NEXUS [File created by TreeBASE: 7/26/07 21:16:55] [Matrix accession#: M3114] BEGIN TAXA; TITLE M3114; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Tubulicrinis_gracillimus Trichaptum_abietinum Skvortzovia_furfurella Sistotrema_raduloides Rickenella_fibula Resinicium_saccharicola Resinicium_mutabile Resinicium_meridionale_DQ974210 Resinicium_meridionale_DQ834910 Resinicium_meridionale_AY293142 Resinicium_furfuraceum Resinicium_friabile Resinicium_chiricahuaese Resinicium_bicolor_DQ834914 Resinicium_bicolor_AF518588 Resinicium_bicolor_AF026615 Phellinus_igniarius Oxyporus_latemarginatus Kavinia_himantia Inonotus_hispidus Inonotus_baumii Hyphoderma_praetermissum Hydnochaete_olivacea Hydnochaete_duportii Fibricium_rude Cyphellostereum_laeve Basidioradulum_radula ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE M3114; DIMENSIONS NCHAR=1792; FORMAT DATATYPE = DNA MISSING = ? 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Inonotus_hispidus ???CGTAGTCATATGCTTGTCTCA?AGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAATTTGT-CTGTGAAACTGCGANTGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACATTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTCCTGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCGTTGGTGATTCATAGTAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCANGG-AAGGCAGCAGGCGCGCACATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTTTTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAGCGAAG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTCTATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTAAACTTCAGGCCTGGCCGGGCGGTCTGCCTCGCGGTA-TGTACTGACTGGCCGGGCCTTACCTCTTGGTGAACCGGCATGCCCTTTGTTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCTTATGCCTGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGCGATTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGA-TTGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCCGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGGAAGACTAACTATTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATTAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGACCTCAATTTGATGCGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCCGGCCGGCTTTTGCTGGTCGCAGGCTTCTTAGAGGGACTGTCGGCGTTTAGCCGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGANCCAGCGAGTA--TTTTTCCTTGACCGGAAGGTTCTGGGTAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCCTTCGGATCGATTCCGGGGAGCCGGCAACGGCACCCTGGAGTTGAAAAGCTGGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAA-TCGTA????????????????????????????? Inonotus_baumii ????GTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAACTTGTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACATTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTTCTGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCGTTGGTGAATCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG-AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTATTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCAGGCCTGGCTGGGCGGTCTGCCTCGCGGTA-CGTACTGACCGGCCGGGCCTTACCTCTTGGTGAACCGGCATGCCCTTTACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCCTGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGA-TCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCAGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATTAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGAGTTCAAATTGATGTGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCGGCTTTTGCTGGTCGCGGGCTTCTTAGAGGGACTGTCGGCCTTTAGCCGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTA-CTTTCTCCTGGACCGGAAGGTTCTGGGTAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCCTTCGGATTGGCTTCGGGGAGCCGGCAACGGCACCCTGGAGCTGAGAAGTTGGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAA Hyphoderma_praetermissum ??TCGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAATTTGTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTATCTTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTTCCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCCTTGGTGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG-AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTTTTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCGGGCCTGGCCGGGCGGTCCGCCTAACGGCGCTGTACTGTCTGGCCGGGCCTTACCTCTTGGTGAGCCGGCGTGCCCTTTACTGGGTGCGTCGGGGAACCAGGACTTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCCCGAATACATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAG-TCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTTGGGGGCATTAGTATTCAGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTATTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGACCTCAATTTTATGTGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATGACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCATGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCGGCTTTTGCTGGTCTCCGGCTTCTTAGAGGGACTGTCGGCGTCTAGCCGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTTTTTTTTCCCTTGGCCGGAAGGCC-TGGGTAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGGCTCCGGATTGGCTTTGGGGAGCCGGCGACGGCACCCTATTGCTGAGAAGCTGATCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAG???????????????????????? Hydnochaete_olivacea ??TCGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAATTTGTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACATTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTTCTGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCCTTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTTTTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCAGGCCTGGCCGGGCGGTCTGCCTAACGGTA-TGTACTGTCTGGCCGGGTCTTACCTCTTGGTGAGCCGGCATGCCCTTTACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCCCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGA-TCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCAGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGACCTCACTATCATGTGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA-CTCACCAGGTCCAGACATAACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGACAGGCCGGCTTTTGCTGGTCGCCGTCTTCTTAGAGGGACTGTCAGCGTCTAGCTGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTT-TTTTTTCCTTGGCCGGAAGGTCGTGG-TAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGACTCCGGATTGGCTTTGGGGAGCCGGCAACGGCACCTCGTCGCTGAGAAGCTGTTCAAACTTGGTCATTTAGAGGCAGTAAAGGT????????????????????????????????? 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Fibricium_rude ???CGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGGCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAATTTGTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACATTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTTCCGGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCCTTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG-AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTTTTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCAGACCTGGCCGGGCGGTCTGCCTAACGGTA-TGTACTGTCTGGCCGGGCCTTACCTCTTGGTGAGCCGGCATGCCCTTCATTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACCTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCCCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAG-TCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCAGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGACCTCACTATCATGTGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCGGCTTTTGCTGGTCGCCGGCTTCTTAGAGGGACTGTCAGCGTCTAGCTGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTT-TTTTTTCCTTGGCCGGAAGGTCATGGGTAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCCTCCGGATCGGCGTCGGGGAGCCGGAAACGGCACCCTGTTGCTGAGAAGCTGGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGA?????????? 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Basidioradulum_radula ??TCGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGT-CTAAGTATAAACAAATTTGTACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGTACATTGCTACATGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCAATC-AAGCCCCGACTTCTGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGCGGTTCGCCGCTCCTTTGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGCTT-CATTCAAATATCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG-AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATATAGGGCTCTTTTGGGTCTTATAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGG-AACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTCAGACCTGGCCGGGCGGTCTGCCTCGCGGTA-TGTACTGTCTGGCCGGGCCTTACCTCTTGGTGAGCCGGCATGCCCTTTATTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACCTTTACCTTGAGAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCCCGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAG-TCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATTAGTATTCAGTTGCTAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACTGAAGACTAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAGGTTAGGGGATCGAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGACCTCACTATTATGTGTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAACTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCTGGCCGGCTTTTGCTGGTCACCGGCTTCTTAGAGGGACTGTCAGCATCTAGCTGACGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCC-TTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGCCAGCGAGTT-CTTTTTCCTTGGCCGGAAGGTCATGGGTAATCTTGTGAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGTGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTTAGTGAGGCCTCCGGATTGGCTTCGGGGAGCCGGAAACGGCACCCTGTTGCTGAGAAGCTGGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTA????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions = N: 1 - 1792 ; CODESET * UNTITLED = Universal: all ; END; BEGIN ASSUMPTIONS; OPTIONS DEFTYPE = unord PolyTcount = MINSTEPS ; EXSET excludecharacters = 1 - 44 1760 - 1792 ; END;