#NEXUS [written Tue Sep 28 11:21:23 CST 2010 by Mesquite version 2.73 (build 544) at lpt/192.168.2.34] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=16; TAXLABELS 'Canis_lupus_familiaris' 'Canis_lupus' 'Ailuropoda_melanoleuca' 'Ursus_thibetanus' 'Ursus_arctos' 'Arctonyx_collaris' 'Martes_flavigula' 'Mustela_kathiah' 'Potos_flavus' 'Procyon_lotor' 'Ailurus_fulgens' 'Mephitis_mephitis' 'Phoca_vitulina' 'Odobenus_rosmarus' 'Zalophus_californianus' 'Callorhinus_ursinus' ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Character_Matrix; DIMENSIONS NCHAR=22695; FORMAT DATATYPE = DNA GAP = - MISSING = ?; MATRIX 'Canis_lupus_familiaris' 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'Canis_lupus' 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'Ailuropoda_melanoleuca' 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'Ursus_thibetanus' 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'Ursus_arctos' 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'Martes_flavigula' 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'Mustela_kathiah' 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'Procyon_lotor' 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'Mephitis_mephitis' 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'Phoca_vitulina' 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'Odobenus_rosmarus' 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'Zalophus_californianus' 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'Callorhinus_ursinus' 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; END; BEGIN ASSUMPTIONS; TYPESET * UNTITLED = unord: 1 - 22695; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "combined-allgap-ML.tre"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 'Canis_lupus_familiaris', 2 'Canis_lupus', 3 'Ailuropoda_melanoleuca', 4 'Ursus_thibetanus', 5 'Ursus_arctos', 6 'Arctonyx_collaris', 7 'Martes_flavigula', 8 'Mustela_kathiah', 9 'Potos_flavus', 10 'Procyon_lotor', 11 'Ailurus_fulgens', 12 'Mephitis_mephitis', 13 'Phoca_vitulina', 14 'Odobenus_rosmarus', 15 'Zalophus_californianus', 16 'Callorhinus_ursinus'; TREE ML_tree_from_combined_22_introns_data_with_all_gap = (((1:0.090436,(7:0.05481,((2:0.031344,(3:0.038089,4:0.025373)70:0.002359)100:0.039048,(5:0.336008,6:0.028978)100:0.012596)100:0.004686)100:0.003761)100:0.01119,((8:0.016364,(9:0.002583,10:0.003957)100:0.011916)100:0.039278,(11:0.018779,(12:0.01629,(13:0.001282,14:0.002134)100:0.010634)100:0.012299)100:0.021871)68:0.001951)100:0.052995,(15:0.001846,16:0.00151)100:0.052995)[% ] [%unrooted = on ]; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "combined-allgap-bayes.tre"'; LINK Taxa = Taxa; TRANSLATE 1 'Canis_lupus_familiaris', 2 'Canis_lupus', 3 'Ailuropoda_melanoleuca', 4 'Ursus_thibetanus', 5 'Ursus_arctos', 6 'Arctonyx_collaris', 7 'Martes_flavigula', 8 'Mustela_kathiah', 9 'Potos_flavus', 10 'Procyon_lotor', 11 'Ailurus_fulgens', 12 'Mephitis_mephitis', 13 'Phoca_vitulina', 14 'Odobenus_rosmarus', 15 'Zalophus_californianus', 16 'Callorhinus_ursinus'; TREE Bayesian_tree_from_combined_22_introns_data_with_all_gap = (1:0.001417,2:0.001727,(((3:0.01541,(4:0.003586,5:0.002381)1.00:0.011073)1.00:0.036011,(6:0.01772,(7:0.01412,(8:0.001328,9:0.001984)1.00:0.010082)1.00:0.011682)1.00:0.020426)0.54:0.001623,(16:0.080028,(15:0.05055,((10:0.02912,(11:0.023465,12:0.035179)0.98:0.002013)1.00:0.035908,(13:0.026066,14:0.043504)1.00:0.012373)1.00:0.004275)1.00:0.003264)1.00:0.011349)1.00:0.096993); END; BEGIN CODONS; CODESET * UNTITLED = universal: 1 - 22695; END; BEGIN MESQUITECHARMODELS; ProbModelSet * UNTITLED = 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