		7 'Martes_flavigula',
		8 'Mustela_kathiah',
		9 'Potos_flavus',
		10 'Procyon_lotor',
		11 'Ailurus_fulgens',
		12 'Mephitis_mephitis',
		13 'Phoca_vitulina',
		14 'Odobenus_rosmarus',
		15 'Zalophus_californianus',
		16 'Callorhinus_ursinus';
	TREE ML_tree_from_combined_22_introns_data_with_no_gap = (((1:0.078312,(2:0.052693,((3:0.093959,4:0.027742)100:0.01155,(5:0.029308,(6:0.02318,7:0.035558)41:0.002236)100:0.034544)100:0.004063)100:0.003454)100:0.009369,((10:0.016522,(8:0.002214,9:0.003678)100:0.01124)100:0.037045,(11:0.018561,(12:0.015163,(13:0.001498,14:0.001718)100:0.009289)100:0.011795)100:0.02072)43:0.001438)100:0.051105,(15:0.00131,16:0.001313)100:0.051105)[% ] [%unrooted = on ];

END;


BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  16459;

END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "combined-nogap-bayes.tre"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 'Canis_lupus_familiaris',
		2 'Canis_lupus',
		3 'Ailuropoda_melanoleuca',
		4 'Ursus_thibetanus',
		5 'Ursus_arctos',
		6 'Arctonyx_collaris',
		7 'Martes_flavigula',
		8 'Mustela_kathiah',
		9 'Potos_flavus',
		10 'Procyon_lotor',
		11 'Ailurus_fulgens',
		12 'Mephitis_mephitis',
		13 'Phoca_vitulina',
		14 'Odobenus_rosmarus',
		15 'Zalophus_californianus',
		16 'Callorhinus_ursinus';
	TREE Bayesian_tree_from_combined_22_introns_data_with_no_gap = (1:0.001174,2:0.001238,((3:0.015085,(4:0.003229,5:0.002081)1.00:0.010183)1.00:0.0323,((12:0.068853,(11:0.046968,((8:0.020515,(6:0.026374,7:0.031663)0.75:0.001929)1.00:0.030891,(9:0.024419,10:0.039197)1.00:0.010865)1.00:0.00365)1.00:0.003077)1.00:0.008843,(13:0.016806,(14:0.012424,(15:0.001517,16:0.001598)1.00:0.008535)1.00:0.010689)1.00:0.0189)0.61:0.001911)1.00:0.090791);

END;


BEGIN NOTES;

	SU  C = 15 N = selected B = TRUE;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  16459;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  16459;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1285643630706;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 3649693224617575644;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 7548463319315601769;
			tell It;
				setSelected  15;
				attachments ;
			endTell;
			mqVersion 273;
			checksumv 0 2 2521846555 null  getNumChars 16459 numChars 16459 getNumTaxa 16 numTaxa 16   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 6320251.0 sumSquares -1.060687784238239E20   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1440 782;
			setLocation -8 0;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.ManageTrees.ManageTrees;
		tell It;
			showTrees 1 #mesquite.lists.TreesList.TreesList;
			tell It;
				setTreeBlock 2;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.NumForTreeList.NumForTreeList;
				tell It;
					suppress;
					setValueTask  #mesquite.trees.NumberOfTaxa.NumberOfTaxa;
					desuppress;
				endTell;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListRooted.TreeListRooted;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolys.TreeListPolys;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolyAssumption.TreeListPolyAssumption;
					getTable;
					tell It;
						rowNamesWidth 518;
					endTell;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1340 715;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TreesList.TreesListWindow.ibeam;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #7548463319315601769 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1340 715;
					setLocation -8 0;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				hideWindow;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;