#NEXUS
[written Thu Apr 14 15:20:50 CST 2016 by Mesquite  version 3.01 (build 658) at Lenovo-PC/111.195.135.136]

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	Athelia_rolfsii_AFTOL_664  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	Ceraceomyces_americanus_FP_102188    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	Ceraceomyces_serpens_HHB_15692_Sp  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	Jaapia_ochroleuca_KHL8433     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	Amylocorticium_cebennense_CFMR_HHB_2808  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	Anomoloma_flavissimum_Cui12303    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	Anomoloma_myceliosum_CFMR_MJL_4413  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;



END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	TYPESET * UNTITLED   =  unord:  1 -  5079;

END;

BEGIN CODONS;
	CODESET * UNTITLED   =  universal:  1 -  5079;


END;

BEGIN MESQUITECHARMODELS;
	ProbModelSet * UNTITLED   =  'Jukes-Cantor':  1 -  5079;
END;

BEGIN TREES;
	Title Imported_trees;
	LINK Taxa = Taxa;
	TRANSLATE
[0] 		1 Podoserpula_pusio_HLepp329ACT,
[1] 		2 Podoserpula_pusio_PERTHE6761,
[2] 		3 Podoserpula_ailaoshanensis_Liu170,
[3] 		4 Podoserpula_ailaoshanensis_ZJL2015015,
[4] 		5 Hypochniciellum_subillaqueatum_KHL8493,
[5] 		6 Anomoporia_bombycina_CFMRL6240,
[6] 		7 Amyloathelia_crassiuscula_GBK169796,
[7] 		8 Anomoporia_kamtschatica_KHL11072,
[8] 		9 Plicaturopsis_crispa_AFTOL_ID192,
[9] 		10 Plicaturopsis_crispa_FP_101310_SP,
[10] 		11 Irpicodon_pendulus_GB_BNorden,
[11] 		12 Athelia_rolfsii_AFTOL_664,
[12] 		13 Ceraceomyces_americanus_FP_102188,
[13] 		14 Ceraceomyces_serpens_HHB_15692_Sp,
[14] 		15 Ceraceomyces_borealis_CFMRL_8014,
[15] 		16 Leptosporomyces_septentrionalis_JS16122,
[16] 		17 Jaapia_argillacea_CBS_25274,
[17] 		18 Jaapia_ochroleuca_KHL8433,
[18] 		19 Amylocorticium_cebennense_CFMR_HHB_2808,
[19] 		20 Amylocorticium_subsulphureum_CFMR_HHB_13817,
[20] 		21 Amylocorticium_subincarnatum_AS_95,
[21] 		22 Anomoloma_luteoalba_Cui2687,
[22] 		23 Anomoloma_flavissimum_Cui12303,
[23] 		24 Anomoloma_myceliosum_CFMR_MJL_4413,
[24] 		25 Anomoloma_albolutescens_CFMRL_6088,
[25] 		26 Anomoloma_submyceliosum_Dai7402;
	TREE Imported_tree_1 = (((16:0.07972011970515114,(((11:0.09850259517315413,(9:0.000007468044113416,10:0.0014402318735409223)97:0.029199254645402545)100:0.16369412711021536,(((2:0.012855207723942502,1:0.0030581741936667214)85:0.01070136223229789,(4:0.000007468044113416,3:0.000007468044113416)100:0.01938317756429084)100:0.1505961405948462,5:0.03556130887418482)88:0.04462682562020201)27:0.012906762566394761,(((26:0.0031928110757350283,((25:0.015728978786079886,(22:0.0054186787460795355,23:0.0004947208497569402)58:0.0031102771128849616)44:0.006781079493073887,24:0.009270804237016877)29:0.0029083013349173467)100:0.17619334553059768,(19:0.17109452899387653,(20:0.07299704161000652,21:0.018747850050766544)100:0.051806175798681776)100:0.05246468367681204)4:0.014087083837450672,(8:0.06467128911521182,(6:0.07496061289887318,7:0.040345025406511414)54:0.013944858520605658)49:0.029805294338965307)2:0.020591752273809962)11:0.011282550192847235)2:0.005640207167994805,(12:0.2779131177638664,((13:0.08178193757383748,14:0.1010777953057677)100:0.11881576608398865,15:0.13761158868028542)71:0.026139359303228974)18:0.016271736813014314)100:0.12670833367379955,(18:0.0034779820664006997,17:0.0027629197977612234)100:0.12670833367379955);

END;


Begin MESQUITE;
		MESQUITESCRIPTVERSION 2;
		TITLE AUTO;
		tell ProjectCoordinator;
		timeSaved 1460618450232;
		getEmployee #mesquite.minimal.ManageTaxa.ManageTaxa;
		tell It;
			setID 0 1057142072302757263;
		endTell;
		getEmployee #mesquite.charMatrices.ManageCharacters.ManageCharacters;
		tell It;
			setID 0 5418345532749752956;
			mqVersion 301;
			checksumv 0 3 3072559319 null  getNumChars 5079 numChars 5079 getNumTaxa 26 numTaxa 26   short true   bits 2305843009213693967   states 15   sumSquaresStatesOnly 1543773.0 sumSquares -8.762203435012034E19 longCompressibleToShort false usingShortMatrix true   NumFiles 1 NumMatrices 1 errorReportedDuringRun;
			mqVersion;
		endTell;
		getWindow;
		tell It;
			suppress;
			setResourcesState false false 292;
			setPopoutState 400;
			setExplanationSize 0;
			setAnnotationSize 0;
			setFontIncAnnot 0;
			setFontIncExp 0;
			setSize 1362 649;
			setLocation -8 -8;
			setFont SanSerif;
			setFontSize 10;
			getToolPalette;
			tell It;
			endTell;
			desuppress;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.trees.BasicTreeWindowCoord.BasicTreeWindowCoord;
		tell It;
			makeTreeWindow #1057142072302757263  #mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindowMaker;
			tell It;
				suppressEPCResponse;
				setTreeSource  #mesquite.trees.StoredTrees.StoredTrees;
				tell It;
					setTreeBlock 1;
					toggleUseWeights off;
				endTell;
				setAssignedID 1272.1460618353669.1427528084209121021;
				getTreeWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1070 577;
					setLocation -8 -8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
						setTool mesquite.trees.BasicTreeWindowMaker.BasicTreeWindow.arrow;
					endTell;
					setActive;
					getTreeDrawCoordinator #mesquite.trees.BasicTreeDrawCoordinator.BasicTreeDrawCoordinator;
				tell It;
					suppress;
					setTreeDrawer  #mesquite.trees.SquareLineTree.SquareLineTree;
					tell It;
						setNodeLocs #mesquite.trees.NodeLocsStandard.NodeLocsStandard;
						tell It;
							branchLengthsToggle off;
							toggleScale on;
							toggleBroadScale off;
							toggleCenter on;
							toggleEven on;
							setFixedTaxonDistance 0;
						endTell;
						setEdgeWidth 4;
						showEdgeLines on;
						orientUp;
					endTell;
					setBackground White;
					setBranchColor Black;
					showNodeNumbers off;
					showBranchColors on;
					labelBranchLengths off;
					centerBrLenLabels on;
					showBrLensUnspecified on;
					showBrLenLabelsOnTerminals on;
					setBrLenLabelColor 0 0 255;
					setNumBrLenDecimals 6;
					desuppress;
					getEmployee #mesquite.trees.BasicDrawTaxonNames.BasicDrawTaxonNames;
					tell It;
						setColor Black;
						toggleColorPartition off;
						toggleColorAssigned on;
						toggleShadePartition off;
						toggleShowFootnotes on;
						toggleNodeLabels on;
						toggleCenterNodeNames off;
						toggleShowNames on;
						namesAngle ?;
					endTell;
				endTell;
					setTreeNumber 1;
					setTree '(((16:0.07972011970515114,(((11:0.09850259517315413,(9:0.000007468044113416,10:0.0014402318735409223)97:0.029199254645402545)100:0.16369412711021536,(((2:0.012855207723942502,1:0.0030581741936667214)85:0.01070136223229789,(4:0.000007468044113416,3:0.000007468044113416)100:0.01938317756429084)100:0.1505961405948462,5:0.03556130887418482)88:0.04462682562020201)27:0.012906762566394761,(((26:0.0031928110757350283,((25:0.015728978786079886,(22:0.0054186787460795355,23:0.0004947208497569402)58:0.0031102771128849616)44:0.006781079493073887,24:0.009270804237016877)29:0.0029083013349173467)100:0.17619334553059768,(19:0.17109452899387653,(20:0.07299704161000652,21:0.018747850050766544)100:0.051806175798681776)100:0.05246468367681204)4:0.014087083837450672,(8:0.06467128911521182,(6:0.07496061289887318,7:0.040345025406511414)54:0.013944858520605658)49:0.029805294338965307)2:0.020591752273809962)11:0.011282550192847235)2:0.005640207167994805,(12:0.2779131177638664,((13:0.08178193757383748,14:0.1010777953057677)100:0.11881576608398865,15:0.13761158868028542)71:0.026139359303228974)18:0.016271736813014314)100:0.12670833367379955,(18:0.0034779820664006997,17:0.0027629197977612234)100:0.12670833367379955);';
					setDrawingSizeMode 0;
					toggleLegendFloat on;
					scale 0;
					toggleTextOnTree off;
					showWindow;
				endTell;
				desuppressEPCResponse;
				getEmployee #mesquite.trees.ColorBranches.ColorBranches;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.BranchNotes.BranchNotes;
				tell It;
					setAlwaysOn off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.ColorTreeByPartition.ColorTreeByPartition;
				tell It;
					colorByPartition off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocDoubles.DrawTreeAssocDoubles;
				tell It;
					setOn on;
					setDigits 4;
					writeAsPercentage off;
					toggleCentred off;
					toggleHorizontal on;
					toggleWhiteEdges on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.ornamental.DrawTreeAssocStrings.DrawTreeAssocStrings;
				tell It;
					setOn on;
					toggleCentred on;
					toggleHorizontal on;
					setFontSize 10;
					setOffset 0  0;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.trees.TreeInfoValues.TreeInfoValues;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		getEmployee  #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowCoord.BasicDataWindowCoord;
		tell It;
			showDataWindow #5418345532749752956 #mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindowMaker;
			tell It;
				getWindow;
				tell It;
					setExplanationSize 30;
					setAnnotationSize 20;
					setFontIncAnnot 0;
					setFontIncExp 0;
					setSize 1070 577;
					setLocation -8 -8;
					setFont SanSerif;
					setFontSize 10;
					getToolPalette;
					tell It;
					endTell;
					setTool mesquite.charMatrices.BasicDataWindowMaker.BasicDataWindow.arrow;
					colorCells  #mesquite.charMatrices.ColorByState.ColorByState;
				tell It;
					setStateLimit 9;
					toggleUniformMaximum on;
				endTell;
					colorRowNames  #mesquite.charMatrices.TaxonGroupColor.TaxonGroupColor;
					colorColumnNames  #mesquite.charMatrices.CharGroupColor.CharGroupColor;
					colorText  #mesquite.charMatrices.NoColor.NoColor;
					setBackground White;
					toggleShowNames on;
					toggleShowTaxonNames on;
					toggleTight off;
					toggleThinRows off;
					toggleShowChanges off;
					toggleSeparateLines off;
					toggleShowStates on;
					toggleAutoWCharNames off;
					toggleAutoTaxonNames off;
					toggleShowDefaultCharNames off;
					toggleConstrainCW on;
					toggleBirdsEye off;
					toggleShowPaleGrid off;
					toggleShowPaleCellColors off;
					toggleShowPaleExcluded off;
					togglePaleInapplicable on;
					toggleShowBoldCellText off;
					toggleAllowAutosize off;
					toggleColorsPanel off;
					toggleLinkedScrolling on;
					toggleScrollLinkedTables off;
				endTell;
				showWindow;
				getWindow;
				tell It;
					forceAutosize;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.ColorCells.ColorCells;
				tell It;
					setColor Red;
					removeColor off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.categ.StateNamesStrip.StateNamesStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.AnnotPanel.AnnotPanel;
				tell It;
					togglePanel off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.CharReferenceStrip.CharReferenceStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.QuickKeySelector.QuickKeySelector;
				tell It;
					autotabOff;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.charMatrices.SelSummaryStrip.SelSummaryStrip;
				tell It;
					showStrip off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.align.AlignToDropped.AlignToDropped;
				tell It;
					gapCosts 8 3 2 2;
					subCosts  10 5 10 10 10 5 5 10 10 10 5 10;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.ColorByAA.ColorByAA;
				tell It;
					emphasizeDegeneracy off;
				endTell;
				getEmployee #mesquite.molec.SequenceInfoEditor.SequenceInfoEditor;
				tell It;
					panelOpen false;
				endTell;
			endTell;
		endTell;
		endTell;
end;