#NEXUS
[written Tue Sep 28 11:18:04 CST 2010 by Mesquite  version 2.73 (build 544) at lpt/192.168.2.34]

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BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Character_Matrix;
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	MATRIX
	'Canis_lupus_familiaris' 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	'Canis_lupus'           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	'Ailuropoda_melanoleuca' 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	'Ursus_thibetanus'      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	'Ursus_arctos'          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	'Martes_flavigula'      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	'Mustela_kathiah'       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	'Procyon_lotor'         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	'Ailurus_fulgens'       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	'Phoca_vitulina'        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	'Odobenus_rosmarus'     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	'Zalophus_californianus' 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	'Callorhinus_ursinus'   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;



END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  21570;

END;

BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "combined-halfgap-ML.tre"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 'Canis_lupus_familiaris',
		2 'Canis_lupus',
		3 'Ailuropoda_melanoleuca',
		4 'Ursus_thibetanus',
		5 'Ursus_arctos',
		6 'Arctonyx_collaris',
		7 'Martes_flavigula',
		8 'Mustela_kathiah',
		9 'Potos_flavus',
		10 'Procyon_lotor',
		11 'Ailurus_fulgens',
		12 'Mephitis_mephitis',
		13 'Phoca_vitulina',
		14 'Odobenus_rosmarus',
		15 'Zalophus_californianus',
		16 'Callorhinus_ursinus';
	TREE ML_tree_from_combined_22_introns_data_with_half_gap = (((1:0.090886,(7:0.055448,((2:0.147639,3:0.028911)100:0.012399,(4:0.031757,(5:0.025984,6:0.038533)73:0.00265)100:0.039317)100:0.004603)99:0.003755)100:0.01097,((8:0.018944,(9:0.016083,(10:0.001307,11:0.00212)100:0.01083)100:0.012526)100:0.022162,(14:0.016618,(12:0.00406,13:0.002558)100:0.0121)100:0.03882)66:0.001837)100:0.053449,(15:0.001921,16:0.001433)100:0.053449)[% ] [%unrooted = on ];

END;


BEGIN TREES;
	Title 'Trees from "combined-halfgap-bayes.tre"';
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
		1 'Canis_lupus_familiaris',
		2 'Canis_lupus',
		3 'Ailuropoda_melanoleuca',
		4 'Ursus_thibetanus',
		5 'Ursus_arctos',
		6 'Arctonyx_collaris',
		7 'Martes_flavigula',
		8 'Mustela_kathiah',
		9 'Potos_flavus',
		10 'Procyon_lotor',
		11 'Ailurus_fulgens',
		12 'Mephitis_mephitis',
		13 'Phoca_vitulina',
		14 'Odobenus_rosmarus',
		15 'Zalophus_californianus',
		16 'Callorhinus_ursinus';
	TREE Bayesian_tree_from_combined_22_introns_data_with_half_gap = (1:0.00133,2:0.001756,(((3:0.015173,(4:0.003623,5:0.002276)1.00:0.010967)1.00:0.035051,(6:0.017525,(7:0.013861,(8:0.001349,9:0.001918)1.00:0.010136)1.00:0.011487)1.00:0.020204)0.54:0.001479,(16:0.078761,(15:0.050073,((10:0.028943,(11:0.02334,12:0.034697)1.00:0.002128)1.00:0.035312,(13:0.025648,14:0.042629)1.00:0.011816)1.00:0.004107)1.00:0.003105)1.00:0.010927)1.00:0.095828);

END;


BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  21570;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  21570;
END;

Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1285643885426;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 2819087753202990551;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 1415998121430574780;
			mqVersion 273;
			checksumv 0 2 1343808958 null  getNumChars 21570 numChars 21570 getNumTaxa 16 numTaxa 16   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 8145075.0 sumSquares -1.0606877842382212E20   NumFiles 1 NumMatrices 1;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 100;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 700 464;
			setLocation 8 8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.ManageTrees.ManageTrees;
		tell It;
			showTrees 1 #mesquite.lists.TreesList.TreesList;
			tell It;
				setTreeBlock 2;
				getWindow;
				tell It;
					newAssistant  #mesquite.lists.NumForTreeList.NumForTreeList;
				tell It;
					suppress;
					setValueTask  #mesquite.trees.NumberOfTaxa.NumberOfTaxa;
					desuppress;
				endTell;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListRooted.TreeListRooted;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolys.TreeListPolys;
					newAssistant  #mesquite.lists.TreeListPolyAssumption.TreeListPolyAssumption;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 600 397;
					setLocation 8 8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.lists.TreesList.TreesListWindow.ibeam;
					endTell;
					setActive;
				endTell;
				showWindow;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;