#NEXUS [written Fri Jun 14 17:19:21 EDT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at Simba.local/172.29.128.98] BEGIN TAXA; TITLE Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_COI_data_set; DIMENSIONS NTAX=253; TAXLABELS Bombus_alagesianus_A001TR Bombus_erzurumensis_E001TR Bombus_erzurumensis_E002TR Bombus_erzurumensis_E003TR Bombus_incertus_I001TR Bombus_lapidarius_L001NW Bombus_lapidarius_L002NW Bombus_lapidarius_L003NW Bombus_lapidarius_L004NW Bombus_lapidarius_L005SW Bombus_lapidarius_L006GOT Bombus_lapidarius_L007GOT Bombus_lapidarius_L008GOT Bombus_lapidarius_L009GOT Bombus_lapidarius_L010GOT Bombus_lapidarius_L011ALA Bombus_lapidarius_L012ALA Bombus_lapidarius_L013ALA Bombus_lapidarius_L014ALA Bombus_lapidarius_L015ALA Bombus_lapidarius_L016NW Bombus_lapidarius_L017NW Bombus_lapidarius_L018NW Bombus_lapidarius_L019SW Bombus_lapidarius_L020BE Bombus_lapidarius_L021BE Bombus_lapidarius_L022BE Bombus_lapidarius_L023FR Bombus_lapidarius_L024BE Bombus_lapidarius_L025DE 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Bombus_sichelii_S007SIB 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; END; BEGIN TREES; Title 'COI_NJ_neighbour joining based on B. lapidarius COI alignment'; LINK Taxa = Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_COI_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_alagesianus_A001TR, 2 Bombus_erzurumensis_E001TR, 3 Bombus_erzurumensis_E002TR, 4 Bombus_erzurumensis_E003TR, 5 Bombus_incertus_I001TR, 6 Bombus_lapidarius_L001NW, 7 Bombus_lapidarius_L002NW, 8 Bombus_lapidarius_L003NW, 9 Bombus_lapidarius_L004NW, 10 Bombus_lapidarius_L005SW, 11 Bombus_lapidarius_L006GOT, 12 Bombus_lapidarius_L007GOT, 13 Bombus_lapidarius_L008GOT, 14 Bombus_lapidarius_L009GOT, 15 Bombus_lapidarius_L010GOT, 16 Bombus_lapidarius_L011ALA, 17 Bombus_lapidarius_L012ALA, 18 Bombus_lapidarius_L013ALA, 19 Bombus_lapidarius_L014ALA, 20 Bombus_lapidarius_L015ALA, 21 Bombus_lapidarius_L016NW, 22 Bombus_lapidarius_L017NW, 23 Bombus_lapidarius_L018NW, 24 Bombus_lapidarius_L019SW, 25 Bombus_lapidarius_L020BE, 26 Bombus_lapidarius_L021BE, 27 Bombus_lapidarius_L022BE, 28 Bombus_lapidarius_L023FR, 29 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(1:0.1824293,(((3:1.0E-8,(4:9.8184E-4,2:1.0E-8):9.7269E-4):0.0687904,((253:0.00188703,250:1.0E-8,252:1.0E-8,251:9.8477E-4):0.00594966,(248:0.05132628,249:1.0E-8,247:1.0E-8):0.00791038):0.07531763):0.04135791,((((50:1.0E-8,154:1.0E-8,62:1.0E-8,140:1.0E-8,52:1.0E-8,128:1.0E-8,54:1.0E-8,30:1.0E-8,(116:1.0E-8,109:1.0E-8,157:1.0E-8,60:1.0E-8,158:1.0E-8,61:1.0E-8,57:1.0E-8,55:1.0E-8,56:1.0E-8,159:1.0E-8,63:1.0E-8,156:1.0E-8):7.2185E-4,122:1.0E-8,58:1.0E-8,51:1.0E-8,53:1.0E-8,239:1.0E-8,59:1.0E-8,42:1.0E-8,155:1.0E-8,241:1.0E-8,240:1.0E-8,64:1.0E-8):6.5349E-4,(160:1.0E-8,70:1.0E-8,228:1.0E-8,(230:1.0E-8,236:1.0E-8,73:1.0E-8,237:1.0E-8,235:1.0E-8,233:1.0E-8,72:1.0E-8,162:1.0E-8,234:1.0E-8):7.2059E-4,229:1.0E-8,74:1.0E-8,231:1.0E-8,161:1.0E-8,232:1.0E-8,163:1.0E-8,71:1.0E-8,238:1.0E-8):0.00226248):0.00567504,21:1.0E-8,100:1.0E-8,23:1.0E-8,(16:1.0E-8,171:1.0E-8,173:1.0E-8,18:1.0E-8,216:1.0E-8,76:1.0E-8,193:1.0E-8,172:1.0E-8,43:1.0E-8,174:1.0E-8,201:1.0E-8,39:1.0E-8,129:1.0E-8,(66:1.0E-8,48:1.0E-8,47:1.0E-8,67:1.0E-8,151:1.0E-8,68:1.0E-8,46:1.0E-8):8.3473E-4,(131:1.0E-8,242:1.0E-8,138:1.0E-8,210:1.0E-8,152:1.0E-8,202:1.0E-8,35:1.0E-8,41:1.0E-8,28:1.0E-8,26:1.0E-8,130:1.0E-8,164:1.0E-8,144:1.0E-8,113:1.0E-8,110:1.0E-8,147:1.0E-8,136:1.0E-8,170:1.0E-8,209:1.0E-8,125:1.0E-8,69:1.0E-8,194:1.0E-8,175:1.0E-8,132:1.0E-8,149:1.0E-8,222:1.0E-8,127:1.0E-8,112:1.0E-8,215:1.0E-8,165:1.0E-8,(183:1.0E-8,192:1.0E-8,80:1.0E-8,83:1.0E-8,246:1.0E-8,186:1.0E-8,185:1.0E-8,184:1.0E-8,84:1.0E-8,177:1.0E-8,82:1.0E-8,189:1.0E-8,178:1.0E-8,191:1.0E-8,245:1.0E-8,81:1.0E-8,176:1.0E-8,188:1.0E-8,187:1.0E-8,190:1.0E-8):8.8836E-4,221:1.0E-8,121:1.0E-8,169:1.0E-8,77:1.0E-8,198:1.0E-8,65:1.0E-8,218:1.0E-8,223:1.0E-8,196:1.0E-8,(32:1.0E-8,139:1.0E-8):8.6607E-4,45:1.0E-8,118:1.0E-8,197:1.0E-8,142:1.0E-8,153:1.0E-8,203:1.0E-8,143:1.0E-8,114:1.0E-8,117:1.0E-8,135:1.0E-8,107:1.0E-8,126:1.0E-8,195:1.0E-8,208:1.0E-8,148:1.0E-8,29:1.0E-8,133:1.0E-8,120:1.0E-8,34:1.0E-8,33:1.0E-8,220:1.0E-8,134:1.0E-8,217:1.0E-8,49:1.0E-8,141:1.0E-8,27:1.0E-8,36:1.0E-8,243:1.0E-8,111:1.0E-8,17:1.0E-8,106:1.0E-8,150:1.0E-8,224:1.0E-8,206:1.0E-8,75:1.0E-8,19:1.0E-8,214:1.0E-8,207:1.0E-8,119:1.0E-8,123:1.0E-8,146:1.0E-8,25:1.0E-8,115:1.0E-8,40:1.0E-8,137:1.0E-8,145:1.0E-8,108:1.0E-8,225:1.0E-8,124:1.0E-8,219:1.0E-8):8.5554E-4,213:1.0E-8,(37:1.0E-8,244:1.0E-8,204:1.0E-8,199:1.0E-8,205:1.0E-8,211:1.0E-8,212:1.0E-8,38:1.0E-8,200:1.0E-8):8.5423E-4,78:1.0E-8,44:1.0E-8,79:1.0E-8,31:1.0E-8,166:1.0E-8,20:1.0E-8,168:1.0E-8,167:1.0E-8):8.2943E-4,9:1.0E-8,22:1.0E-8,7:1.0E-8,24:1.0E-8,10:1.0E-8,6:1.0E-8,(97:1.0E-8,99:1.0E-8,(94:1.0E-8,91:1.0E-8,182:1.0E-8,179:1.0E-8,180:1.0E-8,92:1.0E-8,90:1.0E-8,93:1.0E-8,181:1.0E-8,226:1.0E-8,227:1.0E-8):8.4816E-4,96:1.0E-8,95:1.0E-8,98:1.0E-8):8.3283E-4,8:1.0E-8,101:1.0E-8):0.00378748,(15:1.0E-8,104:1.0E-8,105:1.0E-8,13:1.0E-8,11:1.0E-8,14:1.0E-8,12:1.0E-8,103:1.0E-8,102:1.0E-8):0.00235658):0.06253415):0.06661012,(5:0.17656427,((89:1.0E-8,88:1.0E-8,85:1.0E-8):0.02032988,(86:1.0E-8,87:1.0E-8):0.03608907):0.11979343):0.02661734); END; BEGIN TREES; Title 'COI_MB_Majority rule 50% consensus based on Bayesian analyses of B. lapidarius COI alignment'; LINK Taxa = Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_COI_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_alagesianus_A001TR, 2 Bombus_erzurumensis_E001TR, 3 Bombus_erzurumensis_E002TR, 4 Bombus_erzurumensis_E003TR, 5 Bombus_incertus_I001TR, 6 Bombus_lapidarius_L001NW, 7 Bombus_lapidarius_L002NW, 8 Bombus_lapidarius_L003NW, 9 Bombus_lapidarius_L004NW, 10 Bombus_lapidarius_L005SW, 11 Bombus_lapidarius_L006GOT, 12 Bombus_lapidarius_L007GOT, 13 Bombus_lapidarius_L008GOT, 14 Bombus_lapidarius_L009GOT, 15 Bombus_lapidarius_L010GOT, 16 Bombus_lapidarius_L011ALA, 17 Bombus_lapidarius_L012ALA, 18 Bombus_lapidarius_L013ALA, 19 Bombus_lapidarius_L014ALA, 20 Bombus_lapidarius_L015ALA, 21 Bombus_lapidarius_L016NW, 22 Bombus_lapidarius_L017NW, 23 Bombus_lapidarius_L018NW, 24 Bombus_lapidarius_L019SW, 25 Bombus_lapidarius_L020BE, 26 Bombus_lapidarius_L021BE, 27 Bombus_lapidarius_L022BE, 28 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