#NEXUS [written Fri Jun 14 17:18:39 EDT 2013 by Mesquite version 2.75 (build 566) at Simba.local/172.29.128.98] BEGIN TAXA; TITLE Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_mitochondrial_genes_COI_and_Cytb_data_set; DIMENSIONS NTAX=249; TAXLABELS Bombus_alagesianus_A001TR Bombus_incertus_I001TR Bombus_lapidarius_L001NW Bombus_lapidarius_L002NW Bombus_lapidarius_L003NW Bombus_lapidarius_L004NW Bombus_lapidarius_L005SW Bombus_lapidarius_L006GOT Bombus_lapidarius_L007GOT Bombus_lapidarius_L008GOT Bombus_lapidarius_L009GOT Bombus_lapidarius_L010GOT Bombus_lapidarius_L011ALA Bombus_lapidarius_L012ALA Bombus_lapidarius_L013ALA Bombus_lapidarius_L014ALA Bombus_lapidarius_L015ALA Bombus_lapidarius_L016NW Bombus_lapidarius_L017NW Bombus_lapidarius_L018NW Bombus_lapidarius_L019SW Bombus_lapidarius_L020BE Bombus_lapidarius_L021BE Bombus_lapidarius_L022BE Bombus_lapidarius_L023FR Bombus_lapidarius_L024BE Bombus_lapidarius_L025DE Bombus_lapidarius_L026DE Bombus_lapidarius_L027DE Bombus_lapidarius_L028DE 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Bombus_sichelii_S007SIB 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; END; Begin mrbayes; charset OPSIN_EX1_1st = 1 -233 \ 3; charset OPSIN_EX1_2nd = 2 -233 \ 3; charset OPSIN_EX1_3rd = 3 -233 \ 3; charset OPSIN_INT1 = 234 -328; charset OPSIN_EX2_3rd = 329 -587 \ 3; charset OPSIN_EX2_1st = 330 -587 \ 3; charset OPSIN_EX2_2nd = 331 -587 \ 3; charset OPSIN_INT2 = 588 -669; charset OPSIN_EX3_1st = 670 -711 \ 3; charset OPSIN_EX3_2nd = 671 -711 \ 3; charset OPSIN_EX3_3rd = 672 -711 \ 3; charset PEPCK_INT1 = 712 -1107; charset PEPCK_EX1_1st = 1108 -1455 \ 3; charset PEPCK_EX1_2nd = 1109 -1455 \ 3; charset PEPCK_EX1_3rd = 1110 -1455 \ 3; charset PEPCK_INT2 = 1456 -1588; charset PEPCK_EX2_1st = 1589 -1621 \ 3; charset PEPCK_EX2_2nd = 1590 -1621 \ 3; charset PEPCK_EX2_3rd = 1591 -1621 \ 3; charset EF1A_EX1_3rd = 1622 -2075 \ 3; charset EF1A_EX1_1st = 1623 -2075 \ 3; charset EF1A_EX1_2nd = 1624 -2075 \ 3; charset EF1A_INT = 2076 -2277; charset EF1A_EX2_1st = 2278 -2412 \ 3; charset EF1A_EX2_2nd = 2279 -2412 \ 3; charset EF1A_EX2_3rd = 2280 -2412 \ 3; charset 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Bombus_lapidarius_L232IT, 229 Bombus_lapidarius_L233IT, 230 Bombus_lapidarius_L234SC, 231 Bombus_lapidarius_L235SC, 232 Bombus_lapidarius_L236SC, 233 Bombus_lapidarius_L237SC, 234 Bombus_lapidarius_L238SC, 235 Bombus_lapidarius_L239SC, 236 Bombus_lapidarius_L240SB, 237 Bombus_lapidarius_L241SB, 238 Bombus_lapidarius_L242RO, 239 Bombus_lapidarius_L243RO, 240 Bombus_lapidarius_L244RO, 241 Bombus_lapidarius_L255RU, 242 Bombus_lapidarius_L256ES, 243 Bombus_sichelii_S001AT, 244 Bombus_sichelii_S002CH, 245 Bombus_sichelii_S003CH, 246 Bombus_sichelii_S004SIB, 247 Bombus_sichelii_S005SIB, 248 Bombus_sichelii_S006SIB, 249 Bombus_sichelii_S007SIB; TREE bestREP2 = ((244:0.01063476,((247:6.4602E-4,248:1.0E-8,246:1.0E-8,249:0.00124918):0.01634723,243:1.0E-8,245:1.0E-8):0.01606744):0.07110794,(((83:1.0E-8,86:1.0E-8,82:1.0E-8,85:1.0E-8):0.02552406,84:0.0457974):0.08818288,(2:0.15105247,(12:1.0E-8,101:1.0E-8,9:1.0E-8,99:1.0E-8,102:1.0E-8,100:1.0E-8,10:1.0E-8,8:1.0E-8,((210:1.0E-8,190:1.0E-8,170:1.0E-8,41:1.0E-8,163:1.0E-8,(241:1.0E-8,209:1.0E-8,34:1.0E-8,202:1.0E-8,35:5.4899E-4,208:1.0E-8,197:1.0E-8,196:1.0E-8,201:1.0E-8):5.4794E-4,((65:1.0E-8,63:1.0E-8):5.2336E-4,(148:1.0E-8,45:1.0E-8,43:1.0E-8,64:1.0E-8,44:1.0E-8):5.4125E-4):5.465E-4,165:1.0E-8,17:1.0E-8,164:1.0E-8,76:1.0E-8,213:1.0E-8,198:1.0E-8,28:1.0E-8,168:1.0E-8,75:1.0E-8,15:1.0E-8,13:1.0E-8,36:1.0E-8,40:1.0E-8,73:1.0E-8,171:1.0E-8,169:1.0E-8,(146:1.0E-8,162:1.0E-8,129:1.0E-8,217:1.0E-8,218:1.0E-8,138:1.0E-8,(149:1.0E-8,147:1.0E-8,150:1.0E-8,66:1.0E-8,46:1.0E-8,42:1.0E-8):5.5249E-4,110:1.0E-8,133:1.0E-8,145:1.0E-8,123:1.0E-8,114:1.0E-8,120:1.0E-8,200:1.0E-8,128:1.0E-8,14:1.0E-8,192:1.0E-8,139:1.0E-8,107:1.0E-8,26:1.0E-8,(62:1.0E-8,33:1.0E-8,32:1.0E-8,31:1.0E-8,38:1.0E-8,22:1.0E-8,30:1.0E-8,207:1.0E-8,195:1.0E-8,25:1.0E-8,24:1.0E-8,(29:1.0E-8,136:5.4938E-4):5.461E-4):5.4937E-4,124:1.0E-8,191:1.0E-8,117:1.0E-8,167:1.0E-8,37:1.0E-8,23:1.0E-8,134:1.0E-8,216:1.0E-8,(187:1.0E-8,173:1.0E-8,175:1.0E-8,78:1.0E-8,181:1.0E-8,186:1.0E-8,77:1.0E-8,183:1.0E-8,188:1.0E-8,81:1.0E-8,174:1.0E-8,180:1.0E-8,185:1.0E-8,189:1.0E-8,79:1.0E-8,242:1.0E-8,184:1.0E-8,182:1.0E-8,80:1.0E-8):5.6201E-4,131:1.0E-8,214:1.0E-8,127:1.0E-8,132:1.0E-8,193:1.0E-8,211:1.0E-8,143:1.0E-8,199:1.0E-8,212:1.0E-8,194:1.0E-8,222:1.0E-8,103:1.0E-8,121:1.0E-8,109:1.0E-8,203:1.0E-8,72:1.0E-8,118:1.0E-8,140:1.0E-8,130:1.0E-8,219:1.0E-8,16:1.0E-8,74:1.0E-8,108:1.0E-8,141:1.0E-8,104:1.0E-8,239:1.0E-8,206:1.0E-8,142:1.0E-8,166:1.0E-8,116:1.0E-8,215:1.0E-8,204:1.0E-8,205:1.0E-8,111:1.0E-8,144:1.0E-8,221:1.0E-8,122:1.0E-8,115:1.0E-8,135:1.0E-8,220:1.0E-8,161:1.0E-8,112:1.0E-8,240:1.0E-8,105:1.0E-8,172:1.0E-8):5.4812E-4,126:1.0E-8):5.354E-4,(94:1.0E-8,95:1.0E-8,93:1.0E-8,96:1.0E-8,(176:1.0E-8,91:1.0E-8,87:1.0E-8,223:1.0E-8,224:1.0E-8,178:1.0E-8,88:1.0E-8,177:1.0E-8,90:1.0E-8,89:1.0E-8,179:1.0E-8):0.00109602,92:1.0E-8):5.3652E-4,((229:1.0E-8,235:1.0E-8,160:1.0E-8,225:1.0E-8,67:1.0E-8,157:1.0E-8,71:1.0E-8,(69:1.0E-8,234:1.0E-8,230:1.0E-8,159:1.0E-8,231:1.0E-8,233:1.0E-8,70:1.0E-8,232:1.0E-8,227:1.0E-8):4.8708E-4,228:1.0E-8,226:1.0E-8,68:1.0E-8,158:1.0E-8):0.00200331,(151:1.0E-8,55:1.0E-8,39:1.0E-8,27:1.0E-8,152:1.0E-8,125:1.0E-8,119:1.0E-8,((57:1.0E-8,60:1.0E-8,153:1.0E-8,155:1.0E-8,(106:1.0E-8,54:1.0E-8,53:1.0E-8,52:1.0E-8,113:1.0E-8):4.7941E-4,156:1.0E-8,58:1.0E-8,154:1.0E-8):4.7698E-4,59:1.0E-8,51:1.0E-8,47:1.0E-8,238:1.0E-8,237:1.0E-8,50:1.0E-8,61:1.0E-8,236:1.0E-8,49:1.0E-8,48:1.0E-8):4.7945E-4,137:1.0E-8,56:1.0E-8):4.4625E-4):0.00367301,4:1.0E-8,19:1.0E-8,20:1.0E-8,5:1.0E-8,6:1.0E-8,21:1.0E-8,97:1.0E-8,7:1.0E-8,18:1.0E-8,98:1.0E-8,3:1.0E-8):0.00387826,11:1.0E-8):0.09020263):0.00679655):0.04141186,1:0.11829293); END; BEGIN TREES; Title 'Mito_MB_Majority rule 50% consensus based on Bayesian analyses of B. lapidarius COI and Cytb alignment'; LINK Taxa = Taxa_from_B.lapidarius_phylogeography_mitochondrial_genes_COI_and_Cytb_data_set; TRANSLATE 1 Bombus_alagesianus_A001TR, 2 Bombus_incertus_I001TR, 3 Bombus_lapidarius_L001NW, 4 Bombus_lapidarius_L002NW, 5 Bombus_lapidarius_L003NW, 6 Bombus_lapidarius_L004NW, 7 Bombus_lapidarius_L005SW, 8 Bombus_lapidarius_L006GOT, 9 Bombus_lapidarius_L007GOT, 10 Bombus_lapidarius_L008GOT, 11 Bombus_lapidarius_L009GOT, 12 Bombus_lapidarius_L010GOT, 13 Bombus_lapidarius_L011ALA, 14 Bombus_lapidarius_L012ALA, 15 Bombus_lapidarius_L013ALA, 16 Bombus_lapidarius_L014ALA, 17 Bombus_lapidarius_L015ALA, 18 Bombus_lapidarius_L016NW, 19 Bombus_lapidarius_L017NW, 20 Bombus_lapidarius_L018NW, 21 Bombus_lapidarius_L019SW, 22 Bombus_lapidarius_L020BE, 23 Bombus_lapidarius_L021BE, 24 Bombus_lapidarius_L022BE, 25 Bombus_lapidarius_L023FR, 26 Bombus_lapidarius_L024BE, 27 Bombus_lapidarius_L025DE, 28 Bombus_lapidarius_L026DE, 29 Bombus_lapidarius_L027DE, 30 Bombus_lapidarius_L028DE, 31 Bombus_lapidarius_L029DE, 32 Bombus_lapidarius_L030PL, 33 Bombus_lapidarius_L031PL, 34 Bombus_lapidarius_L032PL, 35 Bombus_lapidarius_L033PL, 36 Bombus_lapidarius_L034PL, 37 Bombus_lapidarius_L035PL, 38 Bombus_lapidarius_L036PL, 39 Bombus_lapidarius_L037PL, 40 Bombus_lapidarius_L038PL, 41 Bombus_lapidarius_L039PL, 42 Bombus_lapidarius_L040AT, 43 Bombus_lapidarius_L041AT, 44 Bombus_lapidarius_L042AT, 45 Bombus_lapidarius_L043CH, 46 Bombus_lapidarius_L044CH, 47 Bombus_lapidarius_L045CZ, 48 Bombus_lapidarius_L046CZ, 49 Bombus_lapidarius_L047CZ, 50 Bombus_lapidarius_L048CZ, 51 Bombus_lapidarius_L049CZ, 52 Bombus_lapidarius_L050HU, 53 Bombus_lapidarius_L051HU, 54 Bombus_lapidarius_L052HU, 55 Bombus_lapidarius_L053HU, 56 Bombus_lapidarius_L054HU, 57 Bombus_lapidarius_L055BL, 58 Bombus_lapidarius_L056BL, 59 Bombus_lapidarius_L057BL, 60 Bombus_lapidarius_L058BL, 61 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Bombus_lapidarius_L093IR, 96 Bombus_lapidarius_L094IR, 97 Bombus_lapidarius_L096DK, 98 Bombus_lapidarius_L097DK, 99 Bombus_lapidarius_L098GOT, 100 Bombus_lapidarius_L099GOT, 101 Bombus_lapidarius_L100GOT, 102 Bombus_lapidarius_L101GOT, 103 Bombus_lapidarius_L102FR, 104 Bombus_lapidarius_L103FR, 105 Bombus_lapidarius_L104BE, 106 Bombus_lapidarius_L105SB, 107 Bombus_lapidarius_L106FR, 108 Bombus_lapidarius_L107FR, 109 Bombus_lapidarius_L108FR, 110 Bombus_lapidarius_L109FR, 111 Bombus_lapidarius_L110FR, 112 Bombus_lapidarius_L111FR, 113 Bombus_lapidarius_L112SB, 114 Bombus_lapidarius_L113DE, 115 Bombus_lapidarius_L114DE, 116 Bombus_lapidarius_L115SW, 117 Bombus_lapidarius_L116SW, 118 Bombus_lapidarius_L117FR, 119 Bombus_lapidarius_L118SB, 120 Bombus_lapidarius_L119FR, 121 Bombus_lapidarius_L120FR, 122 Bombus_lapidarius_L121FR, 123 Bombus_lapidarius_L122FR, 124 Bombus_lapidarius_L123FR, 125 Bombus_lapidarius_L124DE, 126 Bombus_lapidarius_L125DE, 127 Bombus_lapidarius_L126DK, 128 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